[사건번호]조심2013서3612 (2014.07.10)

[세목]종합소득[결정유형]경정

[결정요지]특허등록원부에 의하면 특허권②의 1/2 지분이 2011.12.23. ㈜＊＊미디어에게 이전등록된 것으로 확인되는 점, 실시계약②에 따른 로열티는 실시계약①에 따른 로열티 미수금과 일치하고, 양도대금은 실시계약에 따른 로열티 수령액 및 특허권②의 감정가액의 1/2 상당액과 일치하거나 유사한 점 등에 비추어 처분청은 위 금원을 기타소득으로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정함이 타당함

[관련법령] 소득세법 제19조 / 소득세법 제94조 / 소득세법 시행령제50조

[참조결정]조심2012서4237

OOO세무서장이 2012.2.9. 청구인에게 한 종합소득세 2008년 귀속분 OOO원, 2009년 귀속분 OOO원의 각 부과처분은 청구인이 2009.12.21. OOO에 특허권(등록번호 : OOO호, 등록일자 : 2004. 10.29.)의 2분의 1 지분을 양도하고, 그 대가로 OOO원을 지급받은 것으로 하여 과세표준 및 세액을 경정한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO의 특허권(OOO, 2006.11.13. 등록, 이하 “특허권①”이라 한다)과 OOO의 특허권(OOO, 2004.10.29. 등록, 이하 “특허권②”라 한다)의 권리자로서 소프트웨어개발 및 자문업을 영위하는 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)와 2008.4.21. 로열티 OOO원과 총매출액의 5%상당의 경상로열티에 특허권①에 대한 1년간의 OOO 설정계약(이하 “실시계약①”이라 한다)을, 2009.11.5. 로열티 OOO원에 특허권②에 대한 5년간의 특허권 실시계약(이하 “실시계약②”라 한다)을 각각 체결하였고, OOO는 2008년 12월과 2010년 6월 각 OOO원, 합계 OOO원을 청구인에게 지급하고 기타소득으로 원천징수하였으며, 청구인과 OOO는 특허권②의 소유권 중 1/2를 OOO에 OOO원에 양도하되, 당초 체결한 실시계약ⓛ‧②를 무효로 하기로 하는 특허기술 양도계약(이하 “양도계약”이라 한다)을 계약일자를 2009.12.21.로 하여 체결하였다.

나. OOO국세청장은 처분청에 대한 감사시 청구인이 실시계약①‧②에 따라 지급받기로 되어 있는 로열티를 계약기간에 따라 안분하여 사업소득으로 과세하도록 지적(현지시정)하였고, 처분청은 이에 따라2008년과 2009년의 수입금액을 OOO원으로산정하여 2012.2.9. 청구인에게 종합소득세 2008년 귀속분 OOO원과 2009년 귀속분 OOO원을 각각 경정‧고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.5.3. 이의신청을 거쳐 2012.9.4. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 특허권②의 양도 경위등을 재조사하여 소득의 종류와 금액을 경정하도록 결정하였으며(조심 2012서4237, 2013.3.11.), 처분청은 재조사결과 당초 처분내용을 유지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2013.8.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

아래와 같이 정상적으로 체결된 양도계약에 따라 당초 체결한 실시계약①‧②는 합의 해제되었고, 실시계약에 따라 지급받은 로열티 OOO원은 양도대금으로 대체되어 청구인이 실시계약에 따라 얻은 수입이없음에도 처분청에서 합리적인 근거 없이 청구인이 조세를 회피할 목적으로 사후에 양도계약을 체결한 것으로 보아 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 실질과세 원칙에 반하는 것으로서 취소되어야 한다.

(1)처분청은 2011.9.28. 청구인에게 기타소득자료에 대한 해명자료 제출을 요구하였으나, 청구인은 실시계약서①‧②만을 제출하고 양도계약에 대해서는 언급이 전혀 없었고, 2011.12.13. 과세전적부심사청구를 하면서 양도계약서 사본을 제출하였으며, 동 심리시 양도계약서 원본의 제출을 요구하였음에도 청구인은 제출요구에 근거가 없다는 이유로 제출을 거부하였고, 이의신청에 대한 심리시에도 원본을 분실하여 제출할 수 없다고 한 것으로 볼 때, 2009.12.21.에 양도계약이 체결된 것인지가 불분명다는 의견이나, 처분청이 청구인의 기타소득자료에 대한 해명자료 제출을 요구한 곳은 청구인이 아니라 OOO였고, 이후 처분청이 청구인에게 과세예고통지를 하자 청구인은 처분청을 방문하여 양도계약을 체결하면서 실시계약①‧②를 무효로 하기로 하였으므로 이를 기초로 한 과세예고통지는 위법하다는 취지의 주장을 하였으며, 그러자 처분청 담당공무원이 청구인에게 양도계약서를 제출하라고 하여 양도계약서 사본과 특허권②의 특허심사평가서 사본을 제출한 것이므로 처분청의 의견은 사실이 아니다.

