국심 2005부4085 (2006.03.08)

법인

경정

비영리법인의 지출액 중 개별손금으로 볼 수 있는 금액이 일부있으나 구체적인 금액을 확인하기 어려우므로 총지출액을 전액 공통손금으로 보아 수입금액에 비례하여 안분하는 것이 타당함

법인세법 제3조【과세소득의 범위】/ 법인세법시행령 제2조【수익사업의 범위】

조심2020서0070

OOO세무서장이 2005.7.25 청구법인에게 한 2001사업연도 법인세 65,531,350원, 2002사업연도 법인세 229,977,770원, 2004사업연도 법인세 69,572,410원 합계 365,081,530원의 부과처분은 2001～2002사업연도 법인세를 계산함에 있어 공통손금을 고유목적사업과 수익사업의 수입금액에 비례하여 안분계산하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각합니다.

1. 처분개요

청구법인은 「지방자치단체출연연구원의 설립 및 운영에 관한 법률」 및 OOO시 조례OOO에 의하여 OOO시의 발전에 관한 중장기계획 및 주요현안에 대한 조사․연구등의 업무를 고유목적으로 설립된 비영리법인으로, OOO시로부터 매년 출연금 및 기금(이하 “보조금”이라 한다)을 수령하여 연구원 운영경비로 사용하는 한편, 일부 수익사업으로 문화재 발굴조사용역 및 수탁연구용역 등의 용역사업을 수행하고 있는 바, 처분청은 청구법인이 2001～2004사업연도 수익사업부문에 대한 법인세 신고당시 OOO시로부터 받은 보조금 5,082,350천원(2001년 1,024,280천원, 2002년 1,288,070천원, 2003년 1,300,000천원, 2004년 1,470,000천원으로 이하 “쟁점보조금”이라 한다)은 전액 비수익사업 수입금액으로 보아 익금에 산입하지 않은 반면, 쟁점보조금 등으로 지출한 금액은 전액 수익사업부문 지출액으로 손금계상하여 매년 결손으로 신고한 사실을 확인하고, 청구법인이 수익사업부문 판매관리비로 손금산입한 금액 중 쟁점보조금으로 지출한 연구원운영비 3,474,803천원(2001년 728,290천원, 2002년 1,004,422천원, 2003년 797,091천원, 2004년 945,000천원으로 이하 “쟁점지출액”이라 한다)을 수익사업과 직접 관련이 없는 지출액으로 보아 손금불산입하는등 청구법인의 소득금액을 조정하여 2005.7.25 청구법인에게 2001사업연도 법인세 65,531,350원, 2002사업연도 법인세 229,977,770원, 2004사업연도 법인세 69,572,410원 합계 365,081,530원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.10.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

비영리법인이 고유목적사업과 수익사업을 겸영하는 경우, 수익사업에서 발생한 수입금액에 직접 대응되는 비용은 그 비용이 ‘수익사업을 위하여 사용되었는지’ 여부를 기준으로 판단하여야지, ‘수익사업에서 발생한 수입금액으로 지출되었는지’ 여부를 기준으로 판단할 것은 아니라고 보여지는데도, 이 건 처분청이 청구법인의 수익사업부문 소득금액을 계산하면서 수익사업에 직접 대응되어 판매관리비로 지출된 쟁점지출액을 비수익사업부문에서 발생한 쟁점보조금에서 지급하였다 하여 손금불산입한 것이므로 부당하다.

나. 처분청 의견

비영리법인이 비수익사업 수입금액인 국고보조금을 수익사업부문으로 전용하는 경우 잡이익등으로 익금산입한 후 관련경비를 처리함이 타당하다 할 것인데도, 청구법인은 이와 같이 회계처리하지 아니하고, 수익사업부문 소득금액을 계산하면서 각사업연도에 OOO시로부터 받은 쟁점보조금은 전액 익금에 산입하지 않은 반면, 쟁점보조금으로 지출한 쟁점지출액은 전액 판매관리비에 포함하여 손금산입한 사실이 확인되는 바, 청구법인이 판매관리비로 지출한 금액 중 쟁점보조금으로 지출한 쟁점지출액은 당초 비수익사업부문에서 수익사업부문으로 전용되지 아니한 금원으로 지출되었을 뿐만 아니라, 연구원운영비로 사용되어 수익사업과 직접 관련된 지출액으로 보기 어려우므로 이를 수익사업부문 소득금액 계산상 손금불산입한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점지출액을 수익사업과 직접 관련이 없는 지출액으로 보아 손금불산입한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법(2004.12.31 법률 7317호로 개정되기 전의 것)

