[청구번호]조심 2017서2370 (2017. 12. 22.)

[세목]법인[결정유형]기각

[결정요지]쟁점수사자료는 청구법인의 조세범칙행위 혐위를 인정할 만한 명백한 자료로서 그 존재는 규정상 세무조사를 다시 할 수 있는 경우에 해당하는 점, 쟁점수사자료는 명백한 자료로 인정하지 않는 경우인 “해당 자료에 대해 조세범칙조사심의위원회가 혐의가 없다고 심의ㆍ의결한 경우”에 해당하지 않는 점 등으로 보아 2016년 서울청 조사는 법령상 금지되는 중복조사에 해당하지 않음쟁점수사자료가 재조사의 근거에 해당하는 명백한 자료인 이상 재조사가 가능한 것이고, 2015년 중부청 조사에서 이미 검토가 이루어진 항목에 해당하여 조사대상에서 제외되지 않는 이상 그 범위에 대해서는 법령상 한계가 없는 것으로 판단되는바, 2016년 서울청 조사에서 쟁점수사자료의 내용 외의 부분도 조사의 범위에 포함하여 관련 부가가치세 및 법인세 등을 과세한 처분은 잘못이 없음

[관련법령] 국세기본법 제81조의4

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 경비서비스업을 영위하는 법인으로서 2012.10.1.～2014.9.30.의 기간[이하 과세기간별로 각 “2013사업연도”(2012.10.1.～2013.9.30.), “2014사업연도”(2013.10.1.～2014.9.30.)라 한다] 중 해외관계사에게 지급한 상표권사용료·경영관리비·구매지원비 및 모회사 OOO (주)(이하 “OOO ”라 한다)에게 귀속될 기업가치 평가비용(이하 합하여 “쟁점비용”이라 한다)을 손금으로 계상하여 법인세를 신고하는 한편, OOO 에 부동산을 무상으로 임대(이하 “쟁점거래”라 한다)하였다.

나. 2015년 OOO 에 대한 법인통합조사 과정에서, OOO은 OOO 의 관련인인 청구법인[그 외의 관련 법인(3개 업체)에대한 조사도 진행됨]에 대해 2015.11.2.～2015.11.16.의 기간 동안 2013～2014사업연도 법인세 세무조사(당초 2013사업연도 대상으로 조사를 진행하던 중, 2015.11.12. 2014사업연도까지 대상을 확대, 이하 “2015년 OOO조사”라 한다)를 실시하여, 청구법인이 OOO 에게 지급한 배당에 대한 원천징수의무 누락(위 쟁점비용 및 쟁점거래와는 무관함) 등을 조사하여, 관련 법인세 원천징수액을 경정·고지하였다.

다. OOO은 2016.5.30.～2016.11.12.(당초 2016.8.19.에서 기간 연장)의 기간 동안 청구법인에 대해 2012.10.1.～2015.12.31. 과세기간을 대상으로 법인통합조사OOO를 실시하고, 2013사업연도 및 2014사업연도의 가공매출·매입OOO을 적발하는 한편, 쟁점비용을 손금부인OOO하고, 쟁점거래에 대해 부당행위계산 부인OOO하여, 2017.1.6. 청구법인에게 OOO원을 각 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.4.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 2015년 OOO조사와 관련하여, OOO은 2015.10.30. 청구법인의 2013사업연도에 대한법인세 세무조사 통지를 하고, 2015년 OOO조사를 실시(2015.11.2.～2015.11.16.)하였는바, 동 통지서상 조사대상 세목은 법인세로 나타나고,조사사유에는 “원천징수의무 누락 등”이라는 내용이 기재되어 있었다.

OOO은 위 조사 실시 중에 2015.11.12. 조사범위확대(유형전환) 통지를 하여 조사 대상기간을 2014사업연도로 확대하였는바, 동 통지서에는 조사유형을 당초의 “일반부분조사”에서 “일반조사”로 변경한 것으로 기재되어 있고, 청구법인이 동 통지서 수령 시 작성한 수령증에는 “2015.11.2.부터 실시하는 법인통합조사 등과 관련하여” 교부한 통지서를 수령한다고 표시되어 있다.

