법인세과-165(2010.02.23)

법인

사실과 다른 회계처리를 함으로 인한 경정청구는 2004년 1월 1일 이후에 회계처리분부터 적용

「법인세법」제58조의3 및 제66조제2항제4호(2003.12.30. 법률 제7005호로 개정된 것)의 규정은 내국법인이 2004년 1월 1일 이후에 수익 또는 자산을 과다계상하거나 손비 또는 부채를 과소 계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 같은 법 시행령 제103조의2의 규정에 의한 경고·주의 등의 조치를 받은 분부터 적용되는 것으로 2003년 12월 31일 이전에 사실과 다른 회계처리를 하였거나 이로 인해 같은 조의 규정에 의한 경고·주의 등의 조치를 받은 분에 대하여는 적용되지 않는 것임

법인세법 제58조의3 【사실과 다른 회계처리에 기인한 경정에 따른 세액공제】

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

-법인이 사실과 다른 회계처리로 인한 경고·주의 등의 조치를 받아 경정청구를 함으로 인하여 환급금이 발생하는 경우,

- 당해 경정일이 속하는 사업연도의 개시일로부터 5년 이내에 종료하는 사업연도의 법인세액에서 차감하고 과다납부한 법인세를 환급하도록 규정하고 있음(법법§58의3)

- 동 규정은 ’03.12.30. 신설되었으며, 적용시기를 정하고 있는 부칙에서‘이 법 시행후 사실과 다른 회계처리를 하여 경고 또는 주의 등의 조치를 받는 분부터 적용’하는 것으로 규정하고 있음

○ 질의내용

○신설된 사실과 다른 회계처리에 기인한 세액공제 규정의 적용시기는

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제58조의3 【사실과 다른 회계처리에 기인한 경정에 따른세액공제】→ ’03.12.30. 개정된 것

① 내국법인이 제66조제2항제4호의 규정에 의한 경정을 받은 때에는 당해 경정일이 속하는 사업연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 사업연도의 법인세액에서 과다납부한 세액을 순차적으로 공제한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인이 당해 사실과 다른 회계처리와 관련하여 그 경정일이 속하는 사업연도 이전의 사업연도에 국세기본법 제45조의 규정에 의한 수정신고를 하여 납부할 세액이 있는 경우에는 그 납부할 세액에서 제1항의 규정에 의한 과다납부한 세액을 먼저 공제하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 세액공제와 관련한 구체적인 방법 및 절차는 대통령령으로 정한다.

○법인세법제66조 【결정 및 경정】→ ’03.12.30. 개정된 것

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. <개정 2000.12.29 부칙, 2003.12.30 부칙>

4. 내국법인이 증권거래법 제186조의2의 규정에 의한 사업보고서 및 주식회사의외부감사에관한법률 제8조의 규정에 의한 감사보고서를 제출함에 있어서 수익 또는 자산을 과다계상하거나 손비 또는 부채를 과소계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 당해 내국법인·그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령이 정하는 경고·주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여 국세기본법 제45조의2의 규정에 의하여 경정을 청구한 때

○ 법인세법부칙 <제7005호,2003.12.30>

제1조 (시행일) 이 법은 2004년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 (일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

제6조(사실과 다른 회계처리에 기인한 법인세액의 경정 등에 관한 적용례) 제58조의3·제59조제1항제4호·제66조제2항제4호 및 제72조의2의 개정규정은 이 법 시행후 사실과 다른 회계처리를 하여 경고 또는 주의 등의 조치를 받는 분부터 적용한다.

○법인세법 시행령 제103조의2 【사실과 다른 회계처리로 인한 경고ㆍ주의 등의 조치】→ ’03.12.30. 개정된 것

법 제66조제2항제4호에서 "대통령령이 정하는 경고·주의 등의 조치"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 증권거래법 제20조·제186조의5 및 동법시행령 제9조의3의 규정에 의한 임원해임권고, 일정기간 유가증권의 발행제한, 증권거래법 위반으로 인하여 조치를 받은 사실의 공표, 각서징구, 고발 또는 수사기관에의 통보, 경고 또는 주의

2. 증권거래법 제206조의11제4항의 규정에 의한 과징금의 부과

3. 증권거래법 제207조의3제2호 및 제211조제2호의 규정에 의한 징역 또는 벌금형의 선고

4. 주식회사의외부감사에관한법률 제16조제1항의 규정에 의한 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사의 등록취소 및 업무·직무의 정지건의, 특정 회사에 대한 감사업무의 제한

5. 주식회사의외부감사에관한법률 제16조제2항의 규정에 의한 주주총회에 대한 임원의 해임권고 또는 유가증권의 발행제한

6. 주식회사의외부감사에관한법률 제20조의 규정에 의한 징역 또는 벌금형의 선고

○ 법인세법 시행령부칙 <제18174호,2003.12.30>

제1조 (시행일) 이 영은 2004년 1월 1일부터 시행한다.

제2조 (일반적 적용례) 이 영은 이 영 시행후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.

제12조 (사실과 다른 회계처리에 기인한 경정에 따른 세액공제의 방법 등에 관한 적용례) 제95조의3 및 제110조의2의 개정규정은 이 영 시행후 사실과 다른 회계처리를 하여 제103조의2의 개정규정에 의한 경고 또는 주의 등의 조치를 받는 분부터 적용한다.

○ 국세기본법제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(형평)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

④ 삭제 <1993.12.31 부칙>

⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다.

나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등)

○ 법인세과-1224, 2009.11.05

사실과 다른 회계처리에 따라 「법인세법」제66조제2항제4호에 의한 감액경정을 받은 내국법인이 그 경정일이 속하는 사업연도 이전의 사업연도 법인세 신고내용에 오류가 있어 과세관청이 법인세 과세표준과 세액을 증액경정함에 따라 추가납부할 법인세액이 발생한 경우 같은 법 제58조의3제2항의 규정이 적용되지 아니하므로 그 납부할 세액에서 사실과 다른 회계처리에 따른 과다납부 법인세액을 공제하지 아니하는 것임

○ 법인세과-1424, 2009.12.21

「법인세법」제72조의2 제2항의 규정을 적용함에 있어 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따라 파산선고된 법인이 파산재단의 환가절차 진행 중에 「법인세법」제66조제2항제4호에 따른 경정으로 인하여 발생하는 환급세액은 청산소득에 대한 법인세 납부세액을 먼저 차감하고 남은 금액을 환급하는 것이나, 귀 질의의 환급금 발생사유가 「법인세법」제66조제2항제4호에 의한 경정인지는 별도 판단하시기 바람