원심판결을 파기한다.

제1심판결을 취소하고, 이 사건 소를 각하한다.

소송총비용은 원고가...

직권으로 판단한다.

1. 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제51조 제7항은 “세무서장이 국세환급금의 결정이 취소됨에 따라 이미 충당 또는 지급된 금액의 반환을 청구함에 있어서는 국세징수법의 고지독촉 및 체납처분의 규정을 준용한다.”고 규정하고 있다.

이는 국세를 착오환급 내지 과다환급한 경우와 관련하여 그 존부 내지 금액을 확정하는 권한과 임의의 이행이 없는 경우의 강제징수권자력집행권을 모두 납세지 관할세무서장에게 부여함으로써 착오환급 내지 과다환급한 환급세액을 효율적으로 징수할 수 있도록 특별히 그 환수절차를 마련한 것이다.

이와 같은 규정 내용 및 입법취지 등을 감안하면 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조의 결손금 소급공제에 의하여 법인세를 환급받은 법인이 후에 결손금 소급공제 대상 법인이 아닌 것으로 밝혀진 경우 납세지 관할 세무서장은 그 착오환급한 환급세액을 구 국세기본법 제51조 제7항에 따라 강제징수 할 수 있을 뿐이고, 민사소송의 방법으로 부당이득반환을 구할 수는 없다고 보아야 할 것이다.

한편 구 법인세법상 결손금 소급공제는 일정한 중소기업을 대상으로 특별히 조세정책적 목적에서 인정된 제도로서 납세자의 신청에 기하여 관할 세무서장이 이월결손금의 발생 등 그 실체적 요건 및 절차적 요건의 충족 여부를 판단하여 환급세액을 결정함으로써 납세자의 환급청구권이 비로소 확정되므로(대법원 2000. 10. 27. 선고 2000다25590 판결 참조), 결손금 소급공제 환급결정은 납세자의 권리의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서 행정처분에 해당한다고 보아야 한다.

따라서 과세관청은...