(2) 이후 OOO은 2016년 OOO 조사를 실시하면서 별도의 사전통지 없이 법인사업자 통합조사(법인세, 부가가치세, 원천세 포함, 주식변동조사 제외)를 개시하면서 그 통지서상 “2012.10.1.～2014.9.30. 기간 모법인에게 지급한 배당 관련 부분조사 제외”라고 명시하였는바, 이는 2015년 OOO 조사를 부분조사에 해당하는 것으로 전제한 것으로 보이나, 2015년 OOO 조사는 청구법인에게 “일반조사”(또는 “통합조사”)로 통지되어, 이를 부분조사라고 보는 전제 자체가 성립될 수 없는바, 2016년 OOO 조사는 전부조사(2015년 OOO 조사) 후 재차 전부조사를 하는 것이므로 그 자체로 위법하고, 위법한 세무조사에 따른 이 건 처분도 위법하다.

설령, 2015년 OOO 조사를 부분조사로 본다고 하더라도, 부분조사 후 재조사도 원칙적으로 허용되지 않는다는 것이 대법원 판례의 입장이고, 본건의 경우 이를 허용할 만한 예외적인 사정을 찾을 수 없으므로, 2016년 OOO 조사 및 이에 근거한 처분은 여전히 위법하다.

구체적으로 살펴보면 다음과 같은 사유로 2016년 OOO 조사는 법령상 허용될 수 없는 재조사에 해당한다.

(가) 「국세기 본법」 제81조의4 제2항은 원칙적으로 “같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.”고 규정하여 세목과 과세기간을 중복조사 여부의 판단 기준으로 명시하고 있고, 해당 과세기간의 특정항목만을 대상으로 하는 부분조사라고 하여 재조사를 하는 예외를 인정하고 있지 않다. 한편, 같은 법 제81조의11은 통합조사의 원칙을 명시하고 있는바, 이는 여러 세목 간의 통합조사는 물론 동일한 세목 안의 여러 과세항목도 당연히 통합조사해야 함을 전제로 한 것으로 보아야 한다.

국세청 훈령인 「조사사무처리규정」 제12조 제3항에는 부분조사에관한 언급이 있으나, 이는 과세당국 내부에서만 효력이 있을 뿐이고대외적으로는 법적 구속력이 없는 행정규칙에 불과하므로, 납세자 또는조세심판원, 법원 등의 독립적 기구에 대하여는 효력을 가질 수 없다.

(나) 대법원은 위 법령 등을 근거로 “세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 「국세기 본법」 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하고, 세무공무원이 당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다.”라고 판시하여, 부분조사 후에 다시 세무조사를 하는 것은 부분조사가 이루어진 부분을 제외하더라도 위법한 것임을 명시하였다(대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결, 대법원 2015.9.10. 선고 2013두6206 판결, 같은 뜻임). 사실, OOO의 2013사업연도 및 2014사업연도에 관한 세무조사는 부분조사가 아니라 전부조사에 해당하므로, 부분조사에 관한 대법원 판례를 검토할 필요도 없이, 이 건 처분은 위법한 것이다.

(다) 부분조사는 조사대상 기간 중 특정항목·부분의 적정 여부를 검증하는 조사(전반적인 적정 여부를 검증하는 전부조사에 대비되는 개념)로서, 어떤 세무조사가 부분조사인지 전부조사인지를 판단하는 기준(통지서 기재사항 또는 실제 이루어진 범위 등)과 관련된 사례는 없는 것으로 보이지만, 적어도 세무조사 통지에서 전부 세무조사에 해당하는 것으로 통지한 경우에 있어서는 실제 부분적으로만 세무조사가 이루어졌다고 하더라도 전부조사에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다

아래 (라)에서 후술하겠지만, 대법원이 부분조사에 대해 예외적으로 재조사를 인정하는 취지는 궁극적으로 납세의무자의 이익을 보호하기 위한 것인바, 과세당국이 전부조사로 추진한 세무조사가 결과적으로 일부에 대해서만 조사가 이루어졌다는 등의 이유로 이를 재조사의 대상이 되는 부분조사라고 인정한다면, 납세의무자를 보호하려는 대법원 판례의 취지에 맞지 않고 중복 세무조사의 금지원칙의 취지에도 부합하지 않는다. 즉, 재조사의 예외가 인정되는 부분조사는 부분조사임을 명시하여 통지한 경우로 한정하는 것이 타당하다.

