원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유에 대하여 판단한다.

1. 구 종합부동산세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항은 주택, 종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지(이하 ‘주택 등’이라 한다)의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 주택분 종합부동산세액, 토지분 종합합산세액 및 토지분 별도합산세액(이하 ’주택 등 종합부동산세액‘이라 한다)에서 각각 이를 공제하도록 규정하고 있다.

그리고 구 종합부동산세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령 제22813호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은 ‘주택 등 종합부동산세액에서 공제되는 주택 등의 재산세로 부과된 세액’을 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(이하 ‘시행령 산식’이라 한다)에 따라 각각 계산한 금액으로 하도록 정하고 있다.

2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 원고는 2009. 12. 15. 피고에게 서울 용산구 이태원동 135-20 외 68필지 토지 4,781㎡, 건물 9,054㎡ 및 서울 중구 신당동 309-185 외 457필지 2,031,808㎡에 대한 2009년도 종합부동산세 7,589,881,360원 및 농어촌특별세 1,517,976,260원을 자진 신고납부한 사실, 원고는 위와 같이 종합부동산세를 자진 신고납부할 때 종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것) 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표 (2) 중 작성요령에서 정한 산식(이하 ‘시행규칙 산식’이라 한다)에 따라 '과세기준금액 초과분 공시지가 × 종합부동산세...