조심 2020서8652 (2021.05.13)

양도

기각

도시정비법에 따른 사업시행자에게 토지등을 양도한 경우 공익사업용 양도소득세 감면 특례를 적용하는 입법취지가 도시정비법에 따른 사업시행자에게 양도하는 경우 양도인의 양도가액에 관한 의사결정권한이 상당히 제한될 수밖에 없음을 감안할 때 청구인의 경우에는 사업시행자에게 수용되기 이전에 쟁점부동산 양수자와의 협상을 통하여 그 양도가액을 결정한 것으로 보여 지고 그 양도가액도 수용의 경우와 같이 낮다고 하기는 어려우므로 감면 특례를 규정한 입법취지에 해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 사업시행자 지정·고시 이전의 사업시행자에게 쟁점부동산을 양도한 이 건에 대하여 처분청이 공익사업용 양도소득세 감면규정에 따른 감면을 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

조세특례제한법 제77조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 대 159.4㎡ 및 그 지상의 집합건물 1,188.62㎡(이하 토지와 건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 2015.7.21. 매매로 취득하여, 2019.12.13. OOO에 OOO에 양도하고, 2020.2.26. 쟁점부동산의 양도소득세 신고를 신고하였으며, 양도소득세 OOO을 납부하였다.

나. 청구인은 2020.7.17. 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다)에 따른 사업시행자인 OOO에 쟁점부동산을 양도하였으므로「조세특례제한법」제77조에 따라 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면(이하 “공익사업용 양도소득세 감면”이라 한다) 10%를 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO을 환급하는 달라는 청구를 하였다.

다. 처분청은 2020.9.21. 쟁점부동산의 양도 시점에 OOO는 도시정비법에 따른 사업시행자에 해당하지 않으므로 청구인의 청구를 거부한다는 통지를 하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2020.10.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

정비계획의 변경 당시 토지 소유자로부터 사업시행자 지정에 대한 동의를 받았고, 이에 따라 내용상 사업시행자가 지정되는 것이며, 이후 사업시행계획 인가시에는 절차상 사업시행자가 지정‧고시될 뿐이므로 청구인이 정비계획 변경시 지정에 동의한 사업시행자에게 쟁점부동산을 양도한 것은 사업시행자에게 양도한 것에 해당하므로 공익사업용 양도소득세 감면을 적용함이 타당하다.

(1) 쟁점부동산은 ‘OOO구역 제15‧16지구 도시정비형 재개발구역’에 있고, OOO구청장의 ‘OOO구역 제15‧16지구 도시정비형 재개발정비구역 변경 지정(안) 공람’ 공고(2018.10.26., OOO 공고 제2018-953호), OOO시장의 ‘OOO구역 제15‧16지구 도시정비형 재개발정비구역 변경 지정 및 지형도면 고시’(2019.9.26., OOO고시 제2019-327호) 관련 내용과 청구인의 쟁점부동산 양도계약 경위는 다음과 같다.

(가) 도시정비법 제14조 제1항 제5호에 따라 OOO는 당초 정비계획을 변경하기 위해 2018년도에 정비계획을 입안하여, 종로구청에 공람 공고 후, 주민설명회 및 30일 이상 주민들에게 공람에 대한 의견을 들었고, 그 의견을 정비계획에 반영하였으며, 사업시행자로서 토지등소유자들의 3분의 2 이상의 동의를 받았고, 청구인도 소유자로서 OOO와 쟁점부동산 매매계약을 체결하고 동의서에 서명‧날인하였다.

(나) 쟁점부동산이 속한 공평구역 제15‧16지구 도시정비형 재개발구역 변경지정과 사업시행계획 인가를 위해 청구인은 2019.6.3. ‘사업시행인가 동의서’를 작성해주는 조건으로 OOO와 쟁점부동산 매매계약을 체결하였다.

쟁점부동산 매매계약서는 ‘본 계약의 목적이 공평구역 제15‧16지구의 도시환경정비 사업을 수행한다는데 있으므로…’라고 명백하게 규정하였고, 계약서 부표에도 도시정비사업에 관한 ‘사업시행계획 인가 동의서’를 작성하는 것을 조건으로 하고 있다.

(다) 사업시행자가 되려는 자는 정비구역 변경 고시일인 2019.9.26.을 기준으로 토지등소유자 70명의 3분의 2(53명)이상의 동의를 받아야 하고, ‘OOO지역 제15‧16지구 도시환경정비계획 변경(안)’을 만들어 종로구 등의 의견청취와 서울특별시 등의 심의를 거쳐 2019.9.4. OOO 도시계획위원회의 승인을 받아 정비계획 변경(안)이 통과되었다.

