[청구번호]조심 2009광2620 (2010. 6. 8.)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]동일한 사업계획에 의하여 부동산에 대한 수용과 보상이 이루어졌다고 하더라도 소유권이전등기도 개별적으로 이루어진 이상 각각의 보상금 수령일(소유권이전등기일)을 양도시기로 보는 것이 타당함

[관련법령] 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】

[참조결정]조심2013중2919

[따른결정]조심2013중2919

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요

가. 청구인은 배우자와 각각 2분의 1 지분으로 OOO 토지 159㎡와 지상건축물 176.4㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 소유하다가 청구인의 토지지분인 79.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)가 2007.1.5. OOO에 수용되었고, 1세대 1주택의 부속토지라 하여 처분청으로부터 양도소득세를 비과세받았으며, 청구인은 그 후 쟁점부동산 중 자신의 지상건축물(주상겸용) 176.4㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다) 지분에 대하여도 2008.3.28. 보상금을 지급받은 뒤, 청구인은 쟁점건축물은 주거용 면적이 상가용 면적보다 크기 때문에 전체를 주택으로 보고, 쟁점부동산은 고가주택에 해당되므로 쟁점건축물의 청구인 지분 양도가액에서 비과세 기준금액 6억원을 차감한 양도차익 2,269,959원을 양도소득과세표준으로 하여 2008.4.18. 쟁점건축물의 양도에 대한 2007년 귀속 양도소득과세표준 및 세액을 예정신고·납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 소유하다가 2006.12.28. 양도한 OOO 주택 및 상가가 2008.9.26. 합의해제를 원인으로 하여 소유권이 원상회복되었고, 실제 조사한 결과 당초부터 형식상 양도한 것으로 되어 있을 뿐이며, 매매대금의 수수가 이루어지지 아니하였으므로 쟁점부동산을 양도할 당시 1세대 2주택자에 해당된다 하여 쟁점토지의 양도에 대하여 비과세를 배제하고, 2009.2.13. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 62,431,770원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2009.5.6. 이의신청을 거쳐 2009.6.26. 심판청구를 제기하였다

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2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 쟁점부동산 중 양도차익이 발생한 쟁점토지는 대한주택공사로 소유권이전등기가 된 2007.1.5.을 양도시기로 보아 2007년 귀속 양도소득세를 부과하였다.

그러나 쟁점부동산은 OOO에게 일시에 수용된 것으로 쟁점토지 및 쟁점건축물에 대하여 시차를 두고 보상금을 지급받았지만, 수용의 경우 이미 토지 및 그 지상건축물은 사업시행자(OOO)에게 양도할 것이 예정되어 있고, 단지 보상가액 확정의 문제만 남아있는 것인 만큼, 쟁점토지 및 쟁점건축물의 양도행위도 하나의 경제적 실체를 이루는 것으로 보아야 하며, 국세청의 질의회신 또한 1세대 1주택인 고가주택이 수용되는 경우로서 보상금이 시차를 두면서 지급되는 경우 당해 주택과 그 부수토지에 대한 보상금이 최종적으로 지급된 시점을 양도시기로 보도록 해석하고 있다.

OOO가 쟁점토지와 쟁점건축물에 대하여 시차를 두고 소유권이전등기를 하였지만 토지와 건축물은 불가분의 관계에 있고, 사인간의 거래와 달리 수용으로 인한 경우 양도자가 분리하여 양도할 수 있는 의사가 개입될 여지가 없음에도 시차를 두고 소유권이전등기가 되었다 하여 먼저 소유권이전등기한 쟁점토지를 별개의 양도물건으로 보아 양도시기를 정하는 것은 부당한 만큼, 최종적으로 보상금이 지급된 2008.3.28.을 쟁점부동산의 양도시기로 인정하여야 한다.

