[사건번호]조심2013서2311 (2013.12.31)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]청구인이 승계취득한 조합원입주권은 부동산을 취득할 수 있는 권리로 보아야 할 것이므로, 처분청이 쟁점주택(쟁점주택부수토지 포함) 양도에 대한 장기보유특별공제액 계산에 있어 그 취득시기를 당해 재건축아파트의 사용승인일로 보고 이에 따라 보유기간별 공제율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없음

[관련법령] 소득세법 제94조 / 소득세법 제98조

[참조결정]국심2005서1108

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구인은 2001.9.28. OOO연립 재건축주택조합 사업부지내 OOO호 조합원입주권(이하 “조합원입주권”이라 한다)을 OOO원에 매입하여 2002.5.4. OOO OOO-O 외 6필지 OOO호(이하 “쟁점주택”이라한다) 조합원분양계약을 체결, OOO원을 추가부담하고, 2003.8.30.쟁점주택 신축 완료 후, 2011.9.21. 쟁점주택을 OOO원에 매각(2012.1.12. 잔금수령)하고 2012년 3월 그 토지(이하 “쟁점주택부수토지”라 한다)에 대하여 10년 이상 보유시의 장기보유특별공제율 30%를적용하고, 건물에 대해서는 8년 이상 보유시의 장기보유특별공제율 24%를 적용하여 양도소득세 OOO원을 예정신고 납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점주택부수토지의 보유기간을 10년 이상으로 계산하여 30%의 장기보유특별공제율을 적용한 것에 대하여 쟁점주택의 신축 이전에는 조합원입주권으로 보유한 것이므로 동 보유기간에 대하여는 장기보유특별공제 대상이 아니라고 보아 쟁점주택의 신축일로부터 취득시기를 계산하여 8년 이상 보유시의 장기보유특별공제율 24%를 적용하여 2012.12.24 양도소득세 OOO원을 경정 고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.3.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)청구인은 쟁점주택부수토지를 2001.9.28. 취득하였으며 동 토지에 대하여는 지방세법에 따른 취득세와 등록세를 모두 납부하였고 청구인이 취득한 토지는 취득일 이후에도 계속 토지의 상태로 존재하였으므로 장기보유특별공제액의 계산에 있어 입주권이라는 이유만으로 건물신축일 이전까지의 기간을 보유기간의 계산에서 제외할 이유가 없다.

(2) 과세관청 또한 분양권이 단순히 채권인 반면에 입주권은 물권(토지지분)과 채권이 혼재되어 있다는 이유를 들어 조합원입주권을 주택숫자에 포함시키고 있다.

(3) 국세청 재산세과의 “2003년 이후 재건축 재개발 아파트 등 양도소득세 산정에 대한 업무지침”을 살펴보면 입주권을 취득하여 건물준공 후 신축된 아파트를 양도하는 경우로 기준시가에 의하여 양도소득금액 계산시, 토지에 대하여는 입주권 취득일부터 건물준공일까지의 기간도 장기보유특별공제 적용을 위한 보유기간의 계산에 포함시키고 있는 바, 이는 입주권에 포함되어 있는 물권이 「소득세법」제94조 제1항에 규정하고 있는 토지에 해당하는 것으로 인정하였기 때문이라 할 것이므로, 그 계산기준이 기준시가에서 실지거래가액으로 바뀐다고 하여 입주권에 포함된 물권을 「소득세법」제94조 제1항에 규정하고 있는 토지로 인정하지 않겠다는 것은 명백한 잘못이라 할 것이다.

(4) 「소득세법」어디에도 입주권에 혼재된 물권이 「소득세법」제94조 제1항의 규정에 의한 토지에 해당하지 않는다거나 입주권에 혼재된 토지에 대하여는 장기보유특별공제를 배제한다는 규정을 확인할 수 없음에도 불구하고 동 토지에 대한 장기보유특별공제를 배제하는 것은 잘못된 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 본 건과 관련하여 기존건물의 취득에 따른 취득세와 등록세를 모두 납부하여 기존건물의 취득시점인 2001.9.28.부터 장기보유 특별공제를 적용해야 한다고 주장하나, 현행 소득세법상 종전주택이 조합원입주권으로 변환되는 시기는 사업계획승인인가일, 조합원입주권이 재건축주택(부동산)으로 변환되는 시기는 준공일(재산46014-20,2001.1.4, 국심2005서1108, 2005.7.20)로 보고 있다.

(2) 재건축사업시행인가일 또는 관리처분계획인가일 이후에 조합원의 입주자로 선정된 지위를 승계 취득한 경우에는 기존 건물의 멸실 여부와 관계없이 부동산을 취득할 수 있는 권리로 보아 주택 보유기간 계산 등을 판단하는 것으로서, 양도자산에 대한 장기보유특별공제를 적용함에 있어 재건축된 주택(부수토지 포함)의 보유기간 기산일은 당해 재건축아파트의 사용검사필증 교부일(사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일)이 되는 것이다( 「소득세법」제95조 제2항 및 동법 시행령 제162조 제1항, 부동산거래관리과-833).

