원고 (소송대리인 변호사 안병민 외 1인)

서초세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 고영석 외 4인)

2012. 11. 2.

서울행정법원 2011. 11. 18. 선고 2011구합26879 판결

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2010. 6. 8. 원고에게 한 2008년 귀속 38,085,970원(11,559,030원 + 1,770,900원 + 3,628,960원 + 21,127,080원), 2009년 귀속 28,284,070원(9,404,450원 + 18,879,620원)의 각 양도소득세 부과처분(이하 ‘이 사건 각 양도소득세 부과처분’이라 한다) 및 2010. 8. 1. 원고에게 한 2005년 귀속 4,165,650원, 2006년 귀속 12,824,070원, 2007년 귀속 16,806,040원, 2008년 귀속 23,460,200원의 각 종합부동산세 부과처분(이하 ‘이 사건 각 종합부동산세 부과처분’이라 한다)을 각 취소한다.

1. 제1심 판결의 인용

이 판결의 이유는 제1심 판결 각 해당 부분에 아래 제2의 가., 나.항과 같은 내용을 추가하고, 제1심 판결에 아래 제2의 다.항과 같은 내용의 ‘원고의 주장 및 그에 관한 판단’을 추가하며, 제1심 판결 각 해당 부분을 아래 제3항과 같이 고치는(원고는 이 사건 각 종합부동산세 부과처분과 관련하여 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제3호 에 의하여 이 사건 각 신축주택이 종합부동산세 과세대상에서 제외되는 합산배제 임대주택에 해당한다고 주장하다가, 이 법원에서 위 주장을 철회하고 그 근거조항을 위 시행령 제3조 제1항 제1호 로 변경하였다) 외에는 제1심 판결과 같다. 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 인용한다.

2. 추가하는 부분

가. 제1심 판결 6쪽 2행 “보이는 점” 다음 부분

『[원고는, 법령의 문언 등 여러 사정을 종합해 보면, 신축주택 취득일부터 5년 이내에 이를 양도하는 경우 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전날까지 발생한 양도소득을 포함한 양도소득 전액이 감면되는 것으로 해석하여야 하는바, 신축주택 취득일부터 5년이 경과한 후 이를 양도하는 경우를 위와 달리 해석하는 것은 조세형평에 반하는 등 아무런 합리적 근거가 없는 것으로 위와 같은 해석은 신축주택 취득일부터 5년이 경과한 후 양도하는 경우에도 동일하게 적용되어야 한다고 주장한다. 그러나 설령 원고의 주장과 같이 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 양도로 인하여 발생하는 양도소득 전액이 감면된다고 해석하더라도, 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 이 그 경우와 구별하여 신축주택 취득일부터 5년이 경과한 후 양도한 경우에 대해 “신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라고 명확하게 규정하고 있어 문언 자체에 불명확하거나 모순이 있다고 할 수 없을 뿐만 아니라, 이러한 문언은 위 규정의 신설 취지{조세특례제한법중개정법률안 발의서(2000. 11. 27. 발의, 의안번호 416)에 위 규정의 신설 취지에 대해 “신축국민주택을 취득한 후 5년 이내 양도하는 경우에는 양도소득세 전액을, 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 취득일로부터 5년간 발생한 양도차익에 대한 양도소득세를 면제하도록 함”이라고 기재되어 있음, 원고가 제출한 참고자료 2 참조}에 그대로 부합하는 것인 점, 위 규정은 일정한 목적 달성을 위해 예외를 인정하여 과세에 있어 특혜를 부여하는 성질의 것으로, 그 범위를 정하는 것은 입법정책의 문제인 이상 입법자의 의사나 입법취지를 우선적으로 고려할 수밖에 없는바, 앞서 본 바와 같이 입법자의 의사가 명확할 뿐만 아니라(위에서 본 사정에 비추어 보면, 신축주택을 그 취득일부터 5년 이내에 양도한 경우에는 양도로 인한 양도소득 전액을, 5년이 경과한 후 양도한 경우에는 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득에 대해서만 양도소득세를 면제하려고 한 것으로 보인다) 이를 그대로 구현한 위 규정의 문언 역시 불명확한 부분이 있다고 할 수 없고, 이에 따른 해석이 현저히 불합리한 결과를 가져온다고 단정할 수도 없는 점 등을 종합해 보면, 신축주택 취득일부터 5년이 경과한 후 양도한 경우에도 5년 이내에 양도한 경우와 마찬가지로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전날까지 발생한 양도소득을 감면하여야 한다는 취지의 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다]』