제3조 【과세소득의 범위】 ① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도․소매 및 소비자용품수리업, 부동산․임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

2.～5. (생략)

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것

제19조 【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제113조 【구분경리】 ① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산․부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 구분경리의 방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 법인세법시행령(2005.2.19 대통령령 제18706호로 개정되기 전의 것)

제2조 【수익사업의 범위】 ① 법인세법(이하 "법"이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 의한 각 사업중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다.

2. 사업서비스업중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.(이하 생략)

제156조 【구분경리】 법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산․부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 재정경제부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(3) 법인세법시행규칙(2005.2.28 재정경제부령 제420호로 개정되기 전의 것)

제76조 【비영리법인의 구분경리】 ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다.

② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조제1항제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다.

⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간․사용시간․사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO시 조례에 의하여 설립된 비영리법인으로 OOO시에서 매년 보조금을 수령하여 연구원 운영경비로 사용하는 한편, 일부 수익사업으로 문화재 발굴조사용역 및 수탁연구용역 등의 사업을 수행하고 있는 바, 청구법인의 매출구조를 보면, ① 대가를 받지 않는 연구용역, ② 투입원가(직접비+간접비)에 미달하는 대가를 받는 연구용역, ③ 문화재 지표 시굴 및 발굴용역 수입으로 나뉘어 있으며, 청구법인의 총수입금액 및 총지출액과 수익사업부문 과세표준 신고내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

OOO

(2) 먼저, 청구법인의 수입금액 구성내역을 살펴보면 청구법인은 OOO시에서 보조금을 받는 관계로 2001～2004사업연도 「세입세출 예산 및 결산내역서」를 모두 정부의 예산회계방식(현금주의, 단식부기)에 의하여 작성하였는 바, 동 「세입세출 예산 및 결산내역서」에 의하면 청구법인의 2001～2004사업연도 수입금액은 총 14,895,512천원으로 나타나나(아래 ＜표2＞ 참조),

OOO

동 수입금액에는 ① 기업회계방식(발생주의, 복식부기)에 의할 경우 실질적인 수입금액이 될 수 없는 전기이월금(명시이월금)과 ② 임차보증금을 지급하기 위하여 보조금에서 일반예산으로 전용한 출연금 전용금이 포함되어 있고, ③ 특정기관(예건대, OOO상공회의소)으로부터 지원받아 특정사업 용도(청구법인과 울산상공회의소가 공동으로 개최하는 OOO심포지움 행사비)로 직접 지급하는 예산외 명시보조금, ④ 기금적립금 등에서 발생하는 이자수입 및 기타 잡수입등 보조금이나 용역매출액 이외의 수입금액이 포함되어 있는 바, 위 ①과 ②는 실질적인 수입금액으로 보기 어렵고, 위 ③도 특정수입액이 특정용도로 직접 지급되어 사실상 청구법인의 수입금액으로 보기는 어려우며, 위 ④는 청구법인이 수익사업의 영업외수익으로 계상하여 과세수익에 포함하였으므로 이를 제외하면, 청구법인의 2001～2004사업연도 수입금액은 고유목적사업 수입금액(보조금) 38.94%(5,082,350천원), 수익사업 수입금액(용역매출액) 61.06%(7,970,385천원)의 비율로 구성되어 있음을 알 수 있으며, 이 부분에 대하여는 처분청과 청구법인간에도 다툼이 없다.

(3) 다음으로, 청구법인의 지출액 구성내역을 살펴보면 청구법인의 2001～2004사업연도 「세입세출 예산 및 결산내역서」상 총지출액은 11,744,213원으로 나타나나(아래 ＜표3＞ 참조),

OOO

위 예산회계상 총지출액에는 명시이월금 지출액과 명시보조금 지출액 등 예산회계상 지출액에는 해당되나 기업회계상 지출액으로 볼 수 없는 금액이 포함되어 있고, 예산회계상 지출액은 아니나 기업회계상 지출액에 해당하는 감가상각비, 퇴직급여 충당금 등이 제외되어 있어 이러한 내용을 가감할 경우, 청구법인의 기업회계상 실질적인 총지출액은 10,296,922천원으로 계산되고, 그 내역은 모두 연구원 인건비, 일반운영비, 지급임차료 등 연구원 운영경비와 위탁용역사업비 등임을 알 수 있다.

