조심2008서3126 (2009.02.05)

부가

기각

총괄납부자의 경우 지점별로 안분계산하지 않고 전사업장의 총공급가액에서 면세공급가액이 차지하는 비율을 불공제하는 것임

부가가치세법 제4조【신고?납세지】 / 부가가치세법 제6조【재화의 공급】

조심2009중1710

심판청구를 기각한다.

1. 처분개요

가. 처분청은청구법인이 2008년 제1기 부가가치세예정분조기환급신고한데 대하여 현지 확인조사를 실시한 바, 청구법인은 부가가치세 총괄납부승인사업자로서 본점 및 지점의 공통매입세액 안분계산을 함에 있어 주된 사업장인 본점분만 매입세액을 안분계산하고, 종된 사업장인 OOOOOOO은 공통매입세액 안분계산을 누락신고하였다 하여 지점의 매입세액에 회사 전체의 과세·면세공급가액 비율을 적용하여 2008.7.5. 청구법인에게 지점분의 면세매출에 관련되는 매입세액 116,837,098원을 매입세액불공제하고 신고불성실가산세 11,683,710원을 가산한 128,520,808원을 청구법인이 환급신고한 169,286,971원에서 차감하고 나머지 40,766,159원을 환급결정하였다.

나. 청구법인은 이에 불복하여 2008.9.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 청구법인의 OOOOOO인 공장(종된 사업장)에서는 주로 제품을 생산하고, 본점법인(주된 사업장)에서는 판매 및 시공을 주로 하고 있으므로 지점에서 매입한 원부자재를 지점과 본점에서 공통으로 사용하는 경우는 없으며, 또한 지점에서 생산하여 출고할 단계까지는 그 재화가 장차 과세재화로 매출될지 또는 면세재화로 매출될지는 알 수 없는 것이어서 이를 과세재화로 보는 것은 당연한 것이고, 과세ㆍ면세재화의 구분이 되는 시점은 본점에서 출고할 때이다.

「부가가치세법」제4조 제1항에 따라 부가가치세의 신고ㆍ납부는 각사업장 단위로 하는 것이 대원칙이고, 동조 제2항에 따라 2이상의 사업장이 있는 사업자가 총괄납부의 승인을 받은 경우에는 각 사업장단위로 신고하고 주사업장에서 총괄 납부하도록 규정하고 있으며, 「부가가치세법」제17조 제2항 및 제7항의 위임에 따라 「부가가치세법시행령」제61조 제1항은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 대하여는 면세공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 의하도록 규정하고 있고, 동 조 제5항은 전기통신사업자 및 OOOOOO의 경우 공통매입세액의 안분계산은 전사업장의 면세공급가액이 전사업장의 총공급가액에서 차지하는 비율로 계산할 수 있도록 규정하고 있는 바, 이 두 사업자를 제외한 일반 사업자는 전사업장의 총공급가액 및 면세공급가액의 비율로 안분계산을 해서는 아니 된다고 해석하여야 할 것이다.

따라서 청구법인의 경우, 국세청 예규를 인용하여 전사업장의 면세공급가액이 전사업장의 총공급가액에서 차지하는 비율로 계산한 것은 「부가가치세법시행령」제61조 제5항을 보더라도 근거규정이 없으므로 이 건 매입세액불공제처분은 당연히 취소되어야 한다.

(2) 본점 및 지점별 공통매입세액 안분 규정인「부가가치세법」제61조 규정을 신뢰하고 계속하여 신고하였고, 처분청은 이를 오류라고 지적하거나 경정처분을 한 사실이 없었는데도 뒤늦게 이 건 경정처분한 것은 「국세기본법」제18조의 신의성실의 원칙에 어긋난다.

나. 처분청 의견

(1) 총괄납부사업자이며, 과세 및 면세의 겸영사업자인 청구법인은 「부가가치세법시행령」제61조에 의거 2008년 제1기 부가가치세 예정신고시 매입세액을 안분할 때에는 종된 사업장의 경우 총공급가액을 주된 사업장과 종된 사업장의 과세 및 면세공급가액의 합계액을 기준으로 안분하여야 하는 바, 종된 사업장의 공통매입세액에 대한 안분계산을 누락하여 신고한 환급세액 169,287천원 중 면세관련 공통매입세액 128,520천원을 매입세액 불공제하고 40,766천원을 환급한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 「국세기본법」제18조 제3항의 세법해석에 의한 소급과세의 금지는 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여 진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하는 것인 바, 청구법인이 단순히 신고 서류를 계속적으로 접수하고, 과세관청의 경정처분이 없었다는 사실만으로 이를 신의성실(신뢰보호)원칙에 어긋난다는 청구법인의 주장은 이유가 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

①주위적 청구

총괄납부승인사업자가 지점분 매입세액 안분에 있어 본점사업장의 과세·면세공급가액의 비율에 의하여 공통매입세액 안분계산을 할 수 있는지 여부

② 예비적 청구

이 건 처분이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제4조【신고·납세지】① 부가가치세는 사업장마다 신고ㆍ납부하여야 한다.