(라) 도시정비법 제25조 및 제26조 제1항 제8호에 따라 정비계획 입안 제안(이 건의 경우에는 정비계획 변경을 말함)을 위해서는 해당 정비구역의 토지면적 2분의 1 이상의 토지소유자와 토지등소유자의 3분의 2 이상에 해당하는 자가 정비계획의 입안을 제안한 경우에는 입안제안에 동의한 토지등소유자는 사업시행자 지정에 동의한 것으로 본다고 규정하고 있어 이 건의 경우 정비사업 변경일(변경 인가일인 2019.9.4.) 당시 동의서 제출자가 3분의 2 이상(도시정비사업계획 인가시 4분의 3이상)으로 내용상 사업시행자 지정이 확정되었고, 이후 절차상으로만 사업시행계획 인가와 동시에 사업시행자 지정‧공고가 이루어졌다.

즉, 도시정비법 등 관련 법령에는 정비계획을 변경하려는 경우 토지등소유자의 동의를 받아야 하고, 동의서 서식(국토교통부와 서울특별시에서 지정한 법정 서식임)에 OOO가 사업시행자로 특정되어 있고, 이 동의서가 종로구청을 경유하여, 서울특별시에 제출되어 2018.10.26. ‘공평구역 제15‧16지구 도시정비형 재개발정비구역 변경 지정(안) 공람’시 토지등소유자 70명 중 3분의 2 이상의 동의를 받은 자가 동의한 내용대로 사업시행자로 지정된 것이다.

(2) 쟁점부동산 양수자이자 사업시행자인 OOO는 다음과 같은 회사이다.

(가) 도시환경정비사업을 위한 프로젝트 수행에 따른 건설 및 사업시행, 자금의 차입, 부동산의 취득, 관리, 개량 및 처분과 개발, 분양을 영위하는 회사로 일부 경비(건축사 비용 등)를 자체 조달하고, OOO 이상의 자금(대부분은 OOO자금)을 조달하여 직접 부동산을 매수하여 정비사업을 추진하는 회사이다.

(나) OOO는 정비사업 전문관리사업자라면 수행하지 않을 건축물의 철거, 정비사업의 설계 등 모든 사업을 주도적으로 수행하였다.

(3) 쟁점부동산에 대하여 공익사업용 양도소득세 감면을 적용하지 않을 경우 다음과 같은 불합리한 결과가 발생한다.

(가)「조세특례제한법」제77조 제1항 제1호는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상을, 제2호는 도시 및 주거환경 정비사업의 토지등소유자가 사업시행자에게 양도하는 토지의 협의매수, 수용에 대하여 조세감면을 하도록 규정하고 있다.

(나) 공익사업과 도시 및 주거환경 정비사업은 협의매수절차 시작 후 별도의 수용절차가 진행되는바, 공익사업의 경우에는 사업인정고시일 이후 도시 및 주거환경 정비사업의 경우 정비사업계획인가고시일 이후 각각 진행되는데, 이 경우 도시 및 주거환경 정비사업의 특성상 토지등소유자 95%이상이 조기에 협조함으로써 토지 양도 후 사업시행계획 인가와 동시에 사업시행자 지정고시가 이루어지므로 감면을 받지 못하는 경우가 발생할 수 있다.

(4) 도시정비법 제14조 제1항 제2호 및 제6호, 제26조 제1항 제5호 및 제8호, 제59조 제1항을 규정에 따르면 이 건의 경우 순환정비방식으로 정비사업을 변경하였고, 사업시행계획인가시 사업시행자가 지정‧고시되나 그 이전인 정비계획 변경 당시 동의서를 제출하였으며, 이는 사업시행계획인가 시에는 사업시행자로 인정되는 동의서로 본다는 것을 관련 규정에서는 명백히 인정하고 있다.

더욱이 2017년 도시정비법 전부 개정을 통하여 제25조 제1항 제2호에 토지등소유자가 20인 미만인 경우에는 토지등소유자가 시행하는 것으로 하였고, 토지등소유자의 3분의 2 이상 동의로 정비계획 변경을 요청하는 경우에는 입안제안을 허용하도록 하는 규정을 신설하여 마련하였는바, 2017년 이후「조세특례제한법」에서는 사업시행자가 되기 이전 사업자 상태에서의 조세감면 특례를 적용하는 별도의 규정을 마련할 필요가 없고, 정비계획 변경 당시 제출한 동의서가 사업시행인가시 동의서 제출로 간주되므로 청구인과 같이 정비계획 변경 동의자도 사업시행자에게 양도한 것으로 보아 공익사업용 양도소득세 감면을 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

OOO의 회신문서, OOO구청장의 회신공문을 통하여 청구인이 쟁점부동산을 양도할 당시 OOO가 사업시행자의 지위에 있지 않았음이 확인되어 청구인은 사업시행자에게 양도한 것이 아니므로 공익사업용 양도소득세 감면을 적용받을 수 없다.

(1) 쟁점부동산이 공익사업용 양도소득세 감면을 적용받기 위해서는 다음의 4가지 요건을 갖추어야 하나, 청구인의 경우 양수인인 OOO가 양도일(2019.12.13.)이후인 2020.5.22. 사업시행인가가 고시되어 사업시행자로 지정된 것인바, 쟁점부동산 양도 당시에는 사업시행자에 해당하지 않아 감면을 적용받을 수 없다.

