조심2011서0877 (2011.05.16)

양도

기각

○○구청장이 교부한 주택조합설립인가필증 및 청구인이 일반분양자라고 주장하는 ○○○ 등의 경우 모두 조합원의 지위를 승계한 사실 등으로 신축주택취득기간 내 조합원 외의 자에게 일반분양이 있었던 것으로 보기 어려움

조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】

조심2011서1077 /

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. OOOOO제1지역주택조합(이하 “청구외조합”이라 한다)은 조합원 231명으로 구성되어 OOOOO OOO구청장으로부터 2002.5.15. 설립인가를 받고, 2002.9.9. 사업승인을 받아 주택 231세대를 신축하였으며, 신축된 주택은「조세특례제한법」(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조의3의 신축주택취득기간(2001. 5.23.부터 2002.12.31.까지)을 경과한 2005.4.12. 사용승인되었다.

나. 청구인은 2001.11.14. 청구외조합에 가입하여 조합원 자격으로 OOOOO OOOO OOOO 997 OOOOO아파트 102동 1101호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 2006.10.20. 양도한 후, 양도가액을 282,000,000원, 취득가액을 173,491,250원으로 하여 「조세특례제한법」제99조의3 제1항 제2호에 따라 산출세액 37,463,488원 전액을 감면받는 것으로 양도소득세를 신고하고, 감면세액의 20%에 상당하는 7,492,697원을 농어촌특별세로 신고·납부하였다.

다. 처분청은 청구외조합이 신축주택취득기간 내에 조합원 이외의 자에게 주택을 일반분양한 사실이 없어, 쟁점주택의 양도가 「조세특례제한법」제99조의3 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제99조의3 제3항 제2호의 단서규정을 충족하지 못하여 양도소득세 감면이 적용되지 아니하는 것으로 보아 2010.12.10. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 23,252,400원(쟁점주택 토지의 취득시기를 준공일인 2005.4.27.에서 청구외조합의 토지 취득일인 2002.6.29.로 조정하여 장기보유특별공제를 적용하고, 농어촌특별세를 기납부세액으로 공제)을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2011.2.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 OOO구청의 공문 및 주택조합설립(변경)인가필증에 의하면 2004.11.12.부터 조합원의 임의탈퇴가 있었으므로 신축주택취득기간 내에는 조합원 이외의 일반분양이 없었다고 하나, 청구외조합에서 임의분양된 13세대가 있었고, 이 중 부동산 등기부등본에 등기원인일이 2001.11.9.∼2002.3.18.로 되어 있어 신축주택취득기간 내에 일반분양한 주택이 4세대(김OO, 최OO, 지OO, 윤OO)로 확인됨에도 쟁점주택 양도에 대하여 「조세특례제한법」제99조의3의 양도소득세 감면을 부인한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구외조합은 「주택건설촉진법」에 의한 지역조합으로서 관련법령에서 자격요건을 갖춘 자만 조합원이 될 수 있고, 원칙적으로 조합원의 변경을 금지하고 있으며, 결원발생시 지방자치단체장의 허가를 받아야만 조합원을 추가모집할 수 있도록 규정하고 있어 청구외조합이 조합원 이외의 자에게 주택을 일반분양할 수 없고, 청구외조합은 당초부터 조합원 231명에게 분양할 주택 231세대를 신축하기 위한 사업승인을 받아 일반분양이 없음을 알 수 있으며, 임의분양된 13세대는 조합원 자격이 없는 조합원에 대하여 조합원 자격을 승계하거나 신규가입한 세대로 신축주택취득기간 내에 일반분양과는 아무런 관련이 없으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구외조합이 신축주택취득기간 내에 조합원 외의 자에게 주택을 일반분양하였으므로, 청구인이 양도한 주택에 대하여 「조세특례제한법」제99조의3에 따라 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(괄호 생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. (단서 생략)

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택건설촉진법」에 의한 주택조합 또는 「도시재개발법」에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). (단서 생략)

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택건설촉진법」에 의한 주택조합 또는 「도시재개발법」에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법 시행령(2001.12.31, 대통령령 제17458호로 개정된 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 「주택건설촉진법」에 의한 주택조합 또는 「도시재개발법」에 의한 재개발조합(이하 이 조에서 “주택조합 등”이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1호의 규정에 의한 신축주택 취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원( 「도시재개발법」 제34조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 「주택건설촉진법」 제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간 내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다.

(3) 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역 외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(괄호 생략)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. (단서 생략)

1. 주택건설사업자로부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(「주택건설촉진법」에 의한 주택조합 또는 「도시재개발법」에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). (단서 생략)

2. 자기가 건설한 신축주택(「주택건설촉진법」에 의한 주택조합 또는 「도시재개발법」에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 신축주택취득기간 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

부칙 제1조【시행일】이 법은 2003년 1월 1일부터 시행한다.