②사업자에게 2이상의 사업장이 있는 경우로서대통령령이 정하는 바에 따라주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

제6조【재화의 공급】② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접사용·소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

(2) 부가가치세법시행령 제5조【주사업장 총괄납부】① 법 제4조 제2항에 규정하는 주된 사업장은 법인의 본점(주사무소를 포함한다. 이하 같다) 또는 개인의 주사무소로 한다. 다만, 법인의 경우에는 지점(분사무소를 포함한다)을 주된 사업장으로 할 수 있다.

제15조【자가공급의 범위】② 2이상의 사업장이 있는 사업자가 자기사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다.

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 제5조 제4항 또는 제6조의3 제3항에 따라 총괄납부승인 또는 사업자단위과세의 승인을 얻은 사업자가 총괄납부 또는 사업자단위과세의 적용을 받는 과세기간에 반출하는 것은 이를 재화의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 총괄납부승인을 얻은 사업자가 법 제16조에 따른 세금계산서를 교부하여 법 제18조 또는 법 제19조에 따라 관할세무서장에게 신고한 경우에는 그러하지 아니하다.

제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.

1. 당해 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간 중의 공통매입세액이 2만원 미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의 2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어 전기통신사업법에 의한 전기통신사업자 및 OOOOOO법에 의한 OOOOOO의 경우 공통매입세액의 안분계산은 다음 산식에 의하여 계산할 수 있다.

(3) 부가가치세법시행규칙 제18조의2【매입세액의 안분계산】① 영 제61조 제1항 및 제3항에서 "총공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에대한 수입금액의 합계액을 말하며, "면세공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.

③ 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 재화를 공급받은 과세기간 중에 당해 재화를 공급하여 영 제48조의 2 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 과세표준을 계산한 경우에는 그 재화에 대한 매입세액의 안분계산은 동조 동항의 규정에 의하여 계산한다.

④ 영 제61조 제5항의 산식에서 “전 사업장의 총공급가액”이라 함은 해당 과세기간의 모든 사업장(전기통신사업법에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하고, “전 사업장의 면세공급가액”이라 함은 해당 과세기간의 모든 사업장(전기통신사업법에 따른 전기통신사업자의 경우에는 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 모든 사업장)의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다. (2007. 4. 2. 신설)

(4) 국세기본법 제15조【신의ㆍ성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다.

㈎ 처분청의 과세자료에 의하면, 청구법인은서울특별시 OOOO OOOO OOOOOOO에서1973.10.5. 「건설산업기본법」제9조에 의한 금속구조물·창호공사업의 전문건설업을 등록한 전문건설업법인으로서 OOOOOOOO, OOOOOOOO 등 주요건설법인과 방화문설치에 대한 건설공사표준하도급계약을 체결하여 시공하고 있고, 「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호의 국민주택 및 당해 주택의 건설용역에 제공하는 과세 및 면세사업을 겸영하는 법인이며, 제품생산과 관련하여 1996.10.1. 경기도 OOO OOO OOO OOOOOOO OOOOOO을 설립하고, 1997.1.1. 부가가치세법 제5조에 따라 주사업장 총괄납부승인을 받아 본점 소재지에서 부가가치세를 총괄납부하고 있다.

㈏ 처분청의 관련 자료 및 청구법인의 부가가치세신고서에 의하면,청구법인은 2008년 제1기 부가가치세예정신고시 면세분 매출이 발생한 본점에 대하여만 매입세액을 안분계산하였는 바, 본점분은 매입세액 181,648천원(총매입세액 183,203천원에서 접대비 등 기타매입세액불공제분 1,555천원을 차감함)에 본점 관련 면세비율 0.313(본점의 과세 및 면세의 총공급가액 4,797,085천원분에 본점의 면세분 1,506,131천원의 비율)을 곱한 57,032천원을 면세관련 매입세액으로 안분하여 이를 매입세액에서 불공제한 124,616천원을 본점의 매출세액 323,261천원에서 차감하여 납부할 세액을 198,645천원으로 신고하였다.

다음으로, 지점분의 공통매입세액은, 면세 관련 공급가액이 없어 지점분 매출세액 18,723천원에서 매입세액 386,655천원(총매입세액388,192천원에서 접대비 등 기타매입세액 1,537천원을 차감함)을 차감하여 367,932천원을 환급세액으로 계산한 다음 본점분 납부할 세액 198,645천원에서 지점분 환급할 세액 367,932천원을 가감하여 총괄납부세액을 -169,287천원으로 신고하였고 지점이 본점에 반출한 재화에 대하여는 세금계산서를 발행하지 아니하였다.

