조심2010서2680 (2011.04.21)

양도

기각

청구인이 확정신고한 내용대로 환급이 이루어졌다고 하여 당초 청구인이 정당하게 신고하여야 할 소득금액을 신고하지 아니한 정당한 사유가 있는 경우로 보기도 어렵다 할 것이므로 처분청이 이 건 양도소득세를 부과하면서 신고·납부불성실가산세를 과세한 것은 타당함

소득세법 제96조【양도가액】 / 소득세법시행령제163조【양도자산의 필요경비】

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 1985.1.1. 대구광역시 OOO OOO OOO 1필지 토지 2,327㎡, 1985.114. 같은 동 461 1필지 토지 3,398㎡, 1986.12.24. 같은 동 678-4 토지 58㎡(이하 모두 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 각각 취득한 후 1988.7.25. 그 지상에 건축물 1,996.89㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)을 신축하여 부동산임대업을 영위하다가 2005.10.25. 주식회사 OOOOOO(OO OOOOOOOO OO)에게 쟁점건축물을 철거하는 조건으로 쟁점토지를 매매대금 195억5천만원에 양도한 후 기준시가에 의한 양도가액을 5,604,159,000원, 취득가액을 946,651,346원으로 하여 2005.12.7. 양도소득과세표준 예정신고를 하였고, 2006.5.29. 양도소득과세표준 확정신고를 하면서 쟁점건축물의 양도차손 404,235,602원(취득당시 기준시가 392,461,753원 + 필요경비 개산공제액 11,773,849원)을 쟁점토지의 양도소득금액에서 공제하여 신고하였으나, 처분청은 청구인의 확정신고를 경정청구로 보아 이를 거부하는 통보를 하였으며, 청구인이 소를 제기하자 서울고등법원과 대법원은 청구인이 예정신고후 확정신고를 한 경우에는 확정신고한 내용대로 과세표준과 세액이 확정된다는 이유로 확정신고세액을 초과하는 예정신고납부세액 부분을 환급하도록 판결하였고, 이에 따라 처분청은 2009.6.12. 청구인에게 양도소득세 101,867,360원의 환급결정을 하였다.

나. 그 후, 처분청은 청구인이 확정신고를 하면서 추가로 공제 신고한 쟁점건축물의 양도차손 404,235,602원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 쟁점토지의 양도소득금액에서 공제할 금액이 아니라고 보아 2010.1.8. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 152,069,620원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.4.7. 이의신청을 거쳐 2010.8.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) OOOO은 쟁점토지상에 아파트를 건축할 목적으로 청구인으로부터 쟁점토지를 19,550백만원에 양수하였는바, 매매계약의 특약사항으로 쟁점건축물과 지장물을 청구인의 책임하에 2006.3.30.까지 철거하고, 2억원의 철거이행보증금을 쟁점건축물과 지장물의 철거가 완료되는 즉시 청구인에게 지급하기로 하였으며, 이러한 특약사항을 이행하기 위하여 청구인은 2006.3.30. 이전에 쟁점건축물을 철거하였으며, 대법원 판례(92누15871)에서도 토지상의 무허가건축물을 매수·철거하는 비용이 양도비에 해당되며, 철거비용은 토지의 이용편의를 위하여 지출한 장애철거비용으로 설비비 또는 개량비에 해당된다고 보아야 하며, 처음부터 토지만을 이용하고자 하는 목적에서 토지와 함께 무허가 건물을 취득한 경우에만 그 철거비용을 필요경비로 산입할 수 있는 것은 아니라고 판결하고 있고, 토지와 건물은 각각 별개의 부동산으로서 별개의 방법에 의하여 그 양도차익을 산정할 수 있는 것이므로, 쟁점토지의 양도가액은 19,550백만원이고, 쟁점건축물의 양도가액은 영(0)으로 보아야 할 것이므로 쟁점금액을 필요경비 불산입하는 것은 부당하다.

