미등록사업자에게서 폐자원을 취득한 사실에 대해 매입세액불공제한 처분의 당부

원고에게 폐자원을 공급한 이 사건 미등록사업자들이 세금계산서를 교부할 수 없는 사업자들이라는 이유만으로 위 폐자원 취득 대가에 대하여 위 매입세액공제특례가 적용된다고 할 수는 없는 것임

조세특례제한 제108조 부가가치세법 제5조

부가가치세법 시행령 제74조의2

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2007.4.10. 원고에 대하여 한 부가가치세 2005년 1기분 40,189,737원, 2005년 2기분 56,750,141원, 2006년 1기분 28,339,981원의 각 부과처분을 취소한다.

1.처분의 경위

가. 원고는 재활용폐자원의 수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 자로서 미등록사업자 19인으로부터 고철 등을 매입한 다음 그 매입대금에 관하여 2005년 1기에 36,235,877원, 2005년 2기에 51,920,360원, 2006년 1기에 30,455,218원의 매입세액을 각 공제하고 이에 따른 부가가치세 신고를 하였다.

나. 피고는 위 미등록사업자들 중 별지 목록 기재 사업자 15일(이하'이 사건 미등록 사업자들'이라 한다)이 그 거래회수, 공급대가 등에 비추어 볼 때 부가가치세법상의 간이과세자가 아닌 일반사업자에 해당된다고 판단하여 이들과 관련된 매입세액 2005년 1기분 31,295,544원, 2005년 2기분 46,157,235원, 2006년 1기분 24,125,293원을 불공제하고 2007.4.5. 원고에게 청구취지 기재 각 부가가치세를 부과하는 이 사건 처분을 하였다

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1,2, 갑 제2호증의 4 내지 6, 을 제1호증의 1 내지 6, 을 제2호증의 각 기재, 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 미등록사업자들은 부가가치세과세사업을 영위하지 아니하는 자에 해당하므로 이들로부터 고철을 취득한 것과 관련하여 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제특례가 적용되어야 하고, (2) 이 사건 미등록사업자들이 부가가치세과세사업을 영위하는 자에 해당한다고 하더라도 위 매입세액공제특례의 취지가 폐자원의 수집을 독려하는 데 있으므로, 세금계산서를 교부할 수 없는 이 사건 미등록사업자등에게서 폐자원을 취득한 경우에도 부가가치세법 제25조의 간이과세자와 마찬가지로 위 매입세액공제특례는 적용되어야 하며, (3) 이 사건 미등록사업자들은 간이과세자로 취급할 수 없어 이들이 공급한 고철대금에 관하여 매입세액을 공제할 수 없다고 하더라도 그 불공제시기는 간이과세 및 일반과세의 적용시기에 관한 부가가치세법 시행령 제74조의2 제1항에 따라 위 공급행위가 있었던 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간이 되어야 할 것인지 이 사건 처분에서와 같이 공급행위가 있었던 그 해에 불공제할 것은 아니고, (4) 피고가 이 사건 미등록사업자들이 사업자등록을 하도록 조치를 취했어야 함에도 이러한 의무를 다하지 아니한 상태에서 원고가 위 미등록사업자들에게서 폐자원을 취득하였다는 이유로 이에 관한 매입세액을 불공제하는 것은 부당하다.

나. 관계법령

다. 판단

(1) 앞서 거시한 각 증거에 의하면, 이 사건 미등록사업자들은 2005년 1기부터 2006년 1기까지 계속적· 반복적으로 고철 등을 수집하여 원고에게 이를 공급하였고, 그 공급가액도 2005년분만 합치더라도 5,000만 원을 상회하는 사실을 인정할 수 있으므로, 위 미등록사업자들은 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속· 반복적으로 재화를 공급하는 자로서 부가가치세과세사업을 영위하는 자에 해당한다 할 것이고, 이에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

(2) 조세특례제한법 제108조, 같은 법 시행령 제110조, 부가가치세법 제5조, 제25조, 같은 법 시행령 제74조의2 등의 관계규정에 의하면, 재활용폐자원 등을 수집하는 사업자가 부가가치세과세사업을 영위하지 아니하는 자 또는 간이과세자 {직전 1억년의 재화공급에 대한 대가가 4,800만 원에 미달하는 개인사업자(이하'일반 간이과세자'라 한다) 신규로 사업을 개시하는 날이 속하는 1역년의 공급대가의 합계액이 4,800만 원에 미달될 것으로 예상되어 관할 세무서장에게 사업자등록과 함께 간이과세적용신고를 한 개인사업자(이하'간이과세적용신고자'라 한다) 사업을 개시한 날이 속하는 1억년의 공급대가의 합계액이 4,800만 원에 미달하는 미등록 개인사업자(이하'미등록 간이과세자'라 한다)를 간이과세자라 하고, 1억년의 공급대가가 4,800만 원에 미달되거나 이를 넘어서게 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음해의 제1과세기간을 간이과세자가 되거나 도지 아니하게 되는 기간으로 하되, 간이과세적용신고자와 미등록 간이과세자는 최초의 과세기간에 있어서 간이과세자로 한다}로부터 재활용폐자원 등을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에 일정한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있으나, 이 사건 미등록 사업자들이 부가가치세과세사업을 영위하지 아니하는 자에 해당된다고 할 수 없음은 앞서 살펴 본 바와 같고, 위 미등록사업자들이 이 사건 처분의과세기간인 2005년 제1, 2기 또는 2006년 제1기에 사업을 개시한 자로서 그 해의 공급대가 합계액이 4,800만 원에 미달하는 미등록 간이과세자라고 볼 자료도 없으며(이 미등록사업자들이 사업자등록을 하지 아니한 이상 이들을 일반 간이과세자나 간이과세적용신고자라고 할 수도 없다) 달리 원고에게 폐자원을 공급한 이 사건 미등록사업자들이 세금계산서를 교부할 수 없는 사업자들이라는 이유만으로 위 폐자원 취득 대가에 대하여 위 매입세액공제특례가 적용된다고 할 수는 없으므로, 이게 관한 원고의 주장은 이유 없다.

(3) 또한 부가가치세법 시행령 제74조의2에 의하면, 관할세무서장은 당해 사업자에게 간이과세자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간 개시 20일 전까지 그 사실을 통지하고 과세기간 개시전일까지 사업자등록증을 생성하여 교부하여야 하며, 간이과세자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 위통지에 관계없이 해당 과세기간에 간이과세자에 관한 규정을 적용하고, 간이과세자에 관한 규정이 적용되지 아니하게 되는 사업자에 대하여는 위 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지 간이과세자에 관한 규정을 적용하게 되어 있는바, 위 내용을 종합하면, 간이과세 및 일반과세의 적용시기에 관한 위 규정은 사업자등록을 마친 사업자로서 간이과세자에 해당되게 되었거나, 간이과세자에 해당되었다가 간이과세자에 해당되지 아니하게 되는 자에 대하여 적용되는 것으로서, 사업자등록을 마치지도 아니하였고 간이과세자에 해당되었던 것으로 보기도 어려운 이 사건 미등록사업자들에게 적용될 것은 아니라 할 것이므로, 이에 관한 원고의 주장도 이유 없다.

(4) 그리고, 피고에게 이 사건 미등록사업자들이 사업자등록을 하도록 조치를 취해야 할 의무가 있다고 보기도 어려우므로, 이에 관한 원고의 주장 역시 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.