조심2009지0158 (2010.03.12)

취득

기각

토지를 취득한 후 약 3년 11개월이 지난 2009.4.23.에야 비로소 이 건 토지의 개발행위허가 신청을 하는 등 학교사업에 사용하기 위한 정상적이고 진지한 노력을 다하였다고 보기 어려워 이 건 토지에 대한 취득세와 등록세 등을 과세한 처분은 적법함.

지방세법 제107조【용도구분에 의한 비과세】 / 지방세법 제127조【용도구분에 의한 비과세】

심판청구를 기각한다.

1. 처분 개요

가. 청구법인은 비영리사업자인 학교법인으로서 2005.5.25. ○○○ 산 25-1 토지 353,455㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하고, 「지방세법」(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 규정에 의하여 학교법인이 고유사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득에 해당하는 것으로 하여 취득세와 등록세를 비과세 받았다.

나. 처분청은, 청구법인이 이 건 토지를 취득일부터 3년이 경과하도록 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하였다고 보아 이 건 토지의 취득가액 6,200,000,000원을 과세표준으로 하고 「지방세법」 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 153,970,800원, 농어촌특별세 15,397,080원, 등록세 153,970,800원 지방교육세 28,314,160원, 합계 351,652,840원(가산세 포함)을 2008.11.10. 청구법인에게 부과고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.2.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 ○○○대학을 설립하기 위해 ○○○와 관ㆍ학 협동협약서를 체결한 후 이 건 토지를 취득하고 ○○○대학 설립을 추진하던 중 2005.10.25. 대학설립ㆍ운영규정의 개정으로 대학설립 기준이 대폭 강화되어 청구법인의 재정형편상 이 건 토지를 취득한 후 3년 이내에 학교사업에 직접 사용하지 못하였으므로 이는 정당한 사유가 있는 것으로 보아 이 건 취득세와 등록세 등의 부과처분을 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

대학설립ㆍ운영규정의 개정으로 대학설립 기준이 강화됨에 따라 청구법인의 금전적 부담이 증가할 수는 있지만 근본적으로 대학설립이 법령에 의해 금지되거나 제한된 것으로 보기 어려워 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 3년 이내에 학교사업에 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 없으며, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 약 3년 11개월이 지난 2009.4.23.에야 비로소 이 건 토지의 개발행위허가 신청을 하는 등 학교사업에 사용하기 위한 정상적이고 진지한 노력을 다하였다고 보기 어려워 이 건 토지에 대한 취득세와 등록세 등을 과세한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

학교법인인 청구법인이 토지를 취득한 후 취득일부터 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정된 것)

제107조 【용도구분에 의한 비과세】 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조 【용도구분에 의한 비과세】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

(2) 지방세법 시행령(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것)

제79조 【비영리사업자의 범위】 ① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

2. 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교를 경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

제94조 【비영리사업자의 범위 등】 ① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건의 사실관계를 살펴본다.

(가) 청구법인은 ○○○ 빌딩에 주소를 두고 있는 비영리사업자인 학교법인으로 2004년 3월 ○○○대학교 ○○○대학설립추진위원회와 ○○○대학설립추진단 발족한 후 2004.4.8. ○○○와 “○○○대학교는 ○○○에 ○○○대학 설립을 추진하며 ○○○는 ○○○대학교가 추진하는 ○○○대학 설립 제반계획에 적극 협력한다”는 내용을 포함한 관ㆍ학 협동협약서를 체결하였다.

(나) 청구법인은 2005.5.25. 이 건 토지를 학교용지로 사용하기 위하여 취득하였고, 2005.7.11. 이 건 토지위의 묘지에 대해 묘지이장과 관련한 용역계약을 합동장의써비스를 체결하였으며, 2005.10.11.005○○○건축사사무소와 ○○○대학부5○도시계획허가용 마스터플랜 작성 용역계약을 체결하였다.

(다) 또한, 청구법인은 2005년 10월에 진입로 도로부지 2,192㎡를 추가로 취득하였고, 2005.12.7. ○○○대학부지 도시계획시설결정 외 용역계약을 ○○○와 체결하였으며, 2008.1.14. (재)○○○와 산ㆍ학ㆍ관 협력계약을 체결하였고, 2008.4.3.에는 ○○○협동조합과 산ㆍ학 협동협약을 체결하였다.

(라) 2008.4.15.에는 ○○○에서 ○○○대학 사업계획 및 ○○○발전방향 설명회를 개최한 바 있고, 2009.4.7. 이 건 토지에 대한 개발행위(형질변경)허가를 신청한 후, 현재에는 ○○○연구소 설립을 추진중에 있다.

(마) 한편, 이 건 토지의 취득후인 2005.7.1.부터 2005.7.20.기간 중 대학설립ㆍ운영규정 개정을 위한 입법예고가 있었고, 2005.10.25. 대통령령 제19095호로 동 규정이 개정되었는바, 그 주요 내용은 아래 <표1>과 같다.

(바) 우리원에서 교육과학기술부 담당부서에 확인한 결과, 청구법인이 이 건 토지취득 후 교육과학기술부에 대학설립 신청을 한 사실 없고, 청구법인의 재정여건 등을 이유로 개정된 기준의 충족이 어렵게 되자 미술대학 ○○○전공부분만을 이전하기 위해 교육과학기술부 사립대학지원과에 문의를 한 사실은 확인된다.

(사) 또한, 2009.4.7. 이건 토지에 대한 개발행위(형질변경)허가 신청전에 처분청에서 이 건 토지의 개발행위허가와 관련하여 청구법인에게 부정적 의견을 제시한 바는 없고, 개정된 대학설립ㆍ운영 규정의 기준 강화로 청구법인이 내부사정상(재정문제 등) 단과대학 설립추진이 어렵게 되자 개발행위(형질변경)허가 신청을 미루어 왔던 것으로 확인된다.

