골든시그너스 주식회사 (소송대리인 법무법인 대륙아주 담당변호사 박국수 외 1인)

경기도 하남시장 (소송대리인 법무법인 하나로 담당변호사 백강수 외 1인)

2011. 1. 13.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2009. 2. 11. 원고에 대하여 한, 하남시 신장동 (지번 3 생략) 외 73필지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)에 관한 등록세 824,787,760원, 지방교육세 153,132,530원, 농어촌특별세 3,913,260원의 부과처분을 모두 취소한다(갑 제1호증의 2 기재 고지일을 처분일로 특정한다).

1. 처분 경위

가. 원고는 2006. 3. 21. 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호 의 규정에 의한 과밀억제권역인 서울특별시에 설립된 회사로서, 주택법 제9조 의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업을 영위하는 과정에서 2006. 6. 15.부터 2007. 7. 12.까지 이 사건 각 토지를 취득하여 이에 관하여 각 원고 명의의 소유권이전등기(이하 ‘이 사건 각 등기’)를 마쳤다.

나. 원고는 2006. 5. 17. 피고에게 원고 외 72인 명의로 이 사건 각 토지상에 주상복합아파트 1동을 건설하는 내용의 건축허가 신청을 하였고, 2007. 4. 2. 피고로부터 원고 외 5인 명의로 이 사건 각 토지 중 일부토지를 하남시에 무상귀속하는 것을 조건으로 연면적 99,201.67㎡(주거 면적 49.4%, 판매시설 면적 50.6%)의 하남두산위브파크 주상복합아파트 1동(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 건축허가를 받았는데, 위 허가는 2007. 8. 3. 건축연면적이 99,247.07㎡(주거 면적 49.47%, 판매시설 면적 50.53%)로 변경되었다.

다. 한편 원고는 이 사건 각 토지의 취득과 관련하여 2006. 5. 16.경부터 2007. 7. 25.경까지 취득가액 29,948,003,410원을 과세표준으로 하여 지방세법 제131조 제1항 제3호 의 세율을 적용하여 등록세 583,081,090원, 지방교육세 117,016,210원, 농어촌특별세 2,775,790원 등 합계 704,873,090원을 신고·납부하였다.

라. 피고는 2009. 2. 11. 원고에 대하여 ‘이 사건 각 토지 중 주택건설용으로 사용되지 않는 판매시설 50.53%에 해당하는 토지 2,961.05㎡(이하 ‘이 사건 쟁점토지’라 한다)는 지방세법상 등록세 중과세 예외대상에 해당하지 아니한다’는 이유로 청구취지 기재와 같이 각 부과처분(이하 ‘이 사건 각 처분’)을 하였다.

마. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2009. 3. 31. 조세심판원에 심판을 청구하였으나 2010. 5. 24. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4, 18, 41, 47 내지 73호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전 항변에 관한 판단

가. 피고 주장

지방세법 제72조 제1항 , 행정소송법 제20조 제1항 에는 ‘지방세법에 의한 신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 보며, 취소소송은 처분 등이 있음을 안 날로부터 90일 이내에 제기하여야 한다’고 규정되어 있는데, 원고는 이 사건 각 토지를 취득하면서 2007. 7. 25.경까지 등록세 등을 신고·납부하였음에도 그로부터 90일이 경과하도록 불복 신청을 하지 아니하였으므로, 이 사건 소는 제소기간이 도과된 소로서 부적법하다.

나. 판단

증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 된다고 보아야 할 것이므로, 원칙적으로는 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다고 해석함이 타당하다( 대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조).

이 사건에서, 이 사건 각 처분은 원고가 2006. 5. 16.경부터 2007. 7. 25.경까지 이 사건 토지에 관하여 신고·납부한 등록세 등에 대한 증액경정처분이라 할 것이므로, 이 사건 각 처분만이 이 사건 소송의 심판대상이 되는 것이어서 이와 다른 전제에 선 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고 주장

원고는 다음과 같은 사유로 이 사건 각 처분은 위법하므로 취소되어야 한다고 주장한다.

1) 원고는 주택법 제9조 의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업을 영위하고 있고 이 사건 토지는 주택건설용으로 취득한 것이므로 지방세법 시행령 제101조 제1항 제5호 의 규정에 의해 등록세 중과세 제외대상에 해당하고, 주상복합아파트의 경우 토지의 용도비율에 따라 안분하여 등록세를 중과하도록 한 법령상 근거가 없다(이하 ‘제①주장’이라 한다).

2) 원고는 이 사건 건물에 대한 건축허가를 받기 전인 교통영향평가 및 건축심의, 건축허가신청 단계에서 이미 하남시와 무상귀속 또는 기부채납(이하 통틀어 ‘기부채납’이라 한다)할 토지 및 면적을 특정하였고, 그 이후에 이 사건 토지를 취득한 것이므로 이 사건 토지 중 하남시에 무상으로 귀속된 1,118.02㎡(무상귀속분 649.69㎡ + 기부채납분 114.63㎡ + 제척분 353.7㎡, 이하 ‘이 사건 귀속토지’라 한다)에 대하여는 지방세법 제126조 제2항 규정에 의해 등록세가 비과세 되어야 한다(이하 ‘제②주장’이라 한다).