(2) 처분청은 실시계약①의 계약기간 만료에 따라 청구인은 이미 동 계약상 특허실시료(수령액 OOO원과 미수령액 OOO원)에 대한 권리를 확정적으로 취득하였다고 볼 수 있는데 실시계약①에 따른 OOO 포기라는 불이익을 감수하면서까지 양도계약을 체결한다는 것은 경험칙에 반한다는 의견이나,

청구인은 OOO의 최대주주이자 임원으로서 OOO에 이익이 발생하는 경우 그로 인한 혜택을 직접적으로 받을 수 있는 자이므로 형식적인 법률관계의 유불리가 아니라 실질관계의 유불리에 따라 법률행위를 할 수 있는 사이인 점,

실시계약의 경위를 살펴보면, 청구인은 OOO의 공동대표였던 OOO과 실시계약①에 따른 사업을 진행하기로 하고 2008.4.21. OOO와 실시계약①을 체결하고2008년 12월 경 동 계약에 따른 실시료 OOO원 중 OOO원을 지급받았는데 OOO가 특허권①을 이용한 사업으로 인하여 비용만 지출할 뿐 수입을 얻지 못하는 상황에서 청구인은 OOO로서의 양심상 손실만 입고 있는 OOO에게 미지급 실시료 OOO원을 지급하라고 요구할 수 없었고, 이에 청구인은 OOO에게 특허권②에 대한 라이선스를 부여함으로써 새로운 사업기회를 갖게 하고, 청구인은 실시계약①에서 지급받지 못한 OOO원을 특허권②에 대한 실시료 명목으로 지급받으면 서로에게 도움이 되겠다고 생각하여 청구인과 OOO는 2009.11.5. 청구인이 OOO에게 특허권②에 대한 라이선스를 부여하되, OOO원으로 한다는 내용의 실시계약②를 체결하게 된 것인 점,

양도계약의 경위를 살펴보면,특허권②를 이용한 OOO의 사업에 관심을 보이면서 OOO와 거래를 하려던 OOO은 OOO가 위 특허권에 대한 라이선스 기간 만료 등으로 인해 특허권을 더 이상 사용할 수 없게 되는 경우 사업이 불안정하게 되는 점을 고려할 때 OOO가 특허권②를 양도받아 사업을 하는 것이 좋지 않겠냐는 취지의 이야기를 하여청구인과 OOO는 사업주체인 OOO가 특허권②의 소유자가 아닌 경우 발생할 수 있는 사업의 불안정성을 우려하여 양도계약을 체결하게 된 것이고, 양도대금을 OOO원으로 한 것은 당시 특허권②의 감정가액이 OOO원이었고(국가에서 약 OOO원의 감정비용을 부담하여 감정한 것),청구인이 OOO로부터 특허권①‧②의 OOO 명목으로 지급받았거나, 지급받을 금액이 OOO원(특허권①의 OOO로 지급받은 OOO원과 특허권②의 OOO로 지급받을 OOO원의 합계)인 점을 감안하여 위 OOO원을 특허권 양도대금으로 대체하기로 하면서 위 액수에 상응하는 특허권②의 1/2 지분을 OOO에 양도하고, 기존 실시계약은 소급해서 무효로 하기로 합의한 것이며, 청구인은 특허권①‧②가 OOO에 수익을 전혀 가져다주지 못하는 상황에서 OOO에 특허권②를 양도하면서 실시계약ⓛ‧②에 따른 실시료 OOO원 외에 특허권 양도대금을 재차 지급받기는 곤란하였고,양도대금을 OOO원으로 정하는 것이 청구인에게 반드시 불리한 것만은 아니었으며, OOO 역시 특허권 양수도계약을 체결함으로써 사업의 안정성을 도모할 수는 있지만 특허권②를 이용한 사업의 수익성이 어떠할지 예측하기 어려운 상황에서 OOO가 실시계약①‧②에 따라 지급하기로 한 금액(OOO원) 이상의 금원을 특허권 양도대금으로 인정하는 것이 쉽지는 않은 상황이었고, 동금액이 특허권②의 감정가액의 약 1/2이 되므로청구인과 OOO는 경제적 합리성을 고려하여대금의 추가 지급을 받음이 없이 특허권②의 1/2 지분을 양도하기로 계약하게 된 것인 점으로 볼 때, 청구인이 실시계약①상 권리를 포기하면서 특허권②에 대한 대체계약을 체결하고 더 나아가 특허권②의 1/2 지분의 양도계약을 체결하면서 양도대금을 기 지급받거나 받을 실시료로 정한 것이 경험칙에 반하는 행동이라고 볼 수 없다.