이 건의 경우, 2015년 OOO 조사는 당초 청구법인이 수령한 통지서상 조사대상 세목이 “법인세”로 기재되어 있고(조사제외 항목은 공란), 조사범위확대통지와 관련한 수령증에도 “2015.11.2.부터 실시하는 법인통합조사”라고 표시되어 있으므로, 청구법인에게 전부조사로 통지되었음이 분명하고, 조사사유란에 “원천징수의무 누락 등”이라고 표시되어 있어 배당금 관련 원천징수의무 누락 외에 ‘다른 부분’에도 문제가 있는 것으로 분석되었음을 나타내는바, 2015년 OOO 조사는 청구법인의 배당부분에 한정된 법인세 부분조사가 아니라 법인세 전반에 대한 일반조사가 이루어진 것으로 보는 것이 타당하다. 또한, 조사범위 확대(2014사업연도 추가) 통지와 관련하여도 전부조사가 부분조사로 전환되었다고 볼 만한 표시는 없는 반면, 오히려(2013사업연도에 관한 조사는 “일반부분조사”로 표시된 반면) 2014사업연도에 대한 조사는 “일반조사”라고 표시되어 있다.

(라) 설령 2015년 OOO 조사를 부분조사로 본다고 하더라도, 위 대법원 판례에 따라 재조사가 허용되는 “특별한 사정"이 없으므로 같은 과세기간을 다시 조사한 2016년 OOO 조사는 중복조사에 해당한다.

「국세기본법」은 제81조의11에서 통합조사의 원칙을 규정하고 있을 뿐, 부분조사 후 재조사가 허용되는 경우에 관한 규정을 두고 있지 않으나, 대법원은 부분조사 후에 다시 세무조사를 하는 것은 부분조사가 이루어진 부분을 제외하더라도 위법한 것으로 보되, 다만 “당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 「국세기 본법」 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 볼 것이다.”(대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결, 같은 뜻임)라고 판시하여, 법령상 근거가 없음에도 불구하고 부분조사 후의 재조사가 예외적으로 허용될 수 있는 것으로 판시하고 있다.

위와 같이 대법원이 법령상 근거도 없이 재조사가 허용되는 예외를 인정하고 있는 것은 “애초의 세무조사가 위와 같은 특별한 사정으로 인하여 부분조사로 수행되는 것이 합당한데도 사실상 일률적으로 전부조사를 하게끔 하는 것은 납세의무자로 하여금 오히려 과도한 세무조사를 받게 하는 불합리한 결과를 낳게 되고, 과세관청에도 불필요한 행정부담을 초래하게 되기 때문”(위 대법원 2014두12062 판결에 대해 담당 재판연구관이 작성한 판례 평석임)이다. 즉, 오히려 납세의무자에게불리한 결과가 초래되는 경우를 막기 위해 예외를 인정하고 있는 것이다.

따라서, 구체적으로 부분조사 후 재조사가 허용될 수 있는 “특별한 사정”은, 위 판례에서 명시한 바와 같이 1) 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대된 경우로서, 2) 이러한 조사 확대는 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되기 때문이고, 3) 이와 같은 사정으로 인하여 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다고 볼 수 있는 경우 또는 이에 준하는 상황으로 한정하여야 할 것인바, 세무조사 도중 동일한 잘못이 발견되어 세무조사가 확대되었다는 점만으로 “특별한 사정”이 당연히 인정되는 것은 아니고, 궁극적으로 전부조사가 무리였다고 볼 수 있는 예외적인 상황이 있어야 한다고 보는 것이 관련 법령 및 판례의 문언 및 취지에 부합한다.

실제로 대법원이 위와 같은 예외적 상황에 해당한다고 인정한 판례(대법원 2015.3.26. 선고 2012두14224 판결)의 사실관계를 보면, 과세관청이 당초 2000～2001사업연도에 대한 법인세 세무조사를 실시하던 중 “구상금채권 등의 회수지연(업무무관가지급금)이 연접한 사업연도에도 계속되었는지와 관련된 내용을 위주로 조사”한 다음 2002사업연도 등에 대해 세무조사 결과를 통보하였다가, 추후 2002사업연도에 관한 세무조사(재조사)를 재차 실시한 사례로서, 조사대상내용(구상금채권의 회수지연 등의 확인)이 비교적 간단한 사안임에도 불구하고 이를 위해 전부조사를 하도록 하는 것은 납세의무자에게 오히려 불리한 결과가 초래되는 경우이다.