(가) 쟁점부동산에 양도소득세 감면을 적용하기 위해서는 다음의 4가지 요건을 갖추어야 한다.

1) 도시정비법에 따른 정비구역의 토지등을 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득이어야 한다.

2) 쟁점부동산이 속한 사업지역에 대한 사업인정 고시일로부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2021.12.31. 이전에 양도하여 발생하는 소득이어야 한다.

3) 2년 이상 보유한 정비구역의 토지등을 사업시행자로 지정되기 전의 사업자에게 2015.12.31. 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일로부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 양도소득세 감면을 받을 수 있다.

4) 양도소득세액을 감면받기 위해서는 해당 사업시행자가 감면신청을 해야 한다.

(나) 쟁점부동산은 사업인정 고시일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 것으로 이를 양도하였으나, 도시재개발사업내용 및 OOO의 회신문서 내용과 같이 사업시행자인 OOO는 양도일(2019.12.13.) 이후인 2020.5.22. 사업시행인가가 고시되었고, 이날 사업시행자로 지정된 것으로 보이는바, 양도 당시인 2019.12.13.에는 OOO가 사업시행자로 지정되어 있지 않아 쟁점부동산은 감면요건을 충족하지 아니한다.

(2) 청구주장은 다음과 같은 점에서 타당하지 않다.

(가) 청구인은 도시정비법 제25조 및 제26조 제1항 8호의 규정에 의거 정비계획입안제안을 위해, 해당 정비구역의 토지면적의 2분의 1 이상 토지등소유자와 토지등소유자가 정비계획의 입안을 제안한 경우 입안제안에 동의한 토지등소유자는 토지주택공사 등의 사업시행자 지정에 동의한 것으로 본다고 규정하고 있고, 이 건의 경우 정비사업 변경(2019.9.4. 정비사업 변경인가일) 당시 동의서 제출자 3분의 2이상으로 내용상 사업사행자 지정‧확정되므로 사업사행자 지정일 이후에 양도하는 감면대상 요건을 충족한다고 주장한다.

(나) 그러나 OOO구청장의 회신공문과 OOO구청 직원과의 유선상 확인(방ㅇㅇ 주무관, 02-2148-2###), 쟁점부동산 양수인인 OOO의 회신문서 등에 따르면 쟁점부동산 양도일인 2019.12.13. 당시 OOO는 사업시행자의 지위에 있지 않고, 2020.5.22. 사업시행인가가 고시되는 때에 이르러 사업시행자의 지위에 있게 되는 것이므로 감면요건을 충족하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

사업시행자 지정 고시 이전의 사업시행자에게 양도한 쟁점부동산에 대하여 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면을 적용하여 달라는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2021년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

② 거주자가 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 “사업시행자”라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 “지정 전 사업자”라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지등(제1항 제1호의 공익사업에 필요한 토지등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2015년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다.

⑥ 제1항 제1호 또는 제2호에 따라 세액을 감면받으려면 해당 사업시행자가 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

⑦ 제1항 제3호에 따른 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제72조(공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면)

④ 법 제77조 제2항에 따라 공익사업용 토지 등을 양도한 자가 양도소득세를 감면받으려는 경우에는 법 제77조 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 “사업시행자”라 한다)가 해당 사업시행자로 지정받은 날부터 2개월 이내에 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서에 해당 사업시행자임을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 양도자의 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제77조 제3항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 기한”이란 사업시행계획인가에 있어서는 「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행자의 지정을 받은 날부터 1년이 되는 날, 사업완료에 있어서는 「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행계획인가를 받은 사업시행계획서상의 공사완료일을 말한다.

⑦ 법 제77조 제6항에 따른 감면신청을 하고자 하는 사업시행자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 당해 사업시행자임을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 보유사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 양도자의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑧ 법 제77조 제7항에 따른 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(거주자와 「법인세법」 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 예정신고를 포함한다)와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 수용된 사실을 확인할 수 있는 서류(특약체결자의 경우에는 특약체결 사실 및 보상채권 보유사실을 확인할 수 있는 서류를 포함한다)를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(3) 도시정비법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “정비구역”이란 정비사업을 계획적으로 시행하기 위하여 제16조에 따라 지정ㆍ고시된 구역을 말한다.

2. “정비사업”이란 이 법에서 정한 절차에 따라 도시기능을 회복하기 위하여 정비구역에서 정비기반시설을 정비하거나 주택 등 건축물을 개량 또는 건설하는 다음 각 목의 사업을 말한다.

8. “사업시행자”란 정비사업을 시행하는 자를 말한다.

9. “토지등소유자”란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. 다만, 제27조 제1항에 따라 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조 제7항에 따른 신탁업자(이하 “신탁업자”라 한다)가 사업시행자로 지정된 경우 토지등소유자가 정비사업을 목적으로 신탁업자에게 신탁한 토지 또는 건축물에 대하여는 위탁자를 토지등소유자로 본다.

