[사건번호]조심2011부3116 (2012.04.26)

[세목]부가[결정유형]기각

[결정요지]면세사업을 영위하는 사업자가 면세포기를 하는 경우 당해 과세기간에 면세되는 재화의 공급만이 있는 경우에는 매입세액을 공제하지 아니하는 것임

[관련법령] 부가가치세법 제17조

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 736-1에서 OOO상사(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 농수산물(냉동수산물ㆍ농산물ㆍ건굴ㆍ기타)을 수출 및 국내판매한 사업자로2006년 제2기 및 2007년 제1기 공통매입세액을 전체 사업의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 안분계산OOO하여부가가치세를 신고납부하였다.

나. OOO지방국세청장은 2010.12.6.~2010.12.27. 개인사업자통합조사를 실시하여 쟁점사업장의 사업단위를냉동수산물ㆍ농산물ㆍ건굴ㆍ기타로 구분하고 사업부분별로 면세분 공통매입세액을재계산(OOOOO OOO OO,OOO,OOOO, OOOOO OOO OO,OOO,OOOO)하여과세자료를 통보하였으며, 이에 따라 처분청은2011.2.7. 청구인에게2006년 제2기 부가가치세 OOO원, 2007년제1기 부가가치세 OOO원, 합계OO,OOO,OOO원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.5.4. 이의신청을 거쳐 2011.8.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)「부가가치세법 기본통칙」17-0…1에는 면세를 포기한 사업에 대하여 영세율 및 면제되는 재화의 공급이 없어도 당해 과세기간에 면세포기사업과 관련된 매입세액은 공제한다고 규정되어 있는바, 처분청은 청구인이 2006년 제2기에 냉동수산물을 수출하지 아니하고 국내에만 판매하였다 하여 관련 공통매입세액을 전액 불공제하였으나, 냉동수산물은 국내에 공급한 품목과 공급하지 아니한 품목으로 구분되므로 공급하지 아니한 품목과 관련된 매입세액은 공제되어야 한다.

(2) 처분청은 쟁점사업장의 품목을 냉동수산물ㆍ농산물ㆍ건굴ㆍ기타로 구분하여 2007년 제1기의 공통매입세액을 안분계산하였으나, 냉동수산물은 오징어ㆍ꽁치ㆍ기타로 품목이 세분되므로 이를 기준으로 공통매입세액을 재계산하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 영세율이 적용되는 수출재화를 면세포기한 것으로서 2006년 제2기에 냉동수산물을 국내에만 공급한 것이므로 면세포기의 효력이 없어(부가가치세법 기본통칙 12-47…2 참조) 냉동수산물의 구입과 보관에 전용된 공통매입세액은 면세를 적용받게 되는 것이다. 이는 면세사업을 영위하는 사업자가 면세포기를 하는 경우에 면세포기한 사업에 대하여 당해 과세기간에 부가가치세가 면제되는 재화·용역의 공급이 없는 때에도 그 과세기간의 면세포기사업과 관련된 매입세액은 공제하지만, 면세포기한 사업에 대하여 당해 과세기간에 면세되는 재화의 공급만이 있는 경우에는 공제하지 아니한다고 규정한「부가가치세법 기본통칙」17-0…1에서도 알 수 있다. 따라서 처분청이 2006년 제2기에 발생한냉동수산물 관련 공통매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.

(2) 부가가치세가 과세되는 수종의 사업과 면세되는 수종의 사업을 겸영하는 경우에는 실지귀속에 따라 매입세액으로 공제하되, 공통매입세액의 안분계산은 그 수종의 사업중에서 공통매입세액과 관련된 사업단위(부분)별로 세분이 가능한 경우에는 당해 공통매입세액과 관련된 사업부분만을 당해 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액비율에 의하여 계산하는 것(대법원 82누170, 1982.9.28.)인바,청구주장과 같이 냉동수산물을 어종별(오징어ㆍ꽁치ㆍ기타)로 구분가능하다는 이유만으로 이를 근거로 면세공급가액비율을 산정하는 것은 실익이 없을 뿐만 아니라 쟁점사업장의 경우 냉동수산물ㆍ농산물ㆍ건굴ㆍ기타로구입처가 구별되어 수출되는 점과 축산업협동조합에 대한 사업단위(사료구매사업ㆍ원유판매사업ㆍ원유가공판매사업) 구분사례(위 판례 참조) 및 출판업자에 대한 사업단위(제조출판업ㆍ부가통신업)의 구분사례(국세청 부가 46015-1099, 1999.5.26.)를 보더라도 냉동수산물의 어종을 사업단위로 인정하기는 어렵다고 할 것이다. 따라서 처분청이 냉동수산물 전체를 하나의 사업단위로 보아2007년 제1기의공통매입세액을 안분계산한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 영세율이 적용되는 수출재화를 면세포기한 사업자가 당해 과세기간에 면세되는 재화를 국내에만 공급하였다 하여 관련 공통매입세액을 불공제한 처분의 당부(2006년 제2기분)

② 쟁점사업장의 사업단위를 냉동수산물ㆍ농산물ㆍ건굴ㆍ기타로 구분하여 공통매입세액을 안분계산한 처분의 당부(2007년 제1기분)

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제12조【면세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. 가공되지 아니한 식료품(식용에 공하는 농산물·축산물·수산물과 임산물을포함한다) 및 우리 나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물·축산물·수산물과 임산물로서 대통령령이 정하는 것

④ 사업자는 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는용역의 공급으로서 제11조의 규정에 의하여 영세율적용의 대상이 되는 것과제1항 제11호·제13호 및 제16호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니할 수 있다.

