1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

1. 처분의 경위

가. 원고는 서적출판업, 유아교재 연구개발 및 수입, 제작, 판매 등을 목적으로 1997. 1. 7. 설립된 회사로서 그 주식의 100%를 B이 소유하고 있다.

주식회사 C(이하 ‘이 사건 회사’라고만 한다)은 원고가 제작한 학습지를 이용한 방문교육 등을 목적으로 2002. 2. 1. 설립된 회사로서 그 주식의 61%를 B의 아버지 D이 소유하고 있는 원고의 특별관계자에 해당한다.

나. 원고는 2006년부터 2008년까지 유아용 교재ㆍ교구 및 학습지를 제작하여 E 주식회사(2006년, 2007년) 또는 F 주식회사(2008년)에게 이를 판매하였고, 위 회사들은 수도권에서는 G 주식회사에게는 교재ㆍ교구를 판매하고, 이 사건 회사에게는 학습지를 판매하였으며, 지방에서는 지역사업자에게 교재ㆍ교구 및 학습지를 판매하였다.

다. 원고는 ‘H’ 상표의 상표권자로서 2006년부터 2008년까지 이 사건 회사에게 위 상표를 사용하도록 하게 하면서도 아무런 대가를 지급받지 않다가, 2009년부터는 이 사건 회사로부터 교육 용역 매출액의 6%에 해당하는 사용료를 지급받았다. 라.

피고는원고가 2006년부터 2008년까지 특수관계자인 이 사건 회사로부터 정당한 상표권 사용료를 받지 않는 방법으로 조세의 부담을 부당하게 감소시켰다

(이하 ‘이 사건 과세사유’라고 한다).라는 등의 이유 그 외에 ‘원고의 공장 이전이 조세특례제한법 제63조 제1항의 세액감면요건에 해당하지 않는다.’라는 사유와 '2008년과 2009년에 특수관계자인 F 주식회사에게 정당한 사유 없이 출고단가를 인하하였다.

'라는 사유를 들어 과세하였다.

로 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 원고에게 2012. 3. 29. 2006년 법인세 593,710,100원을, 2012. 8. 1. 2007년 법인세 609,921,450원, 2008년 법인세 967,325...