가. 주거환경개선사업 및 재개발사업의 경우에는 정비구역에 위치한 토지 또는 건축물의 소유자 또는 그 지상권자

나. 재건축사업의 경우에는 정비구역에 위치한 건축물 및 그 부속토지의 소유자

10. “토지주택공사등”이란 「한국토지주택공사법」에 따라 설립된 한국토지주택공사 또는 「지방공기업법」에 따라 주택사업을 수행하기 위하여 설립된 지방공사를 말한다.

제8조(정비구역의 지정) ① 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수(광역시의 군수는 제외하며, 이하 “정비구역의 지정권자”라 한다)는 기본계획에 적합한 범위에서 노후ㆍ불량건축물이 밀집하는 등 대통령령으로 정하는 요건에 해당하는 구역에 대하여 제16조에 따라 정비계획을 결정하여 정비구역을 지정(변경지정을 포함한다)할 수 있다.

⑤ 자치구의 구청장 또는 광역시의 군수(이하 제9조, 제11조 및 제20조에서 “구청장등”이라 한다)는 제9조에 따른 정비계획을 입안하여 특별시장ㆍ광역시장에게 정비구역 지정을 신청하여야 한다. 이 경우 제15조 제2항에 따른 지방의회의 의견을 첨부하여야 한다.

제14조(정비계획의 입안 제안) ① 토지등소유자(제5호의 경우에는 제26조 제1항 제1호 및 제27조 제1항 제1호에 따라 사업시행자가 되려는 자를 말한다)는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 정비계획의 입안권자에게 정비계획의 입안을 제안할 수 있다.

1. 제5조 제1항 제10호에 따른 단계별 정비사업 추진계획상 정비예정구역별 정비계획의 입안시기가 지났음에도 불구하고 정비계획이 입안되지 아니하거나 같은 호에 따른 정비예정구역별 정비계획의 수립시기를 정하고 있지 아니한 경우

2. 토지등소유자가 제26조 제1항 제7호 및 제8호에 따라 토지주택공사등을 사업시행자로 지정 요청하려는 경우

3. 대도시가 아닌 시 또는 군으로서 시ㆍ도조례로 정하는 경우

4. 정비사업을 통하여 공공지원민간임대주택을 공급하거나 임대할 목적으로 주택을 주택임대관리업자에게 위탁하려는 경우로서 제9조 제1항 제10호 각 목을 포함하는 정비계획의 입안을 요청하려는 경우

5. 제26조 제1항 제1호 및 제27조 제1항 제1호에 따라 정비사업을 시행하려는 경우

6. 토지등소유자(조합이 설립된 경우에는 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)가 3분의 2 이상의 동의로 정비계획의 변경을 요청하는 경우. 다만, 제15조 제3항에 따른 경미한 사항을 변경하는 경우에는 토지등소유자의 동의절차를 거치지 아니한다

제16조(정비계획의 결정 및 정비구역의 지정ㆍ고시) ① 정비구역의 지정권자는 정비구역을 지정하거나 변경지정하려면 지방도시계획위원회의 심의를 거쳐야 한다. 다만, 제15조 제3항에 따른 경미한 사항을 변경하는 경우에는 지방도시계획위원회의 심의를 거치지 아니할 수 있다.

② 정비구역의 지정권자는 정비구역을 지정(변경지정을 포함한다. 이하 같다)하거나 정비계획을 결정(변경결정을 포함한다. 이하 같다)한 때에는 정비계획을 포함한 정비구역 지정의 내용을 해당 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다. 이 경우 지형도면 고시 등에 대하여는 「토지이용규제 기본법」 제8조에 따른다.

제17조(정비구역 지정ㆍ고시의 효력 등) ① 제16조 제2항 전단에 따라 정비구역의 지정ㆍ고시가 있는 경우 해당 정비구역 및 정비계획 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제52조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사항은 같은 법 제50조에 따라 지구단위계획구역 및 지구단위계획으로 결정ㆍ고시된 것으로 본다.

제25조(재개발사업ㆍ재건축사업의 시행자) ① 재개발사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 시행할 수 있다.

1. 조합이 시행하거나 조합이 조합원의 과반수의 동의를 받아 시장ㆍ군수등, 토지주택공사등, 건설업자, 등록사업자 또는 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 자와 공동으로 시행하는 방법

2. 토지등소유자가 20인 미만인 경우에는 토지등소유자가 시행하거나 토지등소유자가 토지등소유자의 과반수의 동의를 받아 시장ㆍ군수등, 토지주택공사등, 건설업자, 등록사업자 또는 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 자와 공동으로 시행하는 방법

② 재건축사업은 조합이 시행하거나 조합이 조합원의 과반수의 동의를 받아 시장ㆍ군수등, 토지주택공사등, 건설업자 또는 등록사업자와 공동으로 시행할 수 있다.