이러한 법령 및 대법원의 판례를 청구사건에 적용하여 보면, 우선, 2015년 OOO 조사 중 2013사업연도에 대한 부분은 당초부터 다른 세목이나 과세기간에 대한 세무조사 도중 확장된 것이 아니므로 판례상 인정되는 예외적 경우에 해당할 여지가 없는바 이에 대한 2016년 OOO 조사는 위법함이 명백하고, 다음으로, 2014사업연도에 대한 부분은 당초 조사(2013사업연도) 도중에 그 범위가 확장된 것이지만, 배당금은 그 성질상 다음 사업연도와 연계될 수 없어 2013사업연도에 배당금 부분에 대하여 원천징수를 누락하였다는 사정만으로 2014사업연도에 대하여도 주총에서 배당결의를 하고 그에 대한 원천징수를 누락하였을 것이라는 혐의가 있다고 할 수 없는바, 대법원 판례에서 말하는 “해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정”되는 경우에 해당한다고 볼 수 없다. 즉, “특별한 사정”을 인정한 위 대법원 판례의 사례는 채권이 존재하는 이상 이자가 계속하여 발생하는 것이 보통이므로 다른 사업연도에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 유력한 반면, 청구법인의 사례는 배당여부의 불확실성 및 주식의 양도 가능성 등을 고려할 때 다른 사업연도에 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 인정된다고 볼 수 없다는 점에서 차이가 뚜렷하다. 나아가, 과세당국이 그 조사범위를 2013사업연도 이전으로는 확장하지 않고 2014사업연도로만 확장한 점 등에 비추어 볼 때, “당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우”에 해당한다고 볼 수 없다.

(3) 한편, 처분청은 2016년 OOO 조사가 OOO의 수사자료(이하 “쟁점수사자료”라 한다)가 입수됨에 따라 해당 사항을 조사하기 위하여 실시된 것이므로 중복조사 예외 사유에 해당한다는 입장이나, 다음과 같은 이유로 이는 타당하지 않다.

(가) 대법원은 재조사가 예외적으로 허용되는 “조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”의 범위와 관련하여 “조세의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우로 한정되어야 하며 이러한 자료에는 종전 세무조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다고 해석함이 상당하다고 할 것”이라고 제한적으로 해석하고 있는바(대법원 2011.1.27. 선고 2010두6083 판결), 이미 과세당국이 확보하고 있었던 자료인 쟁점수사자료에 기한 재조사는 중복조사에 관한 예외로 인정될 수 없다고 보는 것이 합리적이다.

쟁점수사자료는 2015년 10월에 과세당국에 통보되었고, 2015 OOO 조사는 2015.10.30. 통보되어 2015.11.2.부터 실시되었는바, 쟁점수사자료는 과세당국이 세무조사 당시에 이미 확보하고 있던 자료이므로 「국세기 본법」 제81조의4 제2항 제1호 및 제6호의 적용대상으로 볼 수 없다.

또한, 쟁점수사자료는 청구법인이 청구법인의 직원들을 사기 혐의로 신고함에 따라 내사 및 수사가 개시된 사건의 자료로서, 거래상대방이 청구법인의 직원들과 공모하여 허위 세금계산서를 발행함으로써 청구법인에 손해를 입혔다는 것이 주요 내용으로서, 이러한 수사 개시의 경위 및 혐의 내용에 비추어 볼 때 쟁점수사자료만으로는 “조세의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우”에 해당한다고 볼 수 없다. 처분청이 제시하고 있는 판례(대법원 2012.11.15. 선고 2010두8263 판결)는 수정신고 및 대표이사의 진술 등으로 부가가치세 등의 탈루 혐의가 명백한 사안에 대한 판단으로서, 본건과는 사안이 다르다.

(나) 설령, 쟁점수사자료가 재조사 개시사유(중복세무조사 허용사유)에 해당한다고 하더라도, 허위 세금계산서 발급과 관계없는 부분까지 세무조사가 실시된 부분은 위법하다.

즉, 「국세기 본법」 제81조의4 제2항 각 호에 따른 예외사유가 인정되는 경우에도 그에 따른 세무조사는 예외 사유 및 그와 직접 관련되는 범위 내에서만 허용된다고 보는 것이 타당한 것인데, 만일 이러한 제한 없이 예외 사유가 일부 존재한다는 이유로 전체를 세무조사할 수 있다고 한다면 세무조사 범위를 최소화하기 위한 「국세기본법」 규정의 취지는 몰각될 수밖에 없다.

