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기각
청구주장 32,334,191,570원상당의 취득재산이 조세감면규제법상 법인세 특별부가세가 면제되는 대체취득자산으로 볼 수 있는지의 여부(기각)
조세심판원 조세심판 | 국심1997경0974 | 법인 | 1997-11-11
[사건번호]

국심1997경0974 (1997.11.11)

[세목]

법인

[결정유형]

기각

[결정요지]

농어민지원시설을 이전할 목적으로 토지 등을 양도하고 양도일로부터 3년 이내에 농어민지원시설을 대체취득할 경우에 한하여 당해 토지의 특별부가세를 면제하므로 토지매각대금으로 농어민지원시설이 아닌 임대용부동산을 취득하였기 때문에 특별부가세면제배제한 처분은 정당함

[참조결정]

국심1994경1668

[주 문]

심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 원처분의 개요

청구법인은 농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 농지개량조합으로 2년이상 업무용으로 공하던 토지 22필지를 92 사업년도(92.1.1~92.12.31)에 매각(매각금액 : 4,641,615,000원)하고 구 조세감면규제법 제67조의 13 제1항의 규정에 의하여 93.3 법인세 특별부가세를 면제신청하였다.

처분청은 청구법인이 92.12.4 이사회결의에서 위 매각토지등에 대체하여 수익사업용으로 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOO, OO, OO, OO 소재 토지(2,164㎡)와 동 지상건물(연 16,835.44㎡ 지하3층 지상11층 이하 위 토지와 건물을 합하여 “임대용부동산”이라 한다)을 취득하기로 의결하는 절차를 거쳐 92.12.30 취득하여 부동산임대사업을 하고 있다하여 청구법인의 면제신청을 부인하고 법인세 특별부가세를 과세하였으나, “청구법인이 대체취득자산의 OO가 없었음으로 토지의 양도일로부터 3년이 경과하지 아니한 시점에서 특별부가세 면제요건의 이행여부를 판단함은 잘못이다”라는 국세심판결정(국심 94경1668, 94.11.1)에 의하여 법인세 특별부가세를 취소하고 사후관리하여 오다가 청구법인이 토지의 양도일로부터 3년이 경과한 95 사업년도까지 구 조세감면규제법시행령 제55조의 11 제3항 각호에 규정하는 대체자산을 취득하지 아니하고 농어민지원시설과는 무관한 임대용부동산을 취득하였다 하여 96.12.31자로 청구법인에게 당초 감면받은 법인세 특별부가세 638,585,786원에 이자상당액 309,267,096원을 가산하여 947,852,880원을 법인세로 추징고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 97.1.30 심사청구를 거쳐 97.4.29 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

조세감면규제법시행령 제55조의 11 제3항 본문과 단서 규정에서 법인세 특별부가세 면제요건은 업무용토지 양도일전 2년이내에 취득한 자산과 양도후 3년이내에 취득한 자산까지 합계하여 면제여부를 판단하도록 규정하고 있는 바, 청구법인은 쟁점 22필지 양도일전 2년이내와 양도후 3년이내에 이건 양도가액 4,641,615,000원이상인 32,334,191,OO0원의 대체취득자산을 취득하였고, 쟁점임대용 부동산에 대하여 처분청은 농어민지원시설과는 무관한 부동산 취득이라는 이유로 이를 대체취득자산으로 보지 아니하고 있으나 대법원은 95.6.16 판결[사건 95누2586]에서 청구인이 취득한 26,326,368,500원의 쟁점임대용 부동산은 청구법인의 고유업무의 범위와 달리 볼 아무런 이유가 없으며, 특히 이건 부동산임대업이 행정관청으로부터 인·허가를 받은 업무에 해당하기 때문에 이는 청구법인의 고유의 업무에 속한다고 지방세를 취소하라고 판결하고 있으므로 이건 특별부가세는 취소하여야 함이 타당하다.

