국세환급가산금 지급 해당 여부

납세고지를 하기에 앞서 법인세에 관하여 감액을 구하는 취지로서 한 수정신고에 대하여 그 신고 내용을 그대로 받아들여 직권으로 초과납부세액에 대한 감액경정 및 그에 대한 환급금 결정을 하였음을 추인할 수 있다고 판결함.

국세기본법 제52조국세환급가산금

1. 피고는 원고에게 332,898,984원 및 이에 대하여 2001. 10. 1.부터 2006. 4. 3. 까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지 연 20%의 각 비율에 의한 금원을 지급하라.

2. 소송비용은 피고의 부담으로 한다.

3. 제1항은 가집행할 수 있다.

주문과 같다.

1. 기초사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을제1호증의 1,2, 을제2, 3호증, 을제4내지 8호증의 각 1내지 3의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면 인정할 수 있다.

가. 원고는 1996 ~ 2000 사업연도 법인세 과세표준 및 총부담세액에 대하여 ○○세무서장에게 다음과 같이 신고 납부하였다.

사업연도

신고납부일

과세표준금액

납부할세액

1996

1997. 3. 31

5,415,826,726

1,504,428,403

1997

1998. 3. 31

4,314,358,918

1,196,020,497

1998

1999. 3. 31

-13,961,679,321

0

1999

2000. 3. 31

20,584,308,718

5,751,606,441

2000

2001. 3. 31

55,830,843,895

15,620,636,290

나. ○○지방국세청장은 2001. 9. 10. 원고에게 '법인세 서면분석 검토결과 안내'라는 제목으로 원고가 제출한 법인세 과세표준 및 세액신고서와 그 부속서류 및 보정서류를 검토한 결과 1996. ~ 2000. 당기순손익 22,674,749원을 소득처분에서 유보하는 등의 문제점이 발견되었으므로 2001. 9. 28.까지 수정신고 등을 하도록 통보하였다.

다. 원고는 2001. 9. 30. 다음과 같이 1996 ~ 2000 사업연도 법인세에 대한 과세표준수정신고서 및 추가자진납부계산서, 법인세과세표준 및 세액신고서, 법인세 과세표준 및 세액조정계산서를 제출하였다.

(1) 1996 사업연도

과세표준금액 : 5,028,308,595원

산출세액 : 1,395,926,407원

납부할세액 : 1,395,926,407원

추가자진납부세액 : -108,501,996원

(1) 1997 사업연도

과세표준금액 : 81,970,214원

산출세액 : 13,115,234원

납부할세액 : 13,115,234원

추가자진납부세액 : -1,182,905,263원

(2) 1998 사업연도

과세표준금액 : -12,073,061,798원

산출세액 :

납부할세액 :

추가자진납부세액 :

(3) 1999 사업연도

과세표준금액 : 35,213,468,279원

산출세액 : 9,847,771,118원

가산세액 : 1,531,467,058원

납부할세액 : 11,379,238,176원

추가자진납부세액 : 5,627,631,735원

(4) 2000 사업연도

과세표준금액 : 56,037,049,985원

산출세액 : 15,678,373,995원

가산세액 : 11,052,720

납부할세액 : 15,689,426,715원

추가자진납부세액 : 68,790,425원

라. 원고는 위 수정신고를 함과 동시에 2000 사업연도 법인세 추가자진납부세액에 대하여 68,790,420원을, 1999 사업연도 법인세 추가자진납부세액에 대하여 1,836,224,470원을 납부하였다.

마. ○○세무서장은 2001. 12. 1. 원고에게 미납한 1999 사업연도 법인세(가산세 포함)2,580,00,000원을 2001.12.31.까지 납부하도록 고지하였다.

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

원고는 2001. 9. 30. 1996 ~ 2000 사업연도 법인세에 대한 과세표준 및 세액을 수정신고하면서, 1999 사업연도 법인세에 대하여 추가로 납부해야 하는 5,627,631,735원을 1996 및 1997 사업연도 법인세에 대하여 과다하게 납부한 1,291,407,259원 (108,501,996원 + 1,182,905,263원0과 상계하고 나머지 4,336,224,476원(5,627,631,735원 - 1,291,407,259) 중 1,836,224,470원을 납부하였는데, 이에 대하여 피고는 2001. 12. 1. 원고가 미납한 1999 사업연도 납부세액 2,500,000,000원(4,336,224,476원 - 1,836,224,470원, 원 미만 버림) 및 이에 대한 2001. 9. 29.부터 2001. 12. 1.까지 64일간의 가산금 80,000,000원(2,500,000,000원X 64일X 5/1,000)을 합한 2,580,000,000원을 납부할 것을 고지하였으므로, 이는 원고가 1996 및 1997 사업연도 법인세에 대하여 수정신고의 형식으로 한 경정청구를 피고가 받아들여 위 초과납부한 부분을 환급하기로 하는 결정을 하였음을 전제로 한 것이다. 그런데, 국세기본법 제52조는 국세환급금에 대하여 가산금을 지급하도록 규정하고 있으므로, 피고는 원고에게 환급한 위 금액에 대하여 납부한 날로부터의 가산금을 지급할 의무가 있다.

