1. 2011. 3. 4. 원고에 대하여,

가. 피고 동대문세무서장이 한 2005 사업연도 법인세 2,543,797...

1. 처분의 경위

가. 2005 사업연도 법인세 중 손금산입 (1) 원고(구 상호: 주식회사 C, 주식회사 D)는 1977. 8. 11. 설립되어 교육출판 문화사업, 도서, 학습지 제작 및 도소매업 등을 영위하는 주식회사로, B은 현재 원고의 사내이사이면서 원고 주식의 58%를 소유하고 있고, 나머지 주식들도 B의 배우자, 부모, 형제들이 소유하고 있다.

주식회사 E(이하 ‘E’라 한다)는 1992. 11. 25. 설립되어 도서 및 교육도서 출판 및 판매업 등을 영위하는 주식회사이다.

원고는 E 주식 9,970주(99.79%), B은 E 주식 30주(0.3%)를 소유하고 있었다.

(2) B은 'F A-M 등급 24권 교재‘(이하 ’이 사건 저작물‘이라 한다)에 대하여 저작권자로 등록을 마쳤다.

원고는 1994. 12. 31. B과 사이에 이 사건 저작물에 관하여 출판권 설정계약을 체결하고, 그 무렵부터 저작료를 지급하였는데, 2005 사업연도에도 B에게 저작료 5,613,084,360원을 지급하였다.

(3) E는 아래와 같이 3회에 걸쳐 유상증자를 실시하였는데, 원고는 합계 99억 원(액면가 10,000원, 99만 주)을 투자하여 신주를 인수하였고, 증자 후 주식은 999,970주(=유상증자 전 9,970주 유상증자 후 990,000주, 99.99%)이다

(이하 ‘1, 2, 3차 각 유상증자’, ‘1, 2, 3차 각 신주인수’로 특정한다). 일자 금원(원) 1차 유상증자 2002. 6. 14. 900,000,000 2차 유상증자 2003. 6. 27. 5,000,000,000 3차 유상증자 2004. 12. 31. 4,000,000,000 합계 9,900,000,000 원고는 2005. 7. 12. 자회사인 주식회사 G(이하 ‘G’라 한다)에 E의 주식 전부를 1원에 양도하였고(이하 ‘이 사건 주식양도’라 한다), E는 2005. 11. 30. G를 흡수합병하여 합병등기를 마쳤다.

(4) 원고는 2005. 10. 14. 삼정회계법인에 컨설팅 용역을 의뢰하였고, 용역대가로 2005. 11. 25. 계약금 6,600만 원, 2005. 12. 31. 중도금 6,600만 원, 2006. 2. 28....