나. 국세청장 의견

첫째, 농어민지원시설을 이전할 목적으로 토지등을 양도하고 양도일로부터 3년이내에 농어민지원시설을 취득(단, 선취득 후 양도할 경우 취득일로부터 2년이내에 양도)할 경우에 한하여 당해 토지의 특별부가세를 면제하는 바, 경기도지사로부터 인가받은 수익사업 재산조성 추진계획서를 보면 不用土地의 매각대금 48억원 및 적립금 210억원 등으로 수익용 대체자산을 취득한다는 계획에 의하여 92.12.30자로 임대용부동산을 263억원에 취득한 사실이 있는 바, 이 건 매각토지의 처분대금으로 임대용부동산을 취득하였다고 판단되며, 농어민지원시설이 아닌 임대용부동산을 취득한 경우 농어민지원시설의 이전에 해당되지 않아 특별부가세가 면제되지 않는다고 판단되고,

둘째, 「청구법인은 쟁점임대용 부동산을 주무관청의 인가를 받아 그 고유의 업무에 사용하기 위하여 취득하였으므로 강남구청장이 청구법인에게 부과한 지방세를 취소하라」는 대법원 판결을 인용하면서 쟁점임대용 부동산을 농어민지원시설로 인정하여야 한다고 주장하나, 지방세 부과의 근거가 되는 지방세법과 이 건 관련법령인 조세감면규제법은 관계가 없고, 쟁점임대용 부동산 취득으로 인한 취득세등이 면제되었다고 하여 특별부가세 면제까지 당연히 면제되는 것은 아니고,

셋째, 청구법인이 매각토지에 따른 특별부가세를 면제받고자 93.3.30자로 처분청에 제출된 세무조정계산서에 대체자산취득계획서가 미첨부되어 93.9.25 추가로 제출한 대체자산취득계획서에에 따르면, 청구법인은 93년부터 95년사이에 김포군 김포읍 OO리 OOOOOO, 인천광역시 북구 OO동, 김포군 고촌면 OO리에 소재하는 대지 및 건물을 약 54억원에 대체자산으로서 취득하겠다고 하였으나 95.12.31까지 취득완료하여 농어민지원시설로 사용한 자산이 없다.

한편, 청구법인은 임대용자산은 별론으로 하더라도 나머지 90~95 사업년도에 취득한 3,3OO,355,820원상당의 쟁점업무용자산은 농어민지원시설로 인정하여야 한다고 주장하나 전시한 바와 같이 이 건 22필지 매각토지의 처분대금으로 쟁점임대용부동산을 취득하였음이 청구법인이 작성하여 인가받은 수익사업 재산조성 추진계획서등에 의하여 확인되고, 농지개량시설의 설치 및 유지관리가 주된 사업목적인 청구법인의 경우 통상적이고 계속적인 지출(토지조성비, 양수장설치 및 관리비, 출장소 신축비 등)에 해당하는 쟁점업무용부동산을 취득하기 위하여 토지를 양도하였다고 볼 수도 없어 대체자산이라 인정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구주장 32,334,191,OO0원상당의 취득재산이 조세감면규제법상 법인세특별부가세가 면제되는 대체취득자산으로 볼 수 있는지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령

조세감면규제법 제67조의 13 제1항에서 법인이 5년이상 계속하여 당해법인의 업무용[목장용, 매매사업용 및 임대사업용을 제외]으로 직접 사용한 토지등으로서 대통령령으로 정하는 토지등을 다른 고정자산을 취득할 목적으로 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있고,

같은법시행령 제55조의 11 제1항에서는법 제67조의 13 제1항의 규정에 의하여 특별부가세가 면제되는 토지등은 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다.

1. 법인이 5년이상 계속하여 가동한 공장(재무부령이 정하는 공장입지기준면적 범위안의 부수토지를 포함)에 사용하는 토지 등

2. 삭 제

3. 재무부령이 정하는 “농어민지원시설”을 이전할 목적으로 양도하는 경우의당해토지 등으로 규정하고 있으며 제3항에서는 법 제67조의 13 제1항의 규정에 의한 특별부가세의 면제는 토지등의 양도가액에상당하는 금액으로 토지등의 양도일부터 3년이내에 다음 각호의 1에해당하는 고정자산[이하 “대체취득자산”이라 한다]을 취득하고이를 당해법인의 업무용으로 직접사용한 경우에 한한다. 다만, 토지등을 양도하기전에 업무용으로 직접 사용하는 대체취득자산을 취득한 경우에는 그 취득일로부터 2년이내에 토지등을 양도하여야 한다.

