서울행정법원 2016. 05. 13. 선고 2015구합65995 판결

1. 피고가 2013. 12. 2. 원고에게 한 2010 연결사업연도 법인세000,000,000원(가산세 00,000,000원 포함) 부과처분 중 가산세 00,000,000원 부분 및 2011 연결사업연도 법인세 00,000,000원(가산세 00,000,000원 포함) 부과처분 중 가산세 00,000,000원 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 00%는 원고가, 나머지 00%는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 12. 2. 원고에게 한 2010 연결사업연도 법인세 000,000,000원(가산세 00,000,000원 포함) 부과처분 중 0,000,000원(가산세 0,000,000원 포함)을 초과하는 부분 및 2011 연결사업연도 법인세 00,000,000원(가산세 00,000,000원 포함) 부과처분 중 0,000,000원(가산세 000,000원 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 '자회사의 주식 또는 지분을 취득, 소유함으로써 자회사의 제반 사업내용을 지배, 경영지도, 정리 육성하는 지주사업' 등을 영위하는 회사이다. 원고는 2010 사업연도부터 연결납세방식을 적용하기로 하고, 원고를 연결모법인으로, 원고가 100% 지분을 소유한 다른 내국법인(2010 연결사업연도 6개사, 2011 연결사업연도 5개사)을 연결자법인으로 하여 계산한 법인세를 신고.납부하였다.

나. 피고는 원고가 신고한 2010 연결사업연도 및 2011 연결사업연도 소득 중 법인세 법 제76조의14 제1항 제4호에 따른 수입배당금액의 익금불산입액 계산에 오류가 있다는 이유로, 2013. 12. 2. 원고에게 2010 연결사업연도 법인세 000,000,000원(가산세 00,000,000원 포함) 및 2011 연결사업연도 법인세 00,000,000원(가산세 00,000,000원 포함)을 경정.고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2014. 2. 13. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2015. 3. 17. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안 전 항변에 대한 판단

피고는 이 사건 처분 중에는 원고가 다투지 아니하는 사실관계(연결법인 간 거래로

인하여 계상된 매출채권 및 연결자법인 주식)에 따라 정당하게 계산된 세액이 포함되어 있으므로 이 사건 처분 중 위 부분에 대한 소는 각하되어야 한다고 주장한다. 그러나 원고는 연결법인 간 거래로 인하여 계상된 연결자법인 주식의 가액을 어떻게 정할 것인지, 그에 따른 정당한 세액은 얼마인지에 대하여 피고와 다투고 있고, 원고 스스로 계산한 정당한 세액 부분에 대하여는 청구취지를 감축하였다. 결국 피고가 본안 전 항변을 하는 세액 부분 중 원고가 청구취지를 감축하지 않은 부분은 본안에 들어가 정당한 세액을 계산하여 보아야 그 당부를 판단할 수 있다. 따라서 피고의 본안 전 항변은 받아들이지 않는다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 연결납세방식으로 법인세를 계산할 경우, 법인세법 제76조의14 제1항 제4호, 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 법 인세법 시행령'이라 한다) 제120조의19에 따라 연결집단 전체를 하나의 내국법인으로 보아 연결집단 외의 다른 내국법인으로부터 지급받는 수입배당금의 익금불산입액을 계산하는 방식은 아래와 같다.

수입배당금 익금불산입액 = 수입배당금 × 익금불산입율 - 차입금이자 배제액 차입금이자 배제액 = 차입금이자 × 익금불산입율 × (다른 내국법인 주식 장부가액 적수 / 각 연결 법인의 대차대조표상 자산총액 합계액에서 연결법인 간 거래에 따라 계상된 자산을 제거한 자산총액 적수)