(3)처분청은 양도계약이 2009.12.21. 체결되었다면, 체결당시 계약기간이 만료되지 않은 실시계약②의 변경내용을계약서에구체적으로 언급하였어야 함에도 이에 대한 언급이 전혀 없고, OOO가 실시계약②에 따른 로열티를 2009.12.21.까지 청구인에게 지급한 사실이 없음에도(2010년 6월에 OOO원을 지급) 양도계약서에 “2009년 11월 5일 실시계약으로 지급한 금 OOO원을 본 계약의 양도대금으로 대체한다”라고 기재되어 있는 점을 감안할 때, 양도계약서는 조세회피 목적으로 작성된 허위의 계약서라는 의견이나, 청구인과 OOO는 실시계약②를 소급하여 무효로 한다는 내용과 실시계약②에 따라 지급한 OOO원을 양도대금으로 대체한다는 내용을 양도계약서에 명시하였으므로 양도계약서에 실시계약②의 변경에 대한 내용이 명시되어 있지 않다는 처분청의 주장은 사실에 반하고, “지급할”이라고 기재해야 할 것을 단순 부주의로 “지급한”으로 기재한 것일 뿐 양 당사자는 이러한 오기와 무관하게 특허권②의 1/2 지분에 대한 양수도 의사를 가지고 있었으므로(OOO가 특허권②의 1/2 지분에 대한 이전등록을 한 것을 통해 명백히 확인됨) 양도계약서상 단순 오기를 합리적 근거 없이 비논리적으로 추론하여 양도계약이 통정 허위표시로서 무효라고 주장하는 것에 불과하며, 만약 청구인과 OOO가 통모하였다면 계약서 작성시 많은 주의를 기울였을 것임에도 계약서에 “지급한”이라고 기재되었다는 것은 오히려 동 양도계약이 허위가 아님을 보여주는 증거라고 할 수 있다.

(4) 처분청은 양도계약이 진실된 것이라 하더라도 청구인도 특허권②의 지분권자로서 로열티 매출을 배분받을 권리를 가지므로 2010년에 발생한 OOO의 로열티 매출 OOO원의 1/2을 배분받았어야 하는데 배분받지 못하였으므로 양도계약은 허위라는 의견이나, 위 금액은 OOO의 마케팅광고대행수수료, 임대료수입 등이지 로열티 매출이 아니고, 설령 로열티 매출이라 하더라도 특허기술은 사업을 수행하기 위한 여러 요소 중 하나에 불과하므로 실시계약에 수익의 배분에 관한 특약을 하지 아니하는 한 이를 요구할 수 없는 것이 거래 현실인바, 실시계약에는 이러한 내용이 없으므로 OOO가 청구인에게 로열티 매출의 일부를 지급할 의무는 없다.

(5)처분청은만약 양도계약이 유효하다면 OOO가 재무제표에 특허권을 자산으로 계상했어야 하는데 이를 계상하지 않은 점과 OOO가 양도계약을 체결한 후 수정분개를 하였어야 마땅한 데 이를 하지 않은 점을 근거로 양도계약이 허위라고 주장하나, OOO는 직원 10명 미만의 소기업으로 회계처리상의 오류가 빈번하게 발생하는 것이 현실이고, OOO는 실시계약①‧②가 유효하다고 할 경우 동 계약상 로열티 OOO원을 손금으로 인정받을 수 있는 반면 양도계약이 유효하다고 할 경우에는 양도대금 OOO원만을 손금으로 인정받을 수 있어 실시계약①‧②가 유효하다고 주장하는 것이 법인세 측면에서 더 유리했던 점을 감안할 때, OOO가 특허권을 자산계상하지 않은 점과 수정분개를 하지 않은 점을 가지고 양도계약이 허위라고 하는 것은 부당하다.

(6) 처분청은 청구인이 주장하는 양도계약 체결일(2009.12.21.)부터 상당 기간이 경과한 2011.12.23.에야 특허권 지분 이전등록이 이루어진 점에 비추어 볼 때, 양도계약을 조세회피목적으로 작성된 허위 계약으로 볼 수 있다는 의견이나, 청구인은 계약 체결당시 양도대금 OOO원 전액을 수령하지는 못하다가 2010년 6월 경 비로소 양도대금 전액을 수령하였으므로 위 시점 이후에야 특허권 이전이 가능한데 업계에서는 특허권을 이용한 기술개발 및 사업추진만을 중요하게 생각하여 권리명의 변경을 신속히 하지 않는 경우가 종종 존재하고, OOO 역시 당사자 간 특허권 양수도의사가 존재하고, 특허권 양도계약서가 작성되었으며, 특허권 양도대금 지급도 완료되어 특허권 취득사실이 명백히 입증되는 상황에서 기술상용화에 우선순위를 둠으로 인해 명의변경을 지연하게 된 것이므로 명의변경이 지연된 것을 이유로 양도계약이 통정 허위표시로서 무효라고 할 수 없다.

(7) 만약 양도계약이 허위 계약이라면, 청구인은 실시계약①상 권리를 계속 보유하므로 OOO는 청구인에게 동 실시계약에 따른미지급 실시료 OOO원을 지급하여야 함에도 청구인은OOO에게 동 미지급 실시료의 지급을 청구한 바가 없고, OOO 역시 청구인에게 위 금원을 지급한 사실이 없는 점 역시 양도계약이 유효한 계약임을 보여주는 정황증거에 해당한다.