그런데 처분청은 쟁점수사자료를 근거로 재조사를 개시하였다고 밝히면서도 조사범위는 쟁점수사자료와 관련된 부분으로 제한하지 않고 전체에 관하여 세무조사를 실시하였는바, 처분청이 쟁점수사자료와 관계없는 부분에 관한 본 건 처분이 적법하다고 주장하기 위하여는 1) 2015년 세무조사가 부분조사였다는 사실뿐만 아니라, 2) 대법원 판례에 따른 “특별한 사정”이 있는 경우(대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결)에 해당함을 증명해야 한다.

그러나, 1) 2015 OOO 조사가 전부조사임은 앞서 설시한 바와 같고, 2) 처분청은 “특별한 사정”과 관련해서도 증명하고 있지 않는바, 이 건 처분 중 쟁점수사자료와 관련 없는 조사 부분은 쟁점수사자료가 「국세기 본법」 제81조의4 제2항에서 규정한 예외 사유에 해당하는지 여부와 관계없이 위법하다고 보아야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 다음과 같은 이유로 2015년 OOO 조사는 부분조사로 통지되고 실시된 것임이 명백하다.

(가) 일반적으로 통합조사 시 납세자에게 통지하는 세무조사 통지에는 조사대상세목란에 “법인사업자 통합조사(법인세, 부가가치세, 원천세 포함)” 또는 “통합조사(세법에 따라 신고, 납부의무가 있는 모든 세목)”라고 기재하여, 조사대상 세목이 특정 세목에만 한정되지 않음을 명확히 통지한다OOO.

그러나, 청구법인이 2015년 OOO 조사 시 수령한 세무조사 통지에는 조세대상세목란에 “법인세”로 기재(특정)되어 있는바, 2015년 OOO 조사는 통합조사(전부조사)가 아닌, 세목별 조사(「조사사무처리규정」 제3조 제25호)를 실시한 것으로 보는 것이 타당하다.

세목별 조사란 “세원관리상 긴급한 필요가 있거나 세목의 특성을 감안하여 특정 세목만을 대상으로 실시하는 세무조사”로서, 2015년 OOO은 청구법인에 대해 ‘모회사인 OOO 에 지급한 배당부분 원천징수의무의 적정성’을 검증하기 위하여 세목별 조사를 실시하였는바, 이는 당시 세무조사 통지 조사사유란에 “OOO 에게 지급한 배당부분”으로 특정하여 기재된 사실로도 명백히 확인된다.

(나) 청구법인은 2015년 OOO 조사 통지서상 조사제외 대상 항목이 공란이라는 사실을 동 세무조사가 전부조사(통합조사)였다는 근거로 들고 있으나, 조사제외 대상 항목은 중복조사를 미연에 방지하기위해 “조사대상세목”, “조사대상 과세기간” 중 제외되는 항목이 있는 경우에 기재하는 란으로, 조사제외 대상 항목의 공란 여부를 기준으로 당해 조사가 통합조사(또는 전부조사)인지 여부를 판단할 수 없다.

또한, 청구법인은 위 통지서상 조사사유란에 “～등”으로 표시되었다고 하여 일반조사(전부조사의 오기로 보임, 「조사사무처리규정」상 일반조사는 조세범칙조사와 대비되는 개념임)가 이루졌다고 주장하고 있으나, 의존명사 “～등”은 반드시 열거한 대상이 복수임을 나타내기만 하는 것은 아니며, “그 밖에도 같은 종류의 것이 더 있음”을 나타내는 말로도 쓰이는바(국립국어원), 통지서상의 “～등”이라는 표현이 원천징수 누락 이외 다른 부분도 조사대상임을 표현한 단어가 아님을 알 수 있고, 조사사유란에 “OOO 에게 지급한 배당부분”으로 조사 사유가 특정·기재되어 있음을 보아도 명백하게 확인이 가능하다.