3) 등록세 중과세 여부를 결정하는 토지의 용도에 대한 판단기준 시점은 건물사용승인시임에도 이 사건 각 처분은 건축허가시를 기준으로 판단하였으므로 위법하다(이하 ‘제③주장’이라 한다).

나. 쟁점 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 제①주장에 관한 판단

지방세법(2009. 2. 6. 법률 9433호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제138조 제1항 , 지방세법 시행령(2009. 5. 6. 대통령령 제21480호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제101조 제1항 제5호 에는 ‘ 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호 의 규정에 의한 과밀억제권역(대도시)내에서의 법인의 설립 이후의 부동산등기에 대하여는 지방세법 제131조 , 제137조 에 규정한 당해 세율의 100분의 300을 부과하되, 다만 주택법 제9조 의 규정에 의하여 국토해양부에 등록된 주택건설사업을 위하여 주택건설용으로 취득·등기하는 부동산에 대하여는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있다.

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다( 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 주상복합아파트인 이 사건 건물을 건설하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 점, 이 사건 건물 총 연면적 중 주택 면적은 49.47%, 판매시설 면적은 50.53%인 점을 인정할 수 있고, 위 인정사실에 의하면 이 사건 토지 중 주택건설용도로 사용되는 면적 비율은 49.47%에 불과하므로, 그 부분에 대해서만 지방세법 제138조 의 등록세 중과세 규정이 적용되지 않는다고 할 것이다.

이에 대하여 원고는 주상복합아파트의 경우 토지의 용도비율에 따라 안분하여 등록세를 중과하도록 한 법령상 근거가 없으므로 이 사건 토지 전체가 등록세 중과의 예외에 해당한다고 주장하나, 집합건물의 경우 구분소유권에 부종하는 대지지분을 특정할 수 있으므로 주상복합아파트의 경우 주택건설용도로 사용되는 대지 면적과 판매시설건설용도로 사용되는 대지 면적을 구분 산정할 수 있고, 주택건설용도로 사용되는 대지 부분에 대하여만 중과세 예외를 인정하는 것이 위 지방세법령의 취지와 조세공평의 원칙에도 부합하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 제②주장에 관한 판단

가) 지방세법 제126조 제2항 에 의하면 ‘국가·지방자치단체 및 지방자치단체조합에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산의 등기에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다’고 규정하고 있다.

이 사건과 같이 기부채납 조건이 있는 건축허가 이전에 취득한 토지에 관하여 지방세법 제126조 제2항 소정의 등록세 비과세 조항이 적용되기 위하여는, 그 토지 취득 이전에 이미 기부채납의 대상이 되는 공공시설용지 토지의 위치나 면적이 특정되고, 기부채납에 관한 구체적인 의사의 합치가 있었다는 등의 특별한 사정이 있어야 할 것이므로, 원고의 이 사건 각 토지의 취득 당시 위와 같은 특별한 사정이 있었는지를 살펴보기로 한다.

나) 기부채납의 대상이 되는 도로의 위치나 면적의 특정 여부

먼저, 이 사건 귀속토지가 그 취득 이전에 기부채납의 대상이 되는 도로가 개설될 토지로서 위치나 면적이 특정된 상태였는지에 관하여 보건대, 이에 부합하는 듯한 증거로서 갑 제6 내지 17, 19 내지 39호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 증인 소외인의 일부 증언이 있으나, 위 증거들은 그 자체로도 원고의 이 사건 건물신축허가를 받기 이전 과정에서 기부채납 토지의 위치나 면적이 계속 변경된 사정을 엿볼 수 있고, 그 중 일부 증거는 사설 건축사사무소에서 작성한 계획도에 불과하여, 원고의 이 사건 귀속토지 취득 이전에 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 특정되었다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

다) 기부채납 의사의 합치 여부

설령 이 사건 귀속토지가 그 취득 이전에 기부채납의 대상이 되는 도로가 개설될 토지로서 위치나 면적이 특정된 상태였고 원고가 이러한 사정을 감안하여 이 사건 귀속토지를 취득하였다 하더라도, 하남시장 등과 사이에 기부채납에 관한 구체적인 의사의 합치가 있었다는 점에 관하여, 위 증거들만으로는 이를 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 아무런 증거가 없다.

라) 소결

따라서 이 사건 귀속토지는 기부채납을 조건으로 취득된 것이라고 볼 만한 사정이 없어, 지방세법 제126조 제2항 소정의 등록세 비과세 대상이라 할 수 없으므로, 이를 전제로 한 원고의 위 주장은 이유 없다.

3) 제③주장에 관한 판단

지방세법 제29조 제1항 제2호 는 ‘등록세 납세의무의 성립시기는 재산권 기타 권리를 등록하는 때’라고 규정하고 있다. 그리고 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2006. 6. 15.부터 2007. 7. 12.까지 이 사건 각 토지를 취득하여 이에 관하여 소유권이전등기를 마쳤고, 이 사건 건물에 대하여는 2007. 4. 2. 건축허가일에 건축허가서 및 설계도 등을 통하여 주거 면적과 판매시설 면적이 특정되었음을 인정할 수 있다.

위 인정사실에, 등록세 중과세 규정 적용 여부를 판단하는 비주거 면적의 기준시점에 대한 특별한 규정이 없는 점을 감안하면, 건축허가시에 특정된 원고의 토지 취득목적을 기준으로 하여 등록세 중과세 적용 여부를 결정한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

[별지 생략]