청구종중은 '법인으로 보는 단체'에 해당하므로 양도소득세의 신고·납부의무가 없다는 청구주장의 당부

가. OOO(이하 “청구종중”이라 한다)는 2018.12.3. 자신 소유의 OOO 소재 임야 5,186㎡(이하 “쟁점임야”라 한다)를 OOO에 수용을 원인으로 양도하고, 2018.12.20. 처분청으로부터 ‘법인이 아닌 단체’로 승인을 받은 후 2019.2.28. 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구종중은 2019.4.26. 자신이 양도소득세 신고의무가 없는 「국세기본법」 제13조 제2항에 의한 ‘법인으로 보는 단체’에 해당한다고 주장하며 기 납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구종중은 ‘법인으로 보는 단체’로 신고·승인받은 사실이 없는바 비영리법인에 해당하지 않는다는 취지로 2019.6.27. 이를 거부하였다.

다. 청구종중은 이에 불복하여 2019.7.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구종중은 자연발생적으로 결성되어 활동하여 오다가 1982년 정관 등 내부규정을 정비하였고, 2002.4.18. OOO으로부터 부동산등기용등록번호를 부여받았으며, 2018.12.20. 비영리법인으로 신고하기 위해 종중의 정관, 회의록, 직인 등을 지참하고 처분청을 방문하였으나, 법인 아닌 단체로 신청하라는 담당공무원의 안내에 따라 법인 아닌 단체의 고유번호증(OOO)을 발급받게 되었다.

(2) 청구종중은 매년 음력 10월 둘째 주 일요일에 OOO소재 OOO에 모든 종중원이 모여 제사를 드리고 결산총회를 갖으며, 정관 등 내부규정에 따라 대표자를 선임하여 운영하고 매년 결산보고를 하고 있으며, 쟁점임야는 문중시조가 안치된 곳으로 종중원으로부터 1995.6.16. 증여받은 이후 선산의 보존과 조상제사라는 종중의 고유목적사업 외의 다른 용도로 사용한 적이 없고, 쟁점임야가 수용된 후 그 보상금을 포함한 종중의 재산이 구성원에게 증여된 사실이 없는바, 청구종중은 비영리법인에 해당하는 것으로 보아야 한다.

(3) 따라서, 비영리법인인 청구종중이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용한 쟁점임야의 처분으로 발생하는 수입은 「법인세법」 제3조 제3항 및 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 과세대상 수입에서 제외되는 것인바, 청구종중이 신고·납부한 양도소득세는 환급되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구종중은 2002.4.18. OOO으로부터 부동산등기용등록번호를 부여받았으나, 이는 등기권리자의 동일성 확인과 등기사무의 편의 등을 위한 것으로 「국세기본법」제13조 제1항 제1호에 의한 ‘법인으로 보는 단체’로 주무관청에 등록한 경우에 해당하지 않고, 같은 조 제2항은 ‘법인으로 보는 법인 아닌 단체’에 대한 요건을 엄격하게 규정하면서 관할 세무서장에게 신청하여 승인받을 것을 명시하고 있는데 청구중종은 관할세무서장에게 ‘법인으로 보는 단체’로 신청·승인받은 사실이 없는바, ‘법인으로 보는 단체’의 요건을 갖추지 못한 청구종중을 「소득세법」상 납세의무자인 거주자로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구종중은 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하므로 양도소득세의 신고·납부의무가 없다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 국세기본법

제13조(법인으로 보는 단체) ① 법인( 「법인세법」 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

(2) 국세기본법 시행령

제8조(법인으로 보는 단체의 신청·승인 등) ① 법 제13조 제2항에 따라 승인을 받으려는 법인( 「법인세법」 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각 호의 사항을 적은 문서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 단체의 명칭

2. 주사무소의 소재지

3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소

4. 고유사업

5. 재산상황

6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정

7. 그 밖에 필요한 사항

② 관할 세무서장은 제1항에 따라 법인 아닌 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일 이내에 신청인에게 통지하여야 한다.

③ 제2항에 따라 승인을 받은 법인 아닌 단체에 대해서는 승인과 동시에 「부가가치세법 시행령」제12조 제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 해당 단체가 수익사업을 하려는 경우로서 「법인세법」제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(3) 소득세법

제2조(납세의무) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

1. 거주자

③ 「국세기본법」제13조 제1항에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국내에 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 경우에는 거주자로, 그 밖의 경우에는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다.

