상고를 모두 기각한다.

상고비용 중 참가로 인한 부분은 참가행정청이, 나머지는 피고들이...

상고이유를 판단한다.

1. 가.

구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 “법인세법 제46조 제1항 각호(물적분할의 경우에는 같은 법 제47조 제1항)의 요건을 갖춘 분할로 인하여 취득하는 재산”에 관하여 등록세와 취득세를 면제한다고 규정함으로써(제119조 제1항 제10호, 제120조 제1항 제9호), 법인세 특례와 동일한 기준에 의해 분할 관련 취득세 등 면제 혜택을 부여하고 있다.

물적분할에 대한 과세이연 규정은 1998. 12. 28. 법인세법 전부개정으로 합병분할 등 기업조직재편 세제를 도입할 때 마련된 것으로서, 회사가 기존 사업의 일부를 별도의 완전 자회사로 분리하는 조직형태의 변화가 있었으나 지분관계를 비롯하여 기업의 실질적인 이해관계에는 변동이 없는 때에는, 이를 과세의 계기로 삼지 않음으로써 회사분할을 통한 기업구조조정을 지원하기 위한 취지이다.

아래에서 보는 구 법인세법령의 개별 요건들은 이러한 실질적 동일성 기준을 구체화한 것이다.

‘분리하여 사업 가능한 독립된 사업부문’이라는 요건[구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다

) 제82조 제3항 제1호]은, 기능적 관점에서 분할 이후 기존의 사업활동을 독립하여 영위할 수 있는 사업부문이 분할되어야 함을 뜻한다.

독립된 사업활동이 불가능한 개별 자산만을 이전하여 사실상 양도차익을 실현한 것에 불과한 경우와 구별하기 위함이다.

독립적으로 사업이 가능하다면 단일 사업부문의 일부를 분할하는 것도 가능하다.

‘분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것’이라는 요건(구 법인세법 시행령 제82조 제3항 제2호)은 위 독립된 사업부문 요건을 보완하는...