(4) 위에서 살펴본 바와 같이, 청구법인은 OOO시로부터 받은 쟁점보조금 중 일부(쟁점지출액)와 수익사업 수입금액 중 일부를 연구원 운영경비와 위탁용역사업비 등으로 사용하고, 나머지 금액은 기금적립 및 지급임차료 등으로 사용하였으나, 2001～2004사업연도 법인세 신고당시에는 위 ＜표1＞에 나타난 바와 같이 고유목적사업 및 수익사업 부문별로 자산․부채 및 손익의 구분경리를 하지 아니한 채, 전체 수입금액 및 지출액을 기준으로 수익사업부문에 대한 각사업연도 소득금액을 계산하면서, OOO시로부터 받은 보조금을 전액 익금에 산입하지 아니하고, 각사업연도에 소요된 보조금을 판매관리비에 포함하여 전액 손금으로 계상하였다가, 처분청의 과세예고통지를 받은 후, 과세전적부심사 과정에서 법인세법시행규칙 제76조의 규정에 따라 각 사업부문별(비수익사업, 투입원가에 미달하는 용역수입, 문화재관련 용역수입)로 작업시간에 따라 자산․부채 및 손익을 구분하여 제출하였으나, 처분청은 청구법인이 OOO시로부터 받은 보조금 중 일부를 수익사업으로 전입하지 아니한 상태에서 동 보조금으로 지출한 쟁점지출액을 수익사업 지출액에 포함한 것은 세법이 허용하는 구분경리의 방법이 아니라고 보고, 청구법인이 수익사업의 판매관리비로 손금계상한 금액 중 쟁점보조금으로 지출하였으나 목적사업 용도로 지급되었다고 판단한 지급임차료를 제외한 쟁점지출액은 그 내역이 연구원의 인건비, 잡급, 제수당, 연금부담금과 일반운영비 등으로 사실상 연구원의 운영경비에 해당되어 수익사업과 직접 관련이 없는 지출액에 해당된다고 보아 손금불산입하였다.

(5) 이에 대하여 청구법인은 ① 비영리법인이 비영리사업과 관련하여 국가나 지방자치단체로부터 받는 보조금은 그것이 수입 또는 경비를 보전하기 위한 것일지라도 법인세 과세대상이 되지 아니하며, ② 수익사업의 수입금액과 대응되는 비용은 수익사업을 위하여 사용되었는지 여부가 중요한 것이지, 그것이 수익사업에서 발생된 수입금액으로 지출되었는지 여부가 중요한 것이 아니며, ③ 청구법인의 업무특성상 일반운영비 중 연구원들의 급료가 가장 큰 비중을 차지하고, 청구법인의 연구원들은 고유목적사업과 수익사업에 공통적으로 참여하고 있기 때문에 연구과제의 중요성을 떠나 청구법인이 이를 공통인건비로 분류하고 수익사업의 수입금액이나 과제물이 월등히 많은 관계로 이들 연구원이 주된 근로제공이 수익사업과 관련된 것이라고 판단하여 수익사업 비용으로 계상한 것이라고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 먼저, 청구법인이 OOO시로부터 받은 쟁점보조금이 법인세 과세대상인지 여부를 살펴본다.

비영리법인이 연구 및 개발업무를 수행하면서 용역대가없이 지원받은 국가나 지방자치단체의 보조금은 수익사업에서 발생하는 수입금액이 아니어서 원칙적으로 법인세 과세대상이 아니라고 할 것OOO이므로, 청구법인이 OOO시로부터 받은 쟁점보조금은 수익사업에 전입되지 아니한 이상 원칙적으로 법인세 과세대상은 아니라고 판단된다.

(나) 다음으로, 비영리법인이 국가나 지방자치단체로부터 받은 보조금을 동 비영리법인의 수익사업에 지출하거나 전입한 경우 취하여야 할 조치를 살펴본다.

