가. 피고가 원고에게 한, 2009. 8. 3.자 2008년 제 1기 부가가치세 000원, 2008년 제2기 부가가치세 000원, 2009. 9. 22.자 2008년 제1기 부가가치세 000 원 중 000원을 초과하는 부분, 2009. 12. 1.자 2008년 제 1기 부가가치세 000원 중 000원을 초과하는 부분, 2008년 제2기 부가가치세 000원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

나. 원고가 한 나머지 청구를 모두 기각한다.

2. 소송총비용 중 10%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 원고에게 한 2009. 8. 3.자 2008년 제1기 부가가치세 000원, 2008년 제2기 부가가치세 000원, 2009. 9. 22.자 2008년 제1기 부가가치세 000원, 2009. 12. 1.자 2008년 제1기 부가가치세 000원, 2008년 제2기 부가가치세 000원의 각 부과처분을 취소한다(원고는 항소심에서 청구취지를 일부 감축하였다. 그 중 '000원'은 '000원'을 잘못 적은 것으로 보인다).

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고가 한 청구를 모두 기각한다.

가. 원고의 부가가치세 신고・납부

원고는 서울 금천구 XX동 992-20에서 여객자동차 운수사업법상 일반택시 운송사업을 하는 회사로서 2008년 제1기 예정분 및 확정분, 2008년 제2기 예정분 부가가치세에 대하여 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조의7 제1항에 따라 아래 표의 부가가치세 경감세액란 기재와 같이 해당 과세기간에 부가가치세를 경감하는 것으로 부가가치세를 신고・납부하였다.

나. 서울특별시 금천구청장의 부가가치세 경감세액 사용실태 조사

(1) 서울특별시 금천구청장은 원고에 대하여 2008년 제1기 예정분 및 확정분, 2008년 제2기 예정분 부가가치세 경감세액에 대한 사용실태를 아래와 같이 점검하였다.

(2) 건설교통부장관(현 국토해양부장관)이 구 조세특례제한법 제106조의7 제2항에 따라 2005. 4. 작성한 택시 부가세 경감세액 사용지침(이하 '이 사건 지침')에 의하면 부가가치세 경감세액을 콜센타 운영비용 등 사용자의 경영개선을 위해 사용하는 것이 금지되어 있음에도, 서울특별시 금천구청장은 원고가 ① 2008년 제1기 확정분 부가가치세 경감세액 중 000원을 나비콜 성공수수료로 사용하고, ② 2008. 1.부터 8.까지 운수종사자에게 부가가치세 경감세액을 현금으로 지급한 후 다시 나비콜 사용료로 000원(= 윌 000원 x 8개 월 x 143명)을 징수함으로써 총 000원(= 2008년 제1기 예정분 000원 + 2008년 제1기 확정분 000원 + 2008년 제2기 예정분 000원)을 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하지 않았다고 보고, 이를 피고에게 과세자료로 통보하였다.

다. 부가가치세 부과처분

피고는 원고에게 구 조세특례제한법 제106조의7 제3항에 따라 2009. 8. 3. 2008년 제1기 예정분 부가가치세 000원, 2008년 제2기 예정분 부가가치세 000원을, 2009. 9. 22. 2008년 제1기 확정분 부가가치세 000원을, 2009. 12. 1. 2008년 제1기 부가가치세 000원(가산세 경정분), 2008년 제2기 부가가치세 000원(가산세 경정분)을 각 부과하였는데, 제1심 판결 선고 이후인 2011. 7.경 2009. 12. 1.자 2008년 제2기 부가가치세 000원(가산세 경정분)의 부과처분 중 000원을 감액경정하였다(이하 당초 처분 중 감액되고 남은 부분과 나머지 당초 처분을 합하여 '이 사건 각 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 21호증, 을 제1, 2, 13호증(각 가지번호 포함, 이

하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자 주장 요지

(1) 원고 주장

원고는 2008년 부가가치세 경감세액을 그 소속 택시 운수종사자들에게 현금으로 지급하거나 임금에 반영하여 지급함으로써 이를 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하였다. 이와 달리 보고 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

(2) 피고 주장

나비콜 서비스 사용료는 사용자의 경영개선을 위하여 지출되는 비용이므로 이를 부가가치세 경감세액으로 충당할 수 없음에도 불구하고 원고는 2008년 부가가치세 경감세액을 택시 운수종사자들에게 지급한 후 그 중 일부를 다시 나비콜 사용료 명목으로 징수하였다. 이와 같이 다시 징수한 금액 상당액은 운수종사자의 처우개선 및 복지 향상에 사용하지 않은 것이므로 이 사건 각 처분은 적법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고는 2005년부터 OO 드라이브 서비스를 사용하다가 2008년부터 콜 기능 서비스가 부가된 나비콜 서비스를 사용하기로 하였다.