제26조(재개발사업ㆍ재건축사업의 공공시행자) ① 시장ㆍ군수등은 재개발사업 및 재건축사업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 제25조에도 불구하고 직접 정비사업을 시행하거나 토지주택공사등(토지주택공사등이 건설업자 또는 등록사업자와 공동으로 시행하는 경우를 포함한다)을 사업시행자로 지정하여 정비사업을 시행하게 할 수 있다.

1. 천재지변, 「재난 및 안전관리 기본법」 제27조 또는 「시설물의 안전 및 유지관리에 관한 특별법」 제23조에 따른 사용제한ㆍ사용금지, 그 밖의 불가피한 사유로 긴급하게 정비사업을 시행할 필요가 있다고 인정하는 때

2. 제16조 제2항 전단에 따라 고시된 정비계획에서 정한 정비사업시행 예정일부터 2년 이내에 사업시행계획인가를 신청하지 아니하거나 사업시행계획인가를 신청한 내용이 위법 또는 부당하다고 인정하는 때(재건축사업의 경우는 제외한다)

3. 추진위원회가 시장ㆍ군수등의 구성승인을 받은 날부터 3년 이내에 조합설립인가를 신청하지 아니하거나 조합이 조합설립인가를 받은 날부터 3년 이내에 사업시행계획인가를 신청하지 아니한 때

4. 지방자치단체의 장이 시행하는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제11호에 따른 도시ㆍ군계획사업과 병행하여 정비사업을 시행할 필요가 있다고 인정하는 때

5. 제59조 제1항에 따른 순환정비방식으로 정비사업을 시행할 필요가 있다고 인정하는 때

6. 제113조에 따라 사업시행계획인가가 취소된 때

7. 해당 정비구역의 국ㆍ공유지 면적 또는 국ㆍ공유지와 토지주택공사등이 소유한 토지를 합한 면적이 전체 토지면적의 2분의 1 이상으로서 토지등소유자의 과반수가 시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등을 사업시행자로 지정하는 것에 동의하는 때

8. 해당 정비구역의 토지면적 2분의 1 이상의 토지소유자와 토지등소유자의 3분의 2 이상에 해당하는 자가 시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등을 사업시행자로 지정할 것을 요청하는 때. 이 경우 제14조 제1항 제2호에 따라 토지등소유자가 정비계획의 입안을 제안한 경우 입안제안에 동의한 토지등소유자는 토지주택공사등의 사업시행자 지정에 동의한 것으로 본다. 다만, 사업시행자의 지정 요청 전에 시장ㆍ군수등 및 제47조에 따른 주민대표회의에 사업시행자의 지정에 대한 반대의 의사표시를 한 토지등소유자의 경우에는 그러하지 아니하다.

② 시장ㆍ군수등은 제1항에 따라 직접 정비사업을 시행하거나 토지주택공사등을 사업시행자로 지정하는 때에는 정비사업 시행구역 등 토지등소유자에게 알릴 필요가 있는 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 해당 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다. 다만, 제1항 제1호의 경우에는 토지등소유자에게 지체 없이 정비사업의 시행 사유ㆍ시기 및 방법 등을 통보하여야 한다.

③ 제2항에 따라 시장ㆍ군수등이 직접 정비사업을 시행하거나 토지주택공사등을 사업시행자로 지정ㆍ고시한 때에는 그 고시일 다음 날에 추진위원회의 구성승인 또는 조합설립인가가 취소된 것으로 본다. 이 경우 시장ㆍ군수등은 해당 지방자치단체의 공보에 해당 내용을 고시하여야 한다.

제27조(재개발사업ㆍ재건축사업의 지정개발자) ① 시장ㆍ군수등은 재개발사업 및 재건축사업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 토지등소유자, 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제12호에 따른 민관합동법인 또는 신탁업자로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 자(이하 “지정개발자”라 한다)를 사업시행자로 지정하여 정비사업을 시행하게 할 수 있다.

1. 천재지변, 「재난 및 안전관리 기본법」 제27조 또는 「시설물의 안전 및 유지관리에 관한 특별법」 제23조에 따른 사용제한ㆍ사용금지, 그 밖의 불가피한 사유로 긴급하게 정비사업을 시행할 필요가 있다고 인정하는 때

2. 제16조 제2항 전단에 따라 고시된 정비계획에서 정한 정비사업시행 예정일부터 2년 이내에 사업시행계획인가를 신청하지 아니하거나 사업시행계획인가를 신청한 내용이 위법 또는 부당하다고 인정하는 때(재건축사업의 경우는 제외한다)

3. 제35조에 따른 재개발사업 및 재건축사업의 조합설립을 위한 동의요건 이상에 해당하는 자가 신탁업자를 사업시행자로 지정하는 것에 동의하는 때

② 시장ㆍ군수등은 제1항에 따라 지정개발자를 사업시행자로 지정하는 때에는 정비사업 시행구역 등 토지등소유자에게 알릴 필요가 있는 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 해당 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다. 다만, 제1항 제1호의 경우에는 토지등소유자에게 지체 없이 정비사업의 시행 사유ㆍ시기 및 방법 등을 통보하여야 한다.

