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[사건번호]
국심2007관0116 (2007.12.31)
[세목]
관세
[결정유형]
경정
[결정요지]
동종업계가 10여년간 방콕협정세율을 적용하여 수입신고수리된 쟁점 물품에 대하여 소급과세한 처분은 납세자의 재산권을 부당하게 침해하는 부당한 것임
[관련법령]
APTA협정 제5조【양허적용】
[주 문]
1. 마산세관장이 2007.5.22. 및 2007.7.4. 청구법인에게 한 관세 12,481,100원, 부가가치세 1,248,090원, 가산세 2,432,530원의 경정처분은 이를 취소한다.
2. 관세율 적용과 관련한 청구는 이를 기각합니다.
[이 유]
1. 처분개요
청구법인은 2005.6.2.부터 2006.8.31.까지 수입신고번호 20866-05- 1014564호 외 48건으로 마산자유무역지역내 입주업체인 한국일선주식회사가 제조한 절연도료피복전선(Magnet Wire, HSK 8544.11-1000호, 기본세율 8%, 이하 “쟁점물품”이라 한다)을 국내로 반입(수입)하면서 관세법 제73조의 규정에 의한 국제협력관세 중 방콕협정 양허관세율(6.2% ; 이하 “방콕협정세율”이라 한다)로 수입신고하여 처분청으로부터 수리를 받았다.
처분청은 2007.5.22. 및 2007.7.4. 원산지가 우리나라인 쟁점물품이 방콕협정세율 적용대상이 아니라는 이유로 방콕협정세율(6.2%)의 적용을 배제하고, 기본세율(8%)을 적용하여 관세 12,481,100원, 부가가치세 1,248,090원, 가산세 2,432,530원, 합계 16,161,720원을 청구법인에게 경정고지하였다.
청구법인은 이에 불복하여 2007.8.17. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
(1) 처분청은 자유무역지역에서 제조되어 국내로 반입된 쟁점물품은 원산지가 우리나라로서 아시아태평양경제사회이사회의 개발도상국간 무역협상에 관한 제1차 협정(이하 “방콕협정”이라 한다)을 개정한 아시아·태평양무역협정(이하 “APTA협정”라 한다) 제5조, 제8조 및 동 협정 부속서 원산지규정 제1조의 양허세율 적용요건에 부합하지 아니하다는 이유로 방콕협정세율 적용을 배제하였으나, APTA협정 제5조의 “다른 참가국을 원산지로 하는 상품(the goods originating in all other Participating States)”의 표현은 협정 참가국간 물품이동을 전제로 한 개념이 아니라 협정 참가국을 원산지로 하는 상품에 대하여 양허한다는 선언적 규정이고, 동 협정 부속서 제1조에 명시된 “다른 참가국으로부터 일방참가국의 영역(the territory of a Participating State from another Participating State)”의 의미 또한 수입물품이 다른 국가로부터 반입을 전제로 하고 있음을 고려한 표현으로서 원산지의 일반적인 기준을 규정한 것이며, 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 제44조에는 자유무역지역에서 제조하여 국내로 반입되는 물품은 외국으로부터 국내에 도착한 외국물품(수입물품)으로 인정하고 있으므로 자유무역지역에서 반입된 쟁점물품은 “from another Participating State”의 요건에 충족되는 등 APTA협정 부속서의 원산지 기준에 부합하고, 청구법인을 포함한 동종업계에서 세율적용의 변경근거로 삼았던 재경부 유권해석(관협-167, 1997.7.22)은 WTO양허세율뿐만 아니라 방콕협정세율도 포함되는 것으로 해석되어야 하며, 우리나라가 원산지라는 이유로 방콕협정세율 적용을 배제한다면 이는 APTA협정 제12조에 규정한 “조세·지방세·기타 내국세와 과징금에 관하여 어느 참가국의 영역에서 생산된 상품은 다른 모든 참가국의 영역안에서 다른 참가국이 유사한 국내생산품에 부여하는 대우보다 불리하지 아니한 대우를 향유한다.”라는 모든 참가국이 특혜무역의 혜택을 향유토록 한 협정의 정신에도 위배되므로 처분청이 쟁점물품에 대하여 방콕협정세율을 배제한 이 건 처분은 잘못된 처분으로서 취소되어야 한다.
