1. 피고가 2013. 11. 1. 원고에게 한 2012사업연도 법인세 5,356,658,955원(가산세 포함)의 부과처분 중...

1. 처분의 경위

가. 원고는 2012. 3. 2. B단체(이하 ‘B’라 한다)로부터 신용사업, 공제사업 등의 금융사업이 물적 분할되어 설립된 법인이다.

원고는 종전 B의 금융사업 부문에 관한 권리의무를 포괄승계하였고, 2012사업연도 말 기준으로 C 주식회사(원고 지분율 100%, 이하 상호 중 ‘주식회사’ 표시와 ‘원고 지분율’ 표시 생략), D(100%), E(100%), F(68.13%), G(60%), H(89.78%), I(100%)을 자회사로 두고 있다.

원고는 설립 당시부터 C, D, E, I에 대하여 연결납세방식으로 법인세를 신고ㆍ납부해왔다.

나. 서울지방국세청장은 2013. 5. 27.부터 2013. 10. 23.까지 원고에 대한 법인제세통합조사를 실시한 결과, C이 신용보증기관들로부터 보증채무의 이행으로 지급받아 이자 아닌 원금에 충당한 12,037,007,760원을 이자수익으로 보아 익금에 산입하고, 원고가 특정 회원조합에게 공과금수납기를 설치하여 주고 이에 대한 2012년도 지출 금융리스료 2,629,538,310원(이하 ‘쟁점 금융리스료’라 한다)을 대신 납부한 것을 한도초과 접대비로 보아 전액 손금불산입하고, 2012. 8. 이후 지급된 신보험시스템(을 제8호증 참조, 이하 ‘쟁점 시스템’이라 한다) 개발에 투입된 원고의 임직원 인건비 900,447,820원(이하 ‘쟁점 인건비’라 한다)을 감가상각자산인 개발비로 보아 내용연수기간 동안 비용처리 해야 한다는 이유로 한도초과액을 손금불산입 하는 등의 과세자료를 피고에게 통보하였다.

다. 피고는 이에 따라 2013. 11. 1. 원고에게 2012사업연도 법인세 7,846,014,590원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다

(이하 ‘최초 처분’이라 한다). 라.

원고는 이에 불복하여 2014. 1. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2016. 7. 19. 기각되었다.

마. 피고는 2018. 7. 23. 위 이자수익 익금산입액 12,037...