1. 공장 및 기계장치

2. 사원용 주택

3. 제1항 제3호의 경우에는 재무부령이 정하는 “농어민지원시설”로규정하는 한편

같은 제4항에서는 법 제67조의 13 제1항의 규정에 의하여 특별부가세를 면제받고자 하는 법인은 토지등의 양도일이 속하는 사업년도의 과세표준OO와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서에 재무부령이 정하는 양도명세서 및 취득명세(계획)서를 제출하여야 하며, 새로운 대체취득자산의 취득일이 속하는 사업년도의 과세표준OO와 함께 취득명세서 및 양도명세(계획)서를 제출하여야 한다고 규정하고 있으며,

같은법시행규칙 제20조의 9 제2항에서는 위 규정에서 언급하고 있는 “재무부령이 정하는 농어민지원시설”이라 함은 법 별표34호 내지 36호 및 40호의 법인과 농촌근대화촉진법에 의하여 설립된 농지개량조합 및 동 조합연합회가 소유하는 토지등으로서 법령이나 정관 또는 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 사업용 토지등을 말한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당되는 토지등을 제외한다고 규정하고 그 제2호에서 부동산 매매사업, 부동산임대사업, 제조가공사업 및 신용사업용 토지등을 들고 있다.

다. 사실관계

1) 청구법인이 92 사업년도에 양도한 토지는 청구법인이 고유업무용으로 사용한 구거 11필지와 도시계획으로 인하여 지목이 대지로 변경되고 환지된 토지 11필지등 합계 22필지의 토지이며 그 매각금액은 4,641,615,000원으로서 이에는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

2) 청구법인은 위 22필지의 토지를 매각하고 법정OO기한내인 93.3 법인세 특별부가세 면제신청서는 제출하였으나, 대체자산취득계획서는 93.9.25에 제출하였고 그 명세는 다음과 같으며 청구법인은 제출한 대체취득계획 자산을 95.12.31까지 취득하지 아니하였음이 확인된다.

대체취득자산 취득계획서 내용

재산명

소 재 지

연면적(㎡)

취득계획

취득예상가액(원)

토지

건물

출장소

김포읍 OO리 OOOOOO

1,215

500

93~95년도중

1,750,000,000

인천 북구 OO동 ( )번지

800

OO0

1,984,500,000

김포군 고촌면 OO리 ( )번지

760

520

1,740,500,000

5,475,000,000

3) 청구법인은 위 조세감면규제법시행령 제55조의 11 제3항 본문과 단서의 규정을 이유로 이 건 22필지의 업무용토지 양도일전 2년이내에 취득한 자산과 양도후 3년이내에 취득한 자산까지 합계하여 다음과 같이 32,334,191,OO0원 상당의 자산을 대체취득하였다고 제시하고 있다.

<다 음 >

- 임대용부동산 및 임대용 건물

( 단위 : 원 )

토 지

건 물

기계장치

92

14,878,933,000

11,447,435,500

-

26,326,368,500

(쟁점임대용부동산)

94

-

171,132,100

-

171,132,100

95

-

2,479,335,150

-

2,479,335,150

14,878,933,000

14,097,902,750

28,976,835,750

- 업무용부동산

( 단위 : 원 )

토 지

건 물

기 계 장 치

90

2,604,150

535,671,660

388,702,410

926,978,220

91

6,017,200

30,980,000

229,352,060

266,349,260

92

24,795,000

6,059,500

2OO,647,000

276,501,500

93

-

-

287,733,000

287,733,000

94

720,990,620

84,347,000

492,487,780

1,297,825,400

95

79,853,340

-

225,115,100

301,968,440

834,260,310

6OO,058,160

1,869,037,350

3,360,355,820

4) 청구법인이 위 22필지의 토지를 매각한 후 쟁점임대용부동산을 취득한 사유는 청구법인이 90년부터 국고보조금없이 자립조합으로 시범운영하게 됨에 따라 조달재원의 90%를 “적립금이자수입”으로 충당하게 되어 양후 인플레에 대처하고 안정적인 재원확보를 위하여 쟁점임대용부동산을 취득하였음이 “자립조합운영에 따른 대체자산 조성계획”에 의하여 확인되고 있고 그 취득근거는 89.4.1 농촌근대화촉진법의 개정으로 농지개량조합이 수익사업을 할 수 있게 되었으며 그 수익사업의 하나로 농촌근대화촉진법시행령 제5조의 3 제1호에서 “저수지 주변의 관광자원의 조성 및 개발사업과 임대업”을 규정하고 있어 청구법인은 경기도지사로부터 이에 따른 정관개정승인(89.5.22)을 받고, 92.1.6 예산인가를 받아 쟁점임대용부동산을 취득하였음이 관계서류에 의하여 확인된다.