(2) 청구법인을 비롯한 동종업계는 1997.7.22. 부터 2006.8.31. 까지약 10여년 이상 마산자유무역지역 입주업체인 한국일선주식회사가 제조한절연도료피복전선을 국내로 반입(수입)하면서 방콕협정세율(6.2%)을 적용하여 총 9,974건을 수입신고하여 처분청으로부터 단 한 건의 이의없이 수리받았고, 처분청 또한, 재정경제부의 유권해석(관협-167, 1997.7.22), 관세청의 유권해석(분류47281-525, 1997.7.24) 및 질의회신(통관47206-1200, 1997.9.19), 관세청 의견(품목분류 47281-77, 2002. 2.5) 등을 통하여 자유무역지역에서 생산·가공되어 국내로 반입(수입)되는 물품의 원산지가 우리나라인 경우에도 방콕협정세율이 적용되는 것으로 인식하였으며, 처분청이 2000년 2건, 2001년도 9건, 2002년도 28건, 2003년도 9건, 2004년도 2건, 2005년도 7건 총 57건에 대하여 수입신고수리후 세액심사를 실시하여 방콕협정세율 적용대상임을 인정한 바 있어 청구법인을 비롯한 동종업계는 이를 쟁점물품에 대한 과세관청의 비과세 견해표명으로 보아 쟁점물품이 방콕협정세율 적용대상임을 신뢰할 수밖에 없었다. 이와 같이 장기간 동안 방콕협정세율이 적용된 쟁점물품에 대하여는 비과세관행이 성립되었으므로 이 건 처분청의 경정고지는 신의칙과 비과세관행에 반하는 부당한 소급과세 처분으로서 취소되어야 한다.
나. 처분청 의견
(1) 방콕협정 제3조(APTA협정 제5조) 및 제6조의 규정에는 다른 모든 참가국에서 생산된 상품이 수입 참가국의 영역으로 적송되었고, 부속서에 열거된 원산지 요건을 충족하는 경우에 특혜를 적용할 수 있도록 규정하고 있고, WTO양허세율적용과 관련한 재정경제부의 유권해석(관협-167, 1997.7.22.)은 WTO회원국에 대하여 일반양허세율적용이 가능하다는 것으로서 동 유권해석은 WTO양허관세규정 별표 “방콕협정 양허관세”대상에는 해당하지 아니한다는 의미이며, 재정경제부(관협-167, 1997.7.22.)와 관세청(분류47281-525, 1997.7.24.)의 유권해석은 “보세공장에서 가공된 물품의 수입시 원산지가 우리나라인물품은 WTO양허세율을 적용할 수 있다”는 의미이고, 마산세관의 질의(수출47020-518, 1997.9.5.)에 대한 관세청의 유권해석(통관 47206- 1200, 1997.9.19. 2002.2.5.) 역시 “수출자유지역으로부터 국내반입(수입)되는 물품에 대해서도 WTO양허세율을 적용할 수 있다.”는 의미이다.
따라서, 쟁점물품은 방콕협정세율 적용대상에 해당되지 아니하므로 방콕협정세율을 배제하고 기본세율을 적용하여 관련세액을 경정한 이 건 처분은 정당하다.
(2) 청구법인을 비롯한 약 60여개의 동종업체는 1997.7.22.부터 2006.9.18.까지 9,974건으로 쟁점물품을 수입신고하면서 방콕협정세율(6.2%)로 수입신고하여 처분청으로부터 그대로 수리를 받았고, 처분청이 2000년도 이후 57건에 대하여 사후세액심사를 하여 세율적용과 관련한 지적이 없었다고 청구법인이 주장하나, 청구법인은 1997.7.22. 재정경제부가 유권해석(관협 47040-167)하기 이전까지는 기본세율(8%)을 적용하여 오다가 그 후로부터는 재정경제부의 유권해석을 착오하여 방콕협정세율(6.2%)로 수입신고하였고, 처분청이 수입신고사항을 그대로 수리하고 사후심사시 별다른 지적을 하지 아니하였다 하여 비과세관행이 성립한 경우로 볼 수 없으며, 쟁점물품 이외의 방콕협정세율 대상품목들에 대하여 다른 업체들은 기본세율 또는 WTO양허관세율을 적용하여 수입신고하였다.