(다) 청구법인은 2015년 OOO 조사 과정에서 2014사업연도로 조사범위가 확대된 사실과 관련하여 작성된 수령증에 “2015.11.2.부터 실시하는 법인통합조사”라는 문구가 기재되어 있고, 조사범위 확대(2014사업연도 추가) 통지와 관련하여 2014사업연도에 대한 조사가 “일반조사”라고 표시되었으므로 2014사업연도의 조사범위 확대는 일반조사로 보아야 한다는 입장이나, 수령증은 과세관청이 교부한 서류를 수령하였다는 사실을 확인하는 서류이므로 수령증에 기재된 문구로 인해 세무조사가 법인통합조사로 확대되는 것은 아니고, 2014사업연도 조사범위 확대 통지에는 당초 조사가 “일반부분조사”로 명확히 표기되어 있어, 청구주장과는 달리 당초 2013사업연도 조사가 통합조사(전부조사)가 아님을 청구법인도 충분히 인지할 수 있었으며, 마찬가지로 2014사업연도 조사범위 확대 통지에 확대 항목이 “배당금”, 확대 사유가 “원천징수 누락혐의가 다른 과세기간으로 연결되어 그 항목에 대한 다른 과세기간의 조사가 필요함”으로 명확히 기재되어 있어 2014사업연도 조사도 특정 항목에 대한 부분조사임을 확인할 수 있다.

(2) OOO이 2016년 실시한 쟁점 세무조사는 다음과 같은 이유로 「국세기 본법」 제81조의4 제2항에서 허용하는 중복조사 예외 사유에 해당된다.

(가) 2016년 5월 청구법인에게 송달된 2016년 OOO 조사 통지서에 따르면, 조사대상 세목은 “법인사업자 통합조사(수취자)(법인세, 부가가치세, 원천세 포함, 주식변동조사 제외)”, 조사대상 과세기간은 “2012.10.1.부터 2015.12.31.까지”, 조사제외 대상은 “2012.10.1.～2014.9.30. 기간 모법인에게 지급한 배당관련 부분조사 제외”로 기재되어 있다. 즉, OOO은 2016년 OOO 조사 시 2015년 조사(배당 관련 부분조사)를 조사제외 대상으로 기재하여 청구법인에게 통지하였는바, 이러한 사실은 앞서 기술한 것과 같이 2015년 OOO 조사가 통합조사(전부조사)가 아닌 세목별 조사(부분조사)였다는 사실과 부합하는 통지이다.

(나) 한편, 2016년 OOO 조사가 실시된 이유는 청구법인이 청구법인의 거래처와 실물거래 없이 고액의 거짓세금계산서를 발급 및 수취하였다는 검찰청 수사자료가 있었기 때문으로서, 2016년 OOO 조사 시 “수취자” 문구를 기재하여 동 조사가 「조세범 처벌법」 제10조에 규정된 세금계산서의 발급의무 위반 등의 혐의가 있어 실시하는 조사[거짓가공(세금)계산서 수취 혐의가 있어 실시하는 거래질서 관련 조사]임을 통지하였다.

(다) 청구법인은 부분조사 후 재조사도 원칙적으로 허용되지 않는다는 것이 대법원 판례의 입장이고, 2016년 OOO 조사는 이를 허용할 만한 예외적인 사정을 찾을 수 없으므로, 중복조사에 따른 이 건처분이 위법하다는 입장이나, 다음과 같은 이유로 이는 타당하지 않다.

1) 2016년 OOO 조사는 「국세기 본법」 제81조의4 제2항 제1호에 규정된 “조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”에 해당되어 실시한 조사로서, 처분청의 쟁점 세무조사는 국가기관인 검찰청의 수사 통보자료 등을 근거로 조사를 실시하였으므로 “조세의 탈루사실이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우”에 해당하며, 검찰청의 수사 통보자료는 2015년 10월에 수취한 자료로서 “종전 세무조사에서 이미 조사된 자료”에도 해당하지 않는다(대법원 2011.1.27. 선고 2010두6083 판결, 같은 뜻임). 또한 검찰 수사자료는 조세의 탈루사실을 확인할 수 있는 객관적이고 합리적인 자료로 봄에 모자람이 없다(대법원 2012.11.15. 선고 2010두8263 판결, 같은 뜻임).

2) 또한 2016년 OOO 조사는 「국세기 본법」 제81조의4 제2항 제6호 및 같은 법 시행령 제63조의2 제3호에 해당되어 실시한 조사이므로, 중복조사의 예외사유에 해당한다. 즉 위 시행령 규정에 따르면 “ 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우” 재조사가 가능하며, 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위는 「조세범 처벌법」 제3조부터 제14조까지의 죄에 해당하는 위반행위를 말하는 것인데, 과세관청이 수보한 검찰청의 쟁점수사자료는 청구법인이 “2013.4～2015.4월 기간 동안 실물거래 없이 거짓세금계산서 OOO원을 발행하고, OOO원의 거짓세금계산서를 수취하였다는 수사자료”로서 「조세범 처벌법」 제10조에 규정된 조세범칙행위에 의한 것이므로, 이는 같은 「국세기본법 시행령」 제63조의2 제3호에 근거한 중복조사의 예외사유에 해당된다.

