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[청구번호]
[청구번호]조심 2015서0632 (2015. 7. 10.)
[세목]
[세목]부가[결정유형]취소
[결정요지]
[결정요지]청구법인은 OO군의 요구로 설립된 특수목적법인(SPC)으로 OO군에게 공단조성업무 및 분양대행업무 등의 용역을 실제로 제공한 사실과 거래처들로부터 업무와 관련하여 부가가치세 과세대상 용역을 공급받은 사실이 OO군과 거래처들이 체결한 약정서 및 법원의 판결서 등에서 나타나는 점, 청구법인이 쟁점사업의 시행사로서 토지조성용역을 제공받은 것을 토지 관련 매입세액으로 보기 어려운 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점세금계산서 상당액에 대하여 최소한 준공시점에 정산을 하여 OO군에게 매출 관련 세금계산서를 발급하여야 하는 것은 별론으로 하더라도 쟁점세금계산서의 관련 매입세액을 공제하지 아니하고 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있음
[관련법령]
[관련법령] 부가가치세법 제7조 / 부가가치세법 제12조 / 부가가치세법 제17조
[따른결정]
[따른결정]조심2017서4974
[주 문]
OOO세무서장이 2014.10.14. 청구법인에게 한 2011년 제2기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세 합계 OOO의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 2011.10.25. OOO 일원에 조성중인 OOO의 개발 및 분양업을 영위할 목적으로 설립된 OOO로 산업단지 조성사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 추진하면서 2011년 제2기부터 2013년 제2기 부가가치세 과세기간까지 공급가액 OOO의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 매출세액에서 공제받는 매입세액으로 하여 부가가치세를 신고하였다.
나. 처분청은 2014.6.23.～2014.7.12. 기간 동안 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점사업과 관련하여 수취한 쟁점세금계산서는 매입세액이 불공제되는 투자관련 매입세액, 사업과 관련 없는 매입세액 및 토지관련 매입세액에 해당하는 것으로 보아 2014.10.14. 청구법인에게 2011년 제2기～2013년 제2기 부가가치세 합계 OOO을 각 경정·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.12.26. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 청구법인은 OOO 조성 및 분양대행 업무를 수행하기 위하여 2011.11.18. OOO과 OOO를 체결하였고, ‘투자이행협정서’ 제5조(“을” 이행사항)에 근거하여 OOO 일반산업단지를 조성하는데 필요한 민간자금 OOO을 조달하여 OOO 명의의 계좌에 예치시켰으며, OOO과 2011.11.29. 체결한 OOO 제6조(업무의 부담)에 의하여 시행사 역할을 수행하는 OOO으로부터 위 조달된 자금을 재원으로 하여 산업단지 조성공사 업무 및 향후 분양대행 업무를 수탁받아 수행하는 역할을 맡은 업체이다.
청구법인은 쟁점사업의 업무수행을 위하여 설계용역사OOO 및 시공사OOO를 선정하여 도급계약을 체결하였고, 전체 공사의 공정관리를 하면서 기성별로 공사대금을 지급하고 이에 따라 미완성공사로 회계처리하였고, 적법하게 부가가치세 과세사업자로 부가가치세를 신고하였다.
따라서, 사업비 집행과 관련하여 청구법인이 시공사 등으로부터 쟁점세금계산서를 수취한 것은 쟁점사업의 주체로 당연한 것이다.
또한, 청구법인이 OOO에 공급하는 쟁점사업에 대한 용역의 대가는 공사가 완료되고 분양된 후 투자이행협정서 제9조 제2항 및 OOO 제9조 제2항에 의해 분양 후 분양대금으로 지급받기로 되어 있으므로 전체공사가 완료되어 역무의 제공이 완료되는 때에 OOO에 매출세금계산서를 발행하여야 하며, 현재 공사가 진행 중으로 분양으로 인한 매출이 발생되지 아니하여 쟁점세금계산서 관련 매입세액만 신고하여 부가가치세를 환급받았던 것이다.
