1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 4. 29. 소외 에스에이치공사와 장지지구 택지조성공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)에 관한 도급계약을 체결하였다.

이 사건 공사는 아래 표와 같이 구성된 장지택지개발지구 총 공급면적 648,194㎡에 대하여 토공, 우수공, 오수공, 상수도공, 포장공, 구조물공, 부대공 등을 실시하여 13개 주택단지 건축을 위한 택지를 조성하는 것을 그 내용으로 한다.

총 공급면적 648,194㎡ 유상공급면적 334,980㎡ 에스에이치공사가 유상으로 공급하는 면적을 말한다.

무상공급면적 313,214㎡ 에스에이치공사가 무상으로 공급하는 면적을 말한다.

국민주택건설용지 238,492㎡ 기타 96,488㎡ 도로, 특수학교, 복지시설, 하수도, 공원, 녹지 등 313,214㎡

나. 원고는 당초 이 사건 공사용역이 전부 부가가치세 과세대상이라고 보아 부가가치세 및 법인세 신고납부를 하였으나, 서울특별시에서 이 사건 공사를 포함하여 에스에이치공사가 시행하는 국민주택 건설사업의 부가가치세 납부실태에 관해 검토한 결과, 이 사건 공사용역에 대하여도 국민주택 건설용역에 대하여 부가가치세를 면제하도록 규정한 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 적용이 가능하다는 결론을 내리고, 2007. 7. 24. 에스에이치공사에 대하여 이 사건 공사용역 중 ‘국민주택건설용지/유상공급면적’의 비율에 상응하는 부분이 부가가치세 면제대상이라는 전제 아래 이미 납부한 부가가치세에 대한 경정청구 및 이미 계상된 부가가치세에 대한 설계변경 감액조치를 할 것을 명하였으며, 위 검토결과를 수용한 에스에이치공사가 2007. 8. 30.경부터 원고에 대하여 변경계약을 촉구하기에 이르자, 원고 역시 2008년 제1기부터 위와 동일한 기준을 적용하여 부가가치세 및...