조심2008지0635 (2009.05.14)

취득

경정

농공단지 지정승인을 할 당시 지정고시 내용에서 개발사업시행자로 표시되어 있으나 실제 개발사업시행자로 지정서는 그 이후에 교부받은 경우에도 취득세 등의 감면대상에 해당함

지방세법 제45조【과오납금의 충당과 양도】

처분청이 2008.5.2. 청구인에게 한 등록세 62,364,000원, 지방교육세 12,472,800원, 합계 74,836,000원의 부과처분(신고납부)에 대한 심판청구는 각하하고, 2008.5.16. 청구인에게 한 취득세 62,364,000원, 농어촌특별세 6,236,400원, 합계 68,600,400원의 부과처분은 이를 취소한다.

1. 처분 개요

가. 청구인은 2008.4.15. OOOOOOO로 지정고시된 사업부지 중 일부인 OOOO OOO OOO OOO 산 44번지 외 9필지 토지 63,330㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)를 2008.5.2.에 취득한 후 같은 날 취득세와 등록세를 신고하고 이 사건 토지의 취득가액 3,118,200,000원을 과세표준으로 하여 산출한 등록세 62,364,000원, 지방교육세 12,472,800원, 합계 74,836,800원은 2008.5.2.에 납부하였고, 취득세 62,364,000원, 농어촌특별세 6,236,400원, 합계 68,600,400원은 2008.5.16. 납부하였다.

나. 그 후 청구인은 2008.5.30. 처분청에 이 사건 토지는 지방세법 제276조 제1항의 규정에 의하여 취득세 및 등록세 면제대상에 해당한다는 취지로 환부요청을 하였으나 처분청은 2008.6.4. 감면대상에 해당되지 않는다는 내용의 회신을 하였다.

다.청구인은 그 후 이러한 취득세 및 등록세 등 부과처분(신고납부)에 불복하여 2008.8.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 2008.4.15. OOO OO OOOOOOOOO로 OOOOOOO 지정고시를 하였고, 청구인은 OOOOOOO로 지정고시된 사업부지중 일부인 이 사건 토지를 2008.5.2. 취득한 후 취득세와 등록세 등을 신고납부하였다가 이 사건 토지는 지방세법 제276조 제1항의 규정에 의한 취득세 등 면제대상에 해당된다고 보아 환부신청을 하였으나 처분청은 환부거부통보를 하였다.

(2) 청구인은 2007.2월경부터 OOOOOOOOO 조성사업의 지구지정 승인을 득하기 위하여 사전환경성 검토, 주민설명회 개최, 사전재해영향검토, 문화재 지표조사 등 일련의 절차를 진행하여 2008.4.10. 처분청은 OOO도지사로부터 농공단지 지정승인을 받았으며, 처분청은 이를 2008.4.15. 고시하면서 농공단지개발사업의 시행자를 청구인으로 명시하여 고시하였다.

(3) 이에 따라 청구인은 OOOOOOOOOOO의 시행자인 것으로 알고서 개발사업을 시행하기 위하여 사업부지중 일부인 이 사건 토지를 취득한 것인데, 처분청에서는 청구인이 2008.5.26. OOOOOOOOOOO 시행자로 지정을 받았으므로 이 사건 토지는 사업시행자 지정이전에 취득한 토지로서 지방세법 제276조제1항의 규정에 의한 취득세 등 면제대상에 해당되지 않는다고 판단하였다.

(4) 그러나 청구인은 농공단지 지정승인후 이 사건 토지 취득일 이전인 2008.5.1. 사업시행자지정승인 신청을 하였으나 처분청의 사정으로 인하여 사업시행자 지정이 지연된 것에 불과하며, OOOOOOO OOOO 등의 내용에서 청구인이 사업시행자라고 고시한 사실을 볼 때, 청구인이 이러한 처분청의 농공단지지정승인을 신뢰하여 이 사건 토지를 취득한 데 대하여 단순히 사업시행자 지정이 처분청의 사정으로 인하여 지연된 사실만으로 취득세 등의 면제대상에 해당되지 않는다고 하여 신고납부한 취득세 등을 환부하지 않는 것은 부당하므로 당초 청구인이 취득세 등을 신고납부한 처분은 신뢰보호의 원칙상 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 지방세법 제74조 제3항, 지방세법 제77조 제5항, 국세기본법 제65조 및 국세기본법 제81조를 보면 지방세법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자가 조세심판원장에게 심판청구를 하려는 때에는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다고 규정하고 있고, 동 청구기간을 경과하여 심판청구를 한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있다.