(4) 소득세법 시행령

제3조의2(거주자 또는 비거주자로 보는 단체의 구분) 법 제2조 제3항에 따라 거주자 또는 비거주자로 보는 법인 아닌 단체에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 법을 적용한다.

1. 구성원 간 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있거나 사실상 이익이 분배되는 것으로 확인되는 경우에는 해당 구성원이 공동으로 사업을 영위하는 것으로 보아 구성원별로 과세

2. 구성원 간 이익의 분배방법이나 분배비율이 정하여져 있지 않거나 확인되지 않는 경우에는 해당 단체를 1 거주자 또는 1 비거주자로 보아 과세

(5) 법인세법

제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지 등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

제6조(사업연도) ① 사업연도는 법령이나 법인의 정관(定款) 등에서 정하는 1회계기간으로 한다. 다만, 그 기간은 1년을 초과하지 못한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 2018년 귀속 양도소득세 신고서와 쟁점임야의 수용사실 확인서(OOO, 2018.12.3.)에 의하면 쟁점임야는 2018.12.3. OOO에게 총보상액 OOO원에 수용되었고, 청구종중은 2018.12.26. 양도가액은 OOO원, 취득가액은 OOO원, 납부세액은 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 나타난다.

(2) 쟁점임야의 등기사항전부증명서를 보면, 쟁점임야는 1970.11.3. 증여를 원인으로 1995.6.16. 청구종중 대표자 박OOO에게 소유권이 이전되었고, 2018.4.17. 신청착오를 원인으로 청구종중으로 등기명의표시 경정되었으며, 2018.12.3. 협의취득을 원인으로 소유권이 OOO로 이전되었다.

(3) 처분청의 경정청구 검토서를 보면, 청주종중은 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하고 비영리법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산의 처분 수입은 과세 제외되는 것인바, 쟁점임야는 양도소득세 과세대상이 아니라며 양도소득세의 환급을 청구하였으나, 처분청은 청구중종이 법인으로 보는 단체에 해당하지 않고, 부동산등기용 등록번호를 발급받은 것만으로는 「국세기본법」제13조 제1항 제1호의 주무관청에 등록한 경우에도 해당하지 않는다는 취지로 경정청구를 거부하였다.

(4) 청구종중이 2018.12.20. 처분청에 제출한 사업자등록신청서를 보면, 개인이 아닌 단체의 고유번호 신청서로 신청서와 함께 청구종중의 정관과 총회 회의록 등이 첨부되어 있는 것으로 나타난다.

(5) 청구종중은 청구주장에 대한 증빙으로 청구종중의 정관(작성일 1982년, 1994년), 및 회의록(2015년∼2018년), 고유번호증(2018.12.20. 처분청), 등록번호등록증명서(2002.4.18., 사천시장), 묘지 위치도, 종중제사 및 회의사진을 제출하였고, 위 고유번호록증상 유의사항에는 ‘이 고유번호증은 과세자료의 효율적 처리 등을 위하여 법인 아닌 단체 또는 종합소득이 있는 자로서 사업자가 아닌 자에게 부여하는 등록번호입니다’라고 기재되어 있다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구종중은 「국세기본법」 제13조의 제2항의 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하므로 양도일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용된 쟁점임야의 처분으로 인한 양도소득세는 환급되어야 한다고 주장하나, 종중이 법인으로 보는 단체로서 세법을 적용받기 위해서는 「국세기본법」제13조 제2항 각 호의 요건을 모두 갖추어 관할 세무서장에게 신청 및 승인을 받아야 하나 청구종중은 2018.12.20. 사업자등록을 하면서 ‘개인사업자용’, ‘법인이 아닌 단체의 고유번호 신청서’ 서식을 작성하여 제출하였고, 이후 새로이 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받아 고유번호증을 교부받은 사실이 확인되지 않는바, 쟁점임야 양도 당시 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 아니하는 점, 청구종중은 2002.4.18. 사천시장으로부터 부동산등기용등록번호를 부여받았으나 이는 「국세기본법」제13조 제1항 제1호에 의한 ‘법인으로 보는 단체’로 주무관청에 등록한 경우에 해당되는 것은 아닌 점 등에 비추어 처분청이 청구종중을 「소득세법」상 1거주자로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

참조조문