2007-0298 (2007.04.27)

등록

기각

단순히 농림부의 권유에 의하여 본점을 이전하였다는 사유만으로 등록세 중과세 대상에서 제외할 수 없고, 청구인이 농림부장관의 한국○○ 특별적립금 교부결정에 의하여 부동산 취득 자금의 일부를 지원받았다 하여 청구인을 정부출자법인으로 인정할 수도 없다 하겠으므로, 처분청이 부동산의 소유권 이전등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 적법함

지방세법 제138조【대도시 지역내 법인등기등의 중과】 / 지방세법시행령 제102조【대도시 내 법인 등 중과세의 범위】

청구인의 심사청구를 기각한다.

1. 원처분의 요지

경기도 ○○시 ○○동 436-3번지에 본점을 두고 있던 청구인이 2006.2.6. 서울특별시 ○○구 ○○동 1621-19번지외 1필지 토지 및 그 지상건축물의 5분의 1의 공유지분(토지 , 건축물456.65㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)을 승계취득하여 등기하면서 그 취득가액에 지방세법 제112조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 등록세 등을 신고납부하였으나, 처분청은 청구인이 2006.3.2. 이 사건 부동산 소재지로 본점을 이전한 사실을 확인하고 이 사건 부동산은 대도시내 본점 전입에 따른 부동산으로서 등록세 중과세대상에 해당된다고 보아 그 취득가액(910,000,000원)에 지방세법 제138조 제1항의 중과세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 등록세 47,447,400원, 지방교육세 8,761,480원, 합계 56,208,880원(가산세 포함)을 2007.2.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 당초 1977.1.19. 서울특별시 종로구에서 본점 설립을 하여 법인운영을 하다가 경제적 곤란으로 인한 협회 경비절감 목적으로 경기도 수원시 로 이전하였는데, 그 후 FTA 타결 등에 따른 축산농가 등의 구심체로서 축산단체의 역할이 증대하고 축산관련단체의 건전한 육성이 필요하다는 농림수산부의 방침에 따라 다른 축산관련 협회와 함께 이 사건 부동산 소재지로 본점을 이전한 것으로서,이와 같이 청구인이 기존에 서울특별시내에서 약 24년간 본점을 운영하다가 일시적으로 이를 서울특별시외로 이전하였으나 정부의 방침에 따라 본점을 이전한 청구인에 대하여 등록세를 중과세하는 것은 중과세의 입법취지에도 부합되지 아니하며, 정부에서 20% 이상을 출자한 법인이 영위하는 사업에 대하여는 등록세 중과세를 배제하고 있는 바, 청구인의 경우에도 농림수산부로부터 이 사건 부동산의 취득자금의 66%를 지원받아 취득하였으므로 이러한 부동산에 대하여 정부출자법인에 대한 규정을 유추적용하여 등록세 중과세를 배제하는 것이 타당하다 하겠으므로 전체를 중과세 제외하거나 최소한 농림수산부의 지원부분에 대해서는 등록세 중과세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 대도시내 본점 전입에 따른 부동산 등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것) 제138조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 “대도시”라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용 부동산에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인 투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정한 다음, 그 제3호에서대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따를 부동산 등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기라고 규정하고 있고, 같은 법시행령제102조 제2항에서 법 제138조 제1항 제3호에서 “법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산 등기”라 함은 당해 법인 또는 지점 등이 그 설립·설치·전입(수도권의 경우 특별시 외의 지역에서 특별시내로의 전입은 대도시내로의 전입으로 본다. 이하 이조에서 같다) 이전에 취득하는 일체의 부동산 등기(채권을 보전하거나 행사할 목적으로 하는 부동산 등기를 제외한다, 이하 이 조에서 같다)를 말하며, “그 설립·설치·전입 이후의 부동산등기”라 함은 법인 또는 지점등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다. 이 경우 일체의 부동산 등기에는 공장의 신설·증설·공장의 승계취득, 당해 대도시내에서의 공정의 이전 및 공장의 업종변경에 따르는 부동산 취득등기를 포함하며, “지점등”이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1977.1.19. 본점 주소지를 서울특별시 ○○구 ○○6가 173번지로 하여 법인 설립 등기한 후 2000.10.22.본점 주소지를 경기도○○시○○수○○동 436-3번지 농민회관 6층으로 이전하였다가,2005.11.30. 농림수산부장관의 제2축산회관 건립을 위한 한국○○ 특별적립금 교부결정 통지에 따라 취득 자금을 지원받아 이 사건 부동산을 청구외 대한○○협회외 3개 협회와 공동으로 취득하였고, 2006.3.2. 이 사건 부동산에 대한 소유권 이전 등기를 한 후 2006.3.17. 이 사건 부동산 소재지로 본점 이전 등기를 한 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 정부방침에 의하여 본점을 이전한 것이므로 이에 대하여 등록세를 중과세하는 것은 입법취지에 부합되지 않고, 농림부로부터 자금지원을 받아 이 사건 부동산을 취득하였으므로 정부출자법인에 대하여 등록세 중과세를 제외하는 규정을 유추적용하여야 한다고 주장하지만,청구인의 경우 서울특별시가 아닌 경기도 수원시에 본점을 두고 있다가 이 사건 부동산을 취득 등기하면서 이 사건 부동산 소재지로 주소지를 이전한 사실이 법인등기부에서 입증되고 있는 이상, 단순히 농림부의 권유에 의하여 본점을 이전하였다는 사유만으로 등록세 중과세 대상에서 제외할 수 없고,청구인이 농림부장관의 한국○○ 특별적립금 교부결정에 의하여 이 사건 부동산 취득 자금의 일부를 지원받았다 하여 청구인을 정부출자법인으로 인정할 수도 없다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 부동산의 소유권 이전등기에 대하여 등록세를 중과세한 처분은 적법하다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2007. 5. 28.

행 정 자 치 부 장 관