(2) 또한, 처분청은 청구인이 예정신고한 내용대로 결정을 하였고, 확정신고시 추가납부세액이 없으므로 「소득세법」제115조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 신고·납부불성실가산세 적용대상에 해당되지 아니하므로 이 건 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점토지를 취득한 후 그 지상에 쟁점건축물을 신축하여 부동산임대업을 영위하다가 쟁점건축물을 철거하는 조건으로 쟁점토지를 OOOO에게 양도하고, 부동산임대업은 2006.5.27. 폐업신고를 하였는바, 처분청은 당초 청구인이 양도소득세 과세표준 예정신고를 하였다가 그 후 추가로 쟁점금액을 필요경비에 포함하여 확정신고를 한 것에 대하여 경정청구를 한 것으로 보아 이를 거부통보를 하였으나 절차상의 하자로 패소함에 따라 기납부한 양도소득세의 일부를 환급하였지만, 소득세법 기본통칙(97-10)에서 토지와 건물을 함께 취득한 후 토지의 이용편의를 위하여 당해 건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우로서 그 양도차익을 기준시가로 산정하는 경우에는 철거된 건물의 취득당시 기준시가에 「소득세법 시행령」제163조 제6항 제1호의 금액을 가산한 금액을 양도자산의 필요경비로 산입한다고 규정하고 있고, 여기서 토지의 이용편의라 함은 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이어야 하나, 쟁점건축물은 양도일(2005.10.25.) 이후에도 계속 임대하다가 양수인이 철거한 것으로 확인되는바, 토지만을 이용할 목적으로 양도하였는지 여부가 불분명하므로 쟁점금액을 필요경비 부인한 당초 처분은 정당하다.

(2) 또한, 처분청은 행정소송판결에 따라 이 건 양도소득세를 청구인이 확정신고한 내용대로 경정하면서 기납부한 양도소득세의 일부를 환급하였는바, 위법사항을 보완하여 재부과 결정을 함에 있어서 「소득세법」제115조의 규정에 의하여 확정신고하여야 할 금액에 미달하게 신고·납부한 금액에 대하여 신고·납부불성실 가산세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점금액을 쟁점토지의 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

② 신고·납부한 양도소득세를 환급하고, 재경정·고지하는 경우, 신고·납부불성실가산세를 과세할 수 없다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1) 쟁점① 관련

(가) 소득세법 (2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다

제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것

제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조 제5항의 규정에 의하여 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

(나) 소득세법 시행령 (2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제163조【양도자산의 필요경비】③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 4.제1호 내지 제3호에 준하는 비용으로서 재정경제부령이 정하는 것

⑤ 법 제97조 제1항 제4호에서 "양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것" 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용과「증권거래세법」에 의하여 납부한 증권거래세

2. 법 제94조 제1항 제1호의 자산을 취득함에 있어서 법령 등의 규정에 따라 매입한 국민주택채권 및 토지개발채권을 만기전에 재정경제부령이 정하는 금융기관 등에 양도함으로써 발생하는 매각차손

(다) 소득세법 시행규칙(2006.9.27. 재정경제부령 제524호로 개정되기 전의 것) 제79조【양도자산의 필요경비 계산등】① 영 제163조 제3항 제4호에서 “재정경제부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 비용을 말한다. 1. (생략)

2. 토지이용의 편의를 위하여 지출한 장애철거비용

3.～5. (생략)

6. 제1호 내지 제5호의 비용과 유사한 비용

(2) 쟁점② 관련

(가) 소득세법 (2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

제115조【양도소득세에 대한 가산세】① 거주자가 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 “신고불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

② 거주자가 제111조의 규정에 의한 양도소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액에 대하여 금융기관의 연체대출이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액(이하 “납부불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다.

③ 확정신고를 하여야 할 거주자가 신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에도 제114조의 규정에 의한 추가납부세액(가산세액을 제외한다)이 없는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

(나) 소득세법 시행령 (2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것) 제178조【양도소득세에 대한 가산세의 계산】① 법 제115조 제1항에 규정하는 신고하여야 할 소득금액은 법 제114조의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 결정 또는 경정한 소득금액으로 한다.

