종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당하는지 여부

가. 청구인은 1985.1.1. 취득한 서울특별시 OOO 토지 및 무허가주택(이하 “구주택”이라 한다)을 멸실하고 재개발하여, 2002.11.1. 서울특별시 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2006.4.28. 양도하고 「조세특례제한법」제99조3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 양도소득세 전액 OOO을 감면하는 것으로 예정신고하였다.

나. 처분청은 「조세특례제한법」제99조의3 규정을 적용함에 있어, 구주택의 취득일로부터 신축주택 취득일까지의 양도소득금액은 감면대상에 해당하지 않는다고 보아 2012.5.15. 청구인에게2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.13. 이의신청을 거쳐 2012.12.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」제99조의3 규정에 의한 신축주택 취득자의 양도소득세 감면대상은 구주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 전액이여야 하는데 처분청이 새로운 예규를 적용하여 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 신의성실에 위배되어 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 감면대상에 해당하지 아니하므로 신의성실에 위배되어 이 건 처분을 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「조세특례제한법」제99조의3 규정에 의한 신축주택의 취득자에게 구주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 전부에 대하여 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관계법령

(1) 조세특례제한법

제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법 시행령

제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】 ① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

┌ 취득일부터 5년이 ┐－┌ 취득당시의 ┐

└ 되는 날의 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘

양도소득금액 × ─────────────────────

┌ 양도당시의 ┐ － ┌ 취득당시의 ┐

└ 기준시가 ┘ └ 기준시가 ┘

제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

살피건대, 청구인은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 의한 신축주택 취득자의 양도소득세 감면대상은 구주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득 전액이여야 한다고 주장하나, 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이되는 날까지의 양도소득금액인 바, 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하지 아니하므로 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2010서3102, 2011.8.9. 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문

유사 판례