라. 판단

이 건의 경우에 있어서 청구법인은 92 사업년도에 4,641,615,000원상당의 22필지 토지를 매각하고 90~95 사업년도까지 그 이상인 32,334,191,OO0원상당의 업무용자산을 대체취득하였으므로 이 건 과세처분은 부당하다고 주장하고 있으나,

1) 청구법인은 이 건 22필지의 토지를 92 사업년도에 매각하고 쟁점임대용부동산을 92.12.30 취득한 후 93.3 법인세 특별부가세 면제신청을 하였으나, 구 법인세법시행령 제67조의 13 제4항에 규정된 취득명세서나 취득계획서는 제출하지 아니하였고 93.9.25에 이르러 대체자산 취득계획서를 제출하였는데 그 계획된 대체취득자산은 95.12.31 현재 취득한 사실이 없는 바,

2) 이는 ㉮청구법인이 90년도부터 국고보조금없이 자립조합으로 시범운영하게 됨에 따라 향후 안정적인 재원확보를 위하여 쟁점임대용부동산을 취득하게된 사실이 “자립조합운영에 따른 대체자산 조성계획”에 의하여 확인되고 있고 ㉯청구법인의 91.8.13자 이사회회의록 내용에 의하면 임대용부동산의 재원확보는 환지토지를 전부 매각하여도 40억원의 결함이 있게되어 추후 보상금과 기타 불용재산을 처분할 계획으로 기술되어 있으며 ㉰청구법인이 92.1.6 경기도지사로부터 인가받은 후 수정된 추경예산에 의하면 감가상각충당금전입금 230억원과 고정자산처분수입 약 71억원등으로 약 284억원 상당의 고정자산을 취득하기로 되어 있는점 등을 종합하여 볼 때 92사업년도에 매각한 22필지의 토지매각대금 4,641,615천원은 쟁점임대용부동산의 취득자금으로 보인다.

3) 따라서 청구법인은 쟁점임대용부동산을 92.12.30 대체취득하였음에도 법정OO기한인 93.3.31까지 대체자산취득명세서를 제출하지 아니하였을 뿐만 아니라 청구법인은 93.9.25에 이르러 대체자산취득계획서를 제출하였으나 95.12.31 현재 그 대체자산을 취득하지 아니하였으며,

4) 또한 청구법인은 지방세 취소와 관련된 대법원의 판결을 이유로 쟁점임대용부동산은 청구법인의 고유업무용자산이므로 이 건 임대용부동산을 대체취득자산으로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 청구제시 대법원 판결문은 구 지방세법 제110조의 3 제1항 등에서 농지개량조합이 그 “고유의 업무”에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세등을 면제한다고 규정하고 있어 쟁점임대용부동산이 그 고유의 업무에 해당된다는 이유를 들어 취득세등을 취소한다고 판결하고 있는 것일 뿐이고 국세인 구 조세감면규제법 시행규칙 제20조의 9 제2항은 부동산임대사업용 토지는 법령이나 정관 또는 법인등기부에 목적사업으로 정하여졌다고 하더라도 법인세 특별부가세를 면제하지 않는다고 규정하고 있으므로 처분청의 이 건 추징세액이 부당하다는 청구주장을 이유있는 것으로 받아들이기에는 어렵다.

5) 한편 청구법인은 구 조세감면규제법 제55조의 11 제3항 본문과 단서의 규정을 이유로 업무용토지 양도일전 2년이내에 취득한 자산과 양도후 3년이내에 취득한 자산까지 합계한 32,334,191,OO0원상당의 자산이 대체취득자산이라고 주장하고 있으나 앞서 살펴본 바와 같이 92 사업년도의 업무용토지 22필지의 매각대금은 전액 쟁점임대용부동산 취득재원으로 사용한 것으로 보이고 당심에서 청구법인의 각 사업년도별 예산집행 현황을 조사한 바 청구법인은 다음과 같이 각 사업년도마다 고정자산 매각수입이 있어 92 사업년도의 매각대금으로 90~95 사업년도의 고정자산을 취득하였다고 보기에도 어렵다고 판단되므로 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다.

<다 음 >

( 단위 : 백만원 )

90

91

92

93

94

95

고정자산 매각수입

774

3,795

5,929

583

1,599

2,018

고정자산 취득금액

920

274

26,603

OOO

11,683

381

마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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