(2) 나비콜 서비스는 기존 OO 드라이브 서비스에서 일부 기능이 추가되어 서비스가 더 확대된 것으로 길 안내 서비스, 실시간 교통정보, 안전운전 도우미, 긴급서비스, 레저 및 라이프, 신용카드결제/차량추적 서비스, 콜택시 서비스 등 운전종사자들에게 영업용 운수차량과 관련된 종합정보를 제공하는 서비스이다.

(3) 원고는 2005년부터 OO 드라이브 서비스를 사용하면서 노・사 합의에 따라(당시 운수종사자의 과반수 이상이 동의하였다) 택시 운수종사자로부터 그 사용료 명목으로 매월 1만 원씩 징수하여 오다가 2008년에 나비콜 서비스를 사용하기로 하면서 2008. 8. 29. 다음과 같은 내용으로 노・사 대표가 합의하였다(운수종사자의 과반수 이상이 동의하지 않은 것으로 보인다).

- 2008년도 부가가치세 감면 현금지급분을 1월 - 8월까지 정산하여 9. 11. 지급하고 정부의 부가세 감면 시한인 12월까지 매월 지급하기로 합의한다.

- 2008. 1.부터 8.까지 이미 사용한 나비콜 운용료 및 회사의 어려운 경영여건과 근로자의 입장을 고려하여 기존 2007년도까지 부담하던 사용료 1만 원에 3,000원 포함 하여 월 13,000원씩 공제 납부하기로 합의한다.

(4) 원고는 택시 운수종사자들에게 2008년도 부가가치세 경감세액 중 일부를 위 1.의 나.항 기재 표의 임금반영란 기재와 같이 임금에 반영하여 지급하여 왔고, 나머지 금액 중 일부를 위 2008. 8. 29.자 합의에 따라 2008. 9.경 위 표의 운전기사 개별지급란 기재와 같이 현금으로 지급하였으며, 2008년 제1기 확정분 부가가치세 경감세액 중 000원을 나비콜 성공수수료로 사용하였다.

(5) 원고는 2008년도 노・사 합의가 늦어짐에 따라 택시 운수종사자들이 납부하여야 할 나비콜 서비스 사용료를 대납하여 오다가 2008. 8. 29.자 합의에 따라 운수종사자들에게 부가가치세 경감세액 중 일부를 위와 같이 현금으로 지급한 이후 운수종사자들로부터 원고가 대납한 나비콜 서비스 사용료를 징수하였는데, 이를 납부하지 않은 운수 종사자들도 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5, 7, 10, 11, 13 내지 20, 22, 23호증, 을 제4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 구 조세특례법 제106조의7 제2항은 '부가가치세 경감세액은 국토해양부장관이 정하는 바에 따라 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다'고 규정하고, 이 사건 지침은 '부가가치세 경감세액을 콜센타 운영비용 등 사용자의 경영개선을 위한 비용으로는 사용할 수 없다'고 규정하고 있다.

(2) 나비콜 서비스를 사용하는 경우 교통법규 위반으로 인한 범칙금 등이 감소되어 택시 운수종사자의 실수입이 증대되는 등 운수종사자의 처우개선 등에 도움이 되기도 하지만, 이는 원고의 수익창출과 직결되므로 이 사건 지침은 그 비용을 사용자의 경영 개선을 위한 비용으로 보아 부가가치세 경감세액을 위 용도로 사용하는 것을 금지하고 있고, 나아가 원고는 부가가치세 경감세액을 나비콜 서비스 사용료로 사용하는 데 대하여 운수종사자들의 과반수 이상의 동의도 얻지 않은 것으로 보이므로, 만일 원고가 2008년도 부가가치세 경감세액을 나비콜 서비스 사용료로 사용하였다면, 이는 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하였다고 볼 수 없다.

