주문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
이유
1. 처분의 경위
가. 원고는 1968. 1. 1.부터 ‘B’라는 상호의 전동력 응용기기 제조업을 영위하다가 2011. 12. 19. 인천 남동구 C 공장용지 및 지상 건물 등을 현물출자하여 ‘주식회사 D’(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)로 법인전환하였고, 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제32조에서 정한 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 특례규정에 따라 양도소득세 982,338,135원에 대하여 이월과세 적용을 받았다.
나. 조세특례제한법이 2013. 1. 1. 개정되어 제32조 제5항 제2호에 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세 특례를 적용받은 거주자가 법인의 설립일부터 5년 이내에 법인전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 100분의 50 이상을 처분하는 경우 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이월과세액을 양도소득세로 납부하여야 한다는 규정이 신설되었고(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다), 위 법률 부칙 제11조는 이 사건 조항은 2013년 1월 1일 이후 취득한 주식 또는 출자지분을 처분하는 분부터 적용한다고 규정하였다.
다. 원고는 2013. 4.경 이 사건 회사 주식 60만 주(지분 비율 : 67.80%, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 아들인 E에게 증여하고(이하 ‘이 사건 증여’라 한다), 증여세 250,000,000원을 신고ㆍ납부하였다. 라.
그 후 원고는 2014. 5. 31. 법인전환에 따른 이월과세 특례를 적용받은 양도소득세를 자진납부하였다가, 같은 해
7. 9. 피고에게 가업승계의 경우 법인전환 당시 적용받은 양도소득세 이월과세 특례규정을 계속 적용하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였다.
마. 피고는 2014. 8. 22. '법인전환에 따라 설립된 법인의 주주가 설립일로부터 5년 이내에 전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의...