(8)처분청은청구인이 세금 부담을 줄이기 위해 허위 주장을 하는 것으로 이해하고 있으나, 청구인이 주장하는 사실관계에 따르더라도 청구인은 특허권 양도대금 OOO원에 대한 소득세 납부의무를 부담하여야 하고, 양도계약이 유효하다는 주장을 함으로써 청구인이 얻을수있는 이익은 얼마 되지 않는 반면(처분청은 특허권 실시료 수입 OOO원에 대하여 사업소득으로 과세를 주장, 청구인은 특허권 양도대가 OOO원에 대하여 기타소득으로 과세를 주장), 청구인이 세금을 포탈하기 위하여 허위 주장을 하고 허위 서류를 작성하였다면 이는 조세포탈죄( 「조세범처벌법」 제3조 제1항, 제6항) 내지 사기죄에 해당하는데 청구인이 불과 수 천만원에 불과한 이익을 얻기 위하여 형사처벌을 받을 위험을 무릅쓰고 허위 주장을 하고 허위 계약서를 제출하였다는 것은 경험칙에도 반하는 것이다.

나. 처분청 의견

아래와 같은 이유로 청구인은 2009.12.21.이 아니라 이 건 처분 관련 과세예고통지(2011.9.28.)를 받은 후인 2011년 12월에 과세처분을 회피할 목적으로 양도계약서를 작성한 것으로 보이므로 실시계약ⓛ‧②의 용역대가 지급약정에 의하여 경과된 용역제공기간(2008년 4월～2011년 6월)에 안분하여 사업소득으로 과세처분한 처분은 적법하다.

(1) 처분청은 2011.9.28. 청구인에게 기타소득자료에 대한 해명자료 제출을 요구하였으나, 청구인은 실시계약서ⓛ‧②만 제출하고 양도계약서에 대하여는 전혀 언급이 없다가 2011.12.13. 과세전적부심사청구를 하면서 양도계약서 사본을 제출하였는바, 양도계약서는 실시계약서ⓛ‧②를 변경한 것으로 계약내용의 핵심이므로 실시계약서와함께 보관‧관리하는 것이 일반적이고, 특히 해명자료 제출 요구가 있는 경우에는 계약의 핵심인 양도계약서를 제출하였어야 할 것이며, 특히 양도계약서가 2009.12.21.에 작성된 것인지 아니면 최근에 작성된 것인지에 대한 판단은 원본을 확인하는 것이 가장 확실하다고 할 것이나, 청구인은 과세전적부심사청구에 대한 심리시 ‘제출요구에 근거가 없다’는 이유로 원본 제출을 거부하였고, 이의신청에 대한 심리시에도 ‘원본을 분실하여 제출할 수 없다’고 하였는바, 이는 일부러 제출을 회피하려는 의도로 볼 수밖에 없다.

(2) 실시계약ⓛ에 의하면 계약기간은 계약체결일로부터 12개월간으로 하되, OOO가 계약만료일 3개월 이전에 연장의사를 통보하지 않은 경우에는 계약기간 만료로서 본 계약은 확정적으로 종료되고(2조), 계약의 해지사유가 발생시 타방당사자는 10일의 기간을 정하여 이의 시정을 요구하여 그 기간 내에 시정이 이루어지지 않는 경우 서면으로 본 계약을 해지할 수 있는 권한을 가지며 그에 따른 손해배상금(OOO원)을 요구할 수 있고, OOO는 특허 실시 후 30일내에 경제성 등이 없다고 판단될 경우 계약을 해지할 수 있으나 이미 지급한 선급금의 반환을 요구할 수 없으며, OOO의 해산‧청산‧파산‧지급불능 등의 사유로 그 사업을 계속할 수 없게 된 경우 OOO의 OOO은 자동으로 소멸하되, 이 경우에도 이미 지급한 로열티의 반환을 청구할 수 없도록 되어 있고(15조), 실시계약②에 의하면 계약기간 5년으로 하여 로열티는 3개월 이내에 지급토록 하되 기 지불한 대가는 반환요청할 수 없도록 되어 있는 것으로 확인되는바,

실시계약ⓛ의 계약기간 중에 계약위반(지급의무 지체 등)에 따른 계약해지 의사표시가 없었고, OOO의 파산 등에 의한 지급불능 상태도 없었으며, 약정된 로열티 OOO원 중 OOO원이 2008년 12월에 지급된 후 2009.4.21. 계약기간이 종료되어 거래가 확정되었으므로 지급받은 로열티(OOO원)는 반환대상이 될 수 없고, 오히려 청구인으로서는 지급받지 못한 로열티 OOO원에 대한 청구권이 있었으며, 양도계약을 체결하였다고 주장하는 2009.12.21. 당시에도 실시계약②의 해지사유가 없는 상태였고, 로열티 OOO원도 지급받지 않은 상태였음에도 양도계약서 제6조 2항에서 “OOO는 청구인에게 2008.4.21. 특허 OOO 설정계약으로 지급한 OOO원과 2009.11.5. OOO 계약으로 지급한 OOO원을 본 계약의 양도대금으로 대체하고, 당초 OOO 설정계약과 특허권 실시 계약은 본 계약일로 소급하여 무효로 한다”고 되어 있는 것으로 볼 때, 로열티 미수금의 청구권과 기 지급받은 로열티까지도 포기하는 결과를 초래하는 양도계약을 하였다는 것은 일반적인 상식으로 받아들일 수 없다.

