조심2011서0376 (2011.10.11)

법인

기각

청구법인은 보유 중인 선박을 2009.1.14. 양도하였으나 2009사업연도 법인세 과세표준 신고기한인 2010.3.31.까지 해운기업의 법인세 과세표준계산특례 적용신청서를 제출한 사실이 없으므로, 청구법인은 2009사업연도에 대한 법인세를 법인세법에 따른 과세표준 계산방법을 선택한 것으로 보아야 할 것이므로, 청구법인이 법인세 과세표준 신고기한 후에 2009.1.14. 선박매각으로 인한 처분이익 중 대체취득에 사용된 양도차익의 80%를 해운소득으로 보아 과세표준계산 특례대상임을 알았다 하여 다시 과세방법을 변경할 수 있는 것은 아님

조세특례제한법 제104조의10

국심2005중3473

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가.청구법인은 2009.1.14. 보유중인 선박을 매각하고, 2009.3.4. 신규로 선박을 취득한 다음, 2010.3.31. 2009사업연도 법인세 과세표준신고를 하면서 매각한 선박의 매각이익 33억700만원에 대하여 법인세법 규정에 의한 일반적인 방법으로 법인세 과세표준을 계산하여 법인세를 신고·납부하였다가, 2010.8.6. 처분청에 경정청구를 하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제104조의10 소정의 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례를 청구법인에게 적용하여 청구법인이 2009.1.14. 매각한 선박의 처분이익 중 2009.3.4. 신규 선박의 대체취득에 사용된 양도차익의 80%를 해운소득으로 분류하여 관련 법인세 96,280,580원과 농어촌특별세 76,467,431원을 환급하여 줄 것’을 청구를 하였다.

나. 처분청은 청구법인이 경정청구한 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례의 근거법령인 「조특법 시행령」 제104조의7 제2항 제2호 마목 단서의 규정은 2009.2.4. 대통령령 제21307호 부칙 제9조에 따라 2009.2.4. 이후 최초로 선박을 매각하는 분부터 적용하는 것으로서, 청구법인은 이에 해당하지 않는다는 이유로 2010.10.28. 청구법인에게 ‘경정할 이유가 없다’는 뜻을 통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.1.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 선박매각으로 인한 처분이익 중 대체취득에 사용된 양도차익의 80%를 해운소득으로 보는 「조특법 시행령」 제104조의7 제2항 제2호 마목 단서의 규정(이하 “쟁점 개정시행령”이라 한다)은 해운기업에 대한 법인세 과세특례 적용 전에 취득한 선박 매각시 국제선박 양도차익의 손금산입특례 폐지에 불구하고 동일한 수준의 지원이 유지되도록 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례가 적용되는 해운소득의 범위를 조정한 것이므로, 이러한 시행령의 개정취지에 따라 2009.1.1부터 2009.2.3.까지의 기간사이에 매각한 선박에 대하여도 개정규정을 적용하여야 하고, 이러한 내용은 기획재정부에서 매년 세법개정 이후 유관기관에 제공하는 설명자료 「2008년 개정세법해설 주요내용」 및 국세청에서 발간하는 「개정세법해설」에도 2009.1.1.이후 매각하는 분부터 적용하는 것으로 설명하고 있다. 또한 부칙 개정의 착오로 2009.1.1.부터 2009.2.3. 기간사이에 선박을 매각한 경우에만 법인세 과세표준 계산특례를 적용받지 못하게 되면 동일 사업연도 소득임에도 달리 취급되어 기간 과세하는 법인세의 다른 납세자와 세부담의 형평성이 훼손되므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점 개정시행령 규정은 2009.2.4. 대통령령 제21307호 부칙 제9조 제1항에 따라 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례는 개정시행령 시행일(2009.2.4.)이후 최초로 선박을 매각하는 분부터 적용한다고 규정되고, 이러한 해운기업 과세표준 계산특례를 적용받기 위해서는 법인세 과세표준 계산특례를 적용받으려는 최초 사업년도 과세표준 신고기한까지 「법인세 과세표준 계산특례 적용신청서」를 제출하여야 하는 것으로, 청구법인의 경우 2009.1.14. 보유 중인 선박을 매각하였고 2009 사업년도 법인세 신고기한 종료일까지 「법인세 과세표준 계산특례 적용신청서」를 제출하지 않았으므로 청구법인의 경정청구를 거분한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 2009.1.14. 매각한 선박의 매각이익에 대하여 2009.2.4. 시행된 「조특법 시행령」 제104조의7을 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법률

(1) 조세특례제한법 제104조의10【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】① 내국법인중 「해운법」상 외항운송사업의 영위 등 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 "해운기업"이라 한다)의 법인세 과세표준은 2009년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다.

