조심 2020서1820 (2020.07.14)

법인

기각

쟁점경과조치는 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 「조세특례제한법 시행령」 제6조가 개정되지 아니하였다면 종전규정에 따라 계속 소기업에 해당하여 세액감면을 받을 수 있었는데 위 시행령의 개정으로 인하여 더 이상 소기업의 요건에 해당하지 아니하게 된 기업을 그 적용대상으로 한다고 봄이 타당한 점 등에 비추어 처분청이 중소기업특별세액감면 적용을 배제하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

조세특례제한법 제7조 / 조세특례제한법 시행령제6조

조심2017전4105 / 조심2020중0801 / 조심2020중0384

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 1997.11.5. 설립되어 공조기계류 및 자동제어기 제조업을 영위하는 법인으로, 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 「조세특례제한법 시행령」(이하 2016.2.5. 개정전 시행령을 “종전 시행령”이라 하고, 개정후 시행령을 “개정 시행령”이라 한다) 부칙 제22조 경과조치(이하 “쟁점경과조치”라 한다)에 따라 2017·2018사업연도에 중소기업에 대한 특별세액감면 적용대상인 소기업에 해당하는 것으로 보아 해당 감면(감면율 20%)을 적용하여 2017·2018사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2019.8.20.∼2019.9.6. 기간 동안 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구법인의 2017·2018사업연도 매출액이 종전 시행령OOO및 개정 시행령OOO기준을 모두 초과하여 감면대상에 해당하지 아니하고, 쟁점경과조치 적용대상도 아니라는 취지의 감사결과를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제하여 20120.2.3. 청구법인에게 2017·2018사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.4.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2015사업연도에 종전 시행령에 따라 소기업에 해당하였으므로 쟁점경과조치에 따라 2019사업연도까지 소기업에 해당한다.

(1) 정부는 소기업의 고용촉진을 위하여 중소기업에 대한 특별세액감면이 우대 적용되는 소기업의 기준을 종전의 종업원 수 및 매출액 기준에서 매출액 기준으로 일원화함에 따라 2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 「조세특례제한법」 시행 당시 종전의 같은 법 시행령 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당하던 기업이 2016.2.5. 개정된 시행령에 따라 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 개정 시행령에도 불구하고 부칙 제22조에서 2019.1.1.이 속하는 사업연도까지 소기업으로 보도록 규정하고 있다.

(2) 기획재정부는 개정 시행령에 대한 개정취지를 소기업 세제지원 측면에서 적용기준을 완화하기 위함이라고 밝히고 있고, 이에 대한 경과조치로 종전 시행령에 따라 소기업에 해당했던 기업이 개정 시행령에 따라 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 유예기간을 적용한다고 규정하고 있음에도 처분청이 법문규정을 무시하는 것은 입법취지와 법적안정성을 위배하는 무리한 판단이며, 경과조치를 해석함에 있어 법문에도 명시되지 않은 기준을 확장해석하여 과세함으로써 청구법인의 재산권을 부당하게 침해하였다.

(3) 조세심판원에서도 소기업 해당 여부를 판단함에 있어 2016년도 매출액이나 종업원 수가 확정되지 아니한 2016.1.1. 당시에는 종전 시행령에 의한 소기업 기준인 매출액과 종업원 수를 직전 사업연도인 2015년 말을 기준으로 산정하고, 이에 따라 소기업 해당여부를 판단하는 것이 합리적이라고 결정한 사례(조심 2017전4105, 2018.2.12.)가 있다.

(4) 처분청은 그동안 개정세법에 대한 사전안내나 설명도 하지 않았고, 법인세 신고내용에 대해 수정신고를 권장하거나 조사함이 없이 청구법인이 신고한 내용이 적정하게 신고된 것으로 인식하였다가 상급관청의 감사에서 지적되었다는 이유만으로 과세처분하는 것은 신의성실의 원칙에 반한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 2017·2018사업연도의 매출액이 OOO초과하여 「조세특례제한법」 제6조의 소기업 기준 개정과 무관하게 중소기업특별세액감면 적용대상에 해당하지 아니하고, 쟁점경과조치 적용대상도 아니므로 감면을 배제한 당초 처분은 정당하다.