(3) 청구인의 사업계획승인인가일(2001.5.31)이후 2001.9.28. 재건축 대상 기존 건물의 매입은 조합원입주권을 승계하기 위해 지불한 대가이므로 부동산으로 바뀌는 준공일(사용승인일)까지 「소득세법」제95조의 장기보유특별공제대상이 아니며, 사용승인일(2003.8.30)로부터 보유기간 기산일을 적용하여야 하는 것이므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

재건축입주권을 승계 취득하여 완성된 주택을 양도하는 경우 토지의 장기보유특별공제 적용시 보유기간 기산일

나. 사실관계 및 판단

(1) 「소득세법」제95조 제2항 및 제4항에 의하면 장기보유특별공제액은 보유기간(취득일부터 양도일까지)이 3년 이상인 토지 또는 건물에 대하여 계산하도록 되어 있고 같은 법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 및 제2항에서는 자산의 양도차익 계산시 그 취득시기 및 양도시기는 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 해당 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 그 양도일 또는 취득일로 보며, 이 경우 건설 중인 건물의 완성된 날에 관하여는 제1항 제4호를 준용하여 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다고 규정하고 있다.

(2) 처분청 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.

1) 청구인은 2001.9.28. 조합원입주권을 OOO원에 매입하여 2002.5.4. 쟁점주택 조합원분양계약을 체결하고, 2003.8.30. 쟁점주택 신축 완료 후 2011.9.21. 쟁점주택을 OOO원에 매각(2012.1.12. 잔금수령)하고 2012년 3월 양도소득세 예정신고시 쟁점주택부수토지에 대하여 10년 이상 보유시의 장기보유특별공제율 30%를 적용하였으나, 처분청은 청구인이 조합원입주권으로 보유한 기간에 대하여는 장기보유특별공제 대상이 아니라고 보아 쟁점주택의 신축일로부터 취득시기를계산하여 8년 이상 보유시의 장기보유특별공제율 24%를 적용하였다.

2) 처분청은 재건축사업시행인가일 또는 관리처분계획인가일 이후에 조합원의 입주자로 선정된 지위를 승계 취득한 경우에는 기존 건물의 멸실 여부와 관계없이 부동산을 취득할 수 있는 권리로 보아 주택 보유기간 계산 등을 판단하는 것이라고 하여, 재건축된 주택(부수토지 포함)의 경우, 청구인이 사업계획승인인가일(2001.5.31.) 이후 2001.9.28. 재건축 대상 기존 건물을 매입한 것은 조합원입주권을 승계하기 위한 것이므로 동 조합원 입주권이 부동산으로 바뀌는 준공일(사용승인일)까지는 「소득세법」제95조의 장기보유특별공제대상이 아니며,사용승인일인 2003.8.30.부터 보유기간을 계산하여야 하는 것으로 판단하였음이 심리자료에 나타난다.

(3) 청구인은 쟁점주택부수토지를 2001.9.28. 취득하였으며 동 토지는 취득일 이후에도 계속 토지의 상태로 존재하였고, 과세관청도 입주권은 물권(토지지분)과 채권이 혼재되어 있다는 이유를 들어 조합원입주권을 주택숫자에 포함시키고 있으며, 국세청 재산세과의 “2003년 이후 재건축 재개발 아파트 등 양도소득세 산정에 대한 업무지침”에도 입주권을 취득하여 건물준공 후 신축된 아파트를 양도하는 경우로 기준시가에 의하여 양도소득금액 계산시, 토지에 대하여는 입주권 취득일부터 건물준공일까지의 기간도 장기보유특별공제 적용을 위한 보유기간의 계산에 포함시키고 있는 바, 입주권이라는 이유만으로 건물신축일 이전까지의 기간을 보유기간의 계산에서 제외할 이유가 없다고 주장하고 있다.

(4) 살피건대, 「소득세법」제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제2항에 의하면 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 양도 또는 취득한 경우로서 해당 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 그 양도일 또는 취득일로 보고 있으며, 이 경우 건설 중인 건물의 완성된 날에관하여는 같은 조 제1항 제4호를 준용하여 사용검사필증교부일, 사용승인일 등으로 규정하고 있는 바, 청구인이 승계취득한 조합원입주권은 부동산을 취득할 수 있는 권리로 보아야 할 것이므로 처분청이 쟁점주택(쟁점주택부수토지 포함) 양도에 대한 장기보유특별공제액 계산에 있어 그 취득시기를 당해 재건축아파트의 사용승인일로 보고 이에 따라 보유기간별 공제율을 적용하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.