(2) 또한, 2007.2.5. 새로운 OOO)이 있기 이전에는 최종보상금 수령일을 양도시기로 보도록 해석하다가 그 후 입장을 변경하였는데, 이미 수용이 확정된 쟁점부동산에 대하여 새로운 해석사례를 적용하는 것은 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙에 위배되어 위법하다 할 것이다.

나. 처분청 의견

청구인은 쟁점부동산 중 쟁점토지의 양도시기는 쟁점건축물에 대한 보상금 수령일인 2008.3.28.이라고 주장하고 있으나, 청구인은 2001.8.8. 배우자인 OOO와 각 2분의 1 지분으로 쟁점부동산을 취득하였으며, 쟁점부동산이「OOO」지구에 편입되어 수용되며, 쟁점토지는 2007.1.5. OOO 앞으로 소유권이전등기가 되었으나, 쟁점건축물과 지장물은 보상금을 2008.3.28. 수령하고, 2008.5.14. OOO 명의로 소유권이전등기가 되었다.

양도소득세는 자산별 보유기간이 다른 경우 양도차익의 산정기준, 장기보유특별공제, 세율 등이 다르게 적용되기 때문에 자산별로 구분하여 세액을 산정하는 것이고, 토지와 건물은 별개의 자산이므로 양도 및 취득시기는 자산별로 정하므로, 쟁점부동산 중 쟁점토지는 2007.1.5. 소유권이전등기가 된 만큼 그 날을 양도시기로 보아야 하므로 그에 따라 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인이 소유한 부동산이 수용되며 토지와 건축물에 대하여 각각 별도로 보상금을 지급받고 소유권이전등기가 이루어졌으나 동일한 사업계획에 의한 보상이므로 최종보상금 수령일을 수용된 쟁점부동산의 양도시기로 보아야 한다는 주장의 당부

② 이 건 처분이 신의성실의 원칙 내지 소급과세금지의 원칙에 위배되는 위법한 것인지 여부

나. 관련법령

(1) 쟁점① 관련

(가) 소득세법

제89조【비과세양도소득】① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

제98조【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

제105조【양도소득과세표준예정신고】① 제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을 다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조 제1항의 규정에 의한 거래계약허가구역안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월로 한다.

제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

(나) 소득세법 시행령

제154조【1세대 1주택의 범위】③ 법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수되는 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택외의 면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

제162조【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

(다) 구 소득세법 시행령(2008.10.7. 대통령령 제21062호로 개정되기 전의 것) 제156조 【고가주택의 범위】① 법 제89조 제1항 제3호에서 “가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택”이라 함은 주택 및 이에 부수되는 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액[1주택 및 이에 부수되는 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다]이 6억원을 초과하는 것을 말한다.

(2) 쟁점② 관련

국세기본법

제15조【신의ㆍ성실】

납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다

제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 처분청 조사공무원이 현지확인을 하고 작성한 현지확인복명서에는 다음과 같은 조사내용이 기재되어 있다.

1) 청구인은 쟁점부동산 중 쟁점토지에 대하여 OOO 앞으로 소유권이전등기가 된 날을 양도시기로 하여 1세대 1주택의 부수토지로 보아 양도소득세 비과세신청을 하였다.

2) 쟁점건축물은 지층 107.9㎡는 주택으로 사용하고, 지상 1층 88.45㎡는 슈퍼 및 식당으로 각각 제공되고 있다.

3) 청구인과 배우자인 OOO가 부동산을 소유한 현황을 보면 다음과 같다.

OOO

4) OOO 소재 주택은 2006.12.28. OOO에게 소유권이전등기가 되었다가 2008.9.26. 그 소유권이전등기를 말소하여 소유권이 환원된 주택으로서 OOO 대표이사 OOO에게 확인한바, OOO은 OOO 대지와 주택은 청구인이 매수를 제안하여 취득한 것이며, 소유권이전등기는 매매대금의 수취와 상관없이 이전등기할 것을 권유하여 법인 명의로 이전등기를 하였고, 그 때까지 청구인에게 매매대금을 전혀 지급하지 아니하였으며, 당해 주택에는 1세대가 세입자로 거주하고 있었고, 임차료는 OOO의 소유기간 동안 청구인이 수취하였다는 내용의 확인서를 작성하였다.