나. 제1심 판결 6쪽 6행 마지막 부분

『(원고는, 자신이 신축한 주택이 1세대 1주택에 해당하는 경우, 그 부수토지에 대해서 그 취득일부터 신축주택 취득일까지와 신축주택 취득일부터 양도일까지를 나누어 후자의 경우에만 양도소득세를 비과세하는 것이 아닌 점에 비추어 볼 때, 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례의 경우에도 위와 동일하게 해석하여야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세는 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례의 경우와 그 입법취지를 전혀 달리하는 것으로, 과세 여부는 각각 관련 법령의 해석에 따를 것이지, 어느 한 경우의 해석을 다른 경우에 참작할 것은 아니다. 또한 원고는, 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에서 5년 이내 양도와 그 이후 양도의 경우를 굳이 구분하여 규정하고 있는 점, “신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”의 계산 방법에 관한 구 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항 은 신축주택 취득일 이전의 양도소득을 전혀 염두에 두고 있지 않은 점 등에 비추어 볼 때, 신축주택 취득일 이전의 양도소득에 대해서도 위 규정을 적용하여야 한다고 주장한다. 그러나 원고가 주장하는 위와 같은 사정은 위 규정이 신축주택 취득일부터 5년이 경과한 후 양도한 경우 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전날까지 발생한 양도소득은 감면대상으로 하지 않고 있다고 해석하는 데 근거가 될 수 있을지언정, 원고가 주장하는 해석의 근거가 된다고 할 수는 없다. 원고의 위 주장들은 모두 받아들일 수 없다]』

다. 원고의 주장 및 그에 관한 판단

1) 원고의 주장

가) 소급과세금지원칙(또는 신뢰보호원칙) 위반

과세관청은 2005년에 2명(소외 1, 소외 2), 2007년에 1명(소외 3)에게 신축주택 취득일 이전의 양도소득에 대해서도 이를 감면해 줌으로써 신축주택 취득일 이전의 양도소득을 감면하는 관행이 성립하여 비과세 관행이 납세자에게 받아들여진 것이므로, 이제 와서 새로운 해석에 따라 과세하는 것은 국세기본법 제18조 제3항 이 정하는 소급과세금지원칙 또는 신뢰보호원칙을 위반한 것이다.

나) 불복청구를 받아들여 과세처분 직권취소 후 재처분 금지 법리 위반

과세관청이 이의신청을 받아들여 과세처분을 직권취소한 후 특별한 새로운 사유 없이 이를 번복하고 종전 처분을 되풀이하는 것은 위법한 것인데, 원고는 이 사건 제6 신축주택(제3층 제302호)을 양도한 후 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 을 적용하지 않은 채 양도소득세를 신고·납부하였다가 위 조항이 적용되어야 한다는 이유로 경정청구를 하였고, 이에 피고는 원고의 경정청구를 받아들여 해당 차액을 환급하여 주었다가 다시 이 사건 각 처분을 하였는바, 경정청구절차는 신고·납부의 적법성을 다시 심사하도록 요청한다는 점에서 이의신청절차와 본질적으로 다르지 아니하므로 이의신청절차에서의 위 법리가 경정청구절차의 경우에도 적용되어야 한다.

다) 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유

설령 신축주택 취득일 이전의 양도소득이 감면대상이 아니라고 하더라도, 이와 관련하여 과세관청의 태도에 변화가 있었던 점, 법원에서도 그 해석과 관련하여 견해를 달리하고 있는 점, 위와 같은 견해의 차이는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 해석상 견해의 대립으로 볼 수 있는 점 등을 종합해 보면, 그 의무이행을 도저히 원고에게 기대할 수 없어 이를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로, 이 사건 각 양도소득세 부과처분 중 가산세 부분은 위법하다.

2) 판단

가) 소급과세금지원칙(또는 신뢰보호원칙) 위반 주장에 대하여

국세기본법 제18조 제3항 에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다( 대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두7855 판결 등 참조).

또한, 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 기초하여 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다( 대법원 2008. 1. 17. 선고 2006두10931 판결 등 참조).

이와 같은 법리를 바탕으로 이 사건에 관하여 살펴본다.

