1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

처분의 경위

원고는 2011. 8. 12. 남양주시 B 전 3,316㎡(이하 ‘이 사건 제1토지’라 한다)를 양도하고, 피고에게 농지대토에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 그에 따른 양도소득세를 신고하였다.

C은 2014. 2. 6.부터 2014. 8. 29.까지 사이에 남양주시 D 창고용지 1,054㎡ 및 남양주시 E 전 1,268㎡(이하 ‘이 사건 제2토지’라 한다), 2014. 5. 29. 남양주시 F 전 2,417㎡(이하 ‘이 사건 제3토지’라 한다), 2014. 8. 29. 남양주시 G 전 4,493㎡(이하 ‘이 사건 제4토지’라 한다)를 각 양도하고, 피고에게 그에 따른 양도소득세를 신고하였다

(이하 위 각 토지를 합하여 ‘이 사건 각 토지’라 한다). 피고는 이 사건 각 토지가 원고와 C이 1/2 지분씩 소유하다가 양도한 것이고, 이 사건 제1토지는 원고가 실제 경작한 것이 아니라고 보아 농지대토 감면을 부인하여, 2016. 4. 7. 원고에 대하여 아래와 같은 양도소득세 부과처분(이하 이 사건 제1토지에 관한 부분을 ‘이 사건 제1처분’이라 하고, 나머지 부분을 ‘이 사건 제2처분’이라 한다)을 하였다.

구분 등기부등본상 소유자 처분 내역 실제 소유자 양도시기 고지세액(가산세 포함) 제1토지 원고 원고, C 각 지분 1/2 2011 60,412,970원 제2토지 C 2012 129,413,990원 제3토지 2014 102,034,710원 제4토지 2014 117,006,580원 원고는 2016. 5. 11. 이에 불복하여 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2017. 2. 16. 이 사건 제1토지에 관한 농지대토 감면 부분에 대하여는 재조사결정을 하고, 나머지 부분을 기각하는 결정(이하 ‘이 사건 심판결정’이라 한다)을 하였다.

피고는 이 사건 제1토지에 관한 농지대토 감면 부분에 대하여 재조사한 다음, 2017. 4. 21. 이 사건 제1처분을 직권으로 취소하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을...