조심 2016-부-292(2017.1.31)

2007년에 발생한 이월결손금의 소득공제 기한은 5년임

2007년에 발생한 이월결손금의 공제 기한은 5년이고, 2009년에 발생한 이월결손금부터 10년동안 이월하여 공제가능함

법인세법 제13조과세표준

2017구합51219(법인세 부과처분취소)

□□□□(주)

마산세무서장

2018.6. 20.

2018.12. 1223.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 7. 15. 원고에게 한 738,669,953원의 법인세 부과처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 모직물 제조업 등을 영위하는 회사인 원고는 2008. 3. 31. 회생계획인가결정(창원지방법원 2007회합***호, 이하 '이 사건 결정'이라고 한다)을 받았는데, 이 사건 결정에 는 원고의 대여금채무 등을 일부 면제하는 내용이 포함되어 있었다.

나. 기업회계기준에 따르면 회생계획인가결정으로 채무를 면제받으면 채무면제이익을 수익으로 인식하고(상대 계정으로 현재가치할인차금을 계상한다), 이후 채무의 변제기 동안 현재가치할인차금상각액을 비용으로 인식하게 된다.

다. 그러나 법인세법 제42조 제1항에 따르면, 위와 같은 수익과 비용의 인식을 허용하지 않는 '실현주의'를 채택하고 있고, 그에 따라 법인세법 제14조에 따른 소득금액을 산정할 때는 위 채무면제이익은 익금불산입 세무조정을 하고, 현재가치할인차금상각액은 손금불산입 세무조정을 하게 된다.

라. 그런데 원고는 다음과 같이 2008 내지 2011 사업연도에 이 사건 결정으로 인한 채무면제이익에 관한 현재가치할인차금상각액(이자비용으로 계상) 총 5,892,066,971원을 손금불산입하지 않고｛원고는 2012년 법인세 신고시에 2012 사업연도 현재가치할인차금상각액 1,229.026,770원(이자비용)을 포함한 7,121,093,741원을 전액 손금불산입하였다｝사업연도별 결손금을 산정하였다(법인세법 제14조 제2항).

마. 한편 각 사업연도의 소득금액 계산은 사업연도 독립의 원칙에 따라 익금과 손금을 사업연도별로 구분하여 계산하여야 하나, 법인의 자본유지 저해를 방지하고 계속기업으로서의 세원을 확보하는 측면에서, 법인세법 제13조 제1호는 당해 사업연도로부터 소급하여 일정한 기간 내에 발생한 결손금을 당해 사업연도의 소득에서 공제할 수 있도록 하는 '이월결손금 공제'를 규정하고 있다.

바. 원고는 앞서 본 것과 같이 산정한 결손금을 바탕으로 다음과 같이 법인세법 제13조 제1호에 따라 이월결손금을 공제하여 2014 사업연도 소득금액을 5,010,384,788원으로 신고하였다.

사. 부산지방국세청은 2015. 7. 7.부터 2015. 8. 28.까지 원고에 대한 법인세조사를 실시한 결과 원고가 위 2008 내지 2011 사업연도 손금불산입 누락 등을 포함하여 세무조정을 적법하게 하지 않은 것을 확인하였다.

아. 이를 통보받은 피고는 다음 표와 같이 소득금액을 조정하였다(아래 표의 2012년도 손금산입액 5,017,033,238원은 2009년 내지 2011년도의 손금산입누락액 합계 4,712,816,636원과 2011년 외화환산손실액 304,216,602원을 합한 금액이고, 2008년도의 손금불산입누락액 1,179,250,335원은 제척기간이 경과하였다고 보아 손금산입을 하지 않았다).

자. 그리고 피고는 원고의 2009 내지 2011 사업연도에 대한 손금불산입 세무조정(2008 사업연도는 국세기본법 제26조의2 제1항 제3, 5호에 따른 국세 부과 제척기간의 경과로 세무조정하지 않았다) 등을 한 다음, 이를 바탕으로 다음과 같이 이월결손금 공제를 하여 원고의 2014 사업연도 소득금액을 10,027,418,025원으로 산정하고, 2015. 10. 15. 원고에게 2014 사업연도 법인세 1,158,134,695원의 부과처분을 하였다.

차. 원고가 위 처분에 불복하여 조세심판을 청구하였고, 이때 원고는 2008. 3. 31. 창원지방법원의 회생계획안이 기업합병인수로 인해 2012. 4. 30. 상거래채무가 4,701,859,889원이 면제된 것과 관련하여, 위 채무면제이익 4,701,859,889원을 2007년 이월결손금으로 충당할 것을 청구하여, 피고가 이를 받아들여서 원고의 소득금액을 다시 조정하여 2014년도의 사업소득을 8,210,912,262원으로 경정하였고, 2016. 7. 15. 다시 원고에게 2014 사업연도 법인세 738,669,953원의 부과처분(이하 '이 사건 처분'이라고 한다)을 하였다.