이에 대해 처분청은, 국세청 예규(OOOOOOOO, OOOOOOOOOO)에 따라 본점분에 대하여는 청구법인이 신고한 대로 시인하고, 지점분에 대한 공통매입세액은 본점분과 지점분을 합하여 계산하였는 바 그 내역은, 지점분 총매입세액 388,192천원에서 접대비 등 기타불공제매입세액 1,537천원을 차감한 386,655천원에 본점과 지점의 과세 및 면세분의 총공급가액 4,984,313천원분에 본점 및 지점의 면세분 공급가액 1,506,131천원의 비율인 0.302를 곱한 116,837천원을 불공제세액 증가액으로 하여 여기에 신고불성실가산세 11,683천원을 가산한 128,520천원을 환급신청세액에서 차감하였다.

㈐ 「부가가치세법」제17조 제1항은 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 매출세액에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 등의 매입세액을 공제한 금액으로 하며, 동조 제2항 제4호에서 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액의 하나로 들고 있고, 「조세특례제한법」제106조 제1항 제4호는 「조세특례제한법시행령」제106조 제4항에 의한 국민주택 및 당해 주택의 건설용역에 대하여는 부가가치세 면제 대상의 하나로 열거하고 있다.

한편, 「부가가치세법」제4조 제1항은, 부가가치세는 사업장마다 신고ㆍ납부하도록 규정하고 있고 동조 제2항은 사업자에게 2이상의 사업장이 있는 경우로서 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻은 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있도록 규정하고 있다.

또, 「부가가치세법시행령」제61조 제1항은, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액분에 면세공급가액을 곱하여 계산하도록 규정하고 있다.

그리고 「부가가치세법시행규칙」제18조의2 제1항은, 영 제61조 제1항 및 제3항의 총공급가액은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에대한 수입금액의 합계액을 말하며, 면세공급가액은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다고 규정하고 있다.

㈑ 살피건대, 이 건의 쟁점은 총괄납부승인을 받은 사업자가 부가가치세 면세분에 대한 지점분에 대한 공통매입세액의 안분방법에 있어 「부가가치세법시행령」제61조 제1항의 산식 중 총공급가액의 범위를 지점분만으로 볼 것인지 아니면 본점과 지점분의 합계분으로 볼 것인지에 있다고 할 것이다.

「부가가치세법」제4조는 부가가치세는 사업장마다 신고·납부하도록 규정하고 있고, 동조 제2항은 주사업장 총괄납부승인을 얻은 사업자는 주사업장에서 총괄하여 납부할 수 있도록 규정하고 있으며, 「부가가치세법시행령」제61조 제1항은, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액분에 면세공급가액을 곱하여 계산하도록 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 청구법인의 주장대로 사업장단위로 공통매입세액을 안분하게 되면, 지점에서 제조된 제품이 본점으로 이동된 후 본점에서는 그 제품이 과세매출과 면세매출이 발생함에도 당해 제품 관련 매입세액은 모두 공제되어 결국 면세 관련 매입세액도 공제되어 「부가가치세법」 제17조 제2항 제4호는 물론 부가가치세 과세체계에도 맞지 아니한다.

나아가, 총괄납부제도는 동일한 사업자인데도 본점과 지점간에 납부할 세액과 환급받을 세액이 동시에 발생하는 경우 납부할 세액은 납부하고 환급받을 세액은 별도로 신청하여야 하는 번거로움이 따르고 사업자의 자금사정에도 영향을 미치게 되는 것이므로 납부할 세액과 환급받을 세액을 상호 가감하여 납부할 세액만을 납부하게 함으로써 사업자의 부가가치세 협력의무를 덜어줌과 동시에 과세관청의 행정력도 줄이고자 함이 그 입법취지라고 할 것이다.

그렇다면, 총괄납부사업자의 경우라 하여 「부가치세법시행령」제61조 제1항 규정을 적용함에 있어 지점분에 대한 공통매입세액의 안분산식을 주된 사업장과 종된 사업장의 과세 및 면세공급가액의 합계액으로 적용하지 아니하고 사업장 단위로 적용하여야 한다는 청구법인의 주장은 이를 받아들일 수 없다고 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.

㈎ 청구법인은본점 및 지점별 공통매입세액 안분 규정인「부가가치세법」제61조 규정을 신뢰하고 계속하여 신고하였고, 처분청은 이를 오류라고 지적하거나 경정처분을 한 사실이 없었는데도 뒤늦게 이 건 경정처분 한 것은「국세기본법」상의 신의성실의 원칙에 어긋난다고 주장한다.

㈏ 그러나, 국세처분의 선례가 반복됨으로써 납세자가 그 존재를 일반적으로 확신하게 되어세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여 진 후에는 「국세기본법」제18조 제3항에 따라 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보는 것이고, 또 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여「국세기본법」제15조의 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는 것인 바, 이 건과 관련하여 과세관청이 위와 같은 공적인 견해표명을 한 흔적도 찾아 볼 수 없을 뿐만 아니라 납세자가 단순히 계속하여 부가가치세 신고를 한데 대하여 처분청이 경정처분을 하지 아니하였다는 사실만으로국세처분의 선례가 반복됨으로써 납세자가 그 존재를 일반적으로 확신하게 되어세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아 들여 졌다고 볼 수도 없는 것이다. 따라서 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 반한다는 청구주장도 이유 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.