2004-0288 (2004.09.23)

취득

경정

본점사무실로 사용하고 있는 부동산에 대한 등록세 등은 중과되어야 하고 취득세 등은 증축한 건축물 면적을 제외한 면적과 그 부속토지는 일반세율로 적용하고 증축한 건축면적과 그 부속토지는 중과세율이 적용되어야 함이 타당함.

지방세법 제282조【기업부설연구소용 부동산에 대한 면제】 / 지방세법 시행령 제228조 【기업부설연구소】

처분청이 2003.12.19. 청구인으로부터 수납하여 징수 결정한 등록세 90,000,000원, 지방교육세 18,000,000원, 합계 108,000,000원을 등록세 34,104,980원, 지방교육세 6,829,990원, 합계 40,934,970원으로 경정하고, 2004.1.19. 청구인으로부터 수납하여 징수 결정한 취득세 20,000,000원, 농어촌특별세 2,000,000원, 합계 22,000,000원을 취득세 9,076,860원, 농어촌특별세 907,680원, 합계 9,984,540원으로 경정한다.

1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 2003.12.19. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 ㅇㅇ호 토지 456㎡와 동지상 건축물 417.42㎡(이하 “이 사건 부동산”이라 한다)를 취득한 후 이 사건 부동산의 취득가액(1,000,000,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제138조제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 90,000,000원, 지방교육세 18,000,000원, 합계 108,000,000원은 2003.12.19. 신고납부하고 취득세 20,000,000원, 농어촌특별세 2,000,000원, 합계 22,000,000원은 2004.1.19. 신고납부하자 이를 각각 수납하여 징수결정 하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 외식업관련 광고물 제작업 등을 목적사업으로 하여 2001.6.28. 법인을 설립한 후 2003.12.19. 본점사무실과 기업부설연구소로 사용하기 위하여 주택용도로 사용하고 있던 이 사건 부동산을 취득하고 2004.2.3. 처분청으로부터 증축 및 용도변경[지하층 근린생활시설 108.5㎡는 104.90㎡로 3.68㎡면적 감소, 지하층 차고 25.70㎡는 제2종근린생활시설(사무실 25.70㎡)로 용도변경, 지상1층주택 162.74㎡를 제2종근린생활시설(사무실 180.62㎡)로 증축 및 용도변경, 지상2층 주택 119.43㎡를 제2종근린생활시설(사무실 165.42㎡)로 증축 및 용도변경, 계단위치변경(대수선)] 허가를 받고 2004.3.3. 사용승인을 받은 후 2004.3.29. 이 사건 부동산의 건축물 지하층 130.6㎡와 지상2층 165.42㎡(이하 “연구소용 건축물”이라 한다)를 기업부설연구소로 지정받기 위하여 연구전담요원(11명)과 연구분야등의 사업계획서를 한국산업기술진흥협회에 제출하여 2004.4.28. 기업부설연구소로 인정(제20041379호)을 받았으므로 이 사건 부동산의 건축물 476.64㎡ 중 기업부설연구소로 인정받은 296.02㎡와 동 부속토지에 대한 취득세 및 등록세는 구 지방세법 제282조의 규정에 의하여 과세면세되어야 하므로 기 신고납부한 세액 중 본점사무실로 사용하고 있는 180.62㎡와 동 부속토지에 대한 취득세 등을 제외한 취득세 등은 환부되어야 한다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 경정을 구하였다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 부동산 취득일로부터 5월 이내에 과학기술부장관으로부터 기업부설연구소로 인정을 받은 경우에 취득세 등이 과세면제되는지의 여부에 있다고 하겠다.