(1) 법령상 ‘경과조치’는 구법 질서 하에서 유지되던 지위·이익의 급격한 변화를 막고, 법령 개정에 따른 예상치 못한 불이익을 방지하기 위한 것이다.

(가) 경과조치의 일반적 유형 중 하나는 ‘기득의 권리 내지 법적 지위를 존중·보호하기 위한 것’으로서, 입법 취지를 고려할 때 법령 개정과 무관하게 불이익을 받는 경우까지 경과규정을 확대 적용하여 조세 감면의 혜택을 부여해야 한다고는 인정할 수 없다.

(나) 경과조치의 적용 대상인지를 판단할 때는 이러한 기준을 감안해야 할 것인 바, 각급 법원도 ‘특정 법령의 개정 전 이미 중소기업에 해당하지 않는 기업은 해당 법령의 개정에 따른 경과조치의 적용 대상이 되지 않는다’고 명확하게 판시하고 있다(대구고등법원 2010.7.2. 선고 2009누2550 판결).

(2) 청구법인은 2017·2018사업연도에 종전 시행령 및 개정 시행령상소기업 기준에 모두 해당하지 않으므로 법령 개정의 불이익이 발생하지 않으며, 이에 따라 쟁점경과조치의 적용 대상에도 해당하지 않는다.

(가) 종전 시행령 제6조는 중소기업 중 업종별 근로자 수가 일정 규모 미만인 경우 및 매출액이 OOO이상인 경우 소기업에 해당하지 않는다고 규정하고 있었는데, 이에 따르면 청구법인의 2017·2018 사업연도 매출액은 OOO초과하여 소기업에 해당하지 않는다.

(나) 개정 시행령 제6조는 소기업의 요건 중 근로자 수 요건을 삭제하고, 업종별 매출액 기준으로만 판단하도록 하였는데, 이 중 제조업의 소기업 매출액 기준은 OOO으로 상향되었다. 개정 시행령은 2016.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용되고, 이에 따라 청구법인은 2017·2018 사업연도에도 소기업에 해당하지 않는다.

(3) 청구법인은 법령 개정 당시인 2015사업연도에 소기업에 해당하므로 쟁점경과조치 적용 대상이라고 주장하나, 이는 법령을 잘못 해석한 것이다.

(가) 쟁점경과조치의 취지는 종전 시행령에 따른 소기업이 법령 개정으로 매출액 기준이 감소하여 중기업이 된 경우 이에 대한 불이익을 일정 기간 유예하기 위한 것이다.

(나) 일례로 건설업체의 경우 매출액이 OOO경우 근로자 수 요건을 충족하면 종전 시행령에 따라 소기업에 해당하여 쟁점 감면을 적용할 수 있었으나, 법령 개정에 따라 예기치 않게 매출액 기준이 OOO으로 감소하여 중기업으로 분류되어 감면 배제라는 세법상 불이익이 발생하게 된다. 그러나 청구법인과 같은 제조업체는 오히려 매출액 기준이 OOO상향되어 소기업의 범위가 확대되었고, 결과적으로 법령 개정에 따른 불이익은 전혀 발생하지 않는다.

(다) 청구법인의 주장대로라면 2015사업연도에 소기업이던 모든 기업은 매출액 증가로 규모가 확대되더라도 2019.1.1.이 속하는 사업연도까지 소기업으로 간주된다는 결론이 되고, 이는 소기업의 범위에 관해 경과조치를 규정한 입법 취지에 명백하게 반하는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 2017·2018사업연도에 중소기업특별세액감면 적용대상 소기업에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정된 것)

제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종

마. 제조업

2. 감면 비율

나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 20

부칙 제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다.(단서 생략)

제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 것)

제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 소기업”이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 ｢중소기업기본법 시행령｣ 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 “평균매출액 등”은 “매출액”으로 본다.

부칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제109조의3의 개정규정은 2016년 4월 1일부터 시행한다.

제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치) 법률 제13560호 ｢조세특례제한법｣ 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.

(3) 중소기업법 시행령 [별표3]

주된 업종별 평균매출액등의 소기업 규모 기준(제8조 제1항 관련)