1. 외항운송활동과 관련된 대통령령이 정하는 소득(이하 이 조에서 "해운소득"이라 한다)에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 불구하고 선박별로 다음 산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하 이 조에서 "선박표준이익"이라 한다)

개별선박표준이익 ＝ 개별선박순톤수 × 1톤당 1운항일이익 × 운항일수 × 사용률

2. 해운소득외의 소득(이하 이 조에서 "비해운소득"이라 한다)에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 금액

② 제1항의 규정에 의한 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라 한다)를 적용받고자 하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받고자 하는 사업연도부터 연속하여 5사업연도(이하 "과세표준계산특례적용기간"이라 한다)동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다.

제23조 【국제선박 양도차익의 손금산입】삭제 <2008.12.26>

부칙 <제9272호, 2008.12.26> 제1조(시행일) 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다. (이하 생략)

제3조【일반적 적용례】 ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

제32조【국제선박 양도차익의 손금산입에 관한 경과조치】이 법 시행 전에 종전의 제23조 제1항에 따라 선박을 양도함으로써 발생한 양도차익의 과세이연에 관하여는 제23조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

2008.12.26. 개정전 제23조【국제선박 양도차익의 손금산입】① 내국법인이 당해 사업에 직접 사용하던 선박(「국제선박등록법」에 의하여 등록한 선박을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 2008년 12월 31일까지 양도하고 그 양도대금으로 당해 선박의 양도일이 속하는 사업년도의 종료일까지 새로운 선박을 취득하는 경우에는 새로운 선박의 취득에 사용된 양도차익의 100분의 80에 상당하는 금액은 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제104조의7 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례 <개정 2009.2.4> ① 법 제104조의10 제1항 각 호 외의 부분에서 "「해운법」상 외항운송사업의 영위 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 해운기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 기업으로서 해당 기업이 2년 미만의 기간으로 용선(다른 해운기업이 기획재정부령으로 정하는 공동운항에 투입한 선박을 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)한 외국선박(국적취득조건부 나용선을 제외한다)의 연간운항순톤수(선박의 순톤수에 연간운항일수와 사용률을 곱하여 계산한 톤수를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 합계가 해당 기업이 소유한 선박 등 기획재정부령으로 정하는 기준선박의 연간운항순톤수의 합계의 5배를 초과하지 아니하는 기업을 말한다.

1. 「해운법」 제3조에 따른 외항정기여객운송사업 또는 외항부정기여객운송사업

2. 「해운법」 제23조에 따른 외항정기화물운송사업 또는 외항부정기화물운송사업. 다만, 수산물운송사업을 제외한다.

② 법 제104조의10제1항제1호에서 "외항운송활동과 관련된 대통령령이 정하는 소득"이란 제1호 또는 제2호에 해당하는 활동으로 발생한 소득과 제3호에 해당하는 소득(이하 이 조에서 "해운소득"이라 한다)을 말한다.

1. 외항해상운송활동(외항해상운송에 사용하기 위한 「해운법」 제2조제4호에 따른 용대선을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

2. 외항해상운송활동과 연계된 활동으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 활동

가. 화물의 유치·선적·하역·유지 및 관리와 관련된 활동

나. 외항해상운송활동을 위하여 필요한 시설의 임대차와 관련된 활동으로서 기획재정부령이 정하는 활동

다. 직원의 모집·교육 및 훈련과 관련된 활동

라. 선박의 취득·유지·관리 및 폐기와 관련된 활동

마. 선박의 매각. 다만, 법 제104조의10 제1항에 따른 해운기업의 과세표준계산의 특례(이하 이 조에서 "과세표준계산특례"라고 한다)의 적용 이전부터 소유하고 있던 선박을 매각하는 경우에는 그 매각손익에 해당 선박의 총 소유기간 중 과세표준계산특례가 적용되기 전의 기간이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액(이하 이 목에서 "특례적용전 기간분"이라 한다)은 비해운소득으로 하되, 그 매각대금으로 해당 선박의 매각일이 속하는 사업연도의 종료일까지 새로운 선박을 취득하는 경우에는 특례적용전 기간분에 해당 선박의 매각대금 중 새로운 선박의 취득에 사용된 매각대금이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액의 100분의 20에 상당하는 금액만 비해운소득으로 한다.

