당초 결정에 대하여 이의신청 결정에 의거 경정결정되는 경우 납부불성실가산세 및 국세환급금 기산일(경정)

OOO세무서장이 2007.10.1. 청구법인에게 한 2002사업연도 법인세 52,122,684,090원, 2005사업연도 법인세 14,986,125,640원의 부과처분은 납부불성실가산세 부과를 위한 미납기간을 신고기한의 다음날부터 당초 고지일(2007.1.15)까지만 적용하여 그 세액을 경정하고, 환급세액이 발생한 2001사업연도 및 2003～2004사업연도의 국세환급가산금은 청구법인으로부터 환수하는 것으로 하여 그 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

청구법인은 토지분양과 관련하여 사업지구의 공사착공일부터 준공일까지의 작업진행률에 의한 분양수입을 수익으로 인식하여 2001～2005사업연도 법인세를 신고하였다.

처분청은 OOO지방국세청장으로부터 청구법인에 대한 법인제세통합조사결과를 통보받아 사업지구내 분양된 토지의 손익귀속시기를 개별토지에 대한 사용승낙 또는 잔금청산이 이루어진 시점으로 보아 총 701,138,446,179원을 익금산입하여 2007.1.19 청구법인에게 2001～2005사업연도 법인세 371,447,203,340원(2002사업연도는 26,494,514,690원 환급)을 경정․고지(이하 “1차경정”이라 한다)하였다.

청구법인은 위 법인세를 납부한 후 위 1차경정 처분에 불복하여 2007.4.13. OOO지방국세청장에게 이의신청을 하였고, OOO지방국세청장은 사업지구내 분양된 토지의 손익귀속시기를 사용승인일로 보아 그 과세표준과 세액을 경정하도록 2007.8.24. 이의신청결정을 하였다.

처분청은 위 이의신청결정에 따라 2002사업연도와 2005사업연도의 경우, 분양된 토지의 손익귀속시기 차이조정에 따른 소득금액증가와 관련하여 납부불성실가산세의 미납기간을 당초고지일인 2007.1.15.이 아닌 재경정고지일인 2007.10.1까지 계산한 후 각각 납부불성실가산세 6,692,694,636원 및 4,424,172,354원을 가산하여 2007.10.1. 청구법인에게 2002사업연도 법인세 52,122,684,090원, 2005사업연도 법인세 14,986,125,640원, 합계 67,108,809,730원(이하 “2차경정”이라 한다)을 재경정․고지하고,

또한, 처분청은 2007.10.9. 청구법인에게 2001사업연도 법인세 63,056,369,920원(환급가산금 826,154,550원 별도), 2003사업연도 법인세 11,996,812,740원(환급가산금 96,574,340원 별도), 2004사업연도 법인세 46,333,045,900원(환급가산금 372,981,010원 별도)을 환급하였다.

청구법인은 2007.10.1.자의 2차경정 처분에 불복하여 2007.11.22. 이의신청을 하였으나 아무런 통지가 없자 2008.1.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

납부불성실가산세가 당초 납부하였어야 할 날부터 자진납부하는 날(또는 고지일의 전일)까지의 미납기간에 대한 이자의 성격이라면, 청구법인이 1차 경정시 고지된 2001 및 2003～2005사업연도 법인세를 납부하였고, 이의신청결정에 따른 2차 경정으로 인하여 2002사업연도의 추가납부세액 13,562백만원과 2005사업연도 추가납부세액 11,850백만원이 발생되었다고 하더라도 이는 이미 1차 경정일인 2007.1.15. 납부되었으므로 2차 경정으로 인한 추가고지세액이 1차 경정시의 전체 고지세액보다 증가하지 않는다면 2차 경정으로 인한 청구법인의 2002사업연도 및 2005사업연도 법인세의 미납기간은 1차 경정일인 2007.1.15.까지로 보아 납부불성실가산세를 부과하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