(3) 청구법인은 쟁점수사자료는 그 입수시기나 내용 측면에서 “조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”에 해당하지 않는다고 주장하고 있으나, 다음과 같은 이유로 이는 타당하지 않다.

(가) 과세관청이 쟁점 수사자료 관련 공문을 OOO으로부터 접수한 시기는 2015.10.27.로 확인되나, 일반적으로 공문에 기재된 붙임 서류는 접수와 동시에 받는 것이 아니라 우편으로 별도 수취하는 경우가 대부분으로, 쟁점 수사자료 관련 증빙도 접수일인 2015.10.27.에 받은 것이 아니라 그 이후에 수령하였을 개연성이 높으므로, 공문 접수일이 2015 OOO 조사 통보일인 2015.10.30. 이전이라고하여 이를 종전 세무조사 당시에 확보하고 있던 자료로 볼 수는 없다.

또한, 검찰 등 국가기관 등으로부터 국세와 관련된 수사자료 등을 수보하였다고 하여, 이미 통지된 세무조사에 바로 반영하여 기 통지된 조사세목, 조사범위, 조사기간 등을 임의로 변경할 수는 없는 것으로서, 과세관청에서 특정 납세자를 조사대상자로 선정하기 위해서는 외부기관 등으로부터 수보한 자료내용을 면밀히 검토한 후 조사대상자 선정 여부 및 조사유형, 조사범위 결정 등 일련의 내부검토절차를 거친 후에야 최종 조사 실시 결정이 이루어지는 것이다.

(나) 청구법인은 쟁점수사자료가 재조사 개시사유(중복세무조사 허용사유)에 해당한다고 하더라도, 허위 세금계산서 발급과 관계없는 부분까지 세무조사가 실시된 부분은 위법하다고 주장하고 있으나, 「국세기본법」 제81조의11상 과세관청의 조사는 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 하는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점수사자료가 재조사로서의 2016년 OOO 조사가 허용되는 근거( 「국세기 본법」 제81조의4 제2항)에 해당하는지 여부

② 2015년 OOO 조사는 통합조사에 해당하고, 설령 부분조사라 하더라도 대법원 판례상 재조사가 허용되는 예외적인 경우에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

③ 2016년 OOO 조사가 허용된다고 하더라도, 쟁점수사자료와 관련 없는 부분은 조사범위가 될 수 없다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제81조의4(세무조사권 남용 금지) ② 세무공무원은 다음 각 호의어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정 또는 제81조의15 제4항 제2호에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서대통령령으로 정하는 경우

제81조의11(통합조사의 원칙) 세무조사는 특정한 세목만을 조사할 필요가 있는 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 납세자의 사업과 관련하여 세법에 따라 신고·납부의무가 있는 세목을 통합하여 실시하는 것을 원칙으로 한다.

(2) 국세기본법 시행령 제63조의2 (세무조사를 다시 할 수 있는 경우) 법 제81조의4 제2항 제6호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

3. 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만,처음의 세무조사(법 제81조의2 제2항 제1호에 따른 세무조사를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에서 해당 자료에 대하여 「조세범 처벌절차법」 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한명백한 자료로 인정하지 아니한다.

제63조의12(통합조사 원칙의 예외) ① 법 제81조의11에서 "특정한 세목만을 조사할 필요가 있는 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.세목의 특성, 납세자의 신고유형, 사업규모, 세금탈루 혐의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우

2. 조세채권의 확보 등을 위하여긴급히 조사할 필요가 있거나혐의 내용이특정 사업장, 특정 항목 또는 특정 거래에만 한정되어 그와 관련된 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우

3. 그 밖에 세무조사의 효율성, 납세자의 편의 등을 고려하여 특정 세목만을 조사할 필요가 있는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우

(3) 조세범 처벌절차법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1.“조세범칙행위”란 조세범 처벌법 제3조부터 제14조까지의 죄에 해당하는 위반행위를 말한다.

