1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2015. 8. 26. 서울 동작구 B 토지 및 그 지상 상가 및 주택 건물(이하 토지 부분을 ‘이 사건 토지’라 하고, 상가 부분을 ‘이 사건 상가’, 주택 부분을 ‘이 사건 주택’이라 하며, 상가 부분 및 주택 부분을 통틀어 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 양도가액 3,180,000,000원에 일괄 양도하였다.

나. 이후 원고는 양도가액을 이 사건 토지의 개별공시지가와 이 사건 건물의 국세청장 고시 건물기준시가(이하 ‘건물기준시가’라고만 한다) 비율로 안분하여 이 사건 토지 및 이 사건 건물의 각 양도차익을 계산한 다음, 각 양도차익에서 이 사건 주택의 연면적이 이 사건 건물의 연면적에서 차지하는 비율만큼을 1세대 1주택으로 비과세 대상인 주택분 양도차익으로 보고, 나머지를 과세 대상인 상가분 양도차익으로 계산하여 2015. 9. 10. 피고에게 양도소득세 357,222,649원을 신고납부하였다.

다. 그런데 피고는 먼저 이 사건 토지 면적에 이 사건 주택의 연면적이 이 사건 건물의 연면적에서 차지하는 비율만큼을 곱하여 이 사건 주택의 부수토지 면적을 계산하고, 다음으로 이 사건 주택분 개별주택가격을 이 사건 주택의 건물기준시가와 그 부수토지의 개별공시지가 비율로 안분하여 ① 이 사건 주택 가격과 ② 그 부수토지의 가격을 각 계산하고, 이 사건 상가의 건물기준시가와 이 사건 토지의 개별공시기지가로 ③ 이 사건 상가의 가격과 ④ 그 부수토지의 가격을 각 계산한 후, 양도가액을 ① 내지 ④의 합계액에서 각 가격이 차지하는 비율로 안분하여 각 양도차익을 계산하여 그 중 이 사건 주택과 그 부속토지에 해당하는 부분을 1세대 1주택으로 비과세 대상인 주택분 양도차익으로 보고, 나머지를 과세 대상인 상가분...