(2) 처분청은 청구법인이 OOO에 제공하는 용역은 OOO 일반산업단지를 개발하여 OOO에 개발된 산업단지를 공급하는 사업을 영위하는 것이 아니라는 의견이나,
업무위수탁협약서 제6조 제2항 제2호에서 청구법인(수탁자)의 업무에 사업부지매입과 단지조성 및 분양업무가 포함되어 있어 조성업무가 청구법인의 업무임을 명백히 밝히고 있고, 토지매입비는 세입과 세출예산에 반영한 것이 명백하나 토지를 제외한 조성비에 대해서는 세입과 세출예산에 반영하지 않았기 때문에 언급이 없으며, 최초 위수탁협약서에는 청구법인의 업무로 청구법인이 토지를 취득하고 사업단지를 조성하기로 하였으나, 용역대금을 분양대금으로 정산하기로 하였으므로 미분양이 많아 분양대금이 용역대금을 정산하기에 부족하면 OOO으로부터 받는 정산금으로는 청구법인이 조달한 자금을 상환하기가 불가능해지기 때문에 지급보증을 한 OOO은 부족 부분을 자기가 지급해야 하는데 자기도 지급할 자금이 없기 때문에 차입을 해야 하고 차입을 하려면 담보가 필요하게 된다. 이에 대한 담보를 확보하기 위하여 OOO은 청구법인과 토지에 관해서만 재수탁협약서를 작성하고 이에 근거하여 토지구입 업무는 OOO의 업무가 됨에 따라 OOO이 토지를 취득하게 된 것이다. OOO이 토지라는 자산을 증가시키려면 세출예산에 반영해야 하고 실제로 세출로 처리한 사실이 입증된다.
(3) 처분청은 청구법인이 OOO으로부터 일반산업단지 조성업무를 수주하여 자신의 책임하에 일반산업단지를 조성하여 OOO에 공급한 것이 아니라 OOO 일반산업단지 조성의 주체는 OOO이며, 단지 민간 투자금 조달을 위하여 청구법인을 설립하여 민간투자금 OOO을 조달한 것이라는 의견이나,
OOO이 쟁점사업의 주체가 되기가 곤란하므로 제3섹터 방식의 조성사업을 선택하였고, 조성사업의 주체로 OOO을 설립할 것을 권장하였으며, 이에 따라 청구법인이 설립된 것으로 OOO이 조성업무의 주체가 되려고 했고 그것이 가능하였다면 OOO이 직접 자금을 조달하고 시공사 및 용역사를 입찰로 선정한 후 직접 조성사업을 진행하지 조성업무를 위하여 민간인에게 특수목적법인을 설립하라고 권장하지 않았을 것이다. 그러나 OOO은 이미 자금조달의 실패를 경험하였으므로 직접 수행하는 것이 곤란하다고 판단하여 청구법인을 설립하여 청구법인으로 하여금 자금조달, 조성사업 및 분양대행을 수행하도록 한 것이다.
따라서, 일반산업단지 조성의 주체는 청구법인이고, 청구법인이 자금을 조달하였을 뿐만 아니라 쟁점사업을 수행한 것이다.
(4) 처분청은 업무 위·수탁 협약서 제9조(사업비의 부담 및 회수)에서 쟁점사업에 소요되는 사업비를 첫째 민간투자금 OOO, 둘째 부족 사업비로 규정하면서 같은 조 제2항에서 민간투자금을 분양대금으로 회수한다고 명시되어 있어 청구법인이 주장하는 것처럼 용역대금의 정산이 아니라 사업비인 민간투자금을 분양대금으로 정산한다는 내용이라는 의견이나,
OOO은 청구법인으로부터 투자를 받거나 차입한 사실이 없으므로 투자금을 회수하거나 차입금을 상환할 필요가 없으므로 분양대금으로 정산하는 것은 용역대금인 것이고, 민간투자금을 받은 주체는 청구법인이며, 청구법인이 민간투자금을 갚기 위한 재원은 OOO으로부터 받을 용역대금 밖에 없고, OOO이 용역대금을 청구법인에 정산해 주지 않으면 민간투자금을 상환할 수 없는 것이므로 분양대금으로 민간투자금을 상환할 수 밖에 없는 것이다.
