서면-2018-법인-3528(2019.06.05)

법인

법인세과-1359

[제 목

비영리내국법인 고정자산 처분시 법인세 과세여부

비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산을 양도한 경우에는 법인세를 과세하지 아니하는 것이며, 공부상 등기가 법인의 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 보는 것임

귀 질의의 경우, 아래 회신사례를 참조하시기 바랍니다.

○ 법인세과-411(2009.4.8.)

비영리내국법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업( 「법인세법 시행령」제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업은 제외)에 직접 사용한 고정자산을 양도한 경우에는 「법인세법」제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항의 규정에 따라 법인세를 과세하지 아니하는 것이며,

공부상 등기가 법인의 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 보는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항임

법인세법제4조

1. 질의내용

○법인으로 보는 단체의 대표자 명의 부동산을 양도하는 경우, 고정자산 처분수입에 대한 법인세 과세 여부

2. 사실관계

○질의법인은 2009.7.21. 법인으로 보는 단체로 승인을 받아 노인복지시설을 설치․운영하고 있던 중,

- 단체 소재지가 지역주택조합의 사업부지에 포함되어 기존 노인복지시설에 대한 조합의 매각요청에 따라

-조합이 새로운 부지를 매입하여 신축 후 기존 시설과 교환하기로 하고 ’18.10.18. 교환을 등기원인으로 하여 이전등기를 마침

○양도부동산의 등기부상 소유자는 질의법인의 대표자로 되어 있으나, 질의법인은 매년 공익법인 결산서류 등의 공시 와 공익법인 등의 세무확인서 보고 시, 양도부동산에 대하여 대차대조표(공익사업) 상 토지․건물 계정에 계상하여 왔음

3. 관련법령

○ 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

○ 법인세법 시행령 제3조【수익사업의 범위】

② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일( 「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

○ 법인세법 기본통칙 4-0…7 【 법인명의로 등기되지 아니한 자산의 취급 】

공부상의 등기가 법인의 명의로 되어있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 본다.

○ 국세기본법 제14조【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

4. 관련사례

○ 법인세과-411(2009.4.8.)

비영리내국법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업( 「법인세법 시행령」제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업은 제외)에 직접 사용한 고정자산을 양도한 경우에는 「법인세법」제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항의 규정에 따라 법인세를 과세하지 않는 것이며,

공부상 등기가 법인의 명의가 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 보는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항임

○ 서면2팀-73(2007. 1.10.)

비영리내국법인이 「법인세법」제3조 제2항 제5호 및 같은법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의하여 법인의 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 경우에는 수익사업에서 제외하여 법인세를 과세하지 아니하는 것이며,

법인의 정관 및 내부규약에 의하여 사실상 소유자가 법인인 동 자산을 공부상 대표자 명의로 취득한 경우에는 같은법 제4조의 규정에 의하여 실질내용에 따라 법인의 자산으로 보는 것이나, 질의의 경우 이에 해당하는지는 사실판단할 사항임

○법인세과-547(2009. 2.10.)

귀 질의 경우, 공부상 법인명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 법인의 자산으로 보아 세법을 적용하는 것이며,

고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 비영리내국법인의 정관 등에 규정된 고유목적사업(수익사업을 제외함)에 직접 사용한 고정자산을 처분함으로써 생기는 수입은 법인세가 과세되지 않는 것임

○서면2팀-1890(2005.11.24.)

법인이 취득한 자산이 당해 법인의 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 보아 세법을 적용하는 것으로 당해 자산의 유지비용은 법인의 손금에 산입하는 것이며, 이 경우 당해 법인이 취득하였는지 여부는 건전한 사회통념, 통상 사인간의 상관행, 구체적인 증빙 및 거래당시의 정황 등을 기준으로 사실판단하는 것임

○법인46012-3517(1999.9.16.)

법인이 자기자금으로 취득한 부동산을 장부상 자산으로 계상하였으나 등기이전을 하지 아니하여 공부상에는 제3자 명의로 등재된 경우에는 이를 법인의 자산으로 보아 세법을 적용한다.