카. 원고는 이 사건 처분에 대하여 조세심판을 청구하였으나 2017. 1. 31. 기각결정을 받았다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 원고의 주장

가. 피고는 원고의 2007 사업연도 결손금 9,027,275,335원을 2012 사업연도 소득금액에서만 이월결손금 공제한 다음, 2013 사업연도 이후의 소득금액에 대하여는 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 '2008 법인세법'이라고 한다) 제13조 제1호에 따른 5년의 공제기간이 경과하였음을 이유로 이월결손금 공제처리하지 않고 잔액소멸처리하였다.

나. 그러나 원고의 2007 사업연도 결손금에 대하여는 현행 법인세법 제13조, 부칙(제9898호, 2009. 12. 31.) 제4조에 따라 10년의 공제기간이 적용되므로, 2013 사업연도 이후의 소득금액에 대하여도 2007 사업연도 결손금을 이월결손금 공제처리할 수 있다.

다. 위 법인세법 부칙 4조는 "제13조 ...... 의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다"고 적용하고 있고, 피고가 2014년도에 최초로 원고의 법인세액을 결정하였으므로, 이에 의하여 과거 10년 동안의 이월결손금이 소급하여 공제될 수 있다.

라. 따라서 위와 같이 2007 사업연도 결손금을 2013 사업연도 이후의 소득금액에 대하여 이월결손금 공제처리하지 않고 2014 사업연도 소득금액을 산정하여 법인세액을 계산한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 판단

살피건대, 을 제1, 3, 5호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 이월결손금 공제제의 변천과정과 그 이유를 고려하면, 원고의 2007 사업연도 결손금에 대하여는 2008 법인세법 제13조 제1호에 따라 5년의 공제기간이 적용된다고 보아야 하므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

1) 2008 법인세법 제13조 제1호에 따르면, 법인세 과세표준을 산정함에 있어 '각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금'을 이월결손금으로서 공제할 수 있도록 규정하고 있었다.

2008 법인세법이 2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되면서(이하 개정된 법률을 '2009 법인세법'이라고 한다), 2009 법인세법 제13조 제1호는 '각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금'을 이월결손금으로서 공제할 수 있도록 규정하여, 이월결손금 공제기간을 5년에서 10년으로 확대하였다.

또한 2009 법인세법 부칙(제9267호, 2008. 12. 26.) 제3조는, 2009. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도에 발생하는 결손금부터 확대된 공제기간 10년을 적용하도록 규정하여, 그 이전에 발생한 이월결손금을 소급하여 공제하도록 하지는 않았다.

2) 한편 과거 대법원 판례는 이월결손금 공제액을 산정함에 있어, 법인의 과세표준 확정신고나 과세관청의 조사ㆍ결정에 의하여 특정 사업연도의 결손금 및 과세표준이 확정되었더라도, 그 사업연도에 실제로 발생한 결손금이 확정된 위 결손금과 다르다는 것이 증명되었다면, 이후 사업연도의 과세표준을 산정함에 있어서는 그 증명된 실제 결손금을 기준으로 이월결손금 공제처리를 하여야 한다고 판시하여 왔다(대법원2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결, 대법원 2004. 6. 11. 선고 2003두4522 판결 등 참조).

위와 같은 판례에 따라 실무에서는 결손금이 확정되어 있지 않더라도 손금이 익금을 초과할 경우에는 손금초과액을 모두 결손금으로 보아서 이월결손금으로 공제하여 주던 관행이 있었고, 이러한 관행에 따르면, 특정 사업연도의 결손금 및 과세표준이 확정되어 이에 대하여 경정처분 등을 할 수 없게 되었음에도 불구하고, 이후 사업연도의 과세표준을 산정함에 있어 이와 달리 이월결손금 공제를 인정하여 주는 것은 불합리하며 또한 법적안정성을 해친다는 비판이 계속하여 제기되었다.

이에 2009 법인세법이 2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되면서, 법인세법 제13조 제1호에 다음과 같은 단서가 추가되었다(개정된 제13조 제1호 본문은 개정 전의 2009 법인세법과 동일하다). 이는 위 비판을 수용하여, 신고 또는 결정ㆍ경정된 결손금에 한하여 이월결손금 공제처리를 할 수 있도록 입법적으로 해결한 것이다.