(2) 청구인이 이 사건 취득세 등 신고납부 처분에 대하여 이의신청이나 심판청구를 하고자 하였다면 당해 취득세 등 신고일인 2008.5.2.부터 90일 이내에 하였어야 할 것인데도 91일이 되는 2008.8.1. 심판청구를 제기하였으며, 청구인이 2008.5.30. 처분청에 과오납된 취득세 등의 환부신청을 하였으나 과오납된 징수금의 환부에 관한 지방세법 제45조 제1항의 규정은 과세관청이 이미 부당이득으로서 그 존재와 범위가 확정되어 있는 과오납부 금액을 납세의무자에게 즉시 반환하라는 취지일 뿐이지 과세관청에 대하여 과오납부 금액의 존부와 범위를 조사결정할 의무가 있음을 규정한 취지는 아니라 할 것이므로 이 규정은 신고납부방식의 지방세 납세의무자에게 과오납부 환부신청권을 인정하는 근거규정이 될 수 없다(OO OOO OOOOO OOOOOOOOOOO OOOOOOO)할 것으로서, 청구인의 경우 심판청구 기간을 도과하여 심판청구를 제기하였으므로 이 사건 심판청구는 본안 심리대상에 해당되지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 기간경과후의 심판청구로서 본안심리 대상에 해당되지 않는 경우인지 여부

(2)농공단지 지정승인을 할 당시 지정고시 내용에서 개발사업시행자로 표시되어 있으나 실제 개발사업시행자로 지정서는 그 이후에 교부받은 경우 농공단지 지정고시 후 사업시행자 지정서 교부전에 취득한 사업부지가 취득세 등의 감면대상에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 쟁점(1)과 관련된 법령

(가) 지방세법 제72조 (청구대상) ① 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청, 심사청구 및 심판청구를 할 수 있다.

(나) 지방세법 제74조 (심사청구 및 심판청구) ① 이의신청을 거친 후에 심사청구 또는 심판청구를 하려는 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일이내에 도지사의 결정에 대하여는 조세심판원장에게 심판청구를, 시장·군수의 결정에 대하여는 도지사에게 심사청구를 하거나 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다.

③ 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심사청구 또는 심판청구를 하려는 때에는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 도세[도세 중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 특별시분 재산세·도시계획세·공동시설세 및 구세(군세 및 특별시분 재산세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 제외한다]에 있어서는 조세심판원장에게 심판청구를, 시·군세[도세 중 공동시설세 및 시·군세에 부가하여 징수하는 지방교육세와 특별시세·광역시세 중 특별시분 재산세·도시계획세·공동시설세 및 구세(군세 및 특별시분 재산세를 포함한다)에 부가하여 징수하는 지방교육세를 포함한다]에 있어서는 도지사에게 심사청구를 하거나 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다.

(다) 국세기본법 제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각호의 규정에 의하여야 한다.

1. 심사청구가 부적법하거나 제61조에 규정하는 청구기간이 지난 후에 있었거나 심사청구후 제63조 제1항에 규정하는 보정기간 내에 필요한 보정을 하지 아니한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

(라) 국세기본법 제81조(심사청구에 대한 규정의 준용) 제61조 제3항 및 제4항·제63조·제65조와 65조의2의 규정은 심판청구에 관하여 이를 준용한다. 다만, 제63조제1항중 “20일 내의 기간”은 이를 “상당한 기간”으로 한다.

(2) 쟁점 (2)와 관련된 법령

(가) 지방세법 제276조 (산업단지 등에 대한 감면) ③「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자, 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 의한 사업시행자 및 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제41조의 규정에 의한 환매권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」의 규정에 의한 한국산업단지공단의 경우에는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제45조의7제1항제3호 및 제5호의 사업용 부동산을 포함한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감( 「수도권정비계획법」 제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소되거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제18조제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.

(나) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

5. "산업단지"라 함은 공장ㆍ지식산업관련시설ㆍ문화산업관련시설ㆍ정보통신산업관련시설ㆍ재활용산업관련시설ㆍ자원비축시설ㆍ물류시설 등과 이와 관련된 교육ㆍ연구ㆍ업무ㆍ지원ㆍ정보처리ㆍ유통 시설 및 이들 시설의 기능제고를 위하여 주거ㆍ문화ㆍ환경ㆍ공원녹지ㆍ의료ㆍ관광ㆍ체육ㆍ복지 시설등을 집단적으로 설치하기 위하여 포괄적 계획에 따라 지정ㆍ개발되는 일단의 토지로서 다음 각목의 것을 말한다.