② 법 제115조 제1항에 규정하는 신고하여야 할 소득금액에 미달한 금액에 관하여는 제146조 제1항 및 동조 제2항의 규정을 준용한다.

③ 법 제115조 제2항에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 쟁점토지의 양도와 관련하여 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점토지의 양도 및 취득 당시의 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 신고하였고, 양도소득세 확정신고를 하면서 쟁점건축물의 양도차손 상당액인 취득가액(392,461,753원)과 기타 필요경비(11,773,849원)를 추가로 쟁점토지의 필요경비로 공제하는 내용으로 신고를 하였다.

(2) 처분청은 청구인의 확정신고에 대하여 이를 경정청구를 한 것으로 보아 이를 거부하는 통보를 하였고, 이에 대하여 청구인이 소를 제기하여 2009.4.24. 최종적으로 서울고등법원(OOOO OOOOOOOOOOO)에서 ‘처분청은 청구인의 확정신고를 경정청구로 보아 이를 단순히 거부한다는 통지만 하였을 뿐, 경정결정 전·후의 과세표준이나 세액 등을 명시하지 아니하였고, 또한 이를 OOO에게 고지하였다고 인정할 증거가 없으므로 이를 양도소득세의 경정결정이라고 볼 수 없어 확정신고에 따라 초과납부한 금액을 환급하라’는 내용으로 확정판결함에 따라 청구인이 확정신고한 내용대로 기 납부한 양도소득세 중 101,867,340원(환급가산금 별도)를 환급한 것으로 나타난다.

(3) 청구인이 확정신고를 하면서 환급신고를 한데 대하여 처분청이 이를 거부하는 통보를 하자 제기한 소송에서 나타난 내용은 다음과 같다.

(O) OO OOOOO OOO OOO

(나) 청구인의 소에 대하여 대법원(2008다38820)의 판결내용을 보면, “양도소득세는 기간과세의 원칙이 적용되어 당해 과세기간 중에 발생한 양도소득을 모두 합산하여 그 과세표준과 세액을 산출하여 총괄적으로 신고함으로써 구체적 납세의무가 확정되는 점, 양도소득과세표준 예정신고(이하 ‘예정신고’라 한다)를 이행한 경우에도 소득세법 제110조 제4항 단서, 소득세법 시행령 제173조 제4항 제1호 내지 제3호에 해당하는 때에는 반드시 양도소득과세표준 확정신고(이하 ‘확정신고’라 한다)를 하여야 하는 점, 그 밖에 예정신고납부의 예납적 성격, 예정신고 및 자진납부의 불이행에 대하여 가산세가 부과되지 않는 점 등을 종합하여 보면, 납세자가 예정신고를 한 후 그와 다른 내용으로 확정신고를 한 경우에는 그 예정신고에 의하여 잠정적으로 확정된 과세표준과 세액은 확정신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액에 흡수되어 소멸하게 된다.”고 판시였고, 이러한 판결에 따라 파기환송되어 판결이 확정됨으로써, 처분청은 당초 청구인이 확정신고한 내용대로 양도소득세를 환급한 것으로 나타난다.

(4) 청구인이 2005.10.7. OOOO과 체결한 매매계약서상 매매목적물은 쟁점토지만 기재되어 있고, 매매대금은 19,550백만원으로, 잔금지급일은 2005.10.25.로 약정하고, 계약서 제10조에서 특약사항으로 쟁점토지위에 존재하는 건물 또는 지장물에 대하여 매도인인 청구인의 책임하에 2006.3.30.까지 철거하기로 하고, 청구인이 건물 등의 철거를 완료하면 매수인은 청구인에게 2억원을 지급하기로 약정한 것으로 나타난다.