○ 제13조 제1호 단서 : 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정・경정되거나, 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

또한 법인세법 부칙(제9898호, 2009. 12. 31.) 제4조는 위 단서 조항의 적용과 관련하여 다음과 같이 규정하였다.

○ 부칙(제9898호, 2009. 12. 31.) 제4조 : 제13조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다. 다만, 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다.

3) 위와 같은 법률의 개정경과를 토대로 이 사건에 대하여 본다. 우선 2009 법인세법 부칙 제3조에 따를 때, 2009. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도에 발생하는 결손금부터 이월결손금 공제기간 10년을 적용하도록 규정하고 있으므로, 위 규정에 의하면 원고의 2007 사업연도 결손금에 대하여는 2009 법인세법 제13조 제1호가 적용되지 않고 2008 법인세법 제13조 제1호에 따라 그대로 5년의 공제기간이 적용됨은 명백하므로, 2007년도의 이월결손금을 2014년도의 사업소득금액에서 공제를 할 수 없다.

4) 원고는 2009 법인세법이 2009. 12. 31. 개정되면서 법인세법 제13조 제1호, 부칙 제4조가 공제기간 10년이 적용되는 결손금의 범위를 확대하는 취지로 개정되었고, 그 결과 원고의 2007 사업연도 결손금에 대하여도 10년의 공제기간이 적용되게 되었다고 주장한다.

그러나 개정된 법인세법 제13조 제1호는 앞서 본 것과 같이 신고 또는 결정ㆍ경정되어 과세관청에 그 존재와 범위가 확정된 결손금에 한하여 이월결손금 공제처리를 할 수 있도록 입법적으로 해결하기 위하여 개정된 것일 뿐, 공제기간 10년의 적용을 받는 결손금의 범위를 확장하기 위하여 개정된 것이 아니다(그에 따라 2009 법인세법 제13조 제1호를 '본문'으로 그대로 두면서 '단서'만 추가하는 형식으로 개정되어 10년의 이월결손금 중에서 공제처리를 할 수 있는 결손금을 제한하게 되어 결국 그 범위를 축소하였다).

법인세법 부칙 제4조 역시 '제13조의 개정규정'(제13조 제1호 단서만 추가되었으므로, 개정규정은 단서를 의미한다)은 이 법 시행(2010. 1. 1.) 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다고 규정할 뿐이고, 공제기간 10년의 적용을 받는 결손금의 범위를 소급하여 확장한다는 내용은 규정하고 있지 않다.

5) 한편 원고는 법인세법 부칙 제4조가 2009 법인세법 부칙 제3조와는 달리 '결손금의 발생시기'에 관한 제한을 두고 있지 않다는 점에 착안하여 위와 같은 주장을 하고 있는 것으로 보인다.

그러나 법인세법 부칙 제4조는 법인세법 제13조 제1호 단서의 적용범위에 관한 것으로 확정된 이월결손금만 공제한다는 의미이고, 법인세법 제13조 제1호 단서는 이월결손금 공제기간에 관한 규정이 아니므로, 법인세법 부칙 제4조에서 결손금의 발생시기에 관한 제한을 두고 있지 않다고 하여, 이월결손금 공제기간 10년의 적용을 받는 결손금의 범위(발생시기)가 넓어지는 것은 아니다[즉 공제기간 10년의 적용을 받는 결손금의 발생시기에 관하여는 2009 법인세법 부칙 제3조(2009. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도에 발생하는 결손금부터)가 그대로 적용된다]. 다만, 원고는 부칙 제4조 단서 규정에 따라 과거에 이월결손금으로 신고하지 아니하였으나 새로이 발견된 결손금은 종전 법인세법의 규정에 따라 소급하여 5년간 추가로 공제를 받을 수 있을 뿐인데, 이 사건에서 원고가 주장하는 2007년 결손금은 원고가 2007년에 법인세 납부신고를 하면서 확정된 것으로 부칙 제4조 단서가 적용되지도 않는다.

6) 게다가 원고의 주장대로 법인세법 제13조 제1호가 공제기간 10년의 적용을 받는 결손금의 범위를 확장하는 취지로 개정된 것이라고 하더라도, 법인세법 부칙 제4조에 따라 '이 법 시행(2010. 1. 1.) 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분 부터' 그 적용을 받게 되는데, 원고의 2007 사업연도 결손금에 대하여는 2010. 1. 1. 이후 과세표준 신고 내지 경정ㆍ결정처분이 이루어진 바 없으므로(이 사건 처분은 원고의 2007 사업연도 결손금에 대하여는 아무런 조정을 하지 않았다), 결국 공제기간 10년의 적용을 받을 수 없다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.