먼저 관계 법령의 규정을 살펴보면, 구 지방세법 제282조(2003.12.30. 법률 제7013호로 개정되기 전의 것, 이하 “구 지방세법”이라 한다)에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 면제한다. 다만, 연구소설치 후 2년 이내에 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.”라고 규정하고 있고 같은법 시행령 제228조에서는 “법 제282조에서 “대통령령이 정하는 기업부설연구소”라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법 제7조제1항제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 과학기술부장관의 인정을 받은 것을 말한다.”라고 각각 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 청구인은 2003.12.19. 주택으로 사용하고 있던 이 사건 부동산을 취득한 후 대도시내 법인 설립일로부터 5년 이내에 취득 등기한 부동산으로 보아 중과세율을 적용하여 산출한 등록세 등은 2003.12.19. 신고납부하고 일반세율을 적용하여 산출한 취득세 등은 2004.1.19. 신고납부한 후 2004.2.3. 처분청으로부터 이 사건 부동산의 건축물 증축 및 용도변경허가를 받고 2004.3.3. 사용승인을 받은 후 2004.3.29. 이 사건 부동산의 건축물 지하층 130.6㎡와 지상2층 165.42㎡를 기업부설연구소로 지정받기 위하여 사업계회서등을 한국산업기술진흥협회에 제출하여 2004.4.28. 기업부설연구소로 인정(제20041379호)을 받은 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 이의신청결정기관인 ㅇㅇ시장은 등록세 등 108,000,000원은 2003.12.19. 신고납부한 후 90일이 경과한 2004.3.20. ㅇㅇ시에 이의신청접수를 하였다는 사유로 각하결정 하였지만, 지방세법 제75조제2항에서 이의신청기한 내에 우편으로 제출한 경우에는 우편법에 의한 통신일부인이 찍힌 날을 기준으로 하여 이의신청이 있었던 것으로 보도록 규정하고 있으므로, 청구인은 등록세 등 108,000,000원은 2003.12.19. 신고납부하고 이에 대한 이의신청서를 2004.3.18. 우편으로 발송(접수 1133780189923)한 사실이 ㅇㅇ중앙우체국장이 발행한 우편물배달증명서에서 입증되고 있으므로 청구인은 등록세 등의 신고납일로부터 90일 이내에 이의신청을 접수하였으므로 이의신청결정기관인 ㅇㅇ시장이 청구기간도과로 판단하여 각하로 결정한 것은 잘못된 결정으로 판단되고 또한 이의신청결정기관인 ㅇㅇ시장은 이의신청을 접수한 날까지도 과학기술부장관으로부터 기업부설연구소로 인정을 받은 사실이 없기 때문에 취득세 및 등록세 등은 과세되어야 한다고 판단하고 있지만, 구 지방세법 제282조에서 기업부설연구소용에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제한다라고 규정하고 지방세법 시행령 제228조에서 기업부설연구소라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 과학기술부장관의 인정(기술개발촉진법 제 16조의 규정에 의하여 한국산업기술진흥협회장에게 위임)을 받은 것을 말한다라고 규정하고 있으므로 청구인의 경우와 같이 2003.12.19. 주택으로 사용하고 있는 이 사건 부동산을 취득한 후 2004.2.3. 건축물 증축 및 용도변경 허가를 받고 2004.3.3. 사용승인을 받은 후 2004.3.29. 기업부설연구소로 지정 받고자 연구에 관한 사업계획서등을 한국산업기술진흥협회에 제출하여 2004.4.28. 기업부설연구소(이 사건 부동산 중 건축물 417.42㎡의 지하층 130.6㎡와 지상2층 165.42㎡)로 인정(제20041379호)을 받은 후 기업부설연구소용으로 계속하여 사용하고 있는 이상 청구인이 취득한 이 사건 부동산 중 연구소용으로 사용되고 있는 건축물 및 부속토지에 대한 취득세 및 등록세 등은 과세면제되어야 하고 다만, 이 사건 부동산의 건축물 중 1층 180.62㎡는 취득 당시 162.74㎡에서 17.88㎡를 증축하여 본점사무실로 사용하고 있으므로 본점사무실로 사용하고 있는 부동산에 대한 등록세 등은 대도시내 법인설립일로부터 5년 이내에 취득등기한 부동산에 해당되어 중과(일반세율의 3배) 되어야 하고 취득세 등은 증축한 건축물 면적을 제외한 면적과 그 부속토지는 일반세율로 적용하고 증축한 건축면적과 그 부속토지는 과밀억제권역안에서 본점사무소의 증축한 부동산에 해당되어 중과세율(일반세율의 3배)이 적용되어야 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2004. 9. 23.

행 정 자 치 부 장 관