나. 피고의 주장

국세기본법 제45조의 2 규정에 의하면 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한 경과 후 1년 이내에 과세표준 및 세액의 경정을 청구하도록 되어 있는바, 원고는 1996 및 1997 사업연도 귀속 법인세 과세표준에 대하여 2001. 9. 10. ○○지방국세청장으로부터 '법인세 서면분석 검토결과 안내'가 발송된 이후에야 위 각 사업연도에 대한 추가자진납부세액을 -108,501,996원 및 -1,182,905,263원으로 표시한 과세표준수정신고서 및 추가자진납부계산서 등을 제출하였으므로, 원고의 위 경정청구는 적법한 기간 내에 이루어지지 아니하였고, ○○지방국세청장의 '법인세 서면분석 검토결과 안내'가 국세기본법 제45조의 2 제2항에서 규정하는 경정청구기간 준수의 예외사유에 해당한다고 할 수도 없어 경정청구로서의 효력이 없다고 보아야 한다. 또한, 수정신고로 인한 추가자진납부세액은 경정청구로 인한 환급세액으로 충당될 수 없는 것이므로, 원고의 경정청구가 유효한 것이라 하더라도 피고는 환급할 세액에 가산금을 포함하여 직접 환급하였을 것이고 추가납부할 세액에 충당하지는 않았을 것이다.

한편, 피고가 2001. 12. 1. 원고에게 미납한 1999 사업연도분 차감납부세액 2,580,000,000원을 2001. 12. 31.까지 납부하도록 고지한 것은 조세납부를 촉구하는 이행청구로서 행하는 징수절차에 불과하고, 이를 두고 피고가 원고의 경정청구를 받아들어 국세환급금 결정을 한 것으로 볼 수는 없다.

나. 관계 규정

○ 국세기본법 제45조 수정신고(1999. 8. 31. 법률 제5993호로 개정되기 전의 것. 이하 법이라 한다)

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때

○ 국세기본법 제45조의 2경정 등의 청구

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정을 관할세무서장에게 청구 할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등이 그에 과한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한경과후에 발생한 때

○ 국세기본법 제51조국세환급금의 충당과 환급

① 세무서장은 납세의무자가 국세·가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액중 과오 납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액·초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다.

② 세무서장은 국세환급금으로 결정한 금액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 다음 각호의 국세·가산금 또는 체납처분비에 충당하여야 한다. 다만, 제3호의 국세에의 충당은 세법에 의하여 세무서장에게 제출하는 계산서류에 납세자가 그 국세에 충당 받고자 하는 뜻을 부기한 경우에 한한다.

1. 납세고지에 의하여 납부하는 국세

2. 체납된 국세·가산금과 체납처분비

3. 세법에 의하여 자진납부하는 국세

③ 납세자가 세법에 의하여 환급받을 환급세액이 있는 경우에는 이를 제2항 제3호의 국세에 충당하기 위하여 청구를 할 수 있다. 이 경우 충당된 세액의 충당청구를 한 날에 당해 국세를 납부한 것으로 본다.

○ 국세기본법 제52조국세환급가산금

세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음 날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자률 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다.

1. 착오납부·이중납부 또는 납부 후 그 부과의 취소·경정결정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일.

○ 국세기본법 시행령 제30조국세환급가산금의 결정

① 세무서장은 국세환급금을 법 51조의 규정에 의하여 충당 또는 환급하고자 할 때에는 법 제52조에 규정하는 국세환급가산금을 결정하여야 한다.

② 제1항의 국세환급가산금의 이율은 시중은행의 1년만기 정기예금 평균 수신금리를 감안하여 재정경제부령이 정하는 이자율로 한다.<개정 2000. 12. 29.>

○ 국세기본법 시행규칙 제13조의 2국세환급가산금의 이율(2005. 3. 19 부평 426호로 개정되기 전의 것)

영 제30조 제2항에서 "시중은행의 1년만기 정기예금 평균 수신금리를 감안하여 재정경제부령이 정하는 이자율"이라 함은 은행법에 의한 은행업의 인가를 받은 금융기관으로서 서울특별시에 본점을 둔 금융기관의 1년만기 정기예금 이자율의 평균을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율을 말한다.