(3) 청구인이 2009.12.21. OOO에 특허권②의 소유권 1/2을 양도하였다면 OOO는 나머지 청구인 소유권 1/2에 대하여는 로열티를 지급하여야 함에도 양도계약서에 이에 대한 내용을 언급하여 약정한 사실이 없다.

(4) 과세전적부심사청구에 대한 심리시(2012.1.5.) 제출한 OOO의 지급수수료 계정별원장에 의하면, 2008.12.1.에OOO로 OOO원, 2010.1.4.에 OOO로 OOO원을 회계처리한 것으로 확인되고, OOO가 2009.12.21.에 실시계약ⓛ‧②를 무효화하는 양도계약을 체결하였다면, 2009사업연도의 재무제표에 특허권을 계상하면서 2008.12.1.에 기지급한 로열티를 감액하는 수정분개를 하였어야 함에도 그런 사실이 없고, 2010사업연도의 재무제표에도 이에 대한 회계처리 사실을 발견할 수 없으며, 양도계약 체결일 이후인 2010년 6월에 지급한 OOO원의 경우 특허권 취득관련 미지급금을 지급한 것이므로 경비처리 대상이 아님에도 지급수수료로 회계처리하였다.

(5) 청구인이 2009.12.21.에 양도계약을 체결하였다면 즉시 특허청에 소유권변경 등록을 하였어야 함에도 과세전적부심사청구일 이후인 2011.12.23.에 등록한 것으로 나타난다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

OOO 명목으로 지급받은 OOO원을사업소득(로열티)이 아니라 기타소득(특허권 양도소득)으로 과세하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법 제19조(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) [사업소득] ⓛ 사업소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

14. 오락, 문화 및 운동 관련 서비스업과 기타 공공, 수리 및 개인서비스업에서 발생하는 소득

제21조 [기타소득] ⓛ 기타소득은 이자소득‧배당소득‧부동산임대소득‧사업소득‧근로소득‧연금소득‧퇴직소득 및 양도소득외의 소득으로 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

7. 광업권·어업권·산업재산권 및 산업정보, 산업상 비밀, 상표권·영업권(대통령령이 정하는 점포임차권을 포함한다), 토사석의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발·이용권 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품

제94조 [양도소득의 범위] ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득 (각 목 생략)

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (각 목 생략)

4. 다음 각 목의 1에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (각 목 생략)

(2) 소득세법 시행령 제50조 [기타소득 등의 수입시기] ① 기타소득의 수입시기는 다음 각 호에 따른 날로 한다.

1. 법 제21조 제1항 제7호에 따른 기타소득(자산 또는 권리를 대여한 경우의 기타소득은 제외한다)

그 대금을 청산한 날, 자산을 인도한 날 또는 사용·수익일 중 빠른 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 자산을 인도 또는 사용·수익하였으나 대금이 확정되지 아니한 경우에는 그 대금 지급일로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)실시계약서①‧②와 양도계약서 사본에 의하면 청구인은 아래 <표1>과 같이 OOO에게 1년간 특허권①의 실시권을 부여하고 로열티 OOO원을, 5년간 특허권②의 실시권을 부여하고 로열티OOO원을 받기로 하는 실시계약①‧②를 2008.4.21.과 2009.11.5. 각각 체결하였다가, 2009.12.21.자로 특허권②의 1/2 지분에 대한 양도계약을 체결하면서 기존의 실시계약을 무효로 하고 그 대금은 실시계약에 따라 기지급받은 로열티로 대체하기로 한 것으로 나타난다.

OOO

(2)실시계약서ⓛ‧②와 양도계약서 사본의 주요 내용은 다음과 같고, 이 항의 계약내용에서 청구인을 “갑”, OOO를 “을”이라 한다.