(5) 처분청은 업무 위·수탁 협약서 어디에도 청구법인이 일반산업 단지를 개발하여 OOO에게 공급한다는 내용을 찾아볼 수 없으며, 청구법인 주장처럼 전체 공사가 완공된 시점에 일반산업 단지를 양도하여 매출세금계산서를 발급한다는 주장은 근거가 없는 주장이라는 의견이나,
위에서 밝힌대로 OOO은 분양대금을 청구법인에게 정산하여야 하는바, 이것은 투자금의 정산이 아니고 용역대금의 정산이고, 용역대금을 정산하는 이유는 조달된 자금이 청구법인의 소유이며, 청구법인의 자금으로 지출되어 청구법인의 자산(미완성공사)으로 계상되어 있으므로 이 자산을 OOO에 넘겨주는 절차를 취하게 되고 이 대가로 OOO은 청구법인에게 대가 곧 용역대금을 지급하게 되는 것이다. 이 용역대금을 청구법인이 받기 때문에 OOO에 매출세금계산서를 발급해야 하고, OOO은 이 세금계산서를 증빙으로 세출예산에 반영하게 된다. 그러므로, 세금계산서를 발급한다는 것이 근거가 없다는 처분청의 의견은 오히려 근거가 없는 잘못된 의견이다.
(6) 처분청은 위탁수수료에 대하여 역무의 제공이 완료되고 금액이 확정되는 시점이 용역의 공급시점이고, 청구법인이 주장하는 일반산업단지 조성공사에 대한 용역대금OOO에 대하여는 언급이 없다는 의견이나,
위탁수수료는 특수목적법인의 운영에 관한 비용을 OOO이 보전해 주는 것이기 때문에 조성비와는 전혀 관계가 없으며, 이를 용역대금과 연계시킬 필요가 없는 것이다.
(7) 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취하여 공제받지 못할 매입세액으로 신고하지 않고 마치 청구법인이 일반산업단지 개발의 주체가 되어 일반산업단지를 조성하여 OOO에 공급하는 것으로 신고하여 부가가치세 환급이 발생된 것으로, 공동시행 업무 협약서 작성 이후에 OOO이 매입세금계산서를 수취하는 것으로 바로 잡은 것이라는 의견이나,
청구법인이 OOO에 제공한 용역은 산업단지조성용역으로, 조성된 토지를 공급하는 것이 아니고 OOO이 이미 취득한 토지를 가공하는 용역(조성용역)을 제공한 것으로 부가가치세 과세대상 용역이며, 동시에 청구법인이 시공사로부터 공급받은 시공비나 설계비 또한 부가가치세 과세대상 용역이므로 관련 매입세액은 당연히 공제받아야 한다.
(8) 처분청은 쟁점사업의 주체는 청구법인이고, 청구법인이 일반산업 단지를 개발하여 OOO에 공급하는 용역을 제공한 것이라면 OOO이 설계용역사 및 시공사로부터 직접 매입세금계산서를 수취하는 것보다 부가가치가 늘어나게 되어 산업단지 조성비용이 증가하게 되는데 이는 OOO이 용인할 수 없는 사업구조라는 의견이나,
청구법인이 OOO에 제안한 “분양이익이 발생하더라도 청구법인은 배분을 포기한다”는 내용대로 용역대금을 정산할 때 OOO에 이익을 남기지 않고 발생한 용역만큼만 정산받기로 하였으므로 OOO이 시공사로부터 직접 매입세금계산서를 수취하는 것보다 부가가치가 증가하게 된다는 의견은 근거가 없다.
(9) 처분청은 설령, 청구법인이 일반산업단지 개발의 주체이고 OOO으로부터 일반산업단지 개발을 위임받아 설계용역사 및 시공사와 도급계약을 체결하고 용역을 공급하는 것이라면 적어도 설계용역사 및 시공사와의 도급계약처럼 진행률에 따라 공사대금을 지급하듯이 OOO에도 진행률에 따라 매출세금계산서를 발급했어야 한다는 의견이나,
청구법인이 시공사에게 대금을 지급하듯이 OOO이 기성고에 따라 청구법인에게 용역대금을 지급하였다면, 청구법인도 당연히 기성고에 따라 OOO에 매출세금계산서를 발급하고 용역수익을 인식하였을 것이나 OOO은 분양대금을 지급받으면 그 대금으로 전체 용역대금을 한번에(1회성으로) 정산하게 되어 있어 공사진행율에 따라 매출세금계산서를 발급해야 한다는 처분청의 의견은 잘못된 것이다.
