서면인터넷방문상담2팀-1176(2008.06.11)

법인

고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사업에 해당되어 같은 법 제60조의 규정에 따라 법인세를 신고하여야 하는 것임.

귀 질의의 경우, 「법인세법」 제3조 제2항 제5호의 규정에 의해 비영리내국법인의 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 같은 법 시행령 제2조 제2항이 정하는 것을 제외) 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사업에 해당되어 같은 법 제60조의 규정에 따라 법인세를 신고하여야 하는 것이며, 같은법 제55조의2 제2항 제2호 규정에 의하여 “토지 등 양도소득에 대한 과세 특례 적용”대상 임야를 양도하는 경우에는 같은 법 제55조의2 제1항 제3호의 규정에 따라 토지 등의 양도소득에 30/100(미등기 토지는 40/100)을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것입니다.아울러, 동 고정자산(임야)의 처분으로 인하여 생기는 수입이 같은법 제29조 규정에 따라 손금산입 가능한지 여부에 대하여는 기 회신사례(재법인 46012-151,2003.09.19 외)를 참고하시기 바랍니다.

법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

1. 질의내용 요약

○사실관계

비영리 공익목적 학교법인인 00학원이 1995 설립당시 기본재산으로 등록하였던 임야(비사업용부동산으로 법인세법 제55조의2 적용대상)를 양도하여 학교교실(고유목적사업용)을 건설(증축)하고자 함

○질의요지

비업무용부동산(임야)의 양도시 그 양도차익을 법인세법 제29조 또는 조특법 제74조 규정에 따라 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금산입 가능 여부 및 손금산입시 법 제55조의2 규정에 따른 법인세 추가납부 해당 여부.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998. 12. 28. 개정)

1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)

2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정)

2. 「소득세법」 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익 (2006. 12. 30. 개정)

3. 「소득세법」 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금 (2006. 12. 30. 개정)

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)

○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31. 개정)

○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 따른 이자소득금액 및 동법 제17조 제1항 제5호의 규정에 따른 투자신탁의 이익 (2006. 12. 30. 개정)

2. 「소득세법」 제17조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제6호의 규정에 의한 배당소득금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정)

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 (1998. 12. 28. 개정)

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 (2006. 12. 30. 개정)

○ 법인세법 제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】

①내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는당해 각호에 의하여 계산한 세액을토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다.이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설)

1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제125조의 규정에 의하여 국토해양부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 정부조직법 부칙)

2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정)

3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설)

② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설)

1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

가. 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역( 「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안의 농지. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다. (2005. 12. 31. 신설)

가. 「산림법」에 의하여 지정된 산림유전자원보호림ㆍ보안림ㆍ채종림ㆍ시험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

나. 임업을 주업으로 하는 법인 또는 「산림법」에 의한 독림가인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설)

○ 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 「법인세법」 제29조의 규정을 적용하는 경우 동법 동조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 법인의 수익사업(제5호 및 제6호의 경우에는 당해 사업과 당해 사업 시설안에서 동 시설을 이용하는 자를 대상으로 영위하는 수익사업에 한한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. (2006. 12. 30. 개정)

1. 사립학교법에 의한 학교법인, 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 의한 산학협력단 및 평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 민법 제32조에 의한 비영리법인 (2003. 12. 30. 개정)

○ 법인세법기본통칙 3-0…1 【비영리내국법인의 납세의무】

비영리내국법인은 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생긴 소득에 대한 법인세와 법 제55조의 2 및 제95조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다. (2003. 5. 10. 개정)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-1444,2007.08.01

1. 귀 질의의 경우, 「법인세법」 제3조 제2항 제5호의 규정에 의해 비영리내국법인의 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 같은 법 시행령 제2조 제2항이 정하는 것을 제외) 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사업에 해당되어 같은 법 제60조의 규정에 따라 법인세를 신고하여야 하는 것이며,

법인이 비사업용 토지를 양도하는 경우에는 같은 법 제55조의 2 제1항 제3호의 규정에 따라 토지 등의 양도소득에 30/100(미등기 토지는 40/100)을 곱하여 산출한 세액을법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것으로, 처분한 고정자산이 비사업용토지에 해당되는지 여부는 관련 법령에 따라 사실 판단할 사항임.

2. 법인으로 보는 단체에 해당하는 비영리내국법인이 「법인세법 시행령」 제56조 제1항에 규정하는 단체에 해당하는 경우에는 같은 법 제29조에 따라 고유목적사업준비금의 손금산입 규정을 적용 받는 것이며,

종교의 보급, 기타 교화를 목적으로 설립된 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 같은 법 시행령 제56조의 규정에 의한 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 교회를 신축하기 위하여 지출하는 경우에는 고유목적사업에 지출한 것으로 보는 것임.

○ 재법인46012-151, 2003.09.19

귀 질의의 경우, 비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 토지를 처분하는 경우 정당한 사유여부에 불구하고 당해 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대해서는 법인세가 과세되는 것임.

다만, 동 금액에 대해서는 법인세법 제29조의 규정에 의하여 소득금액의 50％까지 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입이 가능하나 손금으로 계상한 고유목적사업준비금에 대해서는 5년 이내에 고유목적사업에 사용하도록 하고 있음.

○ 법인46012-48,1997.01.09

사립학교법에 의한 학교법인이 출연받은 부동산을 양도함으로써 발생한 소득을 당해 학교법인의 고유목적사업에 사용한 경우에는 조세감면규제법 제61조 제3항의 규정에 의거 동 금액을 고유목적사업준비금으로 손금산입할 수 있는 것임.