제35조(조합설립인가 등) ① 시장ㆍ군수등, 토지주택공사등 또는 지정개발자가 아닌 자가 정비사업을 시행하려는 경우에는 토지등소유자로 구성된 조합을 설립하여야 한다. 다만, 제25조 제1항 제2호에 따라 토지등소유자가 재개발사업을 시행하려는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 재개발사업의 추진위원회(제31조 제4항에 따라 추진위원회를 구성하지 아니하는 경우에는 토지등소유자를 말한다)가 조합을 설립하려면 토지등소유자의 4분의 3 이상 및 토지면적의 2분의 1 이상의 토지소유자의 동의를 받아 다음 각 호의 사항을 첨부하여 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 한다

제50조(사업시행계획인가) ① 사업시행자(제25조 제1항 및 제2항에 따른 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장ㆍ군수등인 경우는 제외한다)는 정비사업을 시행하려는 경우에는 제52조에 따른 사업시행계획서(이하 “사업시행계획서”라 한다)에 정관등과 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수등에게 제출하고 사업시행계획인가를 받아야 하고, 인가받은 사항을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 때에는 시장ㆍ군수등에게 신고하여야 한다.

④ 시장ㆍ군수등은 특별한 사유가 없으면 제1항에 따라 사업시행계획서의 제출이 있은 날부터 60일 이내에 인가 여부를 결정하여 사업시행자에게 통보하여야 한다.

⑤ 사업시행자(시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등은 제외한다)는 사업시행계획인가를 신청하기 전에 미리 총회의 의결을 거쳐야 하며, 인가받은 사항을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 제1항 단서에 따른 경미한 사항의 변경은 총회의 의결을 필요로 하지 아니한다.

⑦ 지정개발자가 정비사업을 시행하려는 경우에는 사업시행계획인가를 신청하기 전에 토지등소유자의 과반수의 동의 및 토지면적의 2분의 1 이상의 토지소유자의 동의를 받아야 한다. 다만, 제1항 단서에 따른 경미한 사항의 변경인 경우에는 토지등소유자의 동의를 필요로 하지 아니한다.

⑧ 제26조 제1항 제1호 및 제27조 제1항 제1호에 따른 사업시행자는 제7항에도 불구하고 토지등소유자의 동의를 필요로 하지 아니한다.

⑨ 시장ㆍ군수등은 제1항에 따른 사업시행계획인가(시장ㆍ군수등이 사업시행계획서를 작성한 경우를 포함한다)를 하거나 정비사업을 변경ㆍ중지 또는 폐지하는 경우에는 국토교통부령으로 정하는 방법 및 절차에 따라 그 내용을 해당 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다. 다만, 제1항 단서에 따른 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 그러하지 아니하다.

제59조(순환정비방식의 정비사업 등) ① 사업시행자는 정비구역의 안과 밖에 새로 건설한 주택 또는 이미 건설되어 있는 주택의 경우 그 정비사업의 시행으로 철거되는 주택의 소유자 또는 세입자(정비구역에서 실제 거주하는 자로 한정한다. 이하 이 항 및 제61조 제1항에서 같다)를 임시로 거주하게 하는 등 그 정비구역을 순차적으로 정비하여 주택의 소유자 또는 세입자의 이주대책을 수립하여야 한다.

② 사업시행자는 제1항에 따른 방식으로 정비사업을 시행하는 경우에는 임시로 거주하는 주택(이하 “순환용주택”이라 한다)을 「주택법」 제54조에도 불구하고 제61조에 따른 임시거주시설로 사용하거나 임대할 수 있으며, 대통령령으로 정하는 방법과 절차에 따라 토지주택공사등이 보유한 공공임대주택을 순환용주택으로 우선 공급할 것을 요청할 수 있다.

③ 사업시행자는 순환용주택에 거주하는 자가 정비사업이 완료된 후에도 순환용주택에 계속 거주하기를 희망하는 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 분양하거나 계속 임대할 수 있다. 이 경우 사업시행자가 소유하는 순환용주택은 제74조에 따라 인가받은 관리처분계획에 따라 토지등소유자에게 처분된 것으로 본다.

제63조(토지 등의 수용 또는 사용) 사업시행자는 정비구역에서 정비사업(재건축사업의 경우에는 제26조 제1항 제1호 및 제27조 제1항 제1호에 해당하는 사업으로 한정한다)을 시행하기 위하여 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제3조에 따른 토지ㆍ물건 또는 그 밖의 권리를 취득하거나 사용할 수 있다.

제65조(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」의 준용) ① 정비구역에서 정비사업의 시행을 위한 토지 또는 건축물의 소유권과 그 밖의 권리에 대한 수용 또는 사용은 이 법에 규정된 사항을 제외하고는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용한다. 다만, 정비사업의 시행에 따른 손실보상의 기준 및 절차는 대통령령으로 정할 수 있다.