(10) 결론적으로, 처분청은 쟁점사업의 주체는 OOO인데, 조성사업과 관계가 없는 청구법인이 중간에 끼어들어 시공사로부터 용역을 공급받고 다시 이를 OOO에 재공급함으로써 공제받지 않아야 할 매입세액을 공제받았다는 의견이나,
쟁점사업의 주체는 OOO이 되는 것이 적당치 않아 제3섹터 개발방식을 채택하여 민간인에게 위탁하여 조성하도록 하는 방식을 택하였고, OOO의 요청에 따라 조성업무를 수행하기 위하여 청구법인이 설립되었기 때문에 청구법인이 조성주체이며, 토지를 OOO이 취득하였으므로 청구법인이 공급한 것은 조성용역이지 조성된 토지가 아니므로 청구법인이 OOO에 제공한 용역(조성용역)은 부가가치세 과세대상 용역이며, 이와 관련하여 시공사로부터 받은 쟁점세금계산서 관련 매입세액은 공제대상 매입세액에 해당한다. 그리고, 용역대금은 분양이 완성되면 OOO이 한번에(1회성으로) 정산하므로, 용역대금의 정산시기가 용역의 공급시기가 된다.
또한, 청구법인은 OOO에 투자한 적이 없으므로 투자 관련 비용이라 하여 지급한 자금조달 관련 용역비를 부인한 것도 잘못된 것이고, 청구법인은 당연히 중간에 끼어 조성용역을 공급해야 할 주체이며, 필요 없이 중간에 끼어 매입세액을 공제받은 것이 아니므로 업무와 관련 없는 매입세액에도 해당되지 않는다.
나. 처분청 의견
(1) 청구법인은 OOO에 공급하는 용역의 대가는 공사가 완료되고 분양된 후 분양대금으로 지급받기로 되어 있으므로 전체공사가 완료되어 역무의 제공이 완료되는 시기에 OOO에 매출세금계산서를 발급하여야 한다고 주장하나,
청구법인이 OOO에 제공하는 용역은 OOO 일반산업단지를 개발하여 OOO에 개발된 산업단지를 공급하는 사업을 영위하는 것이 아니다.
청구법인과 OOO이 2011.11.29. 작성한 ‘무 위·수탁 협약서 제6조 업무의 분담내용과 같이 OOO(위탁자)은 쟁점사업의 인허가업무 및 행정지원, 자금의 관리 및 운영 등으로 규정하고, 청구법인(수탁자)은 민간투자금의 조달, 인허가 서류작성, 사업부지매입과 단지조성 및 분양업무를 수행하는 것으로 협약하고 있다.
업무 위·수탁 협약서의 내용대로 민간투자금의 조달은 청구법인이 수행하여 OOO에 투자하였고, 이를 OOO 명의의 계좌에서 운영하였으며, OOO이 2014.4.2. 처분청의 의견조회에 대하여 회신한 문서에 따르면 사업부지 매입은 업무 위·수탁협약서 제8조(토지 등의 보상 및 수용지원) 조항에 따라 OOO이 청구법인으로부터 차입한 금액으로 OOO 일반산업단지 조성사업 특별회계의 세입·세출 예산으로 처리하였다고 답변하였다.
청구법인이 OOO으로부터 일반산업단지 조성업무를 수주하여 자신의 책임하에 일반산업단지를 조성하여 OOO에 공급한 것이 아니라 OOO 일반산업단지 조성의 주체는 OOO이며, 단지 민간투자금 조달을 위하여 청구법인을 설립하여 민간투자금 OOO을 조달한 것이다.