바. 단일운송계약에 의한 기획재정부령이 정하는 복합운송활동

사. 가목 내지 바목과 유사한 활동으로 기획재정부령이 정하는 활동

⑤ 과세표준계산특례를 적용받으려는 법인은 과세표준계산특례를 적용받으려는 최초 사업연도의 과세표준 신고기한까지 기획재정부령으로 정하는 해운기업의 법인세과세표준계산특례 적용신청서에 제1항에 따른 요건의 충족여부에 대한 국토해양부장관의 확인서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑥ 특례적용기업은 법 제104조의10제2항 본문에 따른 과세표준계산특례적용기간(이하 이 조에서 "특례적용기간"이라 한다)에 속하는 사업연도(제5항에 따라 제출된 국토해양부장관의 확인서에 의하여 요건의 충족을 확인할 수 있는 사업연도는 제외한다)의 과세표준을 신고하는 때에 기획재정부령으로 정하는 해운기업의 법인세과세표준계산특례 요건명세서에 제1항에 따른 요건의 충족여부에 대한 국토해양부장관의 확인서를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑦ 특례적용기업이 법 제104조의10제2항 단서에 따라 과세표준계산특례의 적용을 포기하려는 때에는 과세표준계산특례를 적용받지 아니하려는 최초 사업연도의 과세표준신고기한까지 기획재정부령으로 정하는 해운기업의 법인세 과세표준계산특례 포기신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑨ 특례적용기업은 해운소득과 비해운소득을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 하고, 해운소득과 비해운소득에 공통되는 익금과 손금은 기획재정부령으로 정하는 방법에 따라 안분하여 계산한다.

부칙 <제21037호,2009.2.4.>

제1조【시행일】 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 이하 생략

제2조【일반적 적용례】 ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제9272호 조세특례제한법 일부개정법률(이하 “개정법률”이라 한다)시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

제9조【해운기업에 대한 법인세과세표준 계산특례에 관한 적용례】 ① 제104조의7 제2항 제2호 마목의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 선박을 매각하는 분부터 적용한다.

② 제104조의7 제5항의 개정규정은이 영 시행 후 최초로 과세표준계산특례 적용을 신청하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점 개정시행령 규정은 해운기업에 대한 법인세 과세특례 적용 전에 취득한 선박 매각시 국제선박 양도차익의 손금산입특례 폐지에 불구하고 동일한 수준의 지원이 유지되도록 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례가 적용되는 해운소득의 범위를 조정한 것이므로, 이러한 시행령의 개정취지에 따라 청구법인과 같이 2009.1.1.부터 2009.2.3.까지의 기간사이에 매각한 선박에 대하여도 개정규정을 적용하여야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(2) 청구법인은 2009.1.14. 보유중인 선박을 매각(선박 매각대금 : 3,457,315,500원, 장부가액 : 149,439,593원, 매각이익 : 3,307,875,907원)하고 2009.3.4. 신규로 선박을 취득한 사실이 있으며, 2010.3.31. 2009사업년도 법인세를 법인세법의 규정에 의한 과세표준 계산방법에 의하여 신고 납부하였고, 2009사업년도 법인세 신고기한까지 「조특법」 제104조의10 제2항에 규정한 해운기업의 법인세과세표준 계산특례 적용신청서를 제출한 사실이 없으나, 2010.8.5. 해운기업의 법인세 과세표준 계산특례를 적용하여 산출한 법인세 및 농어촌특별세 경정청구서와 해운기업의 법인세 과세표준 계산특례 적용신청서를 처분청에 제출한 사실이 나타난다.

(3) 2010.3.29. 국토해양부장관이 확인한 해운기업의 법인세 과세표준 계산특례 적용 요건 확인서에 의하면, 청구법인은 「조특법」 제104조의8 제6조 및 제8조의 규정의 의하여 과세표준 계산특례 적용대상기업임을 확인한 사실이 나타난다.