제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련매입세액

(2) 부가가치세법 시행령

제47조【면세포기신고】① 법 제12조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는용역의 공급이 법 제11조의 규정에 의하여 영세율 적용의 대상이 되는경우와 제37조 제1호에 규정하는 학술연구단체 또는 기술연구단체가 이를 공급하는 경우에 법 제12조 제4항의 규정에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니하고자 하는 사업자는 다음 각호의 사항을 기재한 면세포기신고서에 의하여 관할세무서장에게 신고(국세정보통신망에 의한 신고를 포함한다)하고, 법 제5조의 규정에 의하여 지체없이 등록하여야 한다.

1. 사업자의 인적사항

2. 면세를 포기하고자 하는 재화 또는 용역

3. 기타 참고사항

② 제1항의 규정에 의한 신고를 한 사업자는 신고한 날로부터 3년간은부가가치세의 면제를 받지 못한다.

제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

(3)부가가치세법 시행규칙

제18조의2【매입세액의 안분계산】① 영 제61조 제1항 및 제3항에서 "총공급가액"이라 함은 공통매입세액에관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, "면세공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

(4) 부가가치세법 기본통칙

17-0…1【면세포기한 사업자의 매입세액 공제】수산업 등 면세사업을 영위하는 사업자가 법 제12조 제4항의 규정에 의하여면세포기를 하는 경우에 면세포기한 사업에 대하여 당해 과세기간에 영세율이 적용되거나 부가가치세가 면제되는 재화·용역의 공급이 없는 때에도그 과세기간의 면세포기사업과 관련된 매입세액은 법 제17조 제1항의규정에 의하여 공제한다. 다만, 면세포기한 사업에 대하여 당해 과세기간에면세되는 재화의 공급만이 있는 경우에는 법 제17조 제2항 제4호의 규정에의하여 공제하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO지방국세청장은 청구인이 2006년 제2기 및 2007년 제1기에 냉동수산물ㆍ농산물ㆍ건굴 등을 수출 및 국내판매하고 공통매입세액을 전체 사업의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 따라 안분계산하여 면세분 공통매입세액을 과소계상한 사실을 확인하고 아래와 같이 쟁점사업장의 사업단위를 냉동수산물ㆍ농산물ㆍ건굴ㆍ기타로 구분하여 면세분 공통매입세액을 재계산하였다.

(OO: OO, O)

(2) 청구인은 냉동수산물 중 2006년 제2기에 공급하지 아니한 품목이 있으므로 동 품목에 대한 공통매입세액을 재계산하여야 한다고 주장하면서 냉동수산물의 부가가치세 계산내역을 제출하였고, 냉동수산물의 2007년 제1기 매출 등이 어종별로 세분되므로 공통매입세액을 재계산하여야 한다고 주장하면서 냉동수산물의 매출현황 및 보관료 내역을 제출하였다.

(O) OOOOOO OOOOO OOOO(OOOOO OOOO)

(OO : OOOO, OO)

(3) 쟁점①에 대하여 살피건대, 수산업 등 면세사업을 영위하는 사업자가 면세포기한 사업에 대하여 당해 과세기간에 영세율이 적용되거나 면세되는 재화의 공급이 없는 때에도 그 과세기간의 면세포기사업과 관련된 매입세액은 공제하나, 면세되는 재화의 공급만 있는 경우에는 매입세액을 공제하지 아니함이 타당한바(부가가치세법 기본통칙 17-0…1 참조), 청구인은 영세율이 적용되는 수출재화만을 면세포기한 사업자로 2006년 제2기의 경우 면세되는 냉동수산물을 국내에만 공급한 것이므로 처분청이 관련 공통매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(4) 쟁점②에 대하여 살피건대, 사업자가 부가가치세가 과세되는 수종의 사업과 면세되는 수종의 사업을 겸영하는 경우에는 실지귀속에 따라 매입세액을 공제하되, 공통매입세액은 그 수종의 사업중에서 관련된 사업단위별로 구분하여 안분계산해야 할 것(대법원 82누170 판결, 1982.9.28. 참조)인바, 냉동수산물의 매출 등이 어종별로 세분된다 하여 개개의 어종을 사업단위로 인정하기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 냉동수산물을 하나의 사업단위로 구분하여 관련 공통매입세액을 안분계산한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.