따라서, 처분청이 2006.11.16. 쟁점물품에 대한 추징여부를 질의하여 관세청으로부터 쟁점물품은 기본관세율 적용대상이라고 통보(관세청 심사정책과-2383, 2007.5.16)받아 관련세액을 경정고지 하였으므로 쟁점물품에 대한 경정처분은 부당한 소급과세에 해당되지 아니한다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
(1) 자유무역지역내에서 생산되어 우리나라가 원산지인 쟁점물품이 방콕협정(현, APTA 협정)세율 적용대상인지 여부
(2) 이 건 경정처분이 부당한 소급과세에 해당되는지 여부
나. 쟁점(1)에 대하여
(1) 관계법령
(가) 관세법
제50조【세율적용의 우선순위】① 기본세율 및 잠정세율은 별표 관세율표에 의하되, 잠정세율은 기본세율에 우선하여 적용한다.
②제49조 제3호의 세율은 다음 각호의 순서에 따라 별표 관세율표의 세율에 우선하여 적용한다.
1.제51조·제57조·제63조·제65조·제67조의2 및 제68조의 규정에 의한 세율
2. 제73조 및 제74조의 규정에 의한 세율
3. 제69조·제71조 및 제72조의 규정에 의한 세율
4. 제76조의 규정에 의한 세율
③제2항의 규정에 불구하고 제2항 제2호의 세율은 기본세율·잠정세율, 제2항 제3호 및 제4호의 세율보다 낮은 경우에 한하여 우선하여 적용하고, 제2항 제3호의 세율중 제71조의 규정에 의한 세율은 제2항제4호의 세율보다 낮은 경우에 한하여 우선하여 적용한다.(이하생략)
제73조【국제협력관세】①정부는 우리나라의 대외무역의 증진을 위하여 필요하다고 인정되는 때에는 특정국가 또는 국제기구와 관세에 관한 협상을 할 수 있다.
②제1항의 규정에 의한 협상을 수행함에 있어서 필요하다고 인정되는 때에는 관세를 양허할 수 있다. 다만, 특정국가와의 협상을 수행함에 있어서는 기본관세율의 100분의 50의 범위를 초과하여 관세를 양허할 수 없다.
③제2항의 규정에 의한 관세를 부과하여야 하는 대상물품·세율·적용기간 등은 대통령령으로 정한다.
(나) 관세율표
HS 8544.11 동제의 절연피복전선(기본세율 8%, 방콕협정 양허관세율 6.2%)
(다)아시아태평양경제사회이사회의 개발도상국간 무역협상에 관한 제1차 협정(방콕협정, 1976.5.24.조약 제574호로 공포된 것)
제3조 : 이 협정의 발효에 따라 각 참가국은 각국별 양허표에 열거된 대로 다른 모든 참가국에서 생산된 상품에 대하여 관세 및 비관세 양허를 적용한다. 이 국별양허표는 이 협정의 불가분의 일부로서 부속서 1로 첨부된다.
제6조 : 제3조 및 제5조의 목적상 상품이 한 참가국의 영역으로부터 수입 참가국의 영역으로 적송되었고, 또한 이 협정의 불가분의 일부인 부속서 2에 열거된 원산지 조건을 충족하는 경우에 동상품은 특혜대우를 받을 수 있다.
제9조 :무역의 공고화·지속적 확대 및 가일층의 다양화를 보장하기 위하여 참가국은 아래의 세항에 명시된 목적과 규정에 유념할 것을 합의하며, 또한 각국의 국가정책 및 절차와 일치하는 방법으로 이를 신속히 수행하도록 노력한다.
(b) 조세·세율 및 기타 내국세와 부과금에 관하여, 어느 참가국의 영역에서 생산된 산품은 다른 모든 참가국의 영역내에서 다른 참가국이 유사한 국내생산품에 부여하는 대우보다 불리하지 아니한 대우를 향유한다.
(라)아시아·태평양무역협정(2006.8.24. 조약 제1802호로 공포된 것)
제3조【원칙】이 협정은 다음 각목의 일반원칙에 따라 규율된다.
나. 투명성ㆍ내국민대우 및 최혜국대우의 원칙이 참가국간 무역관계에 적용되어야 한다.