이 사건과 같이 신축주택 취득일로부터 5년을 경과한 후 양도한 경우 신축주택 취득일 이전의 양도소득이 구 조세특례제한법 제99조의3 제1항 에 따라 감면대상이 되는지에 대해 비과세관행이 성립되었거나 과세관청이 감면대상이라는 견해를 공적으로 표명하였다고 볼 별다른 자료가 없는 점[원고가 비과세관행이 성립하였음에 대한 근거로 들고 있는 위 소외 1, 소외 2 사건의 경우, 과세관청은 구 조세특례제한법 부칙의 경과규정 적용여부 및 양도소득세 감면배제 대상인 고급주택에 해당하는지 여부만을 검토하여 그 경정청구를 받아들였을 뿐 신축주택 취득일 이전의 양도소득이 감면대상인지 여부에 대해 판단한 것은 아니므로(피고가 제출한 참고자료 11의 1, 2, 12의 1, 2 참조), 과세관청이 위와 같이 경정청구를 받아들였다는 사정만으로 이 사건 쟁점과 관련하여 비과세관행이 성립하였다거나 과세관청이 공적으로 견해를 표명하였다고 할 수 없다. 오히려 조세심판원은 여러 차례에 걸쳐 이 사건 쟁점과 관련하여 신축주택 취득일 이전의 양도소득이 감면대상이 아니라는 입장을 취하고 있다(피고가 제출한 참고자료 3 내지 9 참조). 또한 원고는 참고자료 5, 6의 1 내지 12를 근거로 과세관청은 양도소득세 전액을 면제해 왔다고 주장하나, 이는 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도한 경우에 관한 것일 뿐, 이 사건과 같이 5년이 경과한 후 양도한 경우에 관한 것이 아니다], 원고 스스로 신축주택 취득일 이전의 양도소득에 대해 감면대상이 아니라는 전제로 양도소득세를 신고·납부한 적이 있었던 점 등을 종합해 보면, 이 사건 각 처분이 소급과세금지원칙 또는 신뢰보호원칙을 위반하였다고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

나) 불복청구를 받아들여 과세처분 직권취소 후 재처분 금지 법리 위반 주장에 대하여

이 사건에서 문제되고 있는 양도소득세와 같이 신고납부방식 조세의 경우 경정청구는 납세자가 스스로 신고·납부한 것에 잘못이 있다는 이유로 그 수정을 청구하는 것으로, 과세관청의 적극적 처분 및 이에 대한 직권취소가 없다는 점에서 이의신청절차에서 이를 받아들여 종전 처분을 직권취소한 다음 다시 종전과 같은 처분을 하는 경우와 동일한 것으로 볼 수 없다. 따라서 그와 같은 경우에 적용되는 원고 주장과 같은 법리가 경정청구의 경우에도 그대로 적용된다고 할 것은 아니다. 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

다) 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유 주장에 대하여

앞서 본 바와 같이 과세관청이 이 사건의 쟁점과 관련하여 그 입장에 변화가 있었다고 볼 만한 사정이 없는 점, 원고 스스로 신축주택 취득일 이전 양도소득이 감면대상이 아님을 전제로 양도소득세를 신고·납부한 적이 있었던 점, 이 사건의 쟁점과 관련하여 법원에서 서로 견해를 달리하고 있다고 할 수 없는 점[원고는 이러한 주장의 근거로 서울행정법원 판결(2011구단23767) 을 들고 있으나, 이 판결은 신축주택 취득일 이전 양도소득은 감면대상이 아님을 명확히 하고 있을 뿐이다] 등을 종합해 보면, 원고에게 신고·납부의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장 역시 받아들일 수 없다.

3. 고치는 부분

가. 제1심 판결 4쪽 17행부터 5쪽 4행까지 부분

『종합부동산세법 시행령 부칙(대통령령 제18848호, 2005. 5. 31.) 제3조 제1항은 시행령 제3조 제1항 제1호 , 제2호 의 규정을 적용받고자 하는 경우 2005. 12. 15.까지 임대사업자등록 및 사업자등록을 하면 2005년 과세기준일 현재 임대사업자등록 및 사업자등록을 한 것으로 본다는 취지의 규정을 두고 있는데, 이는 종합부동산세법 시행 이전에 임대사업자 또는 사업자등록을 하지 않은 채 임대주택을 건설하여 임대하고 있는 경우 임대사업자 및 사업자등록 요건을 갖추지 못하여 세제 혜택을 받지 못하게 되는 것을 구제하고자 하는 데 그 입법취지가 있는 것이므로, 위 규정을 2005년 과세기준일에 비로소 임대사업자등록 및 사업자등록을 한 것으로 본다고 해석하게 되면 그 입법취지를 충분히 살리지 못하는 결과가 된다(그와 같이 해석하면 불과 최대 6개월 15일의 임대기간 혜택을 부여한 것에 불과하게 된다). 따라서 위 규정은 2005년 과세기준일에 임대사업자등록 및 사업자등록이 되어 있던 것으로 보겠다는 취지라고 해석하여야 하고 이에 따르면, 이 사건 각 신축주택은 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제1호 에서 정한 합산배제 임대주택에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 종합부동산세 부과처분은 위법하다.』

나. 제1심 판결 6쪽 8행부터 8쪽 12행까지 부분

『원고가 주장하는 위 부칙 제3조 제1항은 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제1호 나목 에서 정하는 5년의 임대기간 요건의 충족 여부에 대한 판단과 직접 관련되는 것인바, 원고와 같이 해석하게 되면 임대기간의 기산점을 특정할 수 없게 되는 결과에 이르게 되어 위 임대기간 요건의 충족 여부를 판단할 수 없게 된다. 따라서 원고가 주장하는 입법취지를 감안하더라도 그와 같이 해석할 수는 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.』

4. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하여야 하는데, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.