구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제6조 는 제2항 에서 “ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항 의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 2년 이내에 법 제25조 의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 ‘창업벤처중소기업’이라 한다)의 경우에는... 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.”고 규정하여 창업벤처중소기업에 관하여 정의하면서, 같은 조 제4항 에서 “ 제1항 내지 제3항 의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다.”고 하여 같은 조 제2항 의 창업으로 보지 않는 경우를 규정하고 있으므로, 법 제6조 이하에서 ‘창업벤처중소기업’에 해당하는지 여부에 관하여는 법 제6조 가 적용된다고 할 것이고, 따라서 법 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항 소정의 ‘창업벤처중소기업’에 해당 여부도 법 제6조 규정에 의하여 판단하여야 한다.

창업벤처중소기업에 대한 지방세의 면제에 관하여 규정한 구 조세특례제한법 제119조 , 제120조 의 ‘창업벤처중소기업’의 개념은 같은 법 제6조 를 적용하여 판단해야 하는지 여부(적극)

구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것) 제6조 , 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항

대법원 2004. 9. 3. 선고 2004두7412 판결

주식회사 노바일렉트로닉 (소송대리인 법무법인 화우 담당변호사 장덕순외 1인)

서울특별시 동작구청장

서울고법 2006. 11. 1. 선고 2006누7944 판결

원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원으로 환송한다.

상고이유를 판단한다.

1. 원심은, 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제6조 제4항 제1호 는 법 제6조 제2항 에 의한 소득세 또는 법인세 등 국세감면의 적용을 배제하기 위한 규정일 뿐, 법 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항 에 의한 취득세, 등록세 등 지방세의 면제에 관하여는 적용되지 않는다고 보아, 원고 회사가 지논 주식회사와 합병함으로써 법 제6조 제4항 제1호 에 해당하여 법 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항 소정의 ‘창업벤처중소기업’에 해당하지 않음을 전제로 취득세 및 등록세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.

2. 그러나 원심의 위와 같은 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

법 제6조 는 제2항 에서 “ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항 의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 2년 이내에 동법 제25조 의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 ‘창업벤처중소기업’이라 한다)의 경우에는 … 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.”고 규정하여 창업벤처중소기업에 관하여 정의하면서, 같은 조 제4항 에서 “ 제1항 내지 제3항 의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다.”고 하여 같은 조 제2항 의 창업으로 보지 않는 경우를 규정하고 있으므로, 법 제6조 이하에서 ‘창업벤처중소기업’에 해당하는지 여부에 관하여는 법 제6조 가 적용된다고 할 것이고, 따라서 법 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항 소정의 ‘창업벤처중소기업’에 해당 여부도 법 제6조 규정에 의하여 판단하여야 한다 ( 대법원 2004. 9. 3. 선고 2004두7412 판결 참조).

그럼에도 불구하고, 법 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항 에서 규정하고 있는 창업벤처중소기업에 해당 여부를 판단함에 있어서 법 제6조 제4항 제1호 가 적용될 수 없음을 전제로 위 규정을 적용하여 이루어진 이 사건 처분이 위법하다고 본 원심판결에는 법 제6조 제2항 및 제4항 의 해석에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원으로 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관 전수안(재판장) 고현철 양승태(주심) 김지형