법인세과-933(2010.10.13)

법인

정부출연금 또는 국고보조금이 재화·용역의 공급대가에 해당하는 때에는 계산서를 교부함

법인이 국가연구개발 사업에 참여하고 주관연구기관으로부터 정부출연금 또는 국고보조금을 수령하는 경우로서 해당 연구개발 결과물의 소유권이 주관연구기관에 있는 등 수령하는 정부출연금 또는 국고보조금이 재화·용역의 공급대가에 해당하는 때에는 계산서(부가가치세가 면제되는 경우에 한함)를 교부하여야 하는 것임

법인세법제121조

1. 질의내용 요약

○ 사실관계 및 질의요지

-지식경제부가 연구용역 발주하고 대학교과 기업이 컨소시엄을 구성하여 대학교를 주관기관, 기업을 참여기관으로 하여 연구과세를 수행하고 있음

- 연구과제의 결과물(무형자산 등) 소유권은 주관기관이 갖는 것으로 하되, 예외적으로 최종결과물에 따라 참여기관, 주관기관·참여기관 공동소유로 할 수도 있음

- 상기와 같이 기업이 대학교와 컨소시엄을 구성하여 국가출연금으로 국책연구과제를 수행하는 경우 계산서를 교부하여야 하는지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제121조 【계산서의 작성ㆍ교부등】

①법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

② 「부가가치세법」 제12조제1항제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자 또는 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서등을 작성하여 당해 재화를 공급받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 제1항의 규정에 의하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서등을 교부하는 경우에는 그러하지 아니하다.

나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등)

○ 법인세과-1152, 2009.10.16

기업의 연구기관 등이 국가연구개발 사업에 참여하여 정부로부터출연금 또는 국고보조금을 직접 수령하지 않고 해당 연구의 주관연구기관으로부터 수령하는 경우 해당 출연금 또는 국고보조금이연구관련 재화 또는 용역제공에 대한 대가에 해당되지 않는 경우에는 계산서를 교부하지 아니하는 것이며, 이 경우 출연금 또는 국고보조금이 재화 또는 용역 제공의 대가인지 여부는 협약 내용에 따라 연구개발 결과물의 소유권을 출연금 또는 국고보조금의 제공자가 취득하는지 여부 등을 고려하여 사실 판단할 사항임

○ 서면3팀-823, 2006.05.02

부가가치세 과세표준은 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함하는 것이나,재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은 법 제48조 제10항의 규정에 의해 과세표준에 포함하지 아니하는 것임. 다만, 귀 질의의 경우 이에 해당하는지 여부는 사업수행에 대한 계약관계, 보조사업의 수행자에 해당하는지 등을 종합적으로 사실판단 하여야 하는 것임

○ 서면2팀-1976, 2005.12.05

비영리법인이 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정에 의하여 정부 또는 국가기관과 연구 개발협약을 체결하고 연구개발에 소요되는 비용을 주관연구기관의 자격으로 국가로부터 출연금의 형태로 지급 받아 이를 세부연구 기관에 용역제공 등에 대한대가관계 없이 지급하는 경우 동출연금에 대하여는 법인세법 제121조의 규정에 의한 계산서 작성ㆍ교부의무가 없는 것이므로, 귀 질의의 경우가 연구용역의 대가관계에 의하여 지급되는 것인지 위의 경우에 해당하는 것인지에 대하여는 사실판단 하여야 하는 것임.

○ 서면2팀-1720, 2004.08.18

기업의 연구기관이 국가연구개발사업에 참여하여 정부로부터 출연금을 지급받는 경우, 정부로부터 출연금을 직접 수령하지 않고 해당 연구관련 주관연구기관으로부터 출연금을 수령하며, 해당 출연금이연구관련 재화 또는 용역의 제공에 대한 대가에 해당하지 않는 경우에는 계산서를 교부하여야 하는 대상에 해당하지 않는 것임.

○ 재소비-232, 2003.12.17

사업자가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관과 기술개발협약서를 체결한후 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관으로부터 국가연구개발출연금을 받아 기술개발을 수행하고 그 결과 개발된 지적소유권 등을사업자에게 귀속시키는 경우에 있어 당해 기술개발과 관련하여 지원되는 국가연구개발사업출연금은 부가가치세법 제13조 제2항 4호 및 같은법 시행령 제48조 제10항의 규정에 의하여부가가치세 과세표준에서 제외됨

○ 사전답변 법규법인 2010-0016

위 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 영리 내국법인인 신청인이지적재산권 역량제고 사업을 수행하기 위하여 「특성화사업 협약서」를체결하고 주관기관으로서 정부출연금과 민간부담금을 사업비로 하여 신청인의 종업원과 과제참여기관의 용역제공으로 해당 사업을 추진하는 경우

해당 정부출연금은 「법인세법」제15조에 따라 신청법인의 익금에 산입하는 것이며, 신청인이 그 사업을 수행한 종업원에게 사업을 수행한 대가로 지급하는 금액은 「소득세법」 제20조의 근로소득에 해당하는 것으로 같은 법 제127조에 따라 원천징수하여야 하는 것임

○ 사전답변 법규부가 2009-322

위 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이 신청인이 한국△△△△과 ‘☆☆☆ 협력기술개발사업’에 대한 협약을 체결한 후 기술개발사업의 주관기관으로서 정부출연금을 지급받아 출연금 일부를 참여기업에 지급한 다음 당해 기술개발사업을 참여기업과 함께 수행하면서 그 기술개발의 결과물을 신청인에게 귀속시키고 참여기업에는 귀속시키지 아니하는 경우 당해 기술개발사업과 관련하여 참여기업이 지급받은 정부출연금은 「부가가치세법」제13조제2항제4호 및 같은 법 시행령제48조제10항에서 규정하는 국고보조금 또는 공공보조금에 해당하지 아니하는 것임.

○ 부가가치세법기본통칙 12-35-4【학술ㆍ기술연구용역의 면세 범위】

영 제35조 제2호 (라)의 독립된 사업으로 제공되는 학술 또는 기술연구용역은 새로운 학술이나 기술을 개발하기 위하여 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등을 연구하는 것이므로 신제품을 개발하거나 제품의 성능이나 질ㆍ용도 등을 개선시키는 연구용역에 대하여는 면세한다.