(아) 최근, 청구법인은 당초에 학교시설로의 도시계획시설결정을 위해 용역계약을 체결하고 진행하였으나 대학설립ㆍ운영기준 등 강화로 인해 학교시설로의 시설결정에 어려움이 있어 단계적 설립의 일환으로 ○○○연구소 설립을 아래 <표2>와 같이 추진(2009.12.14. 연구시설로의 시설결정 변경을 위한 내부공문 시행)중에 있는 것으로 청구법인이 제출한 관련 증빙자료에 의하여 확인된다.

(2) 다음으로, 이 건 심판청구와 관련된 관계법령을 모아 살펴보면, 「지방세법」 제107조 및 제127조 제1항에서는 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니한다고 하면서 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득 또는 등기ㆍ등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 또는 등록세를 부과한다고 하고 있고, 각 조의 제1호(제127조의 경우 제1항 제1호)에서는 ‘제사ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 또는 부동산의 등기’를 규정하고 있으며, 「지방세법 시행령」 제79조 제2호 및 제94조 제1항에서는 법 제107조 제1호 및 법 제127조 제1항 제1호 본문에서의 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”에 「초ㆍ중등교육법」 및 「고등교육법」에 의한 학교를 경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체를 규정하고 있다.

(3) 청구법인은 ○○○대학을 설립하기 위해 ○○○와 관ㆍ학 협동협약서를 체결한 후 이 건 토지를 취득하고 ○○○대학 설립을 추진하던 중 2005.10.25. 대학설립ㆍ운영규정의 개정으로 대학설립 기준이 대폭 강화되어 청구법인의 재정형편상 이 건 토지를 취득한 후 3년 이내에 학교사업에 직접 사용하지 못하였으므로 이는 정당한 사유가 있는 것으로 보아 이 건 취득세와 등록세 등의 부과처분을 취소하여야 한다는 주장인바,

(4) 살피건대, 「지방세법」 제107조 및 제127조 제1항 본문 후단 단서상의 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함된다 할 것이고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 그 입법취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이고, 공익성이 있는 사업을 수행하는 비영리법인이라고 할지라도 토지를 취득할 당시 3년 이내에 그 사업 내지 고유업무에 직접 사용할 수 없는 법령상의 장애사유가 있음을 알았거나, 설사 몰랐다고 하더라도 조금만 주의를 기울였더라도 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황하에서 토지를 취득한 경우나, 토지의 취득자가 그 자체의 자금부족 등 재정상 이유나 수익상의 문제 등으로 용도에 직접 사용하지 못하거나 매각한 경우, 유예기간 종료시점에 임박하여 토지형질 변경신청이나 사업실시계획 인가신청을 하는 등 용도에 직접 사용하기 위한 일련의 필요한 절차를 꾸준히 이행하지 아니하여 정상적인 노력을 하였다고 보기 어려운 경우에는 ‘정당한 사유’가 있다고 보기는 어렵다 할 것이므로,

(5) 2005.10.25. 대학설립ㆍ운영규정 개정시 교지, 교사, 교원 등에 대한 기준이 강화된 사실은 있으나, 이는 재정이 열악한 소규모의 영세대학이 무분별하게 설립되는 것을 방지하고 고등교육기관의 경쟁력을 제고하기 위하여 대학의 신설요건을 강화한 것인바, 이건 토지의 경우, 토지면적이 개정된 교사와 교지의 기준면적은 충족하나, 청구법인의 재정형편상 수익용 기본재산 기준 등을 충족하지 못하여 이 건 토지를 용도에 직접 사용하지 아니하였으므로 법령의 금지 또는 제한으로 인해 용도에 직접 사용(단과대학 설립)하지 못한 것으로 보기는 어렵고, 이는 처분청의 귀책사유가 없는 청구법인의 재정여건 등 내부적 사정에 기인한 것으로 보는 것이 타당한 점, 청구법인의 주장과 같이 2004년 3월부터 2005년 12월까지는 ○○○대학설립추진위원회 및 ○○○대학설립추진단 구성, ○○○와 관ㆍ학 합동협약을 체결한 사실 등에서 대학설립을 위한 일련의 노력을 기울였던 것으로는 보여지나, 그 이후에는 (재)○○○와 산ㆍ학ㆍ관 협약 체결, ○○○협동조합과 산ㆍ학 협약 체결, ○○○대학 사업계획 설명회 개최 등을 한 사실만 나타나, 청구법인이 개정된 대학설립ㆍ운영규정상 기준을 충족하기 위해 노력을 기울이거나 이러한 과정에서 주무부처에 대학설립 신청을 한 사실도 확인되지 않는 점에서 청구법인이 이 건 토지를 학교사업에 직접 사용하기 위해 일련의 필요한 절차를 꾸준히 밟아왔다고 보기는 어려운 점, 유예기간(3년) 종료 이후인 2009.4.7.에서야 단과대학설립이 아닌 ○○○연구소 설립을 위한 개발행위(형질변경) 허가신청을 하였고, 2009.12.14. ○○○연구소 설립을 위한 도시계획시설결정 변경을 추진한 점 등을 종합하여 보면, 청구법인이 이건 토지를 용도에 직접 사용하지 못한 법령상 장애사유 등이 있었다거나, 청구법인이 이건 토지를 용도에 직접 사용하기 위해 정상적인 노력을 다해왔다고 보기도 어려우므로, 청구법인이 이 건 토지를 취득한 날로부터 3년 이내에 그 용도에 직접 사용하지 아니한 ‘정당한 사유’가 있었다고 보기는 어렵다 할 것이다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「지방세법」 제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.