OOO은 민간투자금으로 조달된 OOO에 대하여 지급보증함은 물론 OOO 일반산업단지 개발을 위한 추가자금 또한 부담하는 사업구조이다.
청구법인은 OOO에 공급하는 용역의 대가는 공사가 완료되고 분양된 후 분양대금으로 지급받기로 되어 있다고 주장하면서 업무 위·수탁 협약서 제9조 제2항을 들고 있으나,
업무 위·수탁 협약서 제9조(사업비의 부담 및 회수)는 본 사업에 소요되는 사업비를 첫째 민간투자금 OOO, 둘째 부족사업비로 규정하면서 같은 조 제2항에서 민간투자금을 분양대금으로 회수한다고 명시되어 있어 이 규정은 청구법인이 주장하는 것처럼 용역대금의 정산이 아니라 사업비인 민간투자금을 분양대금으로 정산한다는 내용이다.
이처럼 업무 위·수탁 협약서 어디에도 청구법인이 일반산업단지를 개발하여 OOO에게 공급한다는 내용을 찾아볼 수 없는바, 청구법인의 주장처럼 전체 공사가 완료된 시점에 일반산업단지를 양도하여 매출세금계산서를 발급한다는 주장은 근거가 없는 주장이다.
오히려 업무 위·수탁 협약서 제13조(위탁수수료)에서 OOO이 청구법인에게 위탁수수료를 지급해야 하는데 이는 청구법인의 운영비 및 인건비와 향후 일반산업단지 조성이 완료된 후에 분양용역에 대한 실투입 비용을 보전해 주겠다는 내용으로 이에 대한 구체적인 금액이 확정되지 않았으므로 이 위탁수수료에 대하여 역무의 제공이 완료되고 금액이 확정되는 시점이 용역의 공급시점이 되는 것이며, 청구법인이 주장하는 일반산업단지 조성공사에 대한 용역대금(일반산업 단지를 개발하여 OOO에 양도하는 용역)에 대하여는 언급이 없다.
(2) 사업비 집행 등과 관련하여 청구법인이 시공사 등으로부터 매입세금계산서를 수취한 것은 당연한 것이며, 청구법인이 업무 위·수탁 협약서(2011.11.29.) 체결 후 공동시행 업무 협약서(2013.4.25.) 체결시까지 동일한 업무를 수행하였는데도 공동시행 업무 협약서 체결 이후 매입세금계산서를 OOO이 수령하는 것은 잘못된 것이라고 주장하나,
이는 당초 업무 위·수탁 협약서 체결부터 OOO이 매입세금계산서를 수취하였어야 하는데도 당초 OOO이 청구법인이 매입세금계산서를 수취하면 부가가치세 매입세액에 대한 환급이 발생될 것이라는 것을 인지하지 못한 상태에서 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취하여 공제받지 못할 매입세액으로 신고하지 않고 마치 청구법인이 일반산업단지 개발의 주체가 되어 일반산업단지를 조성하여 OOO에 공급하는 것으로 신고하여 부가가치세 환급이 발생된 것으로, 공동시행 업무 협약서 작성 이후에 OOO이 매입세금계산서를 수취하는 것으로 바로 잡은 것이라 하겠다.
또한, 쟁점사업의 주체는 OOO에 있으며, 청구법인이 주장하는 것처럼 쟁점사업의 주체가 청구법인이고 청구법인이 일반산업단지를 개발하여 OOO에 공급하는 용역을 제공한 것이라면 OOO이 설계용역사 및 시공사로부터 직접 매입세금계산서를 수취하는 것보다 부가가치가 늘어나게 되어 산업단지 조성비용이 증가하게 되는데 이는 OOO이 용인할 수 없는 사업구조이다. 왜냐하면 일반산업단지 조성·분양을 통하여 이익이 발생되지 않게 원가를 책정하였으며, 이를 위해 업무 위·수탁 협약서 제11조(위탁사업의 회계처리기준)에서 OOO이 청구법인에게 지급하는 위탁사업비는 각 호의 기준에 의하고 OOO이 제3자에게 도급하는 경우에도 동일하게 적용한다고 규정하고 있어 OOO이 OOO에 제공하는 용역에 부가가치가 증가하지 않는다고 명시하고 있다.