5) 쟁점토지는 2007.1.5. OOO로 소유권이전등기가 이루어졌고, 보상금은 2007.1.30. 수령하였으며, 쟁점건축물과 지장물은 청구인이 보상금에 대하여 이의를 제기하여 2008.3.28. 보상금을 수령하고 2008.5.14. OOO에게 소유권이전등기가 이루어졌다.

(나) 청구인은 2001.5.4. 쟁점부동산에 대하여 매매대금을 294,500천원으로 하여 매매계약을 체결하였으며, 매매계약서상에는 매수인이 청구인 단독으로 되어 있으나 소유권이전등기시에는 배우자인 OOO와 각각 2분의 1 공유지분으로 하였고, 양도자인 OOO는 청구인과 단독으로 매매계약을 체결하였으나 청구인이 공동명의로 소유권이전등기할 것을 요구하여 공유로 등기하였다고 진술하였다.

(다) 쟁점부동산의 수용(협의매수)와 관련하여 조사한 내용을 보면 다음과 같다.

1) OOO은 청구인을 포함한 사업지구내의 토지 소유자들에게 건설교통부 고시 OOO(2006.6.26.)에 의하여 국민임대주택단지예정지구로 지정됨에 따라 편입 토지 및 물건에 대하여 손실보상금을 지급하기 위하여 물건조사를 실시할 계획이라는 사실을 문서(OOO, 2006.8.2.)로 통보하였다.

2) OOO은 2006.10.19. 토지의 소유자들에게 2007년부터는 실지거래가액으로 양도소득세가 과세됨에 따라 조세부담이 증가할 것으로 예상되어 2006년 이내에 손실보상을 완료하고자 하였으나 일부 주민의 물건조사 반대로 인하여 2006년 중에 토지와 물건을 동시에 보상하는 것이 어려우므로 토지만 우선적으로 보상할 계획임을 통지(OOO)하였고, 2006.10.20. 토지의 보상계획을 공고하고, 2006.12.8. OOO 토지보상협의요청 공문(OOO)을 토지소유자와 이해관계인들에게 통지하였으며, 청구인이 이러한 보상협의에 응하여 쟁점토지가 2007.1.5. 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여 OOO 명의로 소유권이전등기가 된 후인 2007.1.30. 토지에 대한 보상금을 수령하였다.

3) OOO이 2006년 12월에 작성한「OOO 보상안내」계획서에 의하면 보상대상을 “토지, 건축물 등, 과수·입목 등, 분묘, 영업의 손실, 농업의 손실, 축산업의 손실, 휴직·실직”으로 구분하여 보상하고, 보상협의기간은 2006.12.12.부터 2007.1.31.까지로 하여 보상협의를 실시하는 사실이 확인되고 있다.

4) OOO은 청구인을 포함한 사업지구내의 토지 소유자 등에게 2007.3.21. 건축물 등 물건 및 영업손실 보상계획을 통지(OOO)하고, 2007.3.23. 보상계획을 공고한 후 2007.5.4. 지장물 및 영업시설 등에 대한 손실보상협의(보상협의기간 : 2007.5.8.～2007.6.8.)를 요청하는 내용의 공문(OOO)을 발송하였고, 쟁점건축물에 대하여 청구인이 보상협의에 응하지 아니하자 2007.12.20. OOO의 수용재결을 거쳐 2008.2.28. 보상금 52,853,550원을 공탁한 후 2008.5.14. 수용을 원인으로 하여 OOO 앞으로 소유권이전등기를 하였다.