가. 국가산업단지 : 국가기간산업ㆍ첨단과학기술산업등을 육성하거나 개발촉진이 필요한 낙후지역이나 2 이상의 특별시ㆍ광역시 또는 도(이하 "시ㆍ도"라 한다)에 걸치는 지역을 산업단지로 개발하기 위하여 제6조의 규정에 의하여 지정된 산업단지

나. 일반산업단지 : 산업의 적정한 지방분산을 촉진하고 지역경제의 활성화를 위하여 제7조에 따라 지정된 산업단지

다. 도시첨단산업단지 : 지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업, 그 밖의 첨단산업의 육성과 개발촉진을 위하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역 안에 제7조의2에 따라 지정된 산업단지

라. 농공단지 : 대통령령이 정하는 농어촌지역에 농어민의 소득증대를 위한 산업을 유치ㆍ육성하기 위하여 제8조의 규정에 의하여 지정된 산업단지

(다) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제8조 (농공단지의 지정) ① 농공단지는 시장ㆍ군수 또는 구청장이 지정한다.

② 시장ㆍ군수 또는 구청장이 농공단지를 지정하고자 할 때에는 대통령령이 정하는 서류와 도면을 첨부하여 시ㆍ도지사의 승인을 얻어야 한다. 승인얻은 사항을 변경하고자 할 때에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항의 변경은 그러하지 아니하다.

③ 시장ㆍ군수 또는 구청장이 농공단지를 지정하거나 변경한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 고시하여야 한다.

(라) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조(산업단지개발사업의 시행자) ① 산업단지개발사업은 다음 각 호의 자중에서 산업단지지정권자의 지정에 의하여 개발계획에서 정하는 자가 이를 시행한다.

1. 국가ㆍ지방자치단체ㆍ정부투자기관ㆍ지방공기업 또는 다른 법률에 의하여 산업단지개발사업을 시행할 수 있는 자

2. 「중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률」에 의한 중소기업진흥공단 또는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제45조의3의 규정에 의하여 설립된 한국산업단지공단

3. 당해 개발계획에 적합한 시설을 설치하여 입주하고자 하는 자 또는 당해 개발계획에서 적합하게 산업단지를 개발할 능력이 있다고 인정되는 자로서 대통령령이 정하는 요건에 해당하는 자

4. 제1호 내지 제3호에 해당하는 자가 산업단지의 개발을 목적으로 출자에 참여하여 설립한 법인으로서 대통령령이 정하는 요건에 해당하는 법인

5. 제3호에 해당하는 사업시행자와 제20조의2의 규정에 의하여 산업단지개발에 관한 신탁계약을 체결한 부동산신탁업자

6. 산업단지안의 토지의 소유자 또는 그들이 산업단지개발을 위하여 설립한 조합

(마) 산업입지 및 개발에 관한 법률시행령 제9조 (산업단지지정 또는 개발계획의 고시등) ① 국토해양부장관, 시·도지사 또는 시장·군수·자치구의 구청장(이하 "산업단지지정권자"라 한다)은 법 제7조의4제1항에 따라 산업단지를 지정하거나 지정변경한 경우에는 다음 각 호의 사항(변경의 경우에는 그 변경된 사항에 한한다)을 고시하여야 한다.다만, 제3호 및 제8호의 사항은 산업단지의 지정시 확정되지 아니한 경우에는 그 내용이 확정된 후에 이를 고시할 수 있다.

1. 산업단지의 명칭·위치 및 면적

2. 산업단지의 지정목적

3.산업단지개발사업의 시행자

4. 산업단지의 개발기간 및 방법

5. 주요유치업종 및 유치업종배치계획

6. 토지이용계획 및 주요기반시설계획

(바) 산업입지 및 개발에 관한 법률시행령 제10조 (농공단지의 지정승인 등) ① 시장·군수는 법 제8조제2항의 규정에 의하여 농공단지의 지정승인을 얻고자 하는 경우에는 제8조제4항 각 호의 사항을 기재한 농공단지지정승인신청서를 시·도지사에게 제출하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의한 농공단지지정승인신청서에는 다음 각호의 서류 및 도면을 첨부하여야 한다.

1. 위치도

2. 지정대상지역의 토지이용현황에 관한 서류

3. 국가 또는 지방자치단체의 개발지원에 관한 서류

4. 농공단지 인접지역의 취업가능인력현황에 관한 서류

5. 농공단지의 개발에 따른 농어가의 고용 및 소득증대 기대효과에 관한 서류

6. 농어촌환경 및 문화재의 보존에 미치는 영향에 관한 서류 또는 도면

⑤ 시장·군수가 농공단지를 지정하거나 변경한 때에는 관보 또는 공보에 이를 고시하여야 한다. 이 경우 제9조 제1항 및 제2항을 준용한다.