법인세법 제76조 제1항에 의하면 납세자가 과세표준 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 때에는 신고불성실가산세를, 법인세를 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 납부불성실가산세를 각각 부과하도록 규정하고 있는 바, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 않는 것이고, 다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없으나 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당되지 아니하는 것OOO이므로 2002사업연도와 2005사업연도의 경우 소득금액 증가에 따른 납부불성실가산세에 대한 미납기간 계산시 1차 경정일인 2007.1.15.이 아닌 2차 경정일인 2007.10.1.까지 계산하여 각각 6,692,694,636원과 4,424,172,354원의 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하며, 청구법인이 주장하는 이자의 성격으로는 경감된 사업연도(2001, 2003, 2004사업연도)의 과다 납부세액에 대하여 환급가산금을 지급하였으므로 청구주장은 이유없다.

또한, 청구법인은 처분청이 OOO지방국세청장의 이의신청결정OOO 내용대로 청구법인에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 세법에 의거 적정하게 재경정결정(2007.9.6.)하여 새로운 처분이라고 볼 만한 하등의 이유가 없음에도 재경정결정 처분에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 제기하지 아니하고 다시 2007.11.22. 이의신청을 제기한 후 아무런 통지가 없자 2008.1.11. 심판청구를 제기한 것이므로 이는 재경정결정일(2007.9.6.)로부터 90일 내에 심판청구를 제기하지 아니하여 부적법한 심판청구에 해당된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이의신청의 일부인용결정에 따라 손익귀속시기를 재조정함으로써 일부 사업연도는 증액경정되고 일부 사업연도는 감액경정된 경우, 증액된 사업연도의 납부불성실가산세를 재경정고지일(2007.10.1.)이 아닌 당초 결정고지일(2007.1.15.)까지 부과하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제76조【가산세】① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다.

3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세(제29조 제4항ㆍ제31조 제4항 및 조세특례제한법에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다)를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액

납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

(2) 법인세법 제64조【납 부】① 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 산출세액에서 다음 각호의 법인세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제60조의 규정에 의한 신고기한내에 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다.

1. 당해 사업연도의 감면세액

2. 제63조의 규정에 의한 당해 사업연도의 중간예납세액

3. 제69조의 규정에 의한 당해 사업연도의 수시부과세액

4. 제73조의 규정에 의하여 당해 사업연도에 원천징수된 세액

(3) 국세기본법 제51조【국세환급금의 충당과 환급】① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액ㆍ초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령이 정하는 바에 의한다.

② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 다음 각호의 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비에 충당하여야 한다. 다만, 제1호( 국세징수법 제14조의 규정에 의한 납기전 징수사유에 해당하는 경우를 제외한다) 및 제3호의 국세에의 충당은 납세자가 그 충당에 동의하는 경우에 한한다.

1. 납세고지에 의하여 납부하는 국세

2. 체납된 국세ㆍ가산금과 체납처분비(다른 세무서장이 충당을 요구하는 경우는 그 세무서에 체납된 국세ㆍ가산금과 체납처분비를 포함한다)

3. 세법에 의하여 자진납부하는 국세

(4) 국세기본법 제52조【국세환급가산금】세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다. 이 경우 제1호의 규정을 적용함에 있어서 세법에 의한 중간예납액 또는 원천징수에 의한 납부액은 당해 세목의 법정신고기한 종료일에 납부한 것으로 본다.

1. 착오납부ㆍ이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회 이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다.

6. 소득세법ㆍ법인세법ㆍ부가가치세법ㆍ특별소비세법ㆍ주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액을 신고 또는 잘못 신고함에 따른 경정을 원인으로 하여 환급함에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 환급세액을 신고하지 아니함에 따른 결정으로 인하여 발생한 환급세액을 환급함에 있어서는 당해 결정일부터 30일이 경과하는 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 아래표와 같이 1차경정에 대한 이의신청결정서의 주문에 따라 토지분양에 따른 손익귀속시기를 사용승인일로 보아 1차경정분의 2001, 2003, 2004사업연도의 법인세를 일부 환급하고, 2002 및 2005사업연도 법인세를 추가로 고지하는 2차경정을 하면서 납부불성실가산세의 미납기간을 신고기한의 다음날부터 2차경정 고지일인 2007.10.1.까지로 산정하여 납부불성실가산세를 과세한 사실이 법인세결정결의서 및 국세환급금통지서 등에 의하여 확인되는 반면, 청구법인은 2002 및 2005사업연도 법인세에 대한 납부불성실가산세의 미납기간을 신고기한의 다음날부터 1차경정 고지일인 2007.1.15.까지로 산정하여 납부불성실가산세를 부과하여야 한다고 주장하고 있다.

