1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 B단체(이하 ‘B단체’라 한다)가 군 불용물자의 인수 및 처리사업, 공공기관과 일반기업체의 불용물자 인수 및 처리사업 등을 영위하기 위하여 자본금을 전액 출자하여 1978. 3. 8. 설립한 법인이다.

나. B단체와 주식회사 C(이하 ‘C’이라 한다) 사이에 2012. 7. 19. B단체가 C으로부터 울산 남구 D 소재 E 공사 후 이를 통해 발생하는 제반 자재, 폐기물 등의 처리 및 매각 등 업무를 위탁받고, 위 공사 실시 이후 제반 자재 등을 매수한 후 그 처리 및 매각 등의 업무를 하여 수익을 취득하되 C에게는 5,150,000,000원(부가가치세 포함시 5,665,000,000원)을 지급하며, 주식회사 F(이하 ‘F’이라 한다)이 B단체의 C에 대한 위 제반 의무에 관한 연대책임을 지기로 하는 계약서가 작성되었다

(이하 위 계약을 ‘이 사건 계약’, 위 계약서를 ‘이 사건 계약서’라 한다). 다.

C은 2012. 7. 18. 공급받는 자를 B단체로 하여 공급가액 4,681,818,182원, 세액 468,181,818원 합계 5,150,000,000원으로 기재된 전자세금계산서 1매 및 2012. 9. 19. 공급받는 자를 B단체로 하여 공급가액 468,181,818원, 세액 46,818,182원 합계 515,000,000원으로 기재된 전자세금계산서 1매(이하 이를 합하여 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 각 발행하였다. 라.

원고는 2012년 제2기에 C으로부터 이 사건 각 세금계산서를 수취한 것으로 하여 각 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고납부하였다.

마. 피고는 원고가 C으로부터 수취하였다고 신고한 이 사건 각 세금계산서는 C이 B단체를 공급받는 자로 하여 발급한 전자세금계산서임을 확인하고, 이는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 이유로 매입세액을 불공제하여 2016. 3. 21. 원고에게 2012년 제2기 부가가치세 794,329,500원 가산세...