제5조【양허적용】각 참가국은 국별 양허표에 기재된 대로 다른 참가국을 원산지로 하는 상품에 대하여 유리한 관세, 국경세ㆍ수수료 및 비관세조치를 적용한다. 국별 양허표는 이 협정의 불가분의 일부인 부속서 I로 첨부된다.
제8조【원산지 규정】이 협정에 부속된 국별 양허표에 포함된 상품이 이 협정의 불가분의 일부인 부속서 Ⅱ에 기술된 원산지 규칙을 충족하는 경우에 특혜대우를 받을 자격이 있다.
제12조【무역 확대 및 다양화】무역의 강화·지속적 확대 및 다양화를 보장하기 위하여 참가국은 다음 각목에 명시된 목적과 규정에 유념할 것을 합의하며, 또한 각국의 국가정책 및 절차와 부합하는 방법으로 이를 신속히 이행하도록 노력한다.
나. 조세ㆍ지방세ㆍ그 밖의 내국세와 과징금에 관하여 어느 참가국의 영역에서 생산된 상품은 다른 모든 참가국의 영역 안에서 다른 참가국이 유사한 국내생산품에 부여하는 대우보다 불리하지 아니한 대우를 향유한다.
제13조【편의·이익·특전·면제·특권】무역에 있어서 어느 참가국이 다른 참가국 또는 그 밖의 국가에서 생산되거나 그 국가로 운송되는 상품에 대하여 적용하는 편의ㆍ이익ㆍ특전ㆍ면제 또는 특권은 나머지 참가국의 영역에서 생산되거나 그 영역으로 운송되는 동종상품에 대하여 즉시 그리고 무조건적으로 확대 적용된다.
부속서Ⅱ: 아시아-태평양 무역협정 원산지 규정
아시아-태평양 무역협정 제8조에 의거 동 협정상 특혜양허를 받는 상품의 원산지결정에는 다음의 규정이 적용된다.
제1조【원산품】협정 체제내 특혜무역의 적용대상에 포함되고, 다른 참가국으로부터 일방 참가국의 영역으로 제5조의 의미내에서 직접 운송된 상품은 다음 조건중 어느 하나의 원산지 요건을 충족하는 경우 특혜양허를 받을 수 있다.
가. 제2조에 규정에 따라 수출 참가국에서 완전 생산 또는 획득된 상품
나. 당해 상품이 제3조 또는 제4조에 해당하는 것을 조건으로 수출 참가국에서 부분적으로 생산 또는 획득된 상품.
제1조【목적】이영은「세계무역기구 설립을 위한 마라케쉬 협정 부속서 중 1994년도 관세 및 무역에 관한 일반협정에 대한 마라케쉬 의정서」,「세계무역기구협정 개발도상국 간의 무역협상에 관한 의정서」,「아시아·태평양 무역협정」 및 「유엔무역개발회의 개발도상국 간 특혜무역제도에 관한 협정」과 「관세법」 제73조 및 제78조의 규정에 따라 우리나라의 관세를 양허함에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.
제4조【아시아·태평양 무역협정 양허관세】아시아·태평양 무역협정에 따라 동 협정에 서명·가입한 국가에 대하여 적용할 일반양허관세는 별표 3의 가 및 별표 3의 다에 의하고, 방글라데시에 대하여 적용할 양허관세는 별표 3의 라에 의하며, 라오스에 대하여 적용할 양허관세는 별표 3의 마에 의한다.
제1조【목적】① 이 법은 자유로운 제조·물류·유통 및 무역활동 등이 보장되는 자유무역지역을 지정·운영함으로써 외국인투자의 유치, 무역의 진흥, 국제물류의 원활화 및 지역개발 등을 촉진하여 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다.
제3조【다른 법률과의 관계】① 자유무역지역에서는 이 법에 규정된 사항을 제외하고는 관세법을 적용하지 아니한다.
제29조【물품의 반입 또는 수입】④ 다음 각호의 1에 해당하는 경우 그 반출하고자 하는 자는 수입 신고를 하고 관세등을 납부하여야 한다.