(사) 산업입지 및 개발에 관한 법률시행령 제19조 (사업시행자) ② 법 제16조제1항제3호에서 "대통령령이 정하는 요건에 해당하는 자"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다.

1. 산업단지개발계획에 적합한 시설을 설치하여 입주하고자 하는 자로서 다음 각목의 1의 경우에 해당하는 자

가. 법 제2조제6호 각 목의 시설용지를 직접 개발하고자 하는 경우

나. 산업단지를 개발하여 법 제2조제6호 가목에 해당하는 시설용지(이하 "산업시설용지"라 한다)의 100분의 30 이상을 실수요 산업시설용지로 사용하고, 잔여면적을 입주를 희망하는 자에게 공급하고자 하는 경우

2. 산업단지개발계획에 적합하게 산업단지를 개발할 능력이 있다고 인정되는 자로서 다음 각목의 1에 해당하는 자

가. 「건설산업기본법」에 의하여 일반건설업(토목공사업 및 토목건축공사업에 한한다)등록을 한 자로서 공시된 당해 연도의 시공능력평가액이 산업단지개발계획에서 정한 연평균 사업비(보상비를 제외한다)이상인 자

나. 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의하여 아파트형공장을 설립할 수 있는 자로서 산업단지안에서 아파트형공장의 설립에 필요한 용지를 직접 개발하고자 하는 자

④법 제16조제1항의 규정에 의하여 산업단지개발사업을 시행하고자 하는 자는 다음 각호의 사항을 기재한 사업시행자지정신청서를 산업단지지정권자에게 제출하여야 한다.

1. 사업을 시행하고자 하는 자의 성명(법인인 경우에는 법인의 명칭 및 대표자의 성명)·주소

2. 사업을 시행하고자 하는 산업단지의 명칭·위치 및 사업시행면적

3. 사업시행계획의 개요

가. 사업의 명칭

나. 사업의 시행목적

다. 사업의 종류 및 개요

라. 사업의 시행기간

마. 사업의 시행방법

⑤ 제4항의 규정에 의한 사업시행자지정신청서에는 다음 각호의 서류 및 도면을 첨부하여야 한다.

1. 위치도

2. 사업계획서

3. 자금조달계획서

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) 청구인은 2008.5.2. 이 사건 토지를 취득하고 같은 날 취득세 등 신고를 한 후 납부서를 교부받았다.

(나) 등록세 및 지방교육세는 신고한 날인 2008.5.2.에 이를 납부하였고, 취득세 및 농어촌특별세는 2008.5.16. 납부하였다.

(다) 청구인은 2008.5.30. 이 사건 토지의 취득 등록과 관련하여 2008.5.30. 처분청에 취득세 등 면제대상인데도 착오 신고납부하였으므로 신고납부한 취득세 등의 환부요청을 하였으나 처분청은 2008.6.4. 면제대상에 해당되지 않으므로 환부거부통보를 하였다.

(라) 지방세법 제74조제3항, 지방세법 제77조제5항, 국세기본법 제65조 및 국세기본법 제81조를 보면 지방세법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자가 조세심판원장에게 심판청구를 하려는 때에는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다고 규정하고 있고, 동 청구기간을 경과하여 심판청구를 한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있다.

(마) 청구인의 경우 이 사건 토지에 대하여 당초 취득세 등 신고납부가 명백하고 중대한 하자로 인하여 무효인 처분으로 볼 수 없음에도 오납이 발생하였다고 보아 2008.5.30. 환부청구를 하였다가 처분청으로부터 2008.6.4. 환부거부통보를 받았다고 하여 심판청구의 대상이 되는 행정처분이 있다고 보여지지 아니한다.

(바) 그러므로 청구인이 2008.5.2. 취득세와 등록세를 신고하고 등록세 등은 2008.5.2.에 납부하고, 취득세 등은 같은 해 5.16. 납부한 후 2008.8.1. 이 사건 심판청구를 제기하였으므로 신고일인 2008.5.2.을 기준으로 하면 이 사건 심판청구는 청구기간 도과로 인하여 각하대상에 해당되지만 납부일을 기준으로 하는 경우 등록세와 지방교육세에 대한 신고납부 처분에 대한 심판청구는 청구기간이 경과된 후에 제기된 심판청구로서 본안심리대상에 해당되지 아니하지만, 취득세 및 농어촌특별세는 90일 이내에 심판청구를 제기한 것이므로 본안심리대상에 해당된다 할 것으로서 납세자의 권리구제에 충실하다는 측면에서 납부일로부터 90일 이내에 제기된 취득세 등과 관련된 심판청구는 본안심리 대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(2) 쟁점 (2)에 관하여 본다.