비영리법인이 고유목적사업과 수익사업을 겸영하는 경우 법인세법 제113조의 규정에 의하여 자산․부채 및 수익을 구분경리하여야 하며, 고유목적사업용 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우에는 위 법인세법시행규칙 제76조의 규정에 의하여 그 자산가액을 자본의 원입으로 경리하여야 한다. 그러나, 청구법인은 고유목적사업과 수익사업을 겸영하면서도 당초 법인세 과세표준 신고당시에는 위 법인세법 제113조의 규정에 의하여 고유목적사업용과 수익사업용으로 자산․부채 및 손익을 구분하여 경리하지 아니하였을 뿐만 아니라, 수익사업에 지출하였다는 쟁점지출액과 관련하여서도 위 법인세법시행규칙 제76조의 규정에 의하여 자본의 원입으로 경리한 사실이 없었다가 이 건 과세예고통지를 받은 후에야 각 사업부문별 작업시간에 따라 자산․부채 및 손익을 구분하여 제출하였던 점이 있다.

(다) 위와 같은 관점에서 청구법인이 판매관리비로 지출한 금액 중 쟁점지출액을 고유목적사업 지출액으로 보아야 하는지, 수익사업에 직접 대응되는 지출액으로 보아야 하는지 여부를 살펴본다.

1) 위에서 살펴본 바와 같이, 청구법인의 고유목적사업은 주로 “대가를 받지 아니하는 용역사업”이고, 수익사업은 “투입원가(직접비+간접비) 이하의 대가를 받는 용역사업”과 “문화재관련 용역사업”으로 구성되어 있어 청구법인은 고유목적사업과 수익사업의 업종이 사실상 동일하고, 지출액도 모두 연구원의 인건비․제수당․여비교통비․일반운영비․업무추진비 등의 형태로 집행되고 있어 고유목적사업과 수익사업용으로 이를 구분하기 어려운 점이 있으며, 쟁점지출액 또한 고유목적사업 지출액인지 수익사업에 직접 대응되는 지출액인지 여부를 구분하기 어렵다.

2) 위 법인세법시행규칙 제76조 제6항 제2호의 규정에 의하면, 비영리법인이 수익사업과 기타의 사업을 겸영하고, 동 손익을 구분경리하는 경우, 공통되는 익금과 손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산하도록 하고 있다.

3) 위 사실과 관련법령의 내용을 종합해 보면, 청구법인의 고유목적사업과 수익사업의 수입금액과 그 비율이 위 ＜표2＞에 나타난 바와 같음은 처분청과 청구법인간에 다툼이 없고(사실상 고유목적사업과 수익사업에 공통되는 익금으로 볼 수 있는 이자기타의 수입금액이 일부 있으나, 이 금액은 연구용역사업을 주로 하는 청구법인이 수익사업의 영업외수익으로 계상하였음), 고유목적사업과 수익사업의 업종이 동일하여 지출액은 대부분 고유목적사업과 수익사업 구분없이 사용하였다고 보여지며, 지출액 중 개별손금으로 볼 수 있는 금액(예컨대, 문화재 발굴사업을 수행하기 위해 지급하는 현장사무소 임차료, 잡역부 인건비 등)이 일부 포함되어 있다고 보여지나 그 구체적인 내역과 금액을 확인하기 어려우므로 각 사업별 손금은 총지출액을 전액 공통손금으로 보아 ＜표2＞에 나타난 고유목적사업과 수익사업의 수입금액에 비례하여 안분계산하는 것이 타당하다고 판단된다(안분계산방법 : 아래 ＜표4＞의 예시 참조).

그런데, 위와 같은 방법으로 청구법인의 법인세를 재계산할 경우, 2003사업연도(당초 산출세액이 없었음)와 2004사업연도의 과세처분은 당초 처분보다 청구법인에게 오히려 불이익한 결과가 발생될 것으로 예상이 되고, 과세처분은 각 세목별․사업연도별로 그 과세방법을 달리할 수 있으므로, 2003사업연도와 2004사업연도 법인세에 대하여는 국세기본법 제79조 소정의 불이익변경금지의 원칙에 의하여 기각하고, 2001사업연도와 2002사업연도 법인세에 대해서만 위와 같은 방법으로 경정하도록 한다.

OOO

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.