(5) 부동산 등기부상 쟁점건축물은 2007.11.28. 멸실된 것으로 등기되어 있고, 쟁점건축물에 대한 멸실신고는 2008.1.14.에 이루어졌으며, 쟁점건축물에 대하여 2007년분 재산세가 과세된 것으로 재산세과세내역서상 나타나지만, 처분청이 청구인의 확정신고를 경정청구로 보아 2006년 8월에 조사를 실시한 뒤 작성한 복명서상에는 쟁점건축물을 양수인인 OOOO이 철거한 것으로 확인되고, 2006.10.29. 촬영한 항공사진상에서도 쟁점건축물을 포함한 일단의 건축물이 철거된 것으로 나타난다.

(6) 쟁점①에 대하여 살펴본다.

(가) 소득세법 기본통칙(97-10)에서 토지와 건물을 함께 취득한 후 토지의 이용편의를 위하여 당해 건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우로서 그 양도차익을 기준시가로 산정하는 경우에는 철거된 건물의 취득당시 기준시가에 「소득세법 시행령」제163조 제6항 제1호의 금액을 가산한 금액을 양도자산의 필요경비로 산입한다고 규정하고 있는바, 여기서 토지의 이용편의라 함은 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이어야 한다.

(나) 이 건의 경우, 쟁점건축물은 1988년에 신축된 건축물로서 쟁점토지 양도시(2005.10.25.)까지 17년이 경과되었을 뿐이고, 양도당시 자산가치가 전혀 없는 건축물이라고 보기 어려운 점, 쟁점토지의 실제 양도가액과 기준시가가 현저히 차이가 발생하는 점, 청구인이 쟁점토지 양도전에 이를 철거하지 아니하고 쟁점토지 양도일 이후에도 계속하여 부동산임대업에 공여되다가 2006년경에야 양수자가 철거비용을 부담하여 철거한 것(등기부상에는 2007.11.28. 멸실을 원인으로 2008.1.14.에야 멸실등기가 접수되었다)으로 확인되는 점 등으로 보아 쟁점토지의 이용편의를 위하여 건축물을 철거하고 토지만 양도한 경우에 해당된다고 보기 어려운 점이 있다.

또한, 이와 같이 건축물이 철거되지 아니한 상태에서 매매대금이 지급되었고, 당해 양도가액에 쟁점토지와 건축물의 양도대가가 모두 포함된 경우 양도소득과세표준을 산정하기 위해서는 기준시가나 실지거래가액의 방법으로 쟁점토지와 건축물의 양도가액과 취득가액을 각각 산정하여야 할 것인데, 청구인은 쟁점토지에 대하여만 기준시가에 의하여 양도가액과 취득가액을 산정하여 양도소득과세표준신고를 하였음에도, 추후에 쟁점건물 취득가액을 쟁점토지의 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하는 것은 인정하기 어렵다 할 것이므로, 처분청이 쟁점건축물의 취득가액을 필요경비 불산입하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(7) 쟁점②에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 예정신고 및 확정신고한 내용대로 결정이 이루어졌기 때문에 확정신고시에 추가로 납부할 세액이 없었으므로 가산세 납부대상에 해당되지 아니한다고 주장한다.

(나) 살피건대, 청구인이 당초 이 건 양도소득세 확정신고를 하면서 신고한 소득이 정당하게 신고하여야 금액에 미달하는 경우에는 정당한 사유가 없는 한 신고·납부불성실가산세 과세대상에 해당된다 할 것이고, 청구인이 기납부한 세액의 일부를 환급하여야 하는 내용으로 확정신고를 한데 대하여 처분청이 환급을 거부하였다가 법원의 판결에 따라 기납부한 세액의 일부를 환급하면서 환급가산금을 지급하였으므로, 법원의 판결문에 나타난 위법사항을 보완하여 재경정 고지하는 경우에는 과소신고납부된 세액에 대하여 신고·납부불성실가산세를 다시 과세할 수 있다고 판단되고, 청구인이 확정신고한 내용대로 환급이 이루어졌다고 하여 당초 청구인이 정당하게 신고하여야 할 소득금액을 신고하지 아니한 정당한 사유가 있는 경우로 보기도 어렵다 할 것이므로 처분청이 이 건 양도소득세를 부과하면서 신고·납부불성실가산세를 과세한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.