(가) 처분청은 2007.12.14. OOOOOOOO 개발계획(안) 주민열람공고(OOO OO OOOOOOOOOOO)를 하였고, 2008.2.29. OOO도지사에게 다음과 같은 내용으로 OOOOOOOO 지정승인 신청을 하였다.

(나) OOO도지사는 2008.4.10. 당초 처분청이 승인신청한 OOOOOOO에 대한 지정승인을 하였고, 이러한 지정승인에 따라 처분청은 2008.4.15. OOOOOOOOO 지정고시(OOO OO OOOOOOOOO)를 하면서 농공단지개발사업의 사업시행자를 청구인으로 하여 표기하여 지정고시를 하였다.

(다) 청구인은 이러한 지정고시 후인 2008.5.7. 처분청에 농공단지사업시행자지정신청서를 제출하였으며, 처분청은 2008.5.26. 청구인에게 농공단지개발사업 시행자 지정서를 교부하였다.

(라) 청구인은 농공단지 지정이전인 2008.3월경에 이 사건 토지에 대하여 토지이용계획서를 처분청에 제출하여 토지거래허가를 받고 OOOOOOO가 지정고시된 이후엔 2008.5.2.에 농공단지를 조성할 목적으로 이 사건 토지를 취득하였다.

(마) 지방세법 제276조 제3항에서「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자 산업단지를 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하도록 규정하고 있고, 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조 제1항에서는 산업단지개발사업은 다음 각호의 자중에서 산업단지지정권자의 지정에 의하여 개발계획에서 정하는 자가 이를 시행하도록 규정하면서, 산업입지 및 개발에 관한 법률시행령 제9조 제1항에서 산업단지를 지정고시하는 경우에 고시될 내용을 규정하면서 사업시행자의 경우 사업시행자가 확정되지 아니한 경우에는 이를 생략하고 고시할 수 있고, 사업시행자가 확정된 경우에는 사업시행자를 지정하여 고시하도록 규정하고 있다.

(바) 청구인의 경우 이 사건 토지 취득 당시 사업시행자 지정신청서만 제출한 상태이었고 아직 법률상의 절차에 의한 사업시행자 지정을 받지 아니하였지만, 처분청에서 농공단지를 지정하기 위한 주민열람공고나 지정승인 신청 당시 청구인을 사업시행자로 명기하고 있었으며, 산업입지 및 개발에 관한 법률시행령 제9조 제1항의 규정에 의하여 2008.4.15. 농공단지 지정고시를 하면서 사업시행자를 청구인으로 표기하여 고시하였으므로 비록 청구인이 그 이후 사업시행자 지정이라는 행정적 절차를 거치지 아니하였다 하더라도 청구인은 사업승인 지정고시에 의하여 사업시행자로 확정되어 산업입지 및 개발에 관한 법률 제16조의 규정에 의한 사업시행자라고 볼 수 있다고 보여진다.

(사) 또한 지방세법 제276조 제3항에서 사업시행자에게 취득세 등을 면제하는 취지가 사업시행자가 산업단지를 조성하는데 지방세 감면 혜택을 부여함으로써 산업단지의 원활한 조성을 촉진하고자 하는데 있다 할 것이고, 이러한 사업시행자가 유예기간 3년 이내에 산업단지를 조성하지 아니하는 경우에는 면제하였던 취득세 등을 추징하도록 규정하고 있는 측면에서 볼 때, 지방세법 제276조제3항에서의 사업시행자의 범위에는 산업단지 및 개발에 관한 법률 제16조 및 같은 법시행령 제19조 제4항의 규정에 의하여 사업시행자 지정 신청을 하여 사업시행자 지정서를 교부받은 경우는 물론 처분청 스스로 사업시행자로 확정하여 지정고시한 사업시행자도 포함하는 의미로 보는 것이 취득세 등 면제의 입법취지상 합리적이라고 할 것이다.

(3) 따라서 이 사건 심판청구 중 등록세 및 지방교육세에 대한 심판청구는 기간경과로 인하여 본안심리 대상에 해당되지 아니하고, 청구인이 농공단지 지정승인 후 취득한 이 사건 부동산은 지방세법 제276조제3항의 규정에 의하여 취득세 면제대상에 해당된다고 판단된다

4. 결 론

이 사건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.