[사건번호]조심2013서4093 (2013.11.22)

[세목]양도[결정유형]기각

[결정요지]종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

[관련법령] 조세특례제한법 제99조의3

[참조결정]조심2010서2935

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구인은 1993.11.29. OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2007.4.5. 양도하고 양도소득금액 OOO원 전액을 「조세특례제한법」제99조의3에 따른 감면소득으로 보아 양도소득세OO,OOO,OOO원을 감면세액으로 하여 2007.6.30. 양도소득 과세표준 예정신고를 하였다.

나. 처분청은 청구인의 신축주택 감면에 대한 양도소득세 신고내용에 대해 OOO지방국세청장의 감사지적에 따라 「조세특례제한법」제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)에의한 감면소득 중 종전토지의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 감면대상이 아니라고 보아2013.4.8 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2013.6.12. 이의신청을 거쳐 2013.9.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청이 청구인의 쟁점주택에 대한 양도소득세 부과시 「조세특례제한법」제99조의3 제1항을 적용함에 있어, 감면되지 않는 양도소득금액의 계산규정으로 인용한 계산식은 5년 이내에 양도한 주택에 대한 양도차익의 계산방식이 아니므로 적용할 수 없고, 「국세기본법」 제14조 제2항에 의한 실질과세 원칙을 따라야 하며, 이에 근거한 규정인 「소득세법 시행령」제166조 제1항 제1호 규정과 소득세 집행기준에 따라 양도차익을 계산하면, 양도차손이 발생되므로, 구주택의 양도차익은 없는 것으로 보아야 한다. 또한 관련규정에서 조합원의 구주택 부분의 양도차익에 대하여는 양도소득세를 감면하지 않는다는 명문규정이 없으며, 신축주택 취득 후 5년 이내 양도한 경우 구주택의 양도차익 계산방식 규정이 없음에도 불구하고 과세한 처분은 「국세기본법」제18조 제1항에서 규정하는 “세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지” 규정을 위배한 부당한 처분이므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3 [신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례] 규정은 신규주택 수요를 촉진하여 입법당시 침체된 주택건설 경기를 부양하겠다는 목적에서 입법된 것으로서 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 소득에 대하여 양도소득세를 감면한다는 것이므로, 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액을 「조세특례제한법」 제99조의3에 따른 감면대상 양도소득에 해당하는 것으로 확대해석할 수 없으며, 「소득세법 시행령」제166조는 「소득세법」제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우, 전체 양도차익을 관리처분인가일을 기준으로 관리처분인가일 전 종전주택분 양도차익, 관리처분 인가일 후 종전주택분 양도차익과 청산금 납부분 양도차익으로 나누어 산정하도록 하는 규정이나, 「소득세법 시행령」제166조를 「조세특례제한법」제99조의3에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상 양도소득을 산정함에 있어 준용하도록 하는 근거규정이 없을 뿐만 아니라, 구체적인 산정방법에 있어서도 청구인의 주장과 같이 청산금 납부분을 새로운 취득으로 간주하여 감면대상 양도소득을 자의적으로 산정할 수도 없다. 또한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 구주택을 제공하고 관리처분계획에 따라 위 규정에 따른 과세특례 적용대상 신축주택을 취득하여 양도하는 경우, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따라 감면대상 양도소득금액을 계산함에 있어 분모의 취득당시 기준시가는 구주택 취득당시 기준시가를 적용함이 타당한 것으로 보인다(부동산거래관리과-127 2011.2.10.외 다수). 한편, 처분청의 부과처분이 「국세기본법」제14조 제2항 및 같은 법 제18조 제1항에서 규정하는 위법 부당한 처분이라는 주장에 대해 살펴보면, 과세형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 보더라도 과세처분은 정당하므로 처분청이 「조세특례제한법」제99조의3에따른 감면을 배제하고 양도소득세를 경정·고지한 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정( 「조세특례제한법」제99조의3) 적용시 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대해 감면을 배제하고 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1)조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것)

제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2)조세특례제한법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것)

제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

양도소득금액 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 － 취득당시의 기준시가

× 양도당시의 기준시가 － 취득당시의 기준시가

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은쟁점주택에 대한 양도소득세 부과시 「조세특례제한법」제99조의3 제1항을 적용함에 있어, 감면되지 않는 양도소득금액의 계산규정으로 인용한 계산식은 5년 이내에 양도한 주택에 대한 양도차익의 계산방식이 아니므로 적용할 수 없고, 「국세기본법」제14조 제2항에 의한 실질과세 원칙을 따라야 하며, 이에 근거한 규정인 「소득세법 시행령」제166조 제1항 제1호 규정과 소득세 집행기준에 따라 쟁점주택의 감면되지 않는 양도차익을 계산하면, 양도차손OOO이 발생하므로, 구주택의 양도차익은 없는 것으로 보아야 하고, 조합원의 구주택 부분의 양도차익에 대하여는 양도소득세를 감면하지 않는다는 명문규정이 없으며, 신축주택 취득 후 5년 이내 양도한 경우 구주택의 양도차익 계산방식 규정이 없음에도 불구하고 과세한 처분은 「국세기본법」제18조 제1항에서 규정하는 “세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지” 규정을 위배한 부당한 처분이므로 취소되어야 한다는 주장이다.

(2) 「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면,과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상종전토지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전토지의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2010서2935., 2011.6.30. 같은 뜻). 또한 처분청의 부과처분이 「국세기본법」제14조 제2항 및 같은 법 제18조 제1항에서 규정하는 위법 부당한 처분이라는 주장에 대해 살펴보면, 신축주택 취득일로부터 5년내 양도한 양도소득금액만을 감면한다는 법령에 따라 적정하게 신고·납부한 납세자도 다수 있어, 이들과의 과세형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 보더라도 과세는 정당하므로 처분청이 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여 「조세특례제한법」제99조의3에따른 감면을 배제하고 양도소득세를 경정·고지한 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.