2006-0028 (2006.01.23)

취득

취소

보육시설 신고를 필하고 보육시설을 운영하고 있었던 사실이 입증되므로 취득세 등을 부과 고지한 것은 부당함

지방세법 제107조【용도구분에 의한 비과세 】 / 지방세법 제127조 【용도구분에 의한 비과세】

처분청에서 2005.8.10. 청구인에게 부과 고지한 취득세 12,549,600원, 농어촌특별세 1,254,960원, 등록세 18,824,410원, 지방교육세 3,764,880원, 합계 36,393,850원(가산세 포함)은 이를 취소한다.

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 2001.10.29. 취득한 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지의 토지 1,829㎡와 동 지상 건축물 2,133.98㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자가 취득한 것으로 보아 지방세법 제107조제1호 및 같은법 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 취득세 등을 비과세 하였으나, 정부합동감사(2005.7.4.～7.15.)에서 이 사건 부동산을 영유아보육시설을 운영하는 자가 아닌 운영하고자 하는자가 취득한 것으로 판단함에 따라 이 사건 부동산의 취득가액(627,480,141원)에 지방세법 제112조제1항 및 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기전의 것) 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 12,549,600원, 농어촌특별세 1,254,960원, 등록세 18,824,410원, 지방교육세 3,764,880원, 합계 36,393,850원(가산세 포함)을 2005.8.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 유아교육전공자로서 유치원과 어린이집의 교사로 재직하고 있던 중 영유아보육시설을 직접 운영하고자 2001.10.29. 이 사건 부동산을 취득한 후 지방세법 제107조제1호 및 같은법 제127조제1항제1호의 규정에 의한 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하고자 하는 자가 취득·등기한 부동산으로 신고하여 2001.10.30. 이 사건 부동산에 대한 취득세 및 등록세 등을 비과세 받은 다음 2002.1.28. 이 사건 부동산을 사업장 소재지로 하고 경영인을 청구인으로 하여 ○○시 ○○구청장에게 민간보육시설 신고(제25호)를 필한 후 어린이집(미래어린이집)을 운영하고 있음으로 이사건 부동산은 영유아보육시설을 운영하는 자가 취득한 것으로 보아 이 사건 부동산에 대한 취득세 등은 비과세되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하고자 하는 자가 부동산을 취득한 경우에 취득세 등이 비과세 되는지의 여부에 있다고 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제107조제1호 및 같은법 제127조제1항제1호에서 제사·종교·자선·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세·등록세를 부과하지 아니하고, 다만 수익사업에 사용하는 경우와 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세·등록세를 부과하며, 같은법시행령 제79조제1항제6호에서 법 제107조제1호에서 “대통령령이 정하는 비영리사업자”라 함은 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2001.10.29. 이 사건 부동산을 취득한 후 지방세법 제107조제1호 및 같은법 제127조제1항제1호의 규정에 의한 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하고자 하는 자가 취득·등기한 부동산으로 보아 취득세 및 등록세 등을 비과세 받았으나 정부합동감사에서 영유아보육시설을 운영하는 자가 아닌 운영하고자 하는 자가 취득한 것으로 판단함에 따라 기 비과세한 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 2001.10.29. 이 사건 부동산을 취득한 후 보육시설을 설치하고 2002.1.28. 울산광역시 북구청장에게 보육시설 신고를 필한 다음 어린이집을 운영하고 있으므로 이 사건 부동산은 영유아보육시설을 운영하는 자가 취득한 것에 해당되어 이 사건 부동산에 대한 취득세 등은 비과세 되어야 한다고 주장하고 있는 반면, 처분청에서는 영유아보육시설을 운영하는 자가 취득한 부동산이 아니라 운영하고자 하는 자가 취득하였다는 사유로 이 사건 취득세 등을 부과한 것이므로 이에 대하여 보면 지방세법 제107조 본문 제1호와 같은법 제127조제1항제1호 및 같은법시행령 제79조제1항제6호에서 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하는 자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산은 취득·등록세를 부과하지 아니한다라고 규정하고 있고 영유아보육법시행규칙(2004.6.11. 여성부령 제10호로 개정되기 전의 것) 제6조에서 보육시설의 설치 신고를 하고자 하는 자는 건축물관리대장 등을 제출하도록 규정하고 있으므로 보육시설을 운영하기 위해서는 설립 기준에 맞는 시설을 먼저 갖추어 설치·신고를 하도록 규정되어 있고 지방세법령에서는 보육시설을 경영하는 자가 취득하는 경우에 취득세 등을 비과세 하도록 규정하고 있어 보육시설을 운영하고자 하는 자가 부동산을 취득하는 경우에는 세제 혜택을 볼 수 없고 기존의 보육시설을 운영하는 자에게만 혜택을 주게 되는 결과가 초래되므로 이는 당초의 입법 취지에도 맞지 아니한다는 사유로 감사원심사결정(감심 2005-38, 2005.4.14.)및 행정자치부 심사결정(행심 2004-331 2004.10.27.)에서 보육시설을 운영하고자 하는 자가 취득한 경우에도 비과세 하는 것으로 결정한 바 있고 더구나 2005.1.5. 개정 시행되고 있는 지방세법(법률 제7332호)제272조제5항에서 영유아보육시설을 설치·운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있으므로 청구인의 경우와 같이 2001.10.29. 이 사건 부동산을 취득한 후 보육시설을 설치하여 2002.1.28. 울산광역시 북구청장에게 보육시설 신고를 필하고 보육시설을 운영하고 있었던 사실이 처분청의 보육시설 설치신고 교부대장 등에서 입증되고 있는 것으로 미루어보면 청구인은 영유아보육법에 의한 영유아보육시설을 운영하기 위하여 이 사건 부동산을 취득한 것으로 판단되므로 처분청에서 이 사건 부동산에 대한 취득세 등을 부과 고지한 것은 입법취지를 오해한 잘못이 있다고 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 1. 23.

행 정 자 치 부 장 관