부칙 제29조【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세 과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다.

(4) 주택건설촉진법 시행령(2002.12.5. 대통령령 제17793호로 개정되기 전의 것) 제42조【주택조합의 설립등】① 법 제44조 제1항의 규정에 의하여 주택조합설립인가·변경인가 또는 해산인가를 받고자 하는 자는 인가신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 가장 많은 수의 조합원이 거주하는 지역(직장조합인 경우에는 직장소재지를 말한다) 또는 조합주택건설예정지를 관할하는 시장등에게 제출하여야 한다. (각호 생략)

④ 지역조합이나 직장조합은 그 설립인가를 받은 후에는 당해 조합의 구성원을 교체하거나 신규로 가입하게 할 수 없다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 사유로 결원이 발생한 범위 안에서 충원하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 조합원의 사망

2. 법 제33조의 규정에 의한 주택건설사업계획의 승인이후에 입주자로 선정된 지위(당해 주택에 입주할 수 있는 권리·자격 및 지위 등을 말한다)가 양도·증여 또는 판결 등으로 변경된 경우

3. 조합원이 확정판결 등의 사유로 다른 주택을 소유하게 되어 조합원 자격을 상실하는 경우

4. 조합원이 전산조회 등으로 무자격자로 판명되어 자격을 상실하는 경우

5. 기타 제1호 내지 제4호에 준하는 경우로서 건설교통부장관이 정하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) OO지방국세청에서 정기종합감사를 실시하고 청구외조합이 신축한 OOOOOOOO아파트 관련 양도소득세 부당감면에 대해 처분청에 현지시정을 요구한 공문에 의하면, 청구외조합이 신축한 주택은 일반분양이 없고, 신축주택취득기간이 경과한 2005.4.12. 사용승인이 되어 양도소득세 감면대상이 아니, 관련 추징대상자는 24명으로 총 추징세액은 10억7,100만원으로 되어 있다.

(2) OOOOO OOO구청장이 2005.4.25. 청구외조합에게 교부한 주택조합설립(변경)인가필증에 의하면, 청구외조합은 아래 <표1>과 같이 조합원 변동이 있었던 것으로 나타나며, 조합설립 인가(2002.5.15.)시부터 2차 변경인가(2003.8.28.)시에도 조합원 수는 계속 231명이었음이 나타난다.

<표1> 청구외조합 설립 및 변동내역

(3) 청구인은 조합원이 아닌 김OO 등 4인이 신축주택취득기간 내에 매매계약을 체결하여 청구외조합으로부터 일반분양 받았다고 주장하면서, 김OO 등 4인의 부동산 등기내역을 제출하였는바, 그 주요내역은 아래 <표2>과 같다.

<표2> 청구인 제시 일반분양 내역

(4) 청구인에 대한 과세전적부심사결정서 등에 따르면, 처분청의 조사공무원이 윤OO, 지OO, 최OO에게 유선확인한 결과 이들은 일반분양받은 것이 아니라 당초 조합원 중 결격사유가 있어 자격을 상실하거나 조합을 탈퇴한 지위를 승계하여 조합원이 되었다고 진술하였고, 특히 지OO은 등기부등본상 등기원인은 2001.11.9. 매매로 되어 있으나, 청구외조합과 조합원계약서를 작성한 시점은 2004년이라고 진술한 것으로 되어 있으며, 청구외조합의 최초 설립인가시부터 6차 변경인가시까지 제출된 조합원의 명단에는 김OO 등 4명의 인적사항이 확인되지 아니하는바, 김OO 등 4명은 당초 조합원들의 탈퇴로 결원이 발생하자 기존 조합원의 권리·의무를 양수하는 형식으로 조합원지위를 승계하였으나, 주택조합 가입의 결격사유가 있어 조합원 명단에 등재하지 아니한 것으로 확인하였음이 나타난다.

(5) 살피건대, 청구인은 조합원이 아닌 김OO 등 4인이 신축주택취득기간 내에 청구외조합과 매매계약을 체결하여 일반분양한 사실이 있다고 주장하나, OOOOO OOO구청장이 교부한 주택조합설립(변경)인가필증에 의하면 최초 설립인가시부터 4차 변경인가시까지 조합원 수가 신축주택 수와 동일한 231명으로 확인되고, 청구인이 일반분양자라고 주장하는 윤OO, 지OO, 최OO의 경우 모두 조합원의 지위를 승계한 것으로 나타나며, 설령 조합원 이외의 일반분양이 있었다고 하더라도 2003.8.28. 조합원 13명이 무자격자로 확인된 이후에나 가능하였을 것이므로, 김OO 등 4명이 부동산 등기원인일에 청구외조합과 매매계약을 하여 신축주택취득기간 내에 조합원 외 일반분양이 있었던 것으로 보아야 한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO OO)O

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.