(가) 2008.4.21. 청구인과 OOO 간에 체결된 실시계약서ⓛ에 의하면, 계약의 목적이 되는 특허권은 특허권ⓛ이고(제2조), 계약기간은 계약체결일로부터 12개월간으로 하되, 을이 계약만료일 3개월 이전에 연장의사를 통보하지 않은 경우에는 계약기간 만료로서 본 계약은 확정적으로 종료되고(제3조), 실시권에 대한 대가는 선급금 OOO원과 본 건 특허를 사용한 제품의 제조‧판매로 발생된 총매출액의 5%에 해당하는 경상로열티이며(제8조), 계약 해지사유가 발생시 타방당사자는 10일의 기간을 정하여 이의 시정을 요구하여 그 기간 내에 시정이 이루어지지 않는 경우 서면으로 본 계약을 해지할 수 있는 권한을 가지고, 그에 따른 손해배상금(OOO원)을 요구할 수 있으며, 을은 특허를 실시하는 과정에서 30일내에 한하여 경제성 등이 없어 계약의 목적을 달성하는 것이 어렵다고 판단될 경우 계약을 해지할 수 있으나 그 경우에도 이미 지급한 선급금의 반환요구와 손해배상의 청구를 할 수 없으며, 을의 해산‧청산‧파산‧지급불능 등으로그 사업을 계속할 수 없게 된 경우 을의 실시권은 자동으로 소멸하되, 이 경우에도 선급금을 포함하여 이미 지급한 로열티의 반환을 청구할 수 없는 것으로 기재되어 있다(제15조).

(나) 2009.11.5. 청구인과 OOO 간에 체결된 실시계약서②에 의하면, 대상기술은 특허권②이고(제2조), 실시권허여의 대가로 을은 갑에게 OOO원을 지급하며(제4조), 을은 갑에게 기 지불한 대가에 대하여 반환을 요청할 수 없고(제5조), 계약기간은 특허기술을 이용한 상품 출시일로부터 5년이며(제6조), 갑과을은 특허가 거절되거나, 등록된 이후 특허권의 주요 청구항이 무효로 된 경우 및 실시권 대가를 지급하지 못하거나 본 계약의 신의성실한이행을 위반한 경우 계약을 해제 또는 해지할 수 있는 것으로 기재되어 있다(제13조).

(다) 청구인과 OOO 간에 계약일자를 2009.12.21.로 하여 체결된 양도계약서에 의하면, 계약의 목적이 되는 특허와 그 범위는 특허권②의 1/2 지분이고(제2조, 제3조), 양도대금은 OOO원으로 하되, 실시계약①에 따라 지급한 OOO원과 실시계약②에 따라 지급한 OOO원을 본 계약의 양도대금으로 대체하며, 당초 체결한 실시계약①‧②는 본 계약일로 소급하여 무효로 하는 것으로 기재되어 있다(제6조).

(3) 한국특허정보원(www.kipris.or.kr)에서 제공하는 특허정보검색서비스에서 조회한 특허권ⓛ과 특허권②의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 특허권ⓛ은 OOO으로서 여러 단계를 거쳐 수행되는 종래의 검색 서비스의 과정을 줄여 사용자가 편리한 검색 서비스를 제공받을 수 있도록 하기 위하여 사용자가 생성하는 검색 이벤트를 검사하여 검색 이벤트가 존재하면 검색어 입력 창을 즉시 제공(ex. 마우스를 더블클릭 또는 단축키 입력)하고, 검색결과를 웹브라우저를 실행하여 제공하는 것이다.

(나) 특허권②는 OOO으로서 DNS의 고장 등이 발생하는 경우에도인터넷 접속 서비스를 수행할 수 있도록 하고, 검색에 소요되는 시간을 단축하기 위하여 사용자의 단말에 로컬 DNS부를 구비하고, 키워드 서버로부터 키워드 DNS DB를 다운로드하고 업데이트하여 사용자 단말 내에서 자체적으로 DNS 기능을 수행하도록 하여 인터넷 키워드 접속 서비스를 제공하는 것이다.

(4) 청구인은 특허권ⓛ과 특허권② 모두 광고서비스 모델(사용자가 노출된 광고를 클릭한 횟수에 미리 약정한 클릭 1회당 광고비를 적용하여 광고비를 정산하는 모델 ; CPC모델)에 적용될 수 있는 특허라는 점에서는 유사하나, 아래 <표3>과 같은 차이점으로 인해 특허권②를 적용한 모델의 광고 효율성이 월등히 높다는 주장이다.

OOO

(5) 심판청구에 대한 답변서와 과세전적부심사청구 및 이의신청에대한 결정서 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구인이 제출한 OOO의 특허권②에 대한 특허기술의 기술성 및 사업성 평가 보고서(평가기간: 2006.6.1.～7.28.)에의하면 특허권②의 기술가치는 OOO원으로 평가된다고 기재되어 있다.

(나) 2011.12.30. 발행된 특허권ⓛ의 특허등록원부에 의하면, 등록의무자는 청구인으로 되어 있고, 특허권②의 특허등록원부에 의하면 등록의무자를 청구인으로, 등록권리자를 OOO로 하여 권리의일부(50/100) 이전을 목적으로 2011.12.23. 이전등록된 사실이 확인된다.

(다) OOO가 2012.1.5. 제출한 지급수수료 계정별원장에 의하면, OOO는 2008.12.1. 적요란에 OOO, 2010.1.4. 적요란에 OOO라고 기재하여 각각 OOO원을 손비로 회계처리한 것으로 확인된다.