1.자유무역지역안에서 외국물품등의 전부 또는 일부를 사용하여 제조·가공·조립·보수 등의 과정을 거친 후 그 물품을 관세영역으로 반출하고자 하는 경우
2. 외국물품등을 자유무역지역에서 그대로 관세영역으로 반출하고자 하는 경우
제43조【관세법의 적용】자유무역지역안의 외국물품등을 관세영역으로 반출하는 경우에는 이 법에서 정한 경우를 제외하고는 관세법을 적용한다.
제44조【자유무역지역안의 생산물품에 대한 관세등의 부과기준】
제29조제4항 제1호의 경우 그 반출되는 물품은 이를 외국으로부터 우리나라에 도착된 외국물품으로 보아 관세등을 부과한다. 이 경우 제29조제1항 제2호의 규정에 따른 반입신고를 하지 아니한 내국물품을 대통령령이 정하는 바에 따라 세관장의 승인을 얻어 원재료로 사용한 때에는 당해 내국물품의 수량 또는 가격을 제조·가공·조립·보수한 물품의 과세표준에서 공제한다.
(2) 사실관계 및 판단
(가) 본 건 처분경위는 1.『처분개요』기재사항과 같다.
(나) 청구법인은 방콕협정세율은 방콕협정 참가국을 원산지로 하는 물품에 적용되는 세율이므로 방콕협정 참가국인 우리나라를 원산지로 하는 쟁점물품은 방콕협정세율 적용대상이라고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.
(다) 방콕협정은 아시아·태평양지역 개발도상국간 무역자유화 및 확대를 통한 회원국(우리나라, 인디아, 방글라데시, 스리랑카, 라오스)의 경제발전 및 국민생활 수준의 향상을 도모하기 위하여 체결된 협정으로서 1976.6.17. 발효되었고, 동경라운드 “특별대우에 관한 결정” 제2항 (C)의 권능부여조항에 의해 WTO 최혜국(MFN)대우 예외를 인정받았으며, 2002.1.1. 중국의 방콕협정 가입을 계기로 관세특혜 확대협상을 추진하여 2006.9.1. 아시아·태평양무역협정(APTA협정)으로 개정·발효되었다. 우리나라는 방콕협정과 APTA협정에 대하여 1976.5.18. 및 2006.6.30. 각각 국회로부터 비준 동의를 받았으며 동 협정에 의한 양허세율은 관세법 제73조의 규정에 따라 세계무역기구협정등에 의한 양허관세규정(대통령령) 별표 제3의 가 내지 마에 규정하고 있다.
(라) 쟁점물품은 APTA협정 발효일인 2006.9.1. 이전에 방콕협정양허세율(6.2%)을 적용하여 수입신고수리된 물품으로서 방콕협정과 APTA협정은 명칭만이 상이할 뿐 그 본질은 동일하므로 방콕협정 및 APTA협정의 문안에 근거하여 쟁점물품이 방콕협정세율 적용대상인지 여부를 살펴보면, 방콕협정 제3조와 제6조에는 “각 참가국은 각국별 양허표에 열거된 대로 다른 모든 참가국에서 생산된 상품에 대하여 관세 및 비관세 양허를 적용한다.”와 “상품이 한 참가국의 영역으로부터 수입 참가국의 영역으로 적송되었고, 또한 이 협정의 불가분의 일부인 부속서 2에 열거된 원산지 조건을 충족하는 경우에 동상품은 특혜대우를 받을 수 있다.”라고 각각 규정하고 있고, APTA협정 제5조에는 “각 참가국은 국별 양허표에 기재된 대로 다른 참가국을 원산지로 하는 상품에 대하여 유리한 관세·국경세ㆍ수수료 및 비관세조치를 적용한다.”라고 규정하고 있으며, 원산지 조건과 관련한 동 협정의 부속서 Ⅱ 제1조에는 “다른 참가국으로부터 일방 참가국의 영역으로 제5조의 의미내에서 직접 운송된 상품으로서 수출 참가국에서 완전생산 또는 획득한 상품이거나 수출 참가국에서 부분적으로 생산 또는 획득한 상품에 해당하는 경우에는 특혜양허를 받을 수 있다.”라고 규정하고 있으므로 방콕협정세율은 각국별 양허표에 게기된 품목 중 동 협정 부속서 원산지 기준에 부합한 물품으로서 다른 참가국을 원산지로 하는 물품에 한하여 적용된다고 보아야 할 것이므로 우리나라 양허표에 게기된 물품이라 하더라도 우리나라를 원산지로 하는 물품은 방콕협정세율 적용대상에 해당되지 아니한다고 할 것이다.