위 계산식에서 보듯이 구 법인세법 시행령 제120조의19 제3항은 차입금이자 배제액 계산시 '각 연결법인의 대차대조표상 자산총액 합계액'에서 '연결법인 간 거래에 따라 계상된 자산을 제거'하라고 규정하고 있는데, 원고가 보유한 연결자법인 주식 대부분은 연결집단 외의 제3자로부터 양수한 것으로서 '연결법인 간 거래'에 따라 계상된 자산이 아니므로 각 연결법인의 대차대조표상 자산총액에서 제거할 것이 아니다. 그럼에도 피고는 원고가 제3자로부터 취득하여 보유하는 연결자법인 주식(이하 '이 사건 주식'이라 한다)을 '연결법인 간 거래'에 따라 계상된 자산으로 보아 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고는 연결자회사인 주식회사 0000의 유상증자에 참여하여 액면가액인 주당 00,000원에 0,000,000주를 취득하였으므로(이하 '0000 주식'이라 한 다), 0000 주식을 '연결법인 간 거래'에 따라 계상된 자산으로 보아 제거할 때에는 위 주식의 취득가액이자 세무상 장부가액인 00,000,000,000원을 제거하여야 한다. 피고의 주장과 같이 대차대조표상 0000 주식의 장부가액 000,000,000,000원을 제거한다면 원고가 0000 주식의 지분법 평가를 통해 0000가 연결법인 뿐만 아니라 연결집단 외의 제3자와의 거래로 인식한 순자산의 변동을 모두 제거하는 셈이므로, '연결법인 간 거래'에 따라 계상된 자산을 제거하라는 위 법인세법령의 규정에 위배된다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 주식이 연결법인 간 거래에 따라 계상된 자산인지 여부

가) 수입배당금 익금불산입제도의 개요

법인세법 제18조의3, 구 법인세법 시행령 제17조의3은, 영리내국법인이 자신이 일정 지분율 이상 출자한 다른 내국법인으로부터 배당금을 받는 경우 위 배당금 중 아래 <계산식 1>에 따라 계산한 금액을 익금에 불산입하도록 규정하고 있다.

위 규정은 해당 내국법인이 지급받은 배당금은 이미 다른 내국법인이 법인세를 납부한 세후 수익의 분배금이라는 점에 주목하여 해당 내국법인의 배당금 수입 중 일부를 익금에 불산입함으로써 해당 내국법인이 다시 법인세를 납부하지 않도록 마련된 것이다. 이 때 해당 내국법인이 지급한 차입금이자 중 일부는 수입배당금 익금불산입액에서 공제하는데, 이는 채무가 많은 법인이 다른 내국법인의 주식을 취득하거나 차입금을 동원하여 다른 내국법인 주식을 취득하는 것을 억제하는 한편, 해당 내국법인이 지급이자를 손금에 산입하고 수입배당금을 익금에 불산입할 경우 얻게 될 이중의 혜택을 방지함으로써 해당 내국법인의 재무구조 개선을 유도하려는 취지이다. 과세실무상 차입금이자 배제액을 계산할 때 분자에 해당하는 '다른 내국법인 주식 장부가액'은 대차대조표상 장부가액이 아닌 세무상 장부가액으로(법인세법은 기업회계에서 인정하는 유가증권평가손익을 원칙적으로 익금이나 손금으로 인정하지 않으므로, 통상 유가증권의 세무상 장부가액은 취득가액이 된다), 분모에 해당하는 '해당 내국법인의 대차대조표 자산총액'은 구 법인세법 시행령의 문언에 따라 대차대조표상 장부가액으로 계산한다. 분자와 분모가 서로 다른 기준으로 산정된 가액이라는 점은 다소 이례적이나, 이는 다른 내국법인에 대한 투자 당시를 기준으로 차입금이자 배제액을 산정한 뒤 향후 해당 내국법인의 재무구조가 개선될 경우 차입금이자 배제액이 줄어들고 반대로 해당 내국법인의 재무구조가 악화될 경우 차입금이자 배제액이 늘어 난다는 점에서 합리적이고, 입법취지에 충실한 해석이다.

나) 각 연결사업연도 소득의 계산방법 개요

연결납세제도는 개별 법인별로 과세하는 제도 하에서는 기업의 조직형태에 따른 법인세 부담이 달라져 경영환경의 변화에 따른 능동적인 조직변경이 어려우므로, 경제적으로 동일체인 모.자법인을 하나의 과세대상으로 하여 법인세를 과세함으로써, 기업의 조직선택에 있어 조세의 중립성을 보장하고 기업이 경영환경에 탄력적으로 대응할 수 있게 하며 경제적 실질에 맞게 과세한다는 취지로 2008. 12. 26. 법인세법 개정시(2010. 1. 1. 시행) 도입되었다.