설령, 청구법인이 일반산업단지 개발의 주체이고, OOO으로부터 일반산업단지 개발을 위임받아 설계용역사 및 시공사와 도급계약을 체결하고 용역을 공급하는 것이라면 적어도 설계용역사 및 시공사와의 도급계약처럼 진행률에 따라 공사대금을 지급하듯이 OOO에도 진행률에 따라 매출세금계산서를 발급했어야 하나, OOO과 청구법인이 공사도급표준계약서 등을 작성하였다는 기록도 없고, 실제로 OOO에서도 청구법인과 공사도급계약서 등을 작성한 사실이 없다.
(3) 결론적으로, OOO과 청구법인의 관계는 OOO이 OOO에 일반산업단지 개발용역을 의뢰하여 공사도급계약을 작성한 관계가 아니라 일발산업단지 개발을 위한 공동시행사의 위치에 있다 할 것이고, 공동시행사의 위치에서 청구법인은 민간투자금을 조달하는 역할을 수행하고 OOO은 토지매입과 일반산업단지 조성사업 전반을 관리·감독하는 역할을 수행한 것이며, 민간투자금 조달의 역할 및 일반산업단지 조성사업을 조력하는 업무를 수행하는 청구법인이 설계용역사 및 시공사로부터 쟁점세금계산서를 수취한 후 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 환급받은 것에 대하여 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점세금계산서가 매입세액 공제대상인지 여부
나. 관련 법령
제7조 【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.
제12조 【면세】① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.
13. 토지
제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2의2. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급받으면서 세금계산서를 발급받은 경우의 매입세액. 다만, 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 제1항의 납부세액을 모두 납부한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액
4. 「개별소비세법」 제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차(賃借) 및 유지에 관한 매입세액
5. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액
6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액
제22조 【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.
1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때
2. 완성도 기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때
3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때
4. 제49조의2 제1항·제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일
제60조 【매입세액의 범위】③ 법 제17조 제2항 제2호의2 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 요건을 모두 충족한 경우를 말한다.
1. 사업자가 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 포함한다)을 공급하면서 발급한 세금계산서의 매출세액을 포함하여 법 제17조 제1항에 따라 계산한 해당 과세기간에 대한 납부세액을 법 제18조 및 제19조에 따라 사업장 관할 세무서장에게 신고·납부하였을 것
2. 해당 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 그 재화 또는 용역의 공급에 대하여 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서를 발급하지 아니할 것
④ 법 제17조 제2항 제3호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 「소득세법 시행령」 제78조 또는 「법인세법 시행령」 제48조, 제49조 제3항 및 제50조에 규정하는 바에 따른다.
⑦ 법 제17조 제2항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 매입세액을 말한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구법인은 2011.10.15. 설립된 산업단지 개발 및 컨설팅업체로 2011년 제2기부터 2013년 제2기 부가가치세 과세기간까지 부가가치세 신고 및 처분청의 경정내역은 다음 <표1>과 같으며, 처분청은 쟁점세금계산서 중 주식회사 OOO로부터 수취한 OOO의 용역수수료는 토지 관련 매입세액으로, OOO 주식회사로부터 수취한 OOO의 사업자문수수료는 업무와 관련 없는 매입으로, OOO 주식회사로부터 수취한 OOO의 금융자문수수료는 투자 관련 면세매입 등으로 관련 매입세액을 불공제한 사실이 조사서에 나타난다.
OOO
(2) 청구법인의 2011～2013사업연도의 주주현황은 다음 <표2>와 같다.
OOO
(3) 청구법인이 OOO과 2011.11.18. 체결한 OOO 조성사업 투자이행협정서의 주요 내용은 다음 <표3>과 같다.
<표3>
(4) 청구법인이 OOO과 2011.11.29. 체결한 OOO 일반 산업단지 조성사업 업무 위·수탁 협약서의 주요 내용은 다음 <표4>와 같다.
