원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되어 2012. 1. 1.부터 시행되기 전의 것, 이하 ‘지특법’이라 한다) 제14조 제3항, 제94조는 농업협동조합법에 따라 설립된 조합(조합공동사업법인을 포함한다) 등이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산은 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하되(이하 ‘이 사건 면제조항’이라 한다), 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 해당 부분에 대하여 감면된 취득세를 추징한다

(이하 ‘이 사건 추징조항’이라 한다)고 규정하고 있다.

2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 지역농업협동조합인 원고가 미곡종합처리장의 용도로 사용하기 위하여 이 사건 각 건물을 신축하여 2011. 1. 24. 사용승인을 받고 그에 따른 취득세 등을 면제받은 후 그때부터 2년 이내인 2011. 12. 31. 이 사건 각 건물을 조합공동사업법인인 이천남부농협쌀조합공동사업법인(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)에 현물출자한 사실, 이에 피고는 ‘원고가 이 사건 각 건물의 사용일부터 2년 이상 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각하였다’고 보아 면제된 취득세 등을 추징하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.

그런 다음 원심은, 이 사건 면제조항과 추징조항의 입법 취지, 조합공동사업법인의 목적과 사업 범위, 설립 요건, 회원의 자격 등 농업협동조합법상의 지위, 이 사건 법인은 원고와 2개의 지역농업협동조합이 공동으로 추진해 온 미곡종합처리장 운영 등 양곡경제사업 및 이와 관련된...