법인세법 제76조의14 제1항에 따른 각 연결사업연도 소득은, ① 각 연결법인 별 결산 및 세무조정을 통하여 각 연결법인별로 사업연도 소득 또는 결손금을 계산하고, ② 각 연결법인별 세무조정시 법인세법 제18조의2, 제18조의3에 따라 익금에 산입하지 않은 수입배당금을 익금에 산입하고 법인세법 제24조, 제25조에 따라 손금에 산입하지 않은 기부금과 접대비를 손금에 산입하고(이는 ④에서 후술하는 바와 같이 연결집단 전체적으로 수입배당금 익금불산입액과 기부금, 접대비 손금불산입액을 계산하기 위함이다), ③ 연결법인 간 배당금수입액을 익금불산입, 연결법인 간 지급한 접대비, 연결법인에 대한 채권에 설정한 대손충당금을 손금불산입, 연결법인 간 거래로 인한 고정자산 등 양도차손익을 익금 또는 손금불산입 처리하고(이는 연결집단 전체로 볼 때 익금이나 손금이 될 수 없는 연결집단 내부거래 중 주요 항목을 세무상 부인한다는 취지이다), ④ 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 수입배당금 익금불산입액, 기부금, 접대비 손금불산입액을 계산하여 이를 각 연결법인별로 안분한 금액을 각 연결법인의 익금불산입 또는 손금불산입으로 세무조정을 한 후, ⑤ 이와 같이 계산된 각 연결법인의 소득 또는 결손금을 합하여 계산한다.

다) 각 연결사업연도 소득 계산시 수입배당금 익금불산입액의 계산 방법

법인세법 제76조의14 제1항 제4호, 구 법인세법 시행령 제120조의19는, '연결 집단 내의 각 연결법인'이 '연결집단 전체로 보아 일정 지분율 이상 출자'한 '연결집단 외의 다른 내국법인'으로부터 배당금을 받는 경우, 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 아래 <계산식 2>와 같이 수입배당금 익금불산입액을 계산하고, 이를 연결집단 전체 지분율에 대한 각 연결법인 지분율의 비율로 각 연결법인에 안분하여, 위와 같이 안분된 금액을 각 연결법인의 익금에 불산입하도록 규정하고 있다.

라) '연결법인 간 거래에 따라 계상된 자산'의 범위

앞서 본 수입배당금 익금불산입 제도 및 연결납세방식의 도입 취지에 다음과 같은 여러 사정을 보태어 보면, 구 법인세법 시행령 제120조의19 제3항의 '연결법인 간 거래에 따라 계상된 자산'에는 연결법인 간 자본거래로 인하여 취득한 주식뿐만 아

니라 이 사건 주식과 같이 연결법인이 연결집단 외부의 제3자로부터 취득한 주식도 포함된다고 봄이 옳고, 피고가 이 사건 처분을 하면서 이러한 해석에 따라 수입배당금 익금불산입액을 계산한 것은 정당하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조 세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 허용된다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두1781 판결 등 참조).

② 구 법인세법 시행령 제120조의19의 모법인 법인세법 제76조의14 제1항 제4호, 제3항은 연결집단 전체의 수입배당금 익금불산입액은 '연결집단을 하나의 내국법 인으로 보아' 계산한다고 규정한다. 여기에 연결납세제도는 기업의 조직선택에 있어 조세의 중립성을 유지하기 위해 도입된 제도라는 점을 함께 고려하면, 위 법인세법 규정에 따라 계산되는 수입배당금 익금불산입액은, 연결집단이 하나의 내국법인이었더라면 계산되었을 수입배당금 익금불산입액과 일치하여야 이상적이다. 따라서 구 법인세법 시행령 제120조의19 규정을 해석할 때에는 '연결집단을 하나의 내국법인으로 보아' 계산한다는 모법의 취지를 충분히 고려하여야 한다.

③ 연결납세에 적용되는 <계산식 2>를 개별법인에 적용되는 <계산식 1>과 비교하여 본다. <계산식 2>의 수입배당금액은 연결집단 전체가 다른 내국법인으로부터 지급받은 수입배당금액을, <계산식 2>의 익금불산입율은 연결집단 전체가 다른 내국법인에 대하여 가지는 지분율 합계액에 기초하여 산정한 익금불산입율을 이용하도록 하여, 연결집단 전체가 하나의 내국법인이었더라면 적용하였을 <계산식 1>의 수입배당금액 및 익금불산입율과 균형을 맞추고 있다. 또한 <계산식 2>에서 연결법인 간 차입금이자를 연결집단 전체의 차입금이자에서 공제하고, 연결법인 간 거래에 따라 계상된 자산을 연결집단 전체의 대차대조표상 자산총액에서 공제하여, 연결집단 전체가 하나의 내국법인이었더라면 인식하지 않았을 차입금 이자와 자산을 제거하는 방법으로 <계산식 1>의 차입금이자, 대차대조표상 자산총액과 균형을 맞추고 있다. 따라서 연결집단 전체의 대차대조표상 자산총액에서 공제하는 '연결법인 간 거래에 따라 계상된 자산'은 연결집단이 하나의 내국법인이었더라면 계상되었을 자산인지 여부에 따라 결정되어야 한다.