② 제1항에 따라 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 준용하는 경우 사업시행계획인가 고시(시장ㆍ군수등이 직접 정비사업을 시행하는 경우에는 제50조 제9항에 따른 사업시행계획서의 고시를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 있은 때에는 같은 법 제20조 제1항 및 제22조 제1항에 따른 사업인정 및 그 고시가 있은 것으로 본다.

제57조(인ㆍ허가등의 의제 등) ① 사업시행자가 사업시행계획인가를 받은 때(시장ㆍ군수등이 직접 정비사업을 시행하는 경우에는 사업시행계획서를 작성한 때를 말한다. 이하 이 조에서 같다)에는 다음 각 호의 인가ㆍ허가ㆍ승인ㆍ신고ㆍ등록ㆍ협의ㆍ동의ㆍ심사ㆍ지정 또는 해제(이하 “인ㆍ허가등”이라 한다)가 있은 것으로 보며, 제50조 제9항에 따른 사업시행계획인가의 고시가 있은 때에는 다음 각 호의 관계 법률에 따른 인ㆍ허가등의 고시ㆍ공고 등이 있은 것으로 본다.

(4) 도시정비법 시행령

제20조(사업시행자 지정의 고시 등) ① 법 제26조 제2항 본문 및 제27조 제2항 본문에서 “대통령령으로 정하는 사항”이란 각각 다음 각 호의 사항을 말한다.

1. 정비사업의 종류 및 명칭

2. 사업시행자의 성명 및 주소(법인인 경우에는 법인의 명칭 및 주된 사무소의 소재지와 대표자의 성명 및 주소를 말한다. 이하 같다)

3. 정비구역(법 제18조에 따라 정비구역을 둘 이상의 구역으로 분할하는 경우에는 분할된 각각의 구역을 말한다. 이하 같다)의 위치 및 면적

4. 정비사업의 착수예정일 및 준공예정일

② 시장ㆍ군수등은 토지등소유자에게 법 제26조 제2항 본문 및 제27조 제2항 본문에 따라 고시한 제1항 각 호의 내용을 통지하여야 한다.

제21조(지정개발자의 요건) 법 제27조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

1. 정비구역의 토지 중 정비구역 전체 면적 대비 50퍼센트 이상의 토지를 소유한 자로서 토지등소유자의 50퍼센트 이상의 추천을 받은 자

2. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제12호에 따른 민관합동법인(민간투자사업의 부대사업으로 시행하는 경우에만 해당한다)으로서 토지등소유자의 50퍼센트 이상의 추천을 받은 자

3. 신탁업자로서 정비구역의 토지 중 정비구역 전체 면적 대비 3분의 1 이상의 토지를 신탁받은 자

(5) 도시정비법 시행규칙

제10조(사업시행계획인가의 신청 및 고시) ① 법 제50조 제1항 본문에 따라 사업시행자(법 제25조 제1항 및 제2항에 따른 공동시행의 경우를 포함하되, 사업시행자가 시장ㆍ군수등인 경우를 제외하며, 사업시행자가 둘 이상인 경우에는 그 대표자를 말한다. 이하 같다)가 사업시행계획인가(변경ㆍ중지 또는 폐지인가를 포함한다)를 신청하려는 경우 신청서(전자문서로 된 신청서를 포함한다)는 별지 제8호서식에 따른다.

③ 시장ㆍ군수등은 법 제50조 제7항에 따라 같은 조 제1항에 따른 사업시행계획인가(시장ㆍ군수등이 사업시행계획서를 작성한 경우를 포함한다)를 하거나 그 정비사업을 변경ㆍ중지 또는 폐지하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 사항을 해당 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다.

1. 사업시행계획인가: 다음 각 목의 사항

가. 정비사업의 종류 및 명칭

나. 정비구역의 위치 및 면적

다. 사업시행자의 성명 및 주소(법인인 경우에는 법인의 명칭 및 주된 사무소의 소재지와 대표자의 성명 및 주소를 말한다. 이하 같다)

라. 정비사업의 시행기간

마. 사업시행계획인가일

바. 수용 또는 사용할 토지 또는 건축물의 명세 및 소유권 외의 권리의 명세(해당하는 사업을 시행하는 경우로 한정한다)

사. 건축물의 대지면적ㆍ건폐율ㆍ용적률ㆍ높이ㆍ용도 등 건축계획에 관한 사항

아. 주택의 규모 등 주택건설계획

자. 법 제97조에 따른 정비기반시설 및 토지 등의 귀속에 관한 사항

2. 변경ㆍ중지 또는 폐지인가: 다음 각 목의 사항

가. 제1호 가목부터 마목까지의 사항

나. 변경ㆍ중지 또는 폐지의 사유 및 내용

④ 시장ㆍ군수등은 제3항에 따라 고시한 내용을 해당 지방자치단체의 인터넷 홈페이지에 실어야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 2020.9.21. 청구인의 경정청구를 거부한 사유는 다음과 같다.

