국심2005서3817 (2006.06.02)

양도

기각

주택조합 등이 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대하여 일반분양을 실시하고 계약금을 납부 받은 사실이 있는 경우에는 주양도소득세과세특례를 적용할 수 없음

조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 / 조세특례제한법시행령 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1996.11.30. 취득한 OOOOO OOO OOO OOOOO OO아파트 C동 212호 대지 87.5㎡ 및 건물 72.89㎡를 OO아파트 재건축조합에 제공하고 동 조합이 재건축을 추진하여2004.12.29. 사용승인된 서울특별시 OOO OOO OOO OOOOOOOOO OOOOOOOO OO OOOOOO O OO OOOOOOOO(OO OOOOOOOO OO)를 취득하여 2005.1.20. 양도하고 2005.3.31. 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의하여 양도소득세 과세표준예정신고시 감면신청을 하였다.

나. 처분청은 청구인이 OO아파트를 주택재건축조합원의 자격으로 취득하였고 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.)이 경과한 2004.12.29. 사용승인되었다 하여 양도소득세 감면을 배제하고 2005.7.18. 청구인에게 2005년 귀속분 양도소득세 64,582,160원을 결정고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2005.10.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

OO아파트는조세특례제한법상 신축주택기간이 경과한 후에 사용승인이 되었다 하더라도 조세특례제한법시행령 제99조의 3 제3항 제2호의 규정에 의거 양도소득세 감면대상이므로 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하고, OO아파트가 감면대상인지 여부에 대하여 청구인이 국세청에질의를 한 사실이 있으며, 국세청은 OO아파트가 양도소득세가 감면되는 신축주택에 포함되는 것으로 답변을 한 사실이 있음에도 처분청이 이 건 과세한 처분은 신의성실원칙에 위배된다.

나. 처분청 의견

OO아파트는 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 자기가 건설한 주택으로서 주택신축취득기간 이후에 사용승인을 받은 경우에는 양도소득세 감면이 배제되는 것이므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

자기가 건설한 주택이신축주택 취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.)이후에 사용승인된 경우에 양도소득세 감면대상인지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법시행령 제99조의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합 등" 이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의 3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이조에서 같다) 또는 주택법 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

④ 법 제99조의 3 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택" 이라 함은 2001년 5월 23일전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 조합원”이라 함은 도시 및 주거환경정비법 제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 주택법 제16조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다.

⑥ 법 제99조 제4항의 규정은 법 제99조의 3 제3항의 규정에 의한 양도소득세의 감면신청에 관하여 이를 준용한다.

(3) 조세특례제한법 부칙 제29조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】 ① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 OO아파트를 2005.1.20. 양도하고 양도소득세 감면대상 주택으로 보아 양도소득세 감면신청을 하였으나, 처분청은 청구인이 주택재건축조합의 조합원으로서 사용승인일이 2005.12.29로 신축주택취득기간 경과후이므로 양도소득세 감면대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한 사실이 처분청 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 OO아파트가 신축주택 취득기간 경과후에 사용승인되었다 하더라도 조세특례제한법 시행령 제99조의 3 제3항 제2호의 규정에 의거 양도소득세 감면대상이라고 주장하므로 이에 대해 살펴본다.

(3) 조세특례제한법 제99조의 3에서 규정하고 있는 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례는 같은법 제1항 제1호에서 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다)과 같은법 제1항 제2호에서 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경 정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택의 경우에는 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있다.

그러므로, OO아파트의 경우와 같이 조합원의 자격으로 취득한 주택은 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호에서 규정하는 자기가 건설한 주택에 해당되는 것이므로 조세특례제한법 제99조의 3 제1항 제1호에서 규정하고 있는 신축주택취득기간내에 사용승인을 받아야 양도소득세가 감면되는 것이라 할 것이다.

따라서, 조합원의 자격으로 OO아파트를 취득하였으므로 조세특례제한법시행령 제99조의 3 제3항 제2호의 규정에 따라 OO아파트가 신축주택취득기간이 경과한 이후에 사용승인이 되었더라도 양도소득세가 감면되어야 한다는 청구인의 주장은 세법의 규정을 잘못 해석한 것으로 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

또한, 청구인이 국세청에 질의한 날은 2002.12.11. 조세특례제한법이 개정되기 전인 2002.10.21.로 확인되는 바, 2002.12.11. 조세특례제한법 제99조의3의 개정으로 OO아파트와 같이 전국소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역내에 소재하는 신축주택은 과세특례 적용대상에서 제외되었고, 2002.12.11.개정된 조세특례제한법 부칙 제29조에 의해 자기가 건설한 신축주택으로서 2003.6.30.까지 사용승인을 받는 경우에만 개정전 법령을 적용하도록 하였는데 위 사실관계와 같이 OO아파트는 신축주택취득기간 후에 사용승인을 받았음이 확인되므로 신의성실의 원칙에 의해 과세특례를 적용하여야 한다는 청구인의 주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세 기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.