(라) OOO가 2009사업연도 법인세 신고시 제출한 대차대조표에 의하면 무형자산계정으로 기재된 금액은 없는 것으로 확인된다.

(마) 양도계약서는 실시계약서ⓛ‧②를 변경한 것으로 계약내용의 핵심이라 할 수 있는 중요한 서류이므로 과세전적부심사청구에 대한심리시 원본의 제출을 요구하였음에도 제출요구에 근거가 없다는 이유로 제출을 거부하였고, 이의신청에 대한 심리시에도 강남역 인근 복사가게에서 원본을 분실하였다면서 제출하지 않고 있다가 2012.12.5. 조세심판관회의에 출석하여 원본이라며 제출하였으나, 과세관청의 원본 제출 요구에 불응하다가 1년이 지난 시점에서야 제출하였으므로 계약일자를 소급하여 작성한 문서일 개연성이 있다.

(6) 청구인이 이 건 과세처분에 대하여 2012.9.4. 제기한 심판청구에 대하여 우리 원은 청구인이 처분청의 의견에 대하여 충분한 반대사실을 제시하고 있고, 조세심판관회의시 양도계약서의 원본을 제출한 점, 이 건 과세처분은 OOO국세청장의 감사지적에 의한 것으로서 청구인에게 충분한 소명기회가 주어지지 아니한 것으로 보이는 점, 처분청은 실시계약①‧②만을 인정하고 양도계약을 부인하고 있으나 양도계약의 내용과 같이 특허권②의 1/2 지분에 대한 소유권이전이 이루어진 점, 기술보증기금의 특허권②에 대한 감정가액이 OOO원이므로 그 1/2 지분을 OOO원에 양도하기로 한 것은 타당한 측면이 있고, 청구인이 실제로 수령한 금원은 OOO원에 불과하며, 특허권②의 1/2 지분의 양도가 이루어진 상황에서 실시계약①에 따른 나머지 로열티 OOO원의 수령가능성이 불확실한 점, 청구인이 주장하는 실시계약①‧②의 체결 경위를 보면 실시계약①에 따라 OOO원을 수령하였으나 사업의 진척이 부진한 상황에서 새로운 특허권을 이용해서 사업을 추진하고자 실시계약②를 체결하였고, 그 로열티는 실시계약①에 따른 로열티 미수금인 OOO원으로 한 것이어서 결과적으로 청구인이 수령하기로 한 금액은 실시계약①상의 금액인 OOO원(양도계약상 양도대금과도 같다)이고, 동 금액이 OOO가 청구인에게 실제 지급하고 비용처리한 금액인 것을 고려하면, 양도계약의인정여부에 관계없이 청구인의 관련 수입금액은 OOO원으로 보이는 측면이 있으므로 양도계약서의 작성경위, 특허권②의 양도경위 및 그에 따른 실제 대금수령 내용 등을 재조사하여 그 결과에 따라 소득의 종류와 과세표준 및 세액을 경정하도록 결정한 것으로 나타난다(조심 2012서4237, 2013.3.11.).

(7) 처분청에서는 우리 원의 재조사 결정에 따라 재조사를 실시한 결과 당초 과세처분을 유지하는 결정을 하였는바, 처분청의 부분조사결과 보고서와 재조사 내용에 대한 청구인과 OOO의 진술내용은 다음과 같다.

(가) 처분청의 부분조사 결과 보고서에 의하면, 조사공무원이 2013.3.27. 16시경 OOO를 방문하였으나 청구인은 부재중이었고, 당시 대표자인 OOO에게 질문한 결과 특허권과 관련하여 양도계약이 아닌 실시계약으로 기억하고 있었으며, 아직도 돈을 다 못주었다고 진술하였고, 법인 회계처리가 아직 되어있지 않음을 지적하자 회계처리를 분명히 했다고 진술하므로 특허권취득에 따른 자산계상을 하지 않은 사실을 질문하자 실시계약이라 비용처리를 다 했는데 자산계상은 왜 하냐고 반문하였다.

(나) 청구인은 OOO의 현 대표자인 OOO가 재조사 당시 특허권 양도계약이 아닌 실시계약으로 기억하고 있었고, 아직도 대금을 다 못주었다고 진술한 것은 사실과 다른 진술이라는 내용으로 2013.3.28. 확인서를 작성하였다.

(다)OOO는 2009.12.21.경 청구인과 OOO는 양도계약을 체결하였고, 양도대금은 특허권ⓛ에 따라 청구인에게 지급한 로열티 OOO원과 특허권②의 실시계약에 따라 청구인에게 지급할 예정이었던 로열티 OOO원으로 대체하기로 하였으며, 재조사당시 본인은 처분청의 세무공무원에게 OOO가 청구인과 특허권②의 1/2 지분에 대한 양도계약을 체결한 사실이 없다고 진술한 적이 없다는 내용으로 2014.2.4. 확인서를 작성하였다.