○ 국세기본법 시행규칙 제13조의 2국세환급가산금의 이율

영 제30조 제2항에서 "시중은행의 1년만기 정기예금 평균 수신금리를 감안하여 재정경제부령이 정하는 이자율"이라 함은 은행법에 의한 은행업의 인가를 받은 금융기관으로서 서울특별시에 본점을 둔 금융기관의 1년만기 정기예금 이자율의 평균을 감안하여 국세청장이 정하여 고시하는 이자율을 말한다.<2000. 3. 31. 신설>

다. 판단

(1) 경정청구기간 경과 후의 감액경정의 가부

법 제45조의2에서 납세의무자의 경정청구권을 명시적으로 규정하면서 그 청구기간 및 방법·절차 등을 정하고 있는 이상 위 규정 소정의 경정청구권 이외에 법인세 법의 규정에 기한 법규상 또는 조리상 경정청구권이 있다고 볼 수는 없고 따라서 원고의 이 사건 수정신고는 경정청구기간을 도과한 것이어서 피고가 주장하는 바와 같이 경정청구로서의 효력이 없다고 보아야 한다. 그러나 납세의무자가 법정신고기한 내에 과세표준 및 세액 등을 과다신고는 하였으나 경정청구기간 내에 경정청구를 하지 아니함으로써 다른 권리구제수단에 의해 그 감액을 주장하는 것이 허용되지 아니한 경우라고 하더라도 과세관청이 직권에 의하여 그 과다신고내용을 시정·감액 결정하는 것은 가능하므로(헌법재판소 2004. 12. 16. 2003헌바78 결정 참조) 만약 이 사건에서 원고의 이 사건 수정신고를 계기로 과세관청의 직권경정처분이 있었다고 한다면 피고의 주장과는 달리 그 감액부분은 환급금으로서 수정신고로 인한 추가자진신고납부세액에 충당될 수 있는 것이므로 이 사건에서 과세관청의 직권경정처분이 있었는지 여부에 나아가 살펴본다.

(2) 먼저 피고의 직권경정결정이 있었는지 여부에 대하여 본다.

(가) 앞서 인정한 사실은 아래와 같이 정리할 수 있다.

원고는 2001. 9. 30.에 1999 사업연도 법인세에 관하여 추가납부할 세액을 5,627,631,735원{(세법에 의하여 신고할 세액(이하 정당세액이라 한다) 9,847,771,118원 + 가산세 1,531,467,058원 - 당초 납부세액 5,751,606,441원}, 2000 사업연도 법인세에 관하여 추가납부할 세액을 68,790,425원(정당세액 15,678,373,995원 + 가산세 11,052,720원 - 당초 납부세액 15,620,636,290원)으로 하여 각 수정신고를 하면서 2000 사업연도에 관하여 추가납부할 세액 68,790,425원에 대하여는 전액을 자진납부하는 한편, 1999 사업연도에 관하여 추가납부할 세액을 5,627,631,735원에 대하여는 다음과 같이 그 일부를 자진납부하였다. 즉 원고는 1996 사업연도 법인세가 108,501,996원(최초신고납부세액 1,504,428,403원 - 정당세액 1,395,926,407원)이, 1997 사업연도 법인세가 1,182,905,263원(최초신고납부세액 1,196,020,497원 - 정당세액 13,115,234원)이 당초에 각 초과신고납부되었음을 이유로 위 초과신고부분에 대하여 수정신고서에 의하여 감액경정을 구함과 아울러 위 초과납부액 1,291,407,259원(108,501,996원 + 1,182,905,263원)에 대한 환급은 1999 사업연도의 추가납부할 세액에 충당하여 줄 것을 청구함과동시에 그 추가납부할 세액 가운데 위 환급금으로 충당하고도 부족한 금 4,336,224,476원(5,627,631,735원 - 1,291,407,259원)에 대하여는 그 일부로 1,836,224,470원을 자진납부하였다.

(나) 위 사실에 의하면 아래와 같은 사정을 알 수 있다.

피고는 2001. 12. 1. 원고에게 1999 사업연도 법인세로서 2,500,000,000원 및 이에 대하여 2001. 9. 29.부터 2001. 12. 1.까지의 가산세 80,000,000원(2,500,000,000원X64일X5/1,000)을 납부할 것을 고지하였는데 위 고지세액 2,500,000,000원은 원고가 2001. 9. 28. 1999사업연도 법인세에 대하여 추가납부할 세액 5,627,631,735원에서 1996 및 1997 사업연도의 초과납부세액으로서 감액경정을 구한 1,291,407,259원과 당시 자진납부한 1,836,224,470원을 공제한 금액과 일치한다. 그리고 위 고지세액 2,500,000,000원에 대한 가산세는 그 기산일을 2001. 9. 29.로 하여 산정하였는데 이날은 원고가 1996 ~2000 사업연도의 법인세에 대한 수정신고와 함께 1996 및 1997 사업연도 초과납부세액의 환급금을 1999 사업연도의 미납세액에 충당할 것을 청구하면서 1999 사업연도 추가납부세액을 납부한 날인 2001. 9. 28.의 다음날이다. 앞서본 사정에다가 원고가 이 사건 수정신고를 한 2001. 9. 28. 당시 1996 및 1997 사업연도 법인세 부분에 대하여는 이미 감액경정청구기간이 도과한 점 등으로 미루어 볼 때 피고는2001. 12. 1. 원고에게 위 납세고지를 하기에 앞서 원고가 1996 및 1997 사업연도 법인세에 관하여 감액을 구하는 취지로서 2001. 9. 28.자로 한 이 사건 수정신고에 대하여 그 신고내용을 그대로 받아들여 직권으로 초과납부세액에 대한 감액경정 및 그에 대한 환급금 결정을 하였음을 추인할 수 있다.