OOO

(2) 청구인이 쟁점부동산에 대한 공익사업용 양도소득세 감면을 주장하며 제시한 자료는 다음과 같다.

(가) 청구인이 쟁점부동산을 OOO에 OOO에 양도하는 매매계약서를 작성하였고, 이 중 도시환경정비 사업과 관련된 내용은 다음과 같다.

OOO

(나) 청구인이 작성하여 OOO에게 제출한 사업시행계획인가 동의서가 있다.

(다) 서울특별시 종로구청장이 2018.10.26. 공고(OOO 제2018-953호)한 ‘공평구역 제15‧16지구 도시정비형 재개발정비구역 변경 지정(안)공람 공고’가 있다.

(라) 서울특별시장이 2019.9.26. 고시(OOO고시 제2019-327호)한 ‘OOO구역 제15‧16지구 도시정비형 재개발구역 변경지정 및 지형도면 고시’가 있다.

(마) OOO구청장이 2020.5.22. 고시(OOO고시 제2020-55호)한 ‘OOO구역 제15‧16지구 사업시행계획인가’가 있고, 여기에는 정비사업의 명칭, 정비구역의 위치 및 면적, 사업시행자의 성명 및 주소, 정비사업의 시행기간, 사업시행인가일 등이 고시되어 있다.

(3) 처분청이 경정청구 거부처분의 근거로 제시한 자료는 다음과 같다.

(가) OOO가 처분청에 제출한 ‘양도소득세 감면신청서 미체출 사유 재확인에 대한 답변서(PFV200911-1)’의 내용은 다음과 같다.

OOO

(나) 처분청이 이 건 처분을 위해 OOO구청장에게 사업시행자 지정일 및 사업인정고시일 확인을 요청한바, OOO구청장은 OOO구역 제15‧16구역 도시정비형 재개발사업과 관련하여 사업시행자 지정일 및 사업인정고시일은 붙임 문서인 OOO구보의 사업시행인가 고시(OOO구고시 제2020-55호, 2020.5.22.)를 참고하라고 회신하였다(OOO구청 도시개발과-14161, 2020.8.26.).

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 정비계획 변경시 지정에 동의한 사업시행자에게 쟁점부동산을 양도한 것은 사업시행자에게 양도한 것에 해당하므로 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면을 적용하여야 한다고 주장하나,

토지등 소유자가 시행하는 도시환경정비사업의 경우 사전에 사업시행자로 지정받는 등의 특별한 사정이 없는 한 토지등소유자가 그 사업시행인가를 받은 자에게 부동산을 양도한 경우에만 공익사업용 양도소득세 감면이 적용될 수 있고, 그 양도 당시 토지등소유자가 사업시행인가를 받지 아니한 경우라면 사후에 사업시행인가를 받았다고 하더라도 공익사업용 양도소득세 감면을 적용받을 수 없다고 보아 왔던 점(대법원 2011.5.26. 선고 2009두14088 판결 참조), 청구인은 도시정비법 제14조 제1항 제6호에서 토지등소유자가 3분의 2 이상의 동의로 정비계획 변경을 요청하였고 이에 따라 정비계획이 변경되었으며 이러한 동의의 연장선 상에서 사업시행자 지정에도 동의하였으므로 사업시행자에게 양도한 것이라 주장하나, 도시정비법에 따른 사업시행자는 시장‧군수 등이 사업시행자로 지정 또는 사업시행계획 인가시 사업시행자로 지정‧고시하여야만 정비사업을 시행하도록 규정하고 있으므로 지정‧고시이전에 청구인이 동의하는 사업시행자라 하더라도 도시환경정비법상의 사업시행자로 보기는 어려운 점, 이 건의 사업시행자인 OOO가 처분청에 회신한 문서에서 사업인정인가일은 2020.5.18., 그 기준일은 2020.5.22.이고 그 이후부터 사업인정을 받은 사업시행자의 지위를 갖게 된다고 밝히고 있는 점, 도시정비법에 따른 사업시행자에게 토지등을 양도한 경우 공익사업용 양도소득세 감면 특례를 적용하는 입법취지가 도시정비법에 따른 사업시행자에게 양도하는 경우 양도인의 양도가액에 관한 의사결정권한이 상당히 제한될 수 밖에 없음을 감안할 때 청구인의 경우에는 사업시행자에게 수용되기 이전에 쟁점부동산 양수자인 OOO와의 협상을 통하여 그 양도가액을 결정한 것으로 보여지고 그 양도가액도 수용의 경우와 같이 낮다고 하기는 어려우므로 감면 특례를 규정한 입법취지에해당한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 사업시행자 지정‧고시 이전의 사업시행자에게 쟁점부동산을 양도한 이 건에 대하여 처분청이 공익사업용 양도소득세 감면규정에 따른 감면을 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.