<표4>
(5) 청구법인이 OOO와 2013.4.25. 체결한 OOO 일반산업단지 조성사업 공동시행 업무 협약서의 주요 내용은 다음 <표5>와 같다.
<표5>
(6) 청구법인이 주식회사 OOO, 주식회사 OOO, 주식회사 OOO 및 주식회사 OOO과 2011.11.29. 체결한 ‘업무수행 참여자간 협약서’의 주요내용은 다음 <표6>과 같다.
<표6>
(7) OOO과 OOO 주식회사 간에 2011년 10월 체결한 사업자문 및 수수료 약정서의 주요 내용은 다음 <표7>과 같다.
<표7>
(8) 청구법인이 OOO 주식회사와 체결한 금융자문 및 수수료 약정서의 주요 내용은 다음 <표8>과 같다.
<표8>
(9) OOO이 2014.4.2. 처분청의 의견조회에 대하여 회신한 ‘사실관계 의견 조회 회신내용’의 주요 내용은 다음 <표9>와 같다.
<표9>
(10) 청구법인이 주식회사 OOO와 체결한 용역 표준 계약서의 계약자 변경내용은 다음 <표10>과 같다.
<표10> 용역 표준 계약서 계약자 변경내역
(11) 청구법인이 2013.7.29. OOO 주식회사 및 주식회사 OOO과 체결한 용역 표준계약서를 보면 발주처는 OOO 및 청구법인으로 기재되어 있으며, 계약상대자는 OOO 주식회사 및 주식회사 OOO으로 기재되어 있다.
(12) OOO이 2014.2.26. OOO를 통하여 분양공고를 한 사실이 나타난다.
(13) 쟁점사업에 대한 언론(연합뉴스 등) 보도내용은 다음과 같다.
(14) 쟁점사업과 관련하여 감사원이 청구법인의 실질적인 대표자인 주OOO 등을 고발하였으며, 검찰의 기소로 OOO법원에서 다음과 같이 판결OOO하였으며, 주OOO은 2014.9.12. 대법원에 상고OOO하여 심리일 현재 진행중이다.
(15) 2014.8.30. 현재 쟁점사업과 관련하여 총예산액 OOO 중 OOO이 집행되고 OOO의 집행잔액이 남아있는 사실이 OOO에 나타나고, 토목공사 도급액 OOO은 OOO이 시공사에게 직접 세금계산서를 발급한 사실이 나타나며, 쟁점사업은 2015.5.29. 준공식을 개최하였고, 준공일 현재 최종분양률은 51%인 사실이 언론 보도자료 등에 나타난다.
(16) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점세금계산서를 업무와 관련 없거나 토지 및 면세관련 매입으로 보아 관련 매입세액을 불공제하였으나, 쟁점사업의 주체는 OOO이고, 청구법인은 OOO의 요구로 설립한 OOO으로 OOO에게 공단조성업무 및 분양대행업무 등의 용역을 실제 제공한 사실과 거래처들로부터 업무와 관련하여 부가가치세 과세대상 용역을 공급받은 사실이 OOO과 거래들이 체결한 약정서 및 법원의 판결서 등에 나타나는 점, 토지의 소유자가 아닌 사업자가 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출의 성격을 갖는 비용을 지출한 경우 그에 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 한 「부가가치세법」상 매입세액 불공제대상인 토지관련 매입세액에 해당하지 않는다고 할 것OOO인바, 청구법인이 제공받은 용역은 토지의 소유자가 아니고 시행사로서 쟁점사업을 추진하면서 제공받은 용역으로 토지 관련 매입세액으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점사업이 이미 준공되어 산업단지가 51% 분양된 시점에서 산업단지 조성의 초기 발생 비용인 쟁점세금계산서 상당액에 대하여는 협약서 등의 약정에 따라 최소한 준공시점에 정산이 이루어져 청구법인이 OOO에게 매출세금계산서를 발급하여야 함에도 이를 이행하지 아니하였으므로 쟁점세금계산서에 대응하는 매출액을 매출누락한 것으로 보는 것은 별론으로 하더라도 쟁점세금계산서의 관련 매입세액을 공제하지 아니하는 매입세액으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.