(3) 경정처분의 효력 발생

경정처분은 상대방 있는 행정처분으로서 경정결정을 과세관청이 납세의무자에게 통고하여야만 대외적으로 효력이 발생하는 것이다(법 제45조의2 제3항 참조). 그런데 경정처분이 행하여진 경우에는 새로 잔액에 대하여 구체적인 조세채무를 확정시키는 것이 아니라 당초 확정된 조세채무의 일부를 취소하는 효력을 갖는 것에 불과한 것으로서 납세의무자에게 이익이 되는 처분이고, 그에 의하여 감소된 세액 부분에 관하여만 법적 효과를 미치는 것이고, 부과처분의 취소의 경우에도 특별한 형식을 요하지 아니하여 납세고지서로써만 이를 할 수 있는 것이 아니라 그 처분의 취소를 전제로 새로운 처분을 하는 등 취소의 뜻을 객관적으로 알 수 있는 방법에 의하여 할 수 있으므로 감액경정처분의 경우에도 특별한 사정이 없는 한 납세고지서뿐만 아니라 감액경정의 뜻을 객관적으로 알 수 있는 방법에 의하여 이를 납세의무자에게 통고를 하면 그 효력이 발생한다고 할 것이다(과세처분의 경정에 관한 대법원 2003. 4. 11. 선고 2001다9137 판결 참조).

돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, (2)항에서 살핀 바와 같이 피고가 2001. 12. 1. 원고에게 한 납세고지는 형식상으로는 체납된 1999 사업연도 법인세 및 가산세에 대한 것이지만 납세고지서에 명시된 당해 사업연도의 추가납부세액 및 이에 대한 가산세의 수액에 비추어 볼 때 위 납세고지는 원고가 1996 및 1997 사업연도 초과신고납부세액에 관하여 감액을 구하는 취지로서 한 이 사건 수정신고에 대하여 피고가 신고내용을 그대로 받아들여 감액경정을 하고 그 환급금을 원고의 충당청구에 따라 1999 사업연도 추가납부세에 충당하였음을 전제로 한 것이어서 피고는 이 사건 납세고지서에 의하여 원고에게 위 경정결정의 뜻을 객관적으로 알 수 있는 방법으로 납세의무자인 원고에게 통고를 하였다고 보아야 할 것이므로 위 경정결정은 이 사건 납세고지로써 대외적 효력이 발생하였다고 할 것이다.

(4) 환급가산금의 수액

그러므로 피고는 원고에게 법 제52조에 의하여 환급한 위 금액에 대하여 그 납부일부터 국세 납부일로 간주되는 원고의 충당청구일인 2001. 9. 28.까지의 가산금을 지급할 의무가 있다고 할 것인데(법 51조 제3항) 그 금액을 산정하면 아래와 같다(국세기본법시행규칙 제13조의 2에 따라 국세청장은 2001. 4. 1.부터 적용할 국세환급가산금의 이율을 1인당 100,000분의 16으로 정하여 고시하였다).

① 108,501,996원에 대하여

* 납부일 : 1998. 3. 31.

* 국세환급가산금

<1998. 4. 1. ~ 2001. 3. 31.>

108,501,996원X 3/10,000X 1096(일) = 35,675,456원

<2001. 4. 1.~ 2001. 9. 30.>

108,501,996원 X 16/100,000 X 183(일) = 3,176,938원

소계 38,852,394원

② 1,182,905,263원에 대하여

<1999. 4. 1. ~2001. 3. 31.>

1,182,905,263원 X 3/10,000 X 731(일) = 259,411,124원

<2001. 4. 1.~ 2001. 9. 30>

1,182,905,263원 X 16/100,000 X 183(일) = 34,635,466원

소계 294,046,590원

③ 총계 332,898,984원

3. 결론

그렇다면 피고는 원고에게 국세환급가산금 332,898,984원 및 이에 대하여 2001. 10. 1.부터 이 사건 소장부본 송달일임이 기록상 명백한 2006. 4. 3.까지는 민법에 정한 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법에 정한 연 20%의 각 비율에 의한 지연손해금을 지급할 의무가 있다고 할 것이므로 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.