(3) 앞서 본 바와 같이, 원고는 2008년도 부가가치세 경감세액을 운수종사자들에게 임금에 반영하거나 현금으로 지급하는 방법으로 지급한 사실 및 이후 원고 운수종사자들 중 143명 정도가 원고에게 나비콜 서비스 사용료를 납부한 사실이 인정된다. 여기에다가 앞서 본 사실관계 및 증거들에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 여러 사정들을 보태어 보면, 위 운수종사자들이 지급받은 부가가치세 경감세액이 위 나비콜 서비스 사용료로 납부되었다고 단정할 수도 없고, 설령 원고가 임금 또는 현금의 형태로 지급한 부가가치세 경감세액으로 위 나비콜 서비스 사용료가 납부되었다고 하더라도 그러한 사정들만으로는 원고가 부가가치세 경감세액을 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하였음을 뒤집기에 부족하다고 할 것이다.

(가) 원고의 운수종사자들은 2008. 8. 29.자 노・사 합의에 따라 원고에 대하여 나비콜 서비스 사용료를 납부할 의무를 부담하게 되었는데, 143명의 운수종사자들이 원고에게 납부한 나비콜 서비스 사용료가 원고로부터 임금 또는 현금의 형태로 지급받은 부가가치세 경감세액으로 납부된 것이라고 단정할 만한 증거는 없다.

(나) 2008. 1.부터 8.까지 원고의 운수종사자들 중 전체의 약 1/5에 달하는 35명이 나비콜 서비스 사용료를 납부하지 않은 점 등에 비추어 보면 원고가 운수종사자들에 대하여 일률적으로 부가가치세 경감세액을 나비콜 서비스 사용료로 징수한 것으로는 보이지 않는다.

(다) 나비콜 서비스 사용료를 납부하지 않은 운수종사자들에 대하여 원고가 지급한 부가가치세 경감세액을 강제적으로 추정할 방법은 없는 점 등에 비추어 보더라도 나비콜 서비스 사용료 납부는 운수종사자들의 자율적인 의사에 따른 것으로 보인다.

(4) 다만 원고는 2008년 제1기 확정분 부가가치세 경감세액 중 000원을 운수종사자들에게 지급하지 않고 나비콜 성공수수료로 사용한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 위 000원의 경우 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용된 것으로 볼 수는 없다(2008년 제1기 확정분 부가가치세 경감세액은 000원인데, 원고가 운수 종사자들에게 지급한 임금반영분은 000원이고 현금지급분은 000원으로 이를 위 000원과 합하면 000원이 되어 위 000원을 초과하나, 부가가 치세 경감세액을 초과하여 지급된 부분은 부가가치세 경감세액과 무관하고 원고가 위 000원을 운수종사자의 처우개선 및 복지향상 등에 사용하지 않은 이상 위 000원 전액을 그 본래의 용도에 맞게 사용하지 않은 금액으로 보아야 한다).

(5) 소결론

원고가 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용하지 않은 금액은 2008년 제1기 확정분 부가가치세 경감세액 중 000원이고, 나머지 2008년도 부가가치세 경감 세액은 운수종사자의 처우개선 및 복지향상 등에 사용되었다

따라서 이 사건 각 처분 중 2009. 8. 3.자 2008년 제1기 예정분 부가가치세 000원, 2008년 제2기 예정분 부가가치세 000원, 2009. 12. 1.자 2008년 제 2기 부가가치세 000원(가산세 경정분)의 부과처분은 전부 위법하고, 2009. 9. 22.자 2008년 제1기 확정분 부가가치세 000원, 2009. 12. 1.자 2008년 제1기 부가가치세 000원(가산세 경정분)의 부과처분은 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용되지 않은 금액을 위 000원으로 하여 세액을 다시 계산한 부과처분 부분만 적법하고, 이를 초과한 부과처분 부분은 위법하다. 이에 따라 세액을 다시 산정할 경우 정당한 세액은 별지 세액계산 기재와 같으므로, 2009. 9. 22.자 2008년 제1기 확정분 부가가치세 000원의 부과처분 중 000원을 초과하는 부분과 2009. 12. 1.자 2008년 제1기 부가가치세 000원(가산세 경정분) 중 000원을 초과하는 부분은 위법하고, 나머지 부분은 적법하다.

3. 결론

이 사건 각 처분 중 위와 같이 위법한 부분에 관한 원고 청구는 이유 있어 이를 모두 취소하고, 나머지 적법한 부분에 관한 원고 청구는 이유 없어 이를 모두 기각한다. 이러한 내용으로 제1심 판결을 변경하기로 한다.