OOO

(2) 처분청의 이 건 법인세 결정결의서상 납부불성실가산세 계산근거에 의하면, 2002사업연도 법인세의 납부불성실가산세는 미납기간을 신고기한의 다음날인 2003.4.1.부터 2차경정 고지일인 2007.10.1.까지 1,645일로 산정하여 납부불성실가산세를 6,692,694,636원(미납세액 13,561,691,260원×미납일수 1,645일×이자율 0.0003)으로 계산하였고, 2005사업연도 법인세의 납부불성실가산세는 미납기간을 신고기한의 다음날인 2006.4.1부터 2차경정 고지일인 2007.10.1까지 549일로 산정하여 납부불성실가산세를 4,424,172,354원(미납세액 11,849,583,612원×미납일수 549일×이자율 0.0003)으로 계산한 사실이 확인된다.

(3) 먼저, 본안심리대상인지 여부에 대하여 살펴보면, 처분청은 이 건 2차경정이 1차경정에 대한 이의신청의 결정에 따라 재경정한 것이므로 새로운 처분이 아니어서 다시 이의신청을 할 수 없는 것이고 재경정결정일로부터 90일 이내에 심판청구를 제기하지 아니하여 부적법한 심판청구에 해당된다는 답변을 하고 있으나, 이 건 납부불성실가산세에 대한 심판청구는 2차경정시 추가로 고지한 세액이 발생한 2002사업연도 및 2005사업연도의 법인세에 관한 것이므로 1차경정 처분과는 별개의 증액 경정처분으로서 불복청구대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(4) 다음으로, 이의신청에 의한 재경정시 납부불성실가산세의 부과를 위한 미납기간에 대하여 살펴보면, 법인세법 제76조 제1항의 납부불성실가산세의 산정방식이 납부하지 아니한 세액 또는 미달하게 납부한 세액에 대하여 납부하지 아니하고 경과된 일수(즉 당초 납부하였어야 할 날부터 자진납부하는 날의 전일 또는 자진납부하지 아니한 경우에는 고지일의 전일)를 곱하는 기간개념 방식을 취하고 있는 바, 여기서 “자진납부하는 날”의 의미는 납부한 사실 그 자체로 보는 것이 타당하다고 할 것이고, 2007.8.24.자 OOO지방국세청장의 이의신청결정은 1차 경정처분의 오류를 바로잡는 결정임에 비추어 보면 청구법인이 1차경정 처분에 따라 납부한 2001사업연도 및 2003∼2005사업연도분 법인세 371,447,203,340원은 위 납부불성실가산세 산정규정의 “자진납부 하는 날”에 납부한 것이지 무납부한 것으로 보기는 어렵다고 할 것이다.

그러하다면, 처분청이 이의신청결정에 따라 손익귀속시기를 재조정하여 2차경정을 하면서 1차경정 처분 중 감액되는 사업연도는 1차경정시 납부한 세액에 환급결정일(2007.10.9.)까지의 환급가산금을 가산한 금액을 환급하고, 1차경정 처분 중 증액되는 사업연도는 납부불성실가산세의 미납일수를 제2차경정고지일까지 계산하는 것은 법리에 어긋난다고 보는 것이 상당하다.

따라서, 이 건의 경우 청구법인이 1차경정 처분에 따라 납부한 세액에 대하여는 납부불성실가산세의 미납일수를 신고납부기한의 익일부터 1차경정 처분일인 2007.1.15.까지로 하여 납부불성실가산세를 과세하되, 청구법인에게 이미 환급한 국세환급가산금은 환수하는 것으로 하여 그 각 사업연도의 세액을 경정하는 것이 합리적이라고 판단된다OOO.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문