따라서, 처분청이 마산자유무역지역내에서 제조되어 국내로 반입(수입)된 쟁점물품은 우리나라가 원산지인 물품으로서 세계무역기구협정등에 의한 양허관세규정 제4조에서 규정하는 방콕협정(현, APTA협정)세율 적용대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 방콕협정세율 적용을 배제하고 기본세율을 적용하여 관련세액을 경정고지한 이 건 처분은 정당하다고 판단된다(같은 뜻 : 재정경제부 다자협력과-1017, 2007.11.23.).
다. 쟁점(2)에 대하여
(1) 관계법령
(가) 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준, 소급과세의 금지】
③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
(나) 관세법
제5조【법 해석의 기준과 소급과세의 금지】
① 이 법의 해석 및 적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 이 법의 해석이나 관세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아 들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것 으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
제6조【신의성실】납세자는 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세관공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.
(2) 사실관계 및 판단
(가)본 건 처분경위는 1.『처분개요』의 기재사항과 같으며, 청구법인은 1997년 7월경부터 방콕협정세율(6.2%)로 수입신고수리를 받아온 쟁점물품에 대한 처분청의 소급과세는 신의칙과 비과세관행에 반하는 부당한 처분이라고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.
(나) 정부는 1994.12.31. “세계무역기구협정등에관한양허관세규정(대통령령 제14465호)”을 공포하여 2005.1.1. 시행하도록 하였는 바, 동 규정은 WTO양허관세, WTO개발도상국양허관세, 방콕협정양허관세, 유엔개발도상국 양허관세의 적용에 관한 규정이고, 쟁점물품은 마산자유무역지역(구, 마산수출자유지역) 입주업체인 한국일선주식회사가 제조한 절연도료피복전선으로서 동 회사는 국내의 전기전자제조업체 등 실수요자로부터 쟁점물품을 구매주문받아 1997.7.24.이전까지 기본세율(8%)로 수입신고하여 공급하여오던중 관세청이 1997.7.24. “우리나라가 원산지인 물품에 대하여도 WTO양허세율적용이 가능하다”는 재정경제부의 유권해석(관협 47040-167, 1997.7.22)을 전국세관에 시달(분류 47281-525호)함에 따라 청구법인을 비롯한 동종업체는 쟁점물품을 방콕협정세율(6.2%)적용대상으로 수입신고하였으며, 이와 관련하여 처분청은 1997.9.5. “마산수출자유지역내에서 생산되어 원산지가 우리나라인 상품을 국내로 반입(수입)하는 경우 WTO양허세율, 방콕협정 양허세율 및 유엔개발도상국간의 양허세율의 적용가능여부”를 질의(수출 47020-518)하였고, 관세청은 1997.9.19. “우리나라가 원산지인 물품은 WTO양허세율적용이 가능하다”고 회신(통관 47206- 1200)함에 따라 동종업체는 그 무렵부터 2006.8.30.까지 약 9,900여건으로 쟁점물품을 방콕협정세율로 수입신고하였으며, 처분청은 별다른 지적없이 이를 수리하였고, 2000년 이후에는 수입신고된 57건에 대하여 사후심사를 실시하여 방콕협정세율 적용을 인정한 사실이 확인되고 있다.
(다) 한편, 정부는 참가국과의 협상을 통하여 방콕협정(1976.5.24. 조약 제574호로 공포된 것)을 개정한 아시아·태평양무역협정(조약 제1802호, 2007.9.1. 발효)을2006.8.24.공포함에 따라처분청은 2006년 9월초 APTA협정에 의하여 새로이 양허된 Inverter에 대하여도 양허세율 적용이 가능한지를 구두로 문의하였고, 관세청은 재정경제부에 다시 질의(공정무역과-3565, 2006.9.19)하였으며, 사단법인 마산자유무역지역기업협회는 2006.9.28. 자유무역지역에서 제조되어 국내로 반입(수입)되는 물품에 대하여도 “APTA협정 양허관세율적용”을 요청하였고, 재정경제부는 2006.10.13. 마산자유무역지역에서 생산된 물품은 APTA협정양허세율 적용대상이 아니라고 회신(관세협력과-1623)함에 따라 처분청은 APTA협정의 발효일(2006.9.1.) 이전까지 수입신고수리를 받은 쟁점물품에 대하여 관세청으로부터 질의회신을 받아 소급하여 관세 등을 경정고지하였다.