5) 청구인이 쟁점건축물 및 지장물 보상금과 관련하여 이의를 제기하자 OOO는2008.9.25. 일부의 지장물에 대하여 추가로 보상을 하는 것으로 재결하였고, 보상금 지급총액은 338,366,390원(토지 285,542,840원, 지장물 52,823,550원)이며, 토지의 보상금에는 쟁점토지의 양도가액과 관련이 없는 OOO 제방 63㎡에 대한 보상금 33,156,900원이 포함되어 있고, 청구인은 보상금을 2007.1.30.과 2008.2.4. 및 2008.3.28.에각각 수령하였다.

6) 청구인은 쟁점토지와 관련하여 2007.5.22. OOO에 보상금을 추가로 지급할 것을 구하는 내용의 민사소송을 제기하여, 2009.10.9. 토지의 보상금으로 37,789,060원을 추가로 지급하라는 내용의 판결을 받고 그에 따라 보상금을 지급받았다.

(라) 청구인은 동일한 사업계획에 근거하여 쟁점부동산의 수용이 이루어졌으므로 최종보상금 수령일을 당해부동산의 양도시기로 보아야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.

자산의 양도차익을 계산함에 있어 그 취득 및 양도시기는 「소득세법 시행령」제162조에 의하여 당해 자산의 대금을 청산한 날이 되는 것이나, 대금청산일이 불분명하거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일이 된다.

OOO는 임대아파트를 건축하기 위하여 쟁점토지와 쟁점건축물을 수용하는 과정에서 토지와 건축물에 대하여 각각 별도로 보상시점과 보상가액을 산정하여 보상을 실시하고 OOO 앞으로 소유권이전등기를 하였고, 청구인도 이에 따라 쟁점토지에 대하여는 OOO의 협의매수요청에 응하여 2007년에 협의양도를 하였으나, 쟁점건축물과 지장물에 대하여는 이의를 제기하여 중앙토지수용위원회의 재결을 거친 후인 2008년에 보상금을 수령하였다.

비록, 동일한 사업계획에 의하여 쟁점부동산에 대한 수용과 보상이 이루어졌다고 하더라도「소득세법」상 각각의 자산별로 양도소득을 산정하도록 규정하고 있고, 쟁점토지와 쟁점건축물은 별개의 양도자산에 해당되며, 소유권이전등기도 개별적으로 이루어진 이상, 2007년에 이미 소유권이전등기를 한 뒤 보상금을 수령한 쟁점토지와 2008년에 잔금을 지급받은 쟁점건축물에 대하여 각각의 보상금 수령일(또는 소유권이전등기일)을 양도시기로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

(2) 쟁점 ②에 대하여 본다.

청구인은 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙에 위배되는 것이라고 주장하고 있지만,

(가) 신의성실의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합되는 것으로 인정되는 경우에만 적용되는 것으로서, 이를 적용하기 위해서는 과세관청이 납세자에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 그와 같은 견해표명을 신뢰하여 어떠한 행위를 하여야 하는데, 처분청이 청구인에게 최종보상금 수령일을 쟁점부동산의 양도시기로 본다는 공적인 의사를 표명한 사실이 없으므로 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배된다고 인정할 수는 없다 하겠다.

(나) 또한, 「국세기본법」제18조 제3항에서 규정한 소급과세금지의 원칙의 적용요건은 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 비록 잘못된 해석 또는 관행이라 하더라도 특정한 납세자가 아니라 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 경우이고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있었다고 볼 수는 없으며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 이를 주장하는 납세자에게 있다(2006.6.29. 선고 OOO 참조) 할 것으로서, 국세청 질의회신 중 수용부동산의 경우 시차를 두고 보상금이 지급된 경우 개별적인 사건에 따라 최종보상금 수령일을 양도시기로 보아야 한다고 해석한 사례(OOO, 2006.12.15.)가 있는 반면, 각각의 보상금 수령일을 해당 자산별 양도시기로 보아야 한다고 해석한 사례(OOO, 2007.2.5.)도 있어 수용부동산에 대하여 최종보상금 수령일이 수용부동산의 양도시기가 된다는 해석 관행이 있다고 보기는 어렵다 하겠다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.