서울행정법원-2017-구합-70670 (2018.06.07)

2011년도에 발생한 석박사 인건비에 대한 연구인력개발비 세액공제액은 최저한세가 적용되지 않음

2011년도에 발생한 석박사 인건비에 대한 연구인력개발비 세액공제액은 구 조세특례제한법 제132조 제1항이 적용되어 최저한세가 적용되지 않으므로 이월세액공제 대상에 해당됨

조세특례제한법 제132조 제1항

서울고등법원 2018누52817경정청구거부처분취소

○○ 주식회사

○○○세무서장

서울행정법원 2018. 6. 7. 선고 2017구합70670 판결

2018. 11. 14.

2018. 11. 28.

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

1. 청구취지

피고가 2017. 2. 13. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 000원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

1. 제1심 판결의 인용 등

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 중 해당 부분을 다음 2항과 같이 수정하는 이외에는 제1심 판결의 이유 부분(그 별지를 포함하되, '3. 결론' 부분 제외) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 수정하는 부분

○ 5쪽 4행 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.

다) 또한 구체적 분쟁사건의 재판에 즈음하여 법률 또는 법률조항의 의미・내용과 적용 범위가 어떠한 것인지를 정하는 권한, 곧 법령의 해석・적용 권한은 사법권의 본질적 내용을 이루는 것이고, 법률이 헌법규범과 조화되도록 해석하는 것은 법령의 해석・적용상의 대원칙이다(대법원 2009. 2. 12. 선고 2004두10289 판결 참조).

○ 6쪽 10행의 "보인다" 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

(피고는, 조세특례제한법 개정 이후에도 원고가 지출한 연구・인력개발비가 증가하였으므로 원고가 석・박사의 인건비 관련 세액공제액에 대해서는 최저한세가 적용되지 않는다는 규정을 신뢰 또는 고려하여 석・박사 인건비를 지출한 것이 아니라고 주장하나, 원고의 석・박사 인건비 지출은 세제혜택뿐만 아니라 당시 경제상황, 경쟁업체의 지출 정도 등 여러 요소를 종합적으로 고려하여 결정할 사항으로 보이는바, 최저한세 적용 배제 규정은 다른 조건이 동일하다면 원고의 석・박사 인건비 지출을 증가시키는 요소로 작용할 것임이 분명하다고 할 것이어서 만약 최저한세 적용 배제 규정이 계속 유지되었더라면 원고의 석・박사 인건비 지출이 현재 상황보다 더 큰 폭으로 증가하였을 가능성을 배제하기 어려우므로, 위 주장과 같은 사정만으로 달리 보기 어렵다)

○ 6쪽 아래에서 7행의 "허용되는 기간 동안" 다음에 "당기순이익이 발생하는 경우에는"을 추가한다.

○ 9쪽 본문 아래에서 4행 밑에 다음과 같은 내용을 추가한다.

⑥ 나아가 만약 이 사건 쟁점세액에 대하여 개정 조세특례제한법 제132조를 그대로 적용하여 이월세액공제기간인 5년 동안에도 최저한세가 적용된다고 해석한다면, 2011 사업연도에 석・박사 인건비 지출이 완료되어 세액공제 신청을 한 납세자들 중 "결손금이 발생하여 2011 사업연도에 석・박사 인건비 지출에 관한 세액공제를 받지 못한 납세자"와 "당기순이익이 발생하여 2011 사업연도에 석・박사 인건비 지출에 관한 세액공제를 받은 납세자"를 결손금 발생이라는 우연한 사정에 따라 불합리하게 차별하는 결과를 가져 온다. 따라서 이 사건 쟁점세액에 대하여는 개정 조세특례제한법 제132조가 아닌 구 조세특례제한법 제132조를 적용하여 이월세액공제기간인 5년 동안에는 최저한세가 적용되지 않는다고 봄이 헌법상 평등의 원칙에 부합하는 합헌적 법률해석이라 할 것이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 받아들여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.