(4) 청구법인이 2010.8.5. 신청한 2009년 사업년도 법인세 및 농어촌특별세 경정청구에 대한 2010.10.28. 처분청의 결과통지에 의하면, 청구법인이 2009.1.14. 매각한 선박의 매각손익에 대하여 「조특법」 제104조의10과 같은 법 시행령 제104조의7 제2항 제2호 마목 개정규정 적용여부를 검토한 바, 동 개정규정은 2009.2.4. 이후 최초 선박을 매각하는 분부터 적용(부칙 제9조 제1항)하는 것으로 동 규정을 청구법인에게 적용할 수 없다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 것으로 나타난다.

(5) 기획재정부가 발간한「2009 간추린 개정세법」및 국세청이 발간한「2009 개정세법해설」에 의하면, 「조특법 시행령」제104조의7 제2항 제2호의 해운기업 선박 매각손익에 대한 특례 조정범위 조정에 대한 개정이유(취지)는 “국제선박 양도차익의 손금산입특례 폐지에 불구하고 보유선박 매각에 대한 지원이 동일한 수준으로 유지되도록 조정”으로 기재되고, 개정내용은 “특례적용전에 취득한 선박매각손익의 소득구분을 특례기간 적용 전 기간부분은 비해운소득으로 구분하되, 다만 매각사업년도 내 대체취득시 대체취득에 사용한 양도차익의 80%는 해운소득으로 간주한다”로 기재되어 있고, 적용시기 및 적용례는“2009.1.1.이후 매각하는분 분부터 적용한다”고 기재되어 있음이 나타난다.

(6) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 해운기업의 해운소득에 대한 법인세 과세표준 계산은 「법인세법」에 따른 방법으로 계산하거나, 「조특법」에 따른 특례 적용방법으로 계산할 수 있고, 과세표준계산특례를 적용받으려는 법인은 해운소득과 비해운소득을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하고, 특례를 적용받으려는 최초 사업연도의 과세표준 신고기한까지 해운기업의 법인세 과세표준 계산특례 적용신청을 하여야 하며, 특례를 적용받고자 하는 사업연도부터 연속하여 5사업연도동안 과세표준 계산특례를 적용받아야 하는 것으로 규정하고 있고, 조세감면의 경우 감면요건을 충족하는 경우에는 감면신청을 하지 않더라도 감면대상이 되는 것으로 해석함으로써 위 기한 내 제출규정을 단순한 협력의무에 불과한 것으로 보고 있으나, 이 건은 조세감면이 아니라 법인세 과세표준계산 방법의 선택에 관한 것이고, 과세표준계산특례방법을 한번 적용하게 되는 경우 계속하여 5년간 적용하여야 하는 문제가 있으므로 납세자의 명확한 의사표시가 요구되는 점을 감안할 때, 해운기업의 법인세 과세표준 계산특례 적용신청서의 기한내(과세표준계산특례를 적용받으려는 최초 사업연도의 과세표준 신고기한까지) 제출규정을 납세자의 단순한 협력의무로 보기보다는 최소한 과세표준 계산특례를 적용받으려는 최초 사업연도의 과세표준 신고기한까지 납세자가 이를 선택하도록 한 것으로 봄이 타당하다고 할 것인데(국심 2005중3473,2006.06.26. 참고), 청구법인은 보유 중인 선박을 2009.1.14. 양도하였으나,2009사업연도의 법인세 과세표준 신고기한인 2010.3.31.까지 해운기업의 법인세 과세표준 계산특례 적용신청서를 제출한 사실이 없으므로, 청구법인은 2009사업연도에 대하여「법인세법에 따른 과세표준 계산방법」을 선택한 것으로 보아야 할 것이므로, 청구법인이 법인세 과세표준 신고기한 후에 2009.1.14. 선박매각으로 인한 처분이익 중 대체취득에 사용된 양도차익의 80%를 해운소득으로 보아 과세표준계산 특례대상임을 알았다 하여 다시 과세방법을 변경할 수 있는 것은 아니라 할 것이다. 따라서 이 건 2009.1.14. 선박매각으로 인한 처분이익 중 대체취득에 사용된 양도차익의 80%를 해운소득으로 보아 「조특법」에 따른 과세표준계산 특례방법으로 법인세를 계산하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.