(8) 법인등기부 등본에 의하면,OOO는 소프트웨어 개발과 자문업 및 관련 부대사업을 목적사업으로 하여 2008.4.11. 설립된 법인으로 자본금은OOO이고,OOO는 2008.4.23. 사내이사 겸 대표이사로 취임하였다가 2012.6.11. 사임하였으며, 청구인은 2010.12.31. 현재 OOO의 주식지분 50.17%를보유한 최대주주로서 2008.6.12. 사내이사로 취임하였고, 2012.6.11. 대표이사로 취임하였다가 2013.7.31. 대표이사에서 사임한 것으로 나타난다.

(9) OOO의 2008～2011사업연도의 손익현황은 아래 <표2>와 같고, OOO는 로열티 지급액을 판매비와 관리비 중 지급수수료로 회계처리한 것으로 나타난다.

OOO

(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은청구인이 이 건 처분 관련 과세예고통지를 받은 후에 과세처분을 회피할 목적으로 허위로 양도계약서를 작성한 것이라는 의견이나, 특허등록원부에 의하면 특허권②의 1/2 지분이 OOO에 이전등록된 것으로 확인되므로 청구인과 OOO 간에 그에 대한 양도계약을 체결한 것으로 볼 수 있는 점, 당초 해명자료 제출요구시 양도계약서를 제출하지 않은 것은 처분청에서 청구인이 아니라 OOO에 해명자료 제출을 요구하였기 때문이며 과세예고통지를 받은 후 처분청의 요구에 따라 양도계약서 사본을 제출하였다고 주장하고 있는 점,처분청의 재조사당시OOO의 대표이사OOO는 세무공무원에게 OOO가 청구인과 특허권②의 1/2 지분에 대한 양도계약을 체결한 사실이 없다고 진술하였다고 하나, 특허권②의 1/2 지분이 그 이전에 OOO에게 이전 등록되었고, OOO도 2009.12.21. 양도계약을 체결하였다고 확인서를 작성한 점등에 비추어 과세예고통지 이후에 양도계약서를 허위로 작성한 것으로 보이지는 않는다.

또한, 계약서 등에 의하면 청구인은 실시계약ⓛ에 따른 로열티 OOO원 중 OOO원을 지급받았고, 실시계약②에 따라 로열티 OOO원을 지급받기로 하였으며, 양도계약을 체결하면서 당초 실시계약에 따른 로열티 OOO원을 양도대금으로 대체하면서 당초 실시계약을 무효로 하기로 한 것으로 나타나는데 실시계약②에 따른 로열티 OOO원은 실시계약ⓛ에 따른 로열티 미수금과 일치하고, 양도대금 OOO원은 실시계약에 따른 로열티 수령액 및 기술보증기금의 특허권②에 대한 감정가액의 1/2 상당액과 일치하거나 유사하며, OOO는 2008사업연도～2010사업연도에 각 OOO원의 영업손실(누적 결손금 약 OOO원)을 실현한 것으로 나타나는 것으로 볼 때,특허권①에 따른 사업을 진행할 목적으로 실시계약①을 체결하고 로열티OOO원 중 OOO원을 지급받았는데 OOO가 비용만 지출할 뿐 수입을 얻지 못하는 상황이었으므로 OOO에게 특허권②에 대한 실시권을 부여함으로써 새로운 사업기회를 갖게 하고, 청구인은 실시계약①에 따른 미지급 로열티 OOO원을 특허권②의 로열티로 지급받을 목적으로 실시계약②를 체결하였고, 그 후OOO가 특허권 소유자가 아닌 경우 발생할 수 있는 사업의 불안정성을 해소하기 위하여 양도계약을체결하였으며, 실시계약에 따라 수령하였거나 수령할 금액과 특허권②의 감정가액을 고려하여 양도대금을 OOO원으로 정하였고,특허권ⓛ‧②가 OOO에 수익을 가져다주지 못하는 상황에서 OOO로부터 특허권 양도대금을 재차 지급받기는 곤란한 상황이었던 점 등을 고려하여실시계약에 따른 로열티 OOO원을 양도대금으로 대체하기로 하였다는 청구인의 주장에 신빙성이 있어 보인다.

따라서, 청구인과 OOO 간에 실시계약ⓛ, 실시계약②, 양도계약이 각각 체결되었다 하더라도특허권ⓛ과 특허권② 모두 광고서비스 모델에 적용될 수 있는 특허라는 점에서 유사하고, 청구인이 OOO와 실시계약ⓛ‧② 및 양도계약을 체결하게 된 경위를 고려할 때, 위 계약을 서로 관련된 일련의 계약으로 보아 최종적으로 체결된 양도계약을 기준으로 소득을 구분하여 과세하는 것이 합리적이라고 보이므로 양도계약에 따라 2009.12.21. OOO에 특허권②의 1/2 지분을 양도하고, 그 양도대금으로 OOO원을 지급받은 것이라고 보아 기타소득으로 과세하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.