④ 연결모법인인 원고는 이 사건 주식을 기업회계기준에 따라 지분법으로 평가하였다. 지분법이란 투자기업이 피투자기업의 주식을 취득할 때에는 투자기업의 장부에 취득원가로 계상하지만, 이후 피투자기업이 영업활동, 자본거래 등을 통하여 순자산을 변동시키면 매 회계연도 결산시마다 피투자기업의 순자산 변동(투자기업과 피투자기업 사이의 내부거래로 인한 손익은 제거한다)에 투자기업의 지분율을 곱한 만큼의 금액을 투자기업의 피투자기업 주식 장부가액에 반영하는 유가증권 평가방법이다. 만약 연결모법인인 원고가 연결자법인들의 주식을 취득하는 대신 연결자법인을 합병하는 등의 방식으로 하나의 내국법인을 형성하고 있었더라면, 연결모법인 장부상의 연결자법인 주식가액과 연결자법인 장부상의 자본계정은 존재하지 않았을 것이다. 이 경우 연결모법인이 연결자법인 주식을 제3자로부터 취득하였는지 또는 연결자법인을 스스로 설립하여 취득하였는지 등과 같은 취득경위는 별다른 의미를 가지지 못한다. 따라서 연결모법인이 연결자법인의 주식을 취득하게 된 경위나 취득상대방과 무관하게, 연결집단의 자산총액에서 연결자법인의 주식가액을 전액 제거하여야 연결집단이 하나의 내국법인이었더라면 계상하였을 자산총액과 일치하게 된다.

⑤ 만약 원고의 주장과 같이 연결모법인이 연결집단 외부에서 취득한 연결자 법인 주식을 연결법인의 대차대조표상 자산총액에서 제거하지 않는다면, 연결자법인의 자산총액과 연결모법인의 연결자법인 주식평가액이 이중으로 합산된다. 지분법은 투자 기업이 피투자기업 순자산의 일부를 자신의 주식가액으로 평가하기 때문이다. 그 결과 연결집단을 하나의 내국법인으로 볼 경우에 비하여 자산총액이 과다하게 산정된다. 예컨대 연결모법인이 다른 자산과 부채 없이 제3자로부터 취득한 연결자법인 주식(지분율 100%)만을 소유하고 있고 연결자법인은 현금 100원만을 보유하고 있는 경우, 연결 집단을 하나의 내국법인으로 볼 경우 자산총액은 현금 100원임에 비하여, 원고의 주장에 따르면 자산총액은 주식 100원과 현금 100원의 합계액인 200원이 되어 100원이 이중으로 계산된다.

⑥ 또한 구 법인세법 시행령 제120조의19 제3항에서 '연결법인 간 거래에 따라 계상된 자산'을 '각 연결법인의 대차대조표상 자산총액의 합계액'에서 제거하도록 규정하고 있는 점에 비추어 보면, '연결법인 간 거래에 따라 계상된 자산'의 의미는 회계연도 중 발생한 거래경위를 따질 필요 없이, 회계연도 말 현재 연결법인 간 채권관계, 출자관계 등에 따라 연결법인들의 대차대조표에 계상되어 있는 자산을 제거하라는 의미로 해석하여야 한다.

⑦ 이와 같이 해석하는 것이 모법인 법인세법의 체계와 입법취지 등을 고려한 합목적적 해석이고, 이러한 해석이 조세법률주의가 지향하는 법적안정성 및 예측가능성을 해친다고 할 수 없다. 오히려 문언에 따른 엄격해석의 원칙만을 강조하여 연결법인이 연결집단 외부의 제3자로부터 취득한 주식을 제거대상 자산의 범위에서 제외하는 것이야말로 합목적적, 체계적 해석을 포기하는 것이고, 담세력에 따른 과세라는 조세원칙을 해하게 된다.