(라) 관세법 제5조 제2항에는 “이 법의 해석이나 관세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아 들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.”라고 규정하고 있고, 일반적인 조세법률관계에서 신의성실의 원칙이나 관세법 제5조 제2항이 정하는 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 위 조항 소정의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 관세행정의 관행은 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하며(대법원 2006.6.29. 선고 2005두2858 판결), 비과세관행의 성립기준과 관련한 대법원의 판례는 “첫째, 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재하여야 하고, 둘째, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떠한 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 셋째, 공적 견해나 의사는 묵시적으로 표시될 수도 있지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 비과세상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 1993. 2.23. 선고 92누12919 판결외 다수)”라고 하고 있다.
(마) 위 사실관계 및 관련규정 등을 종합하면, “세계무역기구협정(WTO)등에 관한 양허관세규정”은 WTO일반양허관세 뿐만 아니라 WTO개발도상국양허관세, 방콕협정양허관세, 유엔개발도상국간 특혜무역제도의 양허관세율 및 그 적용대상범위가 일괄로 규정되어 처분청은 재정경제부가 “우리나라가 원산품에 대한 WTO양허세율적용이 가능하다.”고 한 유권해석(관협 47040-167, 1997.7.22.)의 적용범위에 대한 의문을 가지고 1997.9.5. “마산수출자유지역에서 생산된 상품이 WTO양허세율, 방콕협정양허세율 및 유엔개발도상국간 양허세율의 적용여부”를 질의(수출 47020-518)한 점, 이에 대하여 관세청은 1997. 9.19. “WTO양허세율의 적용이 가능한 것”으로 회신(통관 47206- 1200)하면서 방콕협정세율 적용여부에 대하여는 언급을 하지 않아 회신내용이 부족한 점, 관세청의 동 회신에 대하여 처분청은 WTO양허세율은 포괄적인 표현으로서 방콕협정세율까지 포함된다고 인식한 것으로 보이는 점, 청구법인을 비롯한 60여개의 동종업체는 1997년 7월경부터 2006.8.31.까지 약 9,900여건으로 쟁점물품을 방콕협정세율로 수입신고하여 처분청이 이를 그대로 수입신고수리하였고, 2000년 이후 57건의 수입신고 건에 대하여 사후심사를 실시하여 방콕협정세율 적용을 인정한 점, 관세청 및 처분청이 보세공장제조물품에 대하여 WTO양허관세로 수입신고하였다고 한 품목은 대부분 WTO양허관세율이 무세인 품목으로서 방콕협정세율이 실행세율이 아닌 점 등을 고려할 때, 처분청이 1997년 7월경부터 APTA협정이 발효된 2006.9.1.까지 약 10년간 쟁점물품에 대한 방콕협정세율(6.2%)을 수입신고수리한 사실이 있고, 다수 수입신고건에 대한 사후심사를 실시하여 방콕협정세율을 그대로 인정하였으며, 이와 관련하여 청구법인에게는 그 귀책사유가 없다고 할 것인 바, 쟁점물품에 대하여는 장기간 동안 기본세율 대신 방콕협정세율을 적용한 비과세관행이 성립된 것으로 판단된다(같은 뜻 : 대법원 1983.12.13.선고 83누 149외 다수).
(바) 따라서, 청구법인 및 동종업계가 1997년 7월경 이후 약 10여년간 방콕협정세율을 적용하여 수입신고수리된 쟁점물품에 대하여 관세청의 질의회신(심사정책과-2383, 2007.5.16.)에 근거하여 소급과세한 이 건 처분은 납세자의 재산권을 부당하게 침해하는 소급과세라고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조, 같은 법 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
2007년 12월 31일
주심국세심판관 이 영 우
배석국세심판관 이 광 호
배석국세심판관 이 수 웅
배석국세심판관 남 금 천