(4) 조세범 처벌법 제3조(조세 포탈 등) ①사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급·공제를 받은 자는 2년 이하의 징역 또는 포탈세액, 환급·공제받은 세액(이하 "포탈세액등"이라 한다)의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 3년 이하의 징역 또는 포탈세액등의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1. 포탈세액등이 3억원 이상이고, 그 포탈세액등이 신고·납부하여야 할 세액(납세의무자의 신고에 따라 정부가 부과·징수하는 조세의 경우에는 결정·고지하여야 할 세액을 말한다)의 100분의 30 이상인 경우

2. 포탈세액등이 5억원 이상인 경우

제10조(세금계산서의 발급의무 위반 등) ① 「부가가치세법」에 따라 세금계산서(전자세금계산서를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 작성하여 발급하여야 할 자와 매출처별세금계산서합계표를 정부에 제출하여야 할 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 1년 이하의 징역 또는 공급가액에 부가가치세의 세율을 적용하여 계산한 세액의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다.

1.세금계산서를 발급하지 아니하거나 거짓으로 기재하여 발급한 경우

2.거짓으로 기재한 매출처별세금계산서합계표를 제출한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 확인된다.

(가) OOO이2015.10.27.접수한쟁점수사자료 관련 공문의 주요내용은 다음 <표2>와 같고, 청구법인의 허위세금계산서 내역은OOO으로 나타난다.

(나) 2015년 OOO 조사와 관련하여 다음과 같은 사실이 나타난다.

1) 2015.10.30. OOO이 청구법인에게 통지한 세무조사 통지서의 주요 내용은 다음 <표3>과 같다.

2) 2015.11.13. OOO이 청구법인에게 통지한 조사범위확대 통지서의 주요 내용은 다음 <표4>와 같고, 이와 관련한 수령증의 주요 내용은 다음 <표5>와 같다.

3) 청구법인에 대한 조사복명서(2015년 11월)의 주요 내용은 다음<표6>과 같다.

4) 청구법인에 대한 2015년 OOO 조사의 원인이 된 OOO 에 대한 조사복명서 주요 내용은 다음 <표7>과 같다.

(다) 청구법인에 대한 2016년 OOO 조사통지서(2016.5.26.) 주요 내용은 다음 <표8>과 같다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 우선, 쟁점①에 대해 살피건대, 쟁점수사자료는 「조세범 처벌절차법」 및 「조세범 처벌법」상 청구법인의 조세범칙행위 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로서, 그 존재는 「국세기 본법」 제81조의4 제2항 제6호 및 같은 법 시행령 제63조의2 제3호의 규정상 세무조사를 다시 할 수 있는 경우에 해당하는 점, 비록 쟁점수사자료에 대한 공문이 과세관청OOO에 2015년 OOO 조사가 통지되기 3일 전에 접수된 것으로 확인되나, 실제 2015년 OOO 조사 과정에서 쟁점수사자료와 관련하여 아무런 조사가 이루어지지 않은 것으로 보이고, 실제 2015년 OOO조사 결과 경정된 내역은 배당소득 원천징수 누락에 대한 것이 유일한 것으로 나타나는 점, 쟁점수사자료는 「국세기본법 시행령」 제63조의2에서 명백한 자료로 인정하지 않는 경우인 “해당 자료에 대해 조세범칙조사심의위원회가 혐의가 없다고 심의·의결한 경우”에 해당하지 않는 점 등을 종합하면, 쟁점수사자료에 근거하여 이루어진 2016년 OOO 조사는 법령상 금지되는 중복조사에 해당하지 않는 것으로 판단된다.

(나) 쟁점②는 쟁점①이 기각되어 이를 다툴 실익이 없어 이에 대한 판단을 생략한다.

(다) 마지막으로, 쟁점③에 대해 살피건대, 쟁점수사자료가 재조사의 근거에 해당하는 명백한 자료인 이상 재조사가 가능한 것이고, 2015년 OOO 조사에서 이미 검토가 이루어진 항목에 해당하여 조사대상에서 제외(이 건의 경우 OOO 에 대한 배당금 원천징수)되지 않는 이상 그 범위에 대해서는 법령상 한계가 없는 것으로 판단되는바, 2016년 OOO 조사에서 쟁점수사자료의 내용(허위의 세금계산서 발급 및 수취) 외의 부분도 조사의 범위에 포함하여 관련 부가가치세 및 법인세 등을 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.