2) 연결집단 대차대조표상 자산총액에서 제거할 0000 주식의 가액

연결법인들의 대차대조표상 자산총액을 단순히 합산할 경우 그 자산총액에는, 원고가 지분법으로 평가한 0000 주식 장부가액과 연결법인인 0000의 자산총액이 이중으로 합산된다. 만약 원고의 주장과 같이 0000 주식 취득가액만을 제거한다면 지분법으로 평가한 장부가액과 취득가액의 차액은 여전히 이중으로 합산된 상태로 남게 된다. 이는 연결집단을 하나의 내국법인으로 볼 경우 지분법으로 평가한 주식가액 전부가 제거되는 것과 균형이 맞지 않는다.

따라서 앞서 본 구 법인세법 시행령 제120조의19 제3항의 해석과 같이, 원고의 대차대조표에 계상된 0000 주식 지분법 평가액은 전부 '연결법인 간 출자관계에 따라 계상된 자산'에 해당하여 제거되어야 한다. 0000 순자산의 변동은 0000가 연결집단 내.외부적으로 영업활동 등을 수행한 결과이지만, 원고의 0000 주식 장부가액은 연결사업연도말 현재 원고와 0000 간의 출자관계에 따라 원고가 대차대조표에 계상한 자산이다. 따라서 피고가 위와 같이 지분법으로 평가한 주식 장부가액을 제거한 것은 정당하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 이 사건 처분 중 가산세 부분의 적법성

가) 법인세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부의 의무를 부과하면서 그 확보책으로 그 의무이행을 게을리하였을 경우에 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이다. 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법의 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니라고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 도저히 당사자에게 기대할 수 없다고 평가되는 사정이 있을 때와 같이 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2008두2330 판결).

나) 위 법리에 비추어 직권으로 보건대, ① 이 사건에서 문제된 법인세법 제76조의14, 구 법인세법 시행령 제120조의19 등은 2010년 최초로 시행된 연결납세제도에 관한 규정이어서, 원고가 법인세를 신고한 2010, 2011년도에는 위 법령의 해석방법이나 과세실무가 정착되지 않아 법령의 해석에 관한 견해대립이 충분히 발생할 수 있었던 점, ② 구 법인세법 시행령 제120조의19의 문언만으로는 원고가 이 사건 주식은 '연결법인 간 거래에 따라 계상된 자산'에 해당하지 않는다고 판단한 것이 잘못이라고 평가하기 어려운 점, ③ 과세당국도 2013. 2.경 구 법인세법 시행령 제120조의19 제3항 규정을 납세자들이 더 명확히 이해할 수 있도록 개정한 점 등을 종합하면 원고가 이 사건 주식을 제거하지 않고 수입배당금 익금불산입액을 계산하여 법인세를 계산한 것은 가산세를 부과할 수 없는 '정당한 사유'가 있는 경우에 해당한다. 반면 원고가 연결법인 간 매출채권이나 0000 주식 장부가액을 제거하지 않은 것은 '정당한 사유'가 있다고 보기 어렵다. 즉 원고가 이 사건 처분 중 스스로 정당하다고 인정하여 청구취지를 감축한 부분에 해당하는 가산세 부분은 정당한 사유가 있다고 할 수 없다.

다) 이에 따라 이 사건 처분 중 정당한 사유가 있는 가산세를 계산하면 다음과 같다.

① 2010 연결사업연도 : 00,000,000원

가산세 00,000,000원 × (피고가 이 사건 처분시 익금산입한 금액 000,000,000원 - 원고가 연결법인 간 매출채권, 0000 주식 장부가액을 제거하여 익금산입하였어야 할 금액 00,000,000원) / 피고가 이 사건 처분시 익금산입한 금액 000,000,000원

② 2011 연결사업연도 : 00,000,000원

가산세 00,000,000원 × (피고가 이 사건 처분시 익금산입한 금액 000,000,000원 - 원고가 연결법인 간 매출채권을 제거하여 익금산입하였어야 할 금액 0,000,000원) / 피고가 이 사건 처분시 익금산입한 금액 000,000,000원

4) 소결

이 사건 처분 중 원고에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있는 가산세 해당액 부분은 위법하고 나머지 부분은 적법하다.

4. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하며 소송비용은 